Адаптивная эволюция в геноме человека - Википедия - Adaptive evolution in the human genome

Эта статья включает Список ссылок, связанное чтение или внешняя ссылка, но его источники остаются неясными, потому что в нем отсутствует встроенные цитаты. Пожалуйста, помогите улучшать эта статья введение более точные цитаты. (Декабрь 2010 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)

Адаптивная эволюция результат распространения выгодных мутации через положительный выбор. Это современный синтез процесса, который Дарвин и Уоллес первоначально идентифицировали как механизм эволюции. Однако за последние полвека возникли серьезные споры о том, вызваны ли эволюционные изменения на молекулярном уровне в значительной степени естественным отбором или случайным генетическим дрейфом. Неудивительно, что силы, которые вызывают эволюционные изменения в родословной нашего собственного вида, представляют особый интерес. Количественная оценка адаптивная эволюция в геноме человека дает представление о нашей собственной эволюционной истории и помогает решить эту проблему. дебаты нейтралистов и селекционистов. Выявление конкретных областей генома человека, которые демонстрируют доказательства адаптивной эволюции, помогает нам найти функционально значимые гены, включая гены, важные для здоровья человека, например, связанные с болезнями.

Методы

Методы, используемые для идентификации адаптивной эволюции, обычно разрабатываются для проверки нулевой гипотезы нейтральная эволюция, который, если его отвергнуть, свидетельствует об адаптивной эволюции. Эти тесты можно условно разделить на две категории.

Во-первых, есть методы, которые используют сравнительный подход для поиска свидетельств мутаций, изменяющих функцию. В dN / dS тест отношения скоростей оценивает ω, скорости, при которых несинонимный ('dN') и синоним ('dS') нуклеотидные замены происходят («синонимичные» нуклеотидные замены не приводят к изменению кодирующей аминокислоты, в то время как «несинонимичные» замены происходят). В этой модели нейтральная эволюция считается нулевая гипотеза, в котором dN и dS приблизительно уравновешиваются так, что ω ≈ 1. Два альтернативные гипотезы площадь относительное отсутствие несинонимичных замен (dN фитнес ('фитнес-эффект' или 'давление отбора ') таких мутаций отрицательно (очищающий отбор действует с течением времени; или относительное превышение несинонимичных замен (dN> dS; ω> 1), указывающих на положительный эффект на приспособленность, т.е. диверсифицирующий отбор (Ян и Белявский, 2000).

Тест Макдональда-Крейтмана (МК) позволяет количественно оценить степень адаптивной эволюции, оценивая долю несинонимичных замен, которые являются адаптивными, называемых α (Макдональд и Крейтман 1991, Эйр-Уокер 2006). α рассчитывается как: α = 1- (dspn / dnps), где dn и ds такие же, как указано выше, а pn и ps - количество несинонимичных (эффект пригодности считается нейтральным или вредным) и синонимичных (эффект пригодности считается нейтральным) соответственно полиморфизмов. (Эйр-Уокер, 2006).

Обратите внимание, что оба этих теста представлены здесь в основных формах, и эти тесты обычно значительно модифицируются для учета других факторов, таких как влияние слегка вредных мутаций.

В других методах обнаружения адаптивной эволюции используются общегеномные подходы, часто для поиска свидетельств выборочного сканирования. Свидетельство полного избирательного сканирования проявляется в уменьшении генетического разнообразия и может быть выведено из сравнения паттернов частотного спектра сайта (SFS, то есть частотного распределения аллелей), полученных с SFS, ожидаемым в рамках нейтральной модели (Willamson et al. 2007). Частичное избирательное сканирование обеспечивает свидетельство самой последней адаптивной эволюции, и методы идентифицируют адаптивную эволюцию путем поиска областей с высокой долей производных аллелей (Sabeti et al. 2006).

Изучение паттернов неравновесия по сцеплению (LD) может выявить признаки адаптивной эволюции (Hawks et al. 2007, Voight et al. 2006). Тесты LD работают по основному принципу, согласно которому при одинаковых скоростях рекомбинации LD будет расти с увеличением естественный отбор. Эти геномные методы также могут применяться для поиска адаптивной эволюции в некодирующей ДНК, где предположительно нейтральные сайты трудно идентифицировать (Ponting and Lunter 2006).

Другой недавний метод, используемый для обнаружения выбора в некодирующих последовательностях, исследует вставки и удаления (indels), а не точечные мутации (Lunter et al. 2006), хотя этот метод применялся только для изучения паттернов отрицательного отбора.

Объем адаптивной эволюции

Кодирующая ДНК

Во многих различных исследованиях предпринимались попытки количественно оценить степень адаптивной эволюции человеческий геном, подавляющее большинство использует сравнительные подходы, описанные выше. Несмотря на расхождения между исследованиями, в целом доказательств адаптивной эволюции белков относительно мало. кодирующая ДНК, с оценками адаптивной эволюции часто около 0% (см. Таблицу 1). Наиболее очевидным исключением из этого правила является оценка α на 35% (Fay et al. 2001). В этом сравнительно раннем исследовании использовалось относительно мало места (менее 200) за их оценку, а полиморфизм и использованные данные о дивергенции были получены от разных генов, оба из которых могли привести к завышению значения α. Следующей самой высокой оценкой является значение α в 20% (Zhang and Li 2005). Однако тест МК, использованный в этом исследовании, был достаточно слабым, поэтому авторы утверждают, что это значение α статистически не отличается от 0%. Nielsen et al. (2005a) оценка того, что 9,8% генов претерпели адаптивную эволюцию, также связана с большой погрешностью, и их оценка резко сокращается до 0,4%, когда они предусматривают, что степень уверенности в том, что адаптивная эволюция произошла, должна быть 95% и более.

Это поднимает важную проблему, заключающуюся в том, что многие из этих тестов адаптивной эволюции очень слабы. Следовательно, тот факт, что многие оценки находятся на уровне (или очень близком к нему) 0%, не исключает возникновения какой-либо адаптивной эволюции в геноме человека, а просто показывает, что положительный отбор недостаточно частый, чтобы его можно было обнаружить с помощью тестов. Фактически, в самом недавнем упомянутом исследовании говорится, что смешивающие переменные, такие как демографические изменения, означают, что истинное значение α может достигать 40% (Eyre-Walker and Keightley 2009). Другое недавнее исследование, в котором используется относительно надежная методология, оценивает α на уровне 10-20%. Boyko et al. (2008). Ясно, что дебаты по поводу степени адаптивной эволюции, происходящей в кодирующей ДНК человека, еще не решены.

Даже если низкие оценки α точны, небольшая часть адаптивно эволюционирующих замен все же может соответствовать значительному количеству кодирующей ДНК. Многие авторы, чьи исследования дают небольшие оценки степени адаптивной эволюции кодирующей ДНК, тем не менее признают, что в этой ДНК произошла некоторая адаптивная эволюция, поскольку эти исследования идентифицируют определенные области в геноме человека, которые эволюционируют адаптивно (например, Bakewell et al. др. (2007)). В ходе эволюции шимпанзе положительному отбору подверглось больше генов, чем у человека.

В целом низкие оценки адаптивной эволюции кодирующей ДНК человека можно противопоставить другим видам. Bakewell et al. (2007) нашли больше доказательств адаптивной эволюции у шимпанзе, чем у людей: 1,7% генов шимпанзе демонстрируют доказательства адаптивной эволюции (по сравнению с оценкой 1,1% для людей; см. Таблицу 1). Сравнивая людей с более отдаленно родственными животными, ранняя оценка α в Дрозофила видов составляло 45% (Smith and Eyre-Walker 2002), и более поздние оценки в значительной степени согласуются с этим (Eyre-Walker 2006). Бактерии и вирусы обычно демонстрируют еще больше доказательств адаптивной эволюции; исследования показывают, что значения α находятся в диапазоне 50-85%, в зависимости от исследованных видов (Eyre-Walker 2006). Как правило, существует положительная корреляция между (эффективными) численность населения вида и степени адаптивной эволюции, происходящей в кодирующих областях ДНК. Это может быть потому, что случайный генетический дрейф становится менее сильным при изменении частоты аллелей по сравнению с естественным отбором по мере увеличения численности популяции.

Некодирующая ДНК

Оценки степени адаптивной эволюции в некодирующая ДНК обычно очень низкие, хотя меньше исследований было проведено на некодирующей ДНК. Однако, как и в случае с кодирующей ДНК, используемые в настоящее время методы относительно слабые. Понтинг и Лантер (2006) предполагают, что недооценка может быть еще более серьезной для некодирующей ДНК, потому что некодирующая ДНК может претерпевать периоды функциональности (и адаптивной эволюции), за которыми следуют периоды нейтральности. Если это так, то современные методы обнаружения адаптивной эволюции неадекватны для учета таких закономерностей. Кроме того, даже если низкие оценки степени адаптивной эволюции верны, это все равно может приравниваться к большому количеству адаптивно развивающейся некодирующей ДНК, поскольку некодирующая ДНК составляет примерно 98% ДНК в геноме человека. Например, Понтинг и Лантер (2006) обнаруживают скромные 0,03% некодирующей ДНК, свидетельствующие об адаптивной эволюции, но это все равно составляет примерно 1 МБ адаптивно развивающейся ДНК. Там, где есть доказательства адаптивной эволюции (которая подразумевает функциональность) в некодирующей ДНК, обычно считается, что эти области участвуют в регуляции последовательностей, кодирующих белок.

Как и в случае с людьми, меньше исследований посвящено поиску адаптивной эволюции в некодирующих областях других организмов. Однако там, где проводились исследования на дрозофиле, оказалось, что существует большое количество адаптивно развивающейся некодирующей ДНК. Андольфатто (2005) подсчитал, что адаптивная эволюция произошла в 60% нетранслируемых зрелых частей мРНК и в 20% интронных и межгенных областей. Если это правда, это будет означать, что большая часть некодирующей ДНК может иметь большее функциональное значение, чем кодирующая ДНК, что резко изменит консенсусное мнение. Однако это все равно оставит без ответа, какую функцию выполняет вся эта некодирующая ДНК, поскольку наблюдаемая до сих пор регуляторная активность составляет лишь крошечную долю от общего количества некодирующей ДНК. В конечном итоге необходимо собрать значительно больше доказательств, чтобы подтвердить эту точку зрения.

Различия между человеческими популяциями

В нескольких недавних исследованиях сравнивалась степень адаптивной эволюции, происходящая между различными популяциями внутри человеческого вида. Williamson et al. (2007) нашли больше доказательств адаптивной эволюции в популяциях Европы и Азии, чем в популяциях афроамериканцев. Если предположить, что афроамериканцы являются представителями африканцев, эти результаты имеют интуитивный смысл, потому что люди распространились из Африки примерно 50 000 лет назад (согласно консенсусной гипотезе происхождения человека за пределами Африки (Klein 2009)), и эти люди адаптировались к новой среде, с которой они столкнулись. Напротив, африканские популяции оставались в аналогичной среде в течение следующих десятков тысяч лет и, следовательно, были, вероятно, ближе к своему пику адаптации к окружающей среде. Однако Войт и др. (2006) нашли доказательства более адаптивной эволюции у африканцев, чем у неафриканцев (исследованы восточноазиатские и европейские популяции), а Boyko et al. (2008) не обнаружили значительных различий в степени адаптивной эволюции, происходящей между разными человеческими популяциями. Следовательно, полученные до сих пор доказательства неубедительны в отношении того, в какой степени различные человеческие популяции претерпели разную степень адаптивной эволюции.

Скорость адаптивной эволюции

Скорость адаптивной эволюции в геноме человека часто считалась постоянной во времени. Например, оценка 35% для α, рассчитанная Fay et al. (2001) привели их к выводу, что в человеческой линии происходила одна адаптивная замена каждые 200 лет с момента расхождения человека с обезьяны старого мира. Однако даже если исходное значение α является точным для определенного периода времени, эта экстраполяция все равно недействительна. Это связано с тем, что за последние 40 000 лет произошло большое увеличение количества позитивных селекций в человеческом родословном с точки зрения количества генов, претерпевших адаптивную эволюцию (Hawks et al. 2007). Это согласуется с простыми теоретическими предсказаниями, потому что размер человеческой популяции резко увеличился за последние 40 000 лет, и с увеличением количества людей должно быть больше адаптивных замен. Hawks et al. (2007) утверждают, что демографические изменения (особенно рост популяции) могут значительно облегчить адаптивную эволюцию, аргумент, который отчасти подтверждает положительную корреляцию, предполагаемую между размером популяции и количеством происходящей адаптивной эволюции, упомянутой ранее.

Было высказано предположение, что культурная эволюция могла заменить генетическую эволюцию и, следовательно, замедлила скорость адаптивной эволюции за последние 10 000 лет. Однако не исключено, что культурная эволюция на самом деле может увеличить генетическую адаптацию. Культурная эволюция значительно расширила общение и контакты между различными популяциями, и это дает гораздо большие возможности для генетического смешения между разными популяциями (Hawks et al. 2007). Однако недавние культурные явления, такие как современная медицина и меньшие различия в размерах современных семей, могут снизить генетическую адаптацию, поскольку естественный отбор ослаблен, перекрывая возросший потенциал адаптации из-за большего генетического смешения.

Сила положительного отбора

Обычно в исследованиях не делается попыток количественно оценить среднюю силу селекционного размножения полезных мутаций в геноме человека. Многие модели делают предположения о том, насколько сильным является отбор, и некоторые расхождения между оценками масштабов адаптивной эволюции объясняются использованием таких различных предположений (Eyre-Walker 2006). Способ точно оценить среднюю силу положительного отбора, действующего на геном человека, - это сделать вывод о распределении эффектов приспособленности (DFE) новых полезных мутаций в геноме человека, но этот DFE трудно сделать вывод, поскольку новые полезные мутации очень редки. (Бойко и др., 2008). DFE может иметь экспоненциальную форму в адаптированной популяции (Eyre-Walker and Keightley, 2007). Однако необходимы дополнительные исследования для получения более точных оценок средней силы положительного отбора у людей, что, в свою очередь, улучшит оценки степени адаптивной эволюции, происходящей в геноме человека (Boyko et al. 2008).

Области генома, демонстрирующие признаки адаптивной эволюции

В значительном количестве исследований использовались геномные методы для идентификации конкретных генов человека, свидетельствующих об адаптивной эволюции. В таблице 2 приведены избранные примеры таких генов для каждого обсуждаемого типа генов, но далеко не исчерпывающий список генов человека, свидетельствующих об адаптивной эволюции. Ниже перечислены некоторые типы генов, которые демонстрируют убедительные доказательства адаптивной эволюции в геноме человека.

• Гены болезней

Bakewell et al. (2007) обнаружили, что относительно большая часть (9,7%) позитивно выбранных генов связана с заболеваниями. Это может быть связано с тем, что болезни могут быть адаптивными в некоторых контекстах. Например, шизофрения связана с повышением творческих способностей (Crespi et al. 2007), что, возможно, является полезным признаком получения пищи или привлечения партнеров в Палеолит раз. В качестве альтернативы, адаптивные мутации могут быть теми, которые снижают вероятность заболевания, возникающего из-за других мутаций. Однако это второе объяснение кажется маловероятным, потому что частота мутаций в геноме человека довольно низкая, поэтому отбор будет относительно слабым.

• Иммунные гены

417 генов, вовлеченных в иммунную систему, продемонстрировали убедительные доказательства адаптивной эволюции в исследовании Nielsen et al. (2005a). Вероятно, это связано с тем, что иммунные гены могут участвовать в эволюционная гонка вооружений с бактериями и вирусами (Догерти и Малик 2012; Ван дер Ли и др. 2017). Эти патогены очень быстро эволюционируют, поэтому давление отбора быстро меняется, давая больше возможностей для адаптивной эволюции.

• Гены семенников

247 генов в семенниках продемонстрировали доказательства адаптивной эволюции в исследовании Nielsen et al. (2005a). Частично это могло быть связано с половым антагонизмом. Соревнование между мужчинами и женщинами может способствовать гонке вооружений адаптивной эволюции. Однако в этой ситуации можно было бы ожидать найти доказательства адаптивной эволюции и женских половых органов, но доказательств этого меньше. Конкуренция спермы другое возможное объяснение. Конкуренция между сперматозоидами сильна, и сперма может улучшить свои шансы на оплодотворение женской яйцеклетки множеством способов, включая увеличение их скорости, выносливости или реакции на хемоаттрактанты (Swanson and Vacquier 2002).

• Обонятельные гены

Гены, участвующие в обнаружении запаха, демонстрируют убедительные доказательства адаптивной эволюции (Войт и др., 2006), вероятно, из-за того, что запахи, с которыми сталкиваются люди, недавно изменились в их эволюционной истории (Уильямсон и др. 2007). Обоняние людей играет важную роль в определении безопасности источников пищи.

• Гены питания

Гены, участвующие в метаболизме лактозы, демонстрируют особенно убедительные доказательства адаптивной эволюции среди генов, участвующих в питании. Мутация, связанная с стойкость лактазы демонстрирует очень убедительные доказательства адаптивной эволюции европейских и американских популяций (Williamson et al. 2007), популяций, где пастбищное разведение молока было исторически важным.

• Гены пигментации

Гены пигментации демонстрируют особенно убедительные доказательства адаптивной эволюции в неафриканских популяциях (Williamson et al. 2007). Вероятно, это связано с тем, что те люди, которые покинули Африку примерно 50 000 лет назад, попали в менее солнечный климат, и поэтому оказались под новым давлением отбора, чтобы получить достаточное количество витамина D из ослабленного солнечного света.

• Гены мозга?

Есть некоторые свидетельства адаптивной эволюции генов, связанных с развитием мозга, но некоторые из этих генов часто связаны с заболеваниями, например микроцефалия (см. Таблицу 2). Тем не менее, существует особый интерес к поискам адаптивной эволюции генов мозга, несмотря на этические проблемы, связанные с такими исследованиями. Если бы в генах мозга одной человеческой популяции была обнаружена более адаптивная эволюция, чем в другой, то эту информацию можно было бы интерпретировать как проявление большего интеллекта в более адаптивно развитой популяции.

• Другой

Другие типы генов, демонстрирующие значительные доказательства адаптивной эволюции (но, как правило, меньше доказательств, чем обсуждаемые типы), включают: гены на Х хромосома, гены нервной системы, гены, участвующие в апоптоз, гены, кодирующие особенности скелета, и, возможно, гены, связанные с речью (Nielsen et al. 2005a, Williamson et al. 2007, Voight et al. 2006, Krause et al. 2007).

Трудности выявления положительного отбора

Как отмечалось ранее, многие из тестов, используемых для обнаружения адаптивной эволюции, имеют очень большую степень неопределенности в своих оценках. Несмотря на то, что существует множество различных модификаций, применяемых к отдельным тестам для преодоления связанных с ними проблем, два типа смешанных переменных особенно важны, препятствуя точному обнаружению адаптивной эволюции: демографические изменения и предвзятая конверсия генов.

Демографические изменения представляют особую проблему и могут серьезно исказить оценки адаптивной эволюции. Человеческое происхождение претерпело как быстрое сокращение численности, так и расширение популяции на протяжении своей эволюционной истории, и эти события изменят многие признаки, которые, как считается, являются характерными для адаптивной эволюции (Nielsen et al. 2007). Моделирование показало, что некоторые геномные методы относительно устойчивы к демографическим изменениям (например, Willamson et al. 2007). Однако никакие тесты не являются полностью устойчивыми к демографическим изменениям, и недавно были обнаружены новые генетические явления, связанные с демографическими изменениями. Сюда входит концепция «серфинговых мутаций», когда новые мутации могут распространяться с увеличением популяции (Klopfstein et al. 2006).

Феномен, который может серьезно изменить то, как мы ищем признаки адаптивной эволюции, - это предвзятая конверсия гена (BGC) (Галтье и Дюре, 2007). Мейотическая рекомбинация между гомологичные хромосомы которые являются гетерозиготными в определенном локусе, могут вызывать несоответствие ДНК. Ремонт ДНК механизмы смещены в сторону исправления несоответствия паре оснований CG. Это приведет к изменению частот аллелей, оставляя след не нейтральной эволюции (Galtier et al. 2001). Избыток мутаций от AT к GC в человеческих геномных областях с высокими скоростями замены (человеческие ускоренные области, HARs) означает, что BGC часто встречается в геноме человека (Pollard et al. 2006, Galtier and Duret 2007). Первоначально предполагалось, что BGC мог быть адаптивным (Galtier et al. 2001), но более поздние наблюдения сделали это маловероятным. Во-первых, некоторые HAR не демонстрируют существенных признаков избирательного обхода вокруг них. Во-вторых, HARs имеют тенденцию присутствовать в регионах с высокими скоростями рекомбинации (Pollard et al. 2006). Фактически, BGC может приводить к HAR, содержащим высокую частоту вредоносных мутаций (Galtier and Duret 2007). Однако маловероятно, что HAR в целом являются дезадаптивными, потому что сами механизмы репарации ДНК будут подвергаться строгому отбору, если они будут распространять вредные мутации. В любом случае, BGC требует дальнейшего изучения, поскольку он может вызвать радикальное изменение методов проверки наличия адаптивной эволюции.

Таблица 1: Оценки степени адаптивной эволюции в геноме человека

(формат таблицы и некоторые данные отображаются как в таблице 1 Eyre-Walker (2006))

Таблица 2: Примеры человеческих генов, свидетельствующие об адаптивной эволюции

Смотрите также

• Приспособление
• Адаптивное излучение
• Коадаптация
• Нейтральная теория молекулярной эволюции

Рекомендации

• Андольфатто П. (2005), Адаптивная эволюция некодирующей ДНК у дрозофилы, Nature, Vol. 437 с. 1149–1152
• Бейкуэлл М., Ши П. и Чжан Дж. (2007), Больше генов подверглось положительному отбору в эволюции шимпанзе, чем в эволюции человека, Proc. Natl. Акад. Sci. США, Vol. 104 с. 7489–7494
• Бойко, А.Р., Уильямсон, С.Х., Индап, А.Р., Дегенхард, Дж. Д., Эрнандес, Р. Д., Ломюллер, К. Э., Адамс, М. Д., Шмидт, С., Снински, Дж. Дж., Сюняев, С. Р., Уайт, Т. Дж., Нильсен, Р., Кларк, А.Г., и Бустаманте, компакт-диск (2008), Оценка эволюционного влияния аминокислотных мутаций в геноме человека, PLoS Genetics, Vol. 4 стр. 1–13
• Бустаманте, К., Фледель-Алон, А., Уильямсон, С., Нильсен, Р., Хубиш, М. Т., Глановски, С., Тененбаум, Д. М., Уайт, Т. Дж., Снински, Д. Дж., Эрнандес, Р. Д., Чивелло, Д. ., Адамс, М.Д., Каргилл, М., и Кларк, А.Г. (2005), Естественный отбор генов, кодирующих белок, в геноме человека, Nature, Vol. 437 с. 1153–1156.
• Консорциум по секвенированию и анализу шимпанзе (2005 г.), Исходная последовательность генома шимпанзе и сравнение с геномом человека, Nature, Vol. 437 с. 69–87.
• Креспи Б., Саммерс К., Дорус С. (2007), Адаптивная эволюция генов, лежащих в основе шизофрении, Труды Королевского общества B, Vol. 274 с. 2801–2810
• Догерти, доктор медицины, и Малик, Х.С. (2012), Rules of Engagement: Molecular Insights from Host-Virus Arms Arms Race, Annual Review of Genetics, Vol. 46 с. 677–700
• Эйр-Уокер, А. (2006), Скорость адаптивной эволюции генома, Тенденции в экологии и эволюции, Vol. 21 с. 569–575
• Эйр-Уокер, А., Кейтли, П.Д. (2009), Оценка скорости адаптивной молекулярной эволюции в присутствии слегка вредных мутаций и изменения размера популяции, Molecular Biology and Evolution, Vol. 26 с. 2097–2108
• Эйр-Уокер, А., Кейтли, П.Д. (2007), Распределение эффектов приспособляемости новых мутаций, Nature Reviews Genetics, Vol. 8 стр. 610–618
• Фэй, Дж. К., Вайкофф, Дж. Дж., И Ву, К. (2001), Положительный и отрицательный отбор в геноме человека, Генетика, т. 158 с. 1227–1234
• Галтье, Н., и Дюре, Л. (2007), Адаптация или смещение гена преобразования? Расширение нулевой гипотезы молекулярной эволюции, Trends in Genetics, Vol. 23 с. 273–277.
• Galtier, N., Piganeau, G., Mouchiroud, D., and Duret, L. (2001), Эволюция GC-содержания в геномах млекопитающих: гипотеза смещенной конверсии генов, Genetics, Vol. 159 с. 907–911.
• Хокс, Дж., Ван, Э. Т., Кокран, Г. М., Харпендинг, Х. К., и Мойзсис, Р. К. (2007), Недавнее ускорение адаптивной эволюции человека, Proc. Natl. Акад. Sci. США, Vol. 104 с. 20753–20758
• Кейтли П.Д., Леркер М.Дж., Эйр-Уокер А. (2005), Доказательства широко распространенной деградации областей контроля генов в геномах гоминидов, PloS Biology, Vol. 282-288
• Кляйн, Р. (2009), Дарвин и недавнее африканское происхождение современного человека, Proc. Natl. Акад. Sci. США, Vol. 106 с. 16007–16009
• Клопфштейн, С., Куррат, М., Экскоффье, Л. (2006), Судьба мутаций, перемещающихся на волне расширения диапазона, Молекулярная биология и эволюция, Vol. 23 с. 482–490
• Краузе, Дж., Лалуэза-Фокс, К., Орландо, Л., Энард, В., Грин, Р. Э., Бурбано, Х.А., Хаблин, Дж., Ханни, К., Фортеа, Дж., Де ла Расилья, М. ., Бертранпетит, Дж., Росас, А., и Паабо С. (2007), Производный вариант FOXp2 современного человека использовался совместно с неандертальцами, Current Biology, Vol. 17 с. 1908–1912
• Лантер, Г., Понтинг, К., Хайн, Дж. (2006), Полногеномная идентификация функциональной ДНК человека с использованием нейтральной модели indel, PLoS Computational Biology, Vol. 2 стр. 2–12
• Макдональд Дж. Х. и Крейтман М. (1991), Адаптивная эволюция белка в локусе Adh у Drosophila, Nature, Vol. 351 с. 652–654
• Мекель-Бобров, Н., Гилберт, С.Л., Эванс, П.Д., Валлендер, Э.Дж., Андерсон, Дж.Р., Хадсон, Р.Р., Тишкофф, С.А., Лан, Б.Т. (2009), Продолжающаяся адаптивная эволюция ASPM, детерминанты размера мозга у Homo sapiens, Science, Vol. 209 с. 1720–1722
• Нильсен, Р., Бустаманте, К., Кларк, А.Г., Гланоски, С., Сактон, Т.Б., Хубиш, М.Дж., Фледель-Алон, А., Таненбаум, Д.М., Чивелло, Д., Уайт, Т.Дж., Снински, Дж.Дж. , Адамс, доктор медицины, Каргилл, М. (2005a), Сканирование позитивно выбранных генов в геномах человека и шимпанзе, PloS Biology, Vol. 3 с. 976–985
• Нильсен, Р., Уильямсон, С., и Ким, Ю., Хубиш, М.Дж., Кларк, А.Г., и Бустаманте, К. (2005b), Геномное сканирование для выборочного сканирования с использованием данных SNP, Genome Research, Vol. 15 с. 1566–1575
• Нильсен, Р., Хеллманн, И., Хубиш, М., Бустаманте, К., и Кларк, А.Г. (2007), Недавний и продолжающийся отбор в геноме человека, Nature Reviews Genetics, Vol. 8 стр. 857–868
• Поллард, К.С., Салама, С.Р., Кингз, Б., Керн, А.Д., Дрессер, Т., Кацман, С., Зипель, А., Педерсен, Дж. С., Бежерано, Г., Бэртч, Р., Розенблум, К. Р., Кент Дж. И Хаусслер Д. (2006), Силы, формирующие наиболее быстро развивающиеся области человеческого генома, PLoS Genetics, Vol. 2 стр. 1599–1611
• Понтинг К.П. и Лантер Г. (2006), Сигнатуры адаптивной эволюции в некодирующей последовательности человека, Human Molecular Genetics, Vol. 15 с. 170–175
• Сабети П.С., Шаффнер С.Ф., Фрай Б., Ломюллер Дж., Варилли П., Шамовский О., Пальма А., Миккельсен Т.С., Альтшулер Д. и Ландер Э.С. (2006), Позитивный естественный отбор по линии человеческого происхождения, Наука, Том. 312 с. 1614–1620
• Сузуки Ю. и Годжобори Т. (1999), Метод обнаружения положительной селекции по отдельным аминокислотным сайтам, Молекулярная биология и эволюция, Vol. 16 с. 1315–1328
• Суонсон, В.Дж., Вакье, В.Д. (2002), Быстрая эволюция репродуктивных белков, Nature Reviews Genetics, Vol. 3 стр. 137–144
• Ван дер Ли, Р., Виль, Л., Ван Дам, Т.Дж.П., и Хуйнен, М.А. (2017), Обнаружение положительного отбора в масштабе генома у девяти приматов предсказывает эволюционные конфликты между человеком и вирусом, Исследование нуклеиновых кислот, gkx704
• Войт, Б.Ф., Кударавалли, С., Вэнь, X. и Причард Дж. К. (2006), Карта недавнего положительного отбора в геноме человека, PLoS Biology, Vol. 4 с. 446–458
• Уильямсон, С.Х., Хубиш, М.Дж., Кларк, А.Г., Пейсер, Б.А., Бустаманте, К.Д., и Нильсен, Р. (2007), Локализация недавней адаптивной эволюции в геноме человека, PLoS Genetics, Vol. 3 с. 901–915
• Янг З., Белявски Дж. П. (2000), Статистические методы обнаружения молекулярной эволюции, Тенденции в экологии и эволюции, Vol. 15 с. 496–503
• Чжан Л. и Ли В. (2005), Человеческие SNP не обнаруживают доказательств частого положительного отбора, Молекулярная биология и эволюция, Vol. 22 с. 2504–2507