BEND2 (белок) - BEND2 (protein)

BEND2
Идентификаторы
Псевдонимы
Внешние идентификаторыГенные карты: [1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

н / д

н / д

RefSeq (белок)

н / д

н / д

Расположение (UCSC)н / дн / д
PubMed поискн / дн / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

BEND2 это белок что у людей кодируется BEND2 ген.[1] Он также встречается в других позвоночные, включая млекопитающих, птиц и рептилий.[1] Выражение BEND2 в Homo sapiens регулируется и происходит на высоком уровне в ткани скелетных мышц мужчин яичко и в Костный мозг.[2][3][4] Присутствие доменов BEN в белке BEND2 указывает на то, что этот белок может участвовать в модификация хроматина и регулирование.[5]

Ген

Общие псевдонимы

BEND2 обозначает домен BEN, содержащий 2, также известный как CXorf20 (HGNC ID: 28509 ).[1][6][7]

Локус и размер

Локус для BEND2 находится на минусовой цепи Х хромосома на Xp22.13. Длина гена составляет примерно 58 килобаз.[1]

мРНК

Снимок экрана страницы NCBI Gene для BEND2, показывающий альтернативный сплайсинг транскрипта мРНК BEND2.[8] Показаны как экзоны (темные прямоугольники), так и интроны.

Альтернативная сварка

BEND2 содержит 14 экзоны которые проходят альтернативное сращивание создать пять вариантов транскрипции, которые варьируются от 4720 пары оснований (п.н.) до 2144 п.н. в зрелой мРНК.[1][7][3] Самый длинный и наиболее полный транскрипт гена, вариант 1, кодирует изоформу 1 белка BEND2 (NP_699177.2).[1]

5 'и 3'UTR

В непереведенные регионы (UTR) по бокам кодирующая последовательность BEND2 на 5 'и 3' конце зрелой молекулы мРНК содержат сайты для РНК-связывающих белков, включая RBMX, pum2, и EIF4B а также микроРНК участок связывания. В 5'UTR также содержит восходящий в кадре стоп-кодон и 3'UTR содержит полиаденилирование сигнальная последовательность.

Белок (изоформа 1)

Аннотированное изображение третичной и вторичной структуры BEND2 на основе прогноза I-TASSER.[9]

Молекулярный вес и внутренний состав

Предсказанный молекулярный вес составляет 87,9 кДал.[10][11]

Предсказанный изоэлектрическая точка pH 5,07.[12]

Внутренний состав обогащен на серин остатки.[10]

Изоформы

Соответствуя пяти альтернативным транскриптам BEND2, белок, кодируемый этим геном, находится в двух изоформы (1 и 2), а также три предсказанные структуры (X1, X2 и X3). Эти изоформы варьируются от 813 до 645. аминокислоты в длину.[1] Изоформа 1 имеет длину 799 аминокислот.[13]

Субклеточное расположение

Наличие сигналы ядерной локализации в аминокислотной последовательности или первичная структура белка BEND2 приводит к предсказанию субклеточная локализация в ядре.[14] Сигнал pat7 [(P-X (1-3) - (3-4K / R)] и ядерный двудольный сигнал обнаруживаются вблизи N-конца белка.[14][15]

Посттрансляционные модификации BEND2. Серые ромбы указывают на гликирование, а красные ромбы показывают сайты СУМОляции. Сайты ацетилирования N-конца и SUMO-взаимодействий отмечены в передней части белка. Два сигнала ядерной локализации в одном и том же месте рядом с областью неизвестной функции (Unk).

Структура

В вторичная структура для BEND2 неясно, в частности на N-конец, что плохо консервированный между ортологами. В C-конец содержит два домена BEN, которые, как предполагается, образуют серию альфа спирали.[1][5]

Посттрансляционные модификации

Исходя из своей первичной структуры, BEND2, по прогнозам, подвергнется Ацетилирование N-конца, гликирование из нескольких остатков лизина, СУМОЛЯЦИЯ, SUMO-взаимодействие на N-конце, S-пальмитоилирование, и обширный фосфорилирование.[16]

Взаимодействующие белки

BEND2, как обнаружено, взаимодействует со следующими белками посредством экспериментальных дрожжевые двугибридные сита или же анализировать.

Тип экспериментаПротеинФункция белкаСопутствующие заболевания
Двухгибридный экранАтаксин 1 (ATXN1 )[17]Фактор связывания хроматина; Метаболизм РНКСпиноцеребеллярная атаксия 1 / спиноцеребеллярная дегенерация
Двухгибридный экранФактор сплайсинга 3А субъединица 2 (SF3A2 )[18]Активация U2 snRNP; белок, связывающий микротрубочки
Двухгибридный экранLIM Homeobox 2 (LHX2 )[18]Регулятор транскрипции для дифференциация клеток; последовательное связывание ДНКШизэнцефалия
Двухгибридный экранProline Rich 20D (PRR20D)[18]Неизвестная функция
Pull down анализБелок-предшественник амиолида (ПРИЛОЖЕНИЕ )[19]Рецептор клеточной поверхности в нейронах; расколот на форму активаторы транскрипцииЦеребральная амилоидная ангиопатия; Болезнь Альцгеймера
BEN домены двух нечувствительных белков D. melanogaster с их участком-мишенью ДНК.[9]

BEN Домены (функция белка)

BEND2 имеет два домена BEN на своем С-конце.[1] BEN домены находятся в разнообразных белках и, как предполагается, важны для ремоделирование хроматина а также для набора модифицирующих хроматин факторов, используемых в процессе транскрипционная регуляция экспрессии генов.[5] По прогнозам, доменов BEN сформируется четыре альфа спирали которые позволяют этому домену взаимодействовать со своей ДНК-мишенью.[5][20]

Dai et al. 2013 показал, что Drosophila melanogaster Ген нечувствительности (Insv) и соответствующий белок не имеют доменов с известной химической функцией, но содержат единственный домен BEN. Они проиллюстрировали активность белка Insv в регуляции транскрипции генов и получили кристаллическую структуру двух доменов Insv BEN, взаимодействующих с целевым сайтом их ДНК.[20]

Выражение

Профиль NCBI GEO GDS3113 / 227904, показывающий данные тканевой экспрессии для BEND2.

Паттерн экспрессии ткани

Экспрессия гена BEND2 регулируется, и поэтому он не экспрессируется повсеместно в организме человека. Высокая экспрессия наблюдается в семенниках и костном мозге.[21] Профиль NCBI EST для этого гена показывает экспрессию только в яичках и мышцах.[22]

Транскрипционная регуляция экспрессии

Промотор, регулирующий экспрессию BEND2 (GXP_2567556), имеет длину 1255 пар оснований и расположен непосредственно перед геном BEND2. Он регулирует транскрипцию всех пяти вариантов транскрипции BEND2.[23] Программа Genomatix MatInspector предсказала 418 сайтов связывания факторов транскрипции в промоторе BEND2, в том числе для SRY, нейрогенин, регуляторный фактор интерферона-3 (IRF-3), Икарос2, и TCF / LEF-1.

Гомология

Паралоги

Белок BEND2 не имеет известных паралогов в геноме человека.[24]

BEN-домен, содержащий семейство генов

Ген BEND2 принадлежит к семейству человеческих генов, известных как «BEN-домен, содержащий». Это включает в себя БАНП (BEND1), BEND3, BEND4, BEND5, BEND6, BEND7, NACC1 (BEND8) и NACC2 (BEND9). Локусы этих генов разбросаны по всему геному человека.[25] Каждый из этих генов содержит от одного до четырех доменов BEN. За исключением этих мотивов, гены семейства BEN не имеют сходных последовательностей.

Ортологи

Ген BEND2 сохраняется в течение эволюционного времени, поскольку он известен 114 раз. ортологи у широкого круга видов позвоночных, включая млекопитающие, птицы, крокодилы, и амфибии.[26] Белок BEND2 имеет 42 известных ортологи.[27] В C-конец белка, расположение его доменов BEN высоко консервативно; Тем не менее N-конец плохо сохраняется, даже в порядке Приматы.

Род / видРаспространенное имяЗаказДата отклонения от Х. сапиенс (моя)Регистрационный номерДлина последовательностиИдентичность всей последовательности C-конец идентичности
Homo sapiensЧеловекПриматы0NP_699177.27991.0001.000
Pongo abeliiОрангутангПриматы15.76--7840.9210.854
Макака неместринаЮжно-хвостатая макакаПриматы29.44XP_011733709.18230.6940.828
Vicugna pacosАльпакаПарнокопытные96XP_015106214.17400.4330.512
Ceratotherium simum simumБелый носорогПериссодактиля96XP_014646569.18640.4120.527
Loxodonta africanaАфриканский слонХоботок105XP_010594135.18290.3820.489
Обыкновенная волчанкаСобакаХищник96XP_013967473.19000.3620.445
Ailuropoda melanoleucaГигантская панадаХищник96XP_019665441.18520.3530.460
Ринолофус синусовыйКитайская подковообразная летучая мышьРукокрылые96XP_019610944.18080.3450.459
Dasypus novemcinctusДевятиполосный броненосецCingulata105XP_012377569.18860.3420.500
Trichechus manatus latirostrisЛамантинСирения105XP_012412857.19500.3350.475
Chrysochloris asiaticaМыс золотой кротАфросорицида105XP_006835746.16830.3300.443
Oryctolagus cuniculusЕвропейский кроликЗайцеобразные90XP_017205124.18110.3050.438
Monodelphis domesticaСерый короткохвостый опоссумДидельфиморфия159XP_007500895.17280.3030.443
Орниторинхус анатинусУтконосМонотремата177XP_007668655.17150.3020.429
Gavialis gangeticusКрокодил-рыбоядныйКрокодилы312XP_019380828.16970.3090.458
Chelonia mydasЗеленая морская черепахаTestudines312XP_007070584.17490.2970.453
Apteryx australis mantelliКоричневый киви Северного островаApterygiformes312XP_013807123.16470.2950.444
Columba LiviaГолубьКолумбообразные312XP_005509980.16680.2870.442
Pygoscelis adeliaeПингвин АделиSphenisciformes312XP_009323754.16570.2820.458
Nanorana parkeriТибетская лягушкаАнура352XP_018417228.15860.2600.376

Функция

BEND2, по прогнозам, будет ДНК-связывающий белок из-за присутствия доменов BEN на его C-конце, гипотеза подтверждается его локализацией на ядро, факторы транскрипции, обнаруженные в его промоутер регион и природа белков, с которыми он взаимодействует. Хотя точная функция белка BEND2 еще не изучена научным сообществом, домены BEN оказались важными. регуляторы транскрипции.[20]

Клиническое значение

Заболевания, связанные с BEND2, связаны с Центральная нервная система хотя экспрессия гена в этих тканях не наблюдается в высокой степени.

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я "BEND2 BEN домен, содержащий 2 [Homo sapiens (человека)] - ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-03.
  2. ^ [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: BEND2, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-03.
  3. ^ а б "Генатлас лист". genatlas.medecine.univ-paris5.fr. Получено 2017-02-03.
  4. ^ "Домен BEN, содержащий 2 (BEND2)". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-03.
  5. ^ а б c d EMBL-EBI, ИнтерПро. "Домен BEN (IPR018379) . www.ebi.ac.uk. Получено 2017-02-03.
  6. ^ "Отчет по символам BEND2 | Комитет по номенклатуре генов HUGO". www.genenames.org. Получено 2017-02-03.
  7. ^ а б База данных, генокарты Human Gene. "Ген BEND2 - Генные карты | Белок BEND2 | Антитело BEND2". www.genecards.org. Получено 2017-02-03.
  8. ^ "BEND2 BEN домен, содержащий 2 [Homo sapiens (человека)] - ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-21.
  9. ^ а б Рой А., Кучукурал А., Чжан И. (апрель 2010 г.). «I-TASSER: единая платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков». Протоколы природы. 5 (4): 725–38. Дои:10.1038 / nprot.2010.5. ЧВК  2849174. PMID  20360767.
  10. ^ а б «Статистический анализ белковой последовательности (SAPS)». SDSC Biology Workbench - Инструменты для работы с белками. Получено 4 апреля 2017.
  11. ^ «ААстатс». SDSC Biology Workbench - Инструменты для работы с белками. Получено 4 апреля 2017.
  12. ^ "ЧИСЛО ПИ". SDSC Biology Workbench - Инструменты для работы с белками. Получено 4 апреля 2017.
  13. ^ "Изоформа 1 белка, содержащего домен BEN 2 [Homo sapiens] - Белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-03.
  14. ^ а б "PSORT: предсказание субклеточной локализации белка тоже". GenScript. 24 ноября 1999 г.
  15. ^ Boisvert M, Bouchard-Lévesque V, Fernandes S, Tijssen P (октябрь 2014 г.). «Классические сигналы ядерной локализации и новый мотив ядерной локализации необходимы для ядерного транспорта капсидных белков парвовируса свиней». Журнал вирусологии. 88 (20): 11748–59. Дои:10.1128 / JVI.01717-14. ЧВК  4178750. PMID  25078698.
  16. ^ «NetAcet, NetPhos, GPS, GPS-липиды, GPS-СУМОляция и NetGlycate». EXPASY.
  17. ^ Лим Дж., Хао Т., Шоу К., Патель А.Дж., Сабо Дж., Руаль Дж. Ф. и др. (Май 2006 г.). «Сеть межбелкового взаимодействия для унаследованных атаксий человека и нарушений дегенерации клеток Пуркинье». Клетка. 125 (4): 801–14. Дои:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID  16713569. S2CID  13709685.
  18. ^ а б c «IntAct - поиск BEND2». EMBL-EBI. Получено 19 апреля 2017.
  19. ^ Oláh J, Vincze O, Virók D, Simon D, Bozsó Z, Tõkési N, et al. (Сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических характерных белков: белок / p25, способствующий полимеризации тубулина, бета-амилоид и альфа-синуклеин». Журнал биологической химии. 286 (39): 34088–100. Дои:10.1074 / jbc.M111.243907. ЧВК  3190826. PMID  21832049.
  20. ^ а б c Дай Кью, Рен А., Вестхольм Дж.О., Серганов А.А., Патель Д.Д., Лай Э.С. (март 2013 г.). «Домен BEN представляет собой новый ДНК-связывающий домен, специфичный для последовательности, консервативный в репрессорах нервной транскрипции». Гены и развитие. 27 (6): 602–14. Дои:10.1101 / gad.213314.113. ЧВК  3613608. PMID  23468431.
  21. ^ "GDS3113 / 227904". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-04-25.
  22. ^ Национальный центр биотехнологической информации. «Профиль EST - Hs.403802». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-04-25.
  23. ^ «Эльдорадо: аннотации и анализ». Геноматикс. 2017.
  24. ^ «Геном человека, поиск белка изоформы 1 BEND2». BLAT.
  25. ^ «Домен BEN, содержащий (BEND) семейство генов | Комитет по номенклатуре генов HUGO». www.genenames.org. Получено 2017-02-21.
  26. ^ «Домен BEN, содержащий 2 (BEND2), вариант транскрипта 1, mR - нуклеотид - NCBI» человека (Homo sapiens). www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-21.
  27. ^ «Ген: BEND2 (ENSG00000177324) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 87». useast.ensembl.org. Получено 2017-02-21.
  28. ^ Редакционная коллегия PDQ по педиатрическому лечению (01.01.2002). «Геномика детского рака (PDQ®): версия для специалистов в области здравоохранения». Информационные сводки PDQ по раку. Bethesda (MD): Национальный институт рака (США). PMID  27466641.
  29. ^ Штурм Д., Орр Б.А., Топрак У.Х., Ховестадт В., Джонс Д.Т., Каппер Д. и др. (Февраль 2016). «Новые опухолевые образования головного мозга возникают в результате молекулярной классификации CNS-PNET». Клетка. 164 (5): 1060–1072. Дои:10.1016 / j.cell.2016.01.015. ЧВК  5139621. PMID  26919435.
  30. ^ Фукумура К., Кавадзу М., Кодзима С., Уэно Т., Сай Э., Сода М. и др. (Июнь 2016). «Геномная характеристика первичной лимфомы центральной нервной системы». Acta Neuropathologica. 131 (6): 865–75. Дои:10.1007 / s00401-016-1536-2. PMID  26757737. S2CID  928277.
  31. ^ Bahi-Buisson N, Girard B., Gautier A, Nectoux J, Fichou Y, Saillour Y, et al. (Январь 2010 г.). «Эпилептическая энцефалопатия у девочки с интерстициальной делецией Xp22, содержащей промотор и экзон 1 гена CDKL5». Американский журнал медицинской генетики. Часть B, Психоневрологическая генетика. 153B (1): 202–7. Дои:10.1002 / ajmg.b.30974. PMID  19455595. S2CID  8211913.
  32. ^ Стоббе Дж., Лю Й., Ву Р., Хаджингс Л. Х., Томпсон О., Хисама FM (январь 2014 г.). «Диагностическая эффективность сравнительной геномной гибридизации массива у взрослых с расстройствами аутистического спектра». Генетика в медицине. 16 (1): 70–7. Дои:10.1038 / gim.2013.78. PMID  23765050.