Пиридоксаль-зависимые декарбоксилазы III группы - Википедия - Group III pyridoxal-dependent decarboxylases
| Орн / Lys / Arg декарбоксилаза, N-концевой домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 кристаллографическая структура plp-зависимой орнитиндекарбоксилазы из лактобацилл 30a с разрешением 3,1 ангстрем | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | OKR_DC_1_N | ||||||||
| Pfam | PF03709 | ||||||||
| Pfam клан | CL0304 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR005308 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1орд / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
| Орн / Lys / Arg декарбоксилаза, основной домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
кристаллографическая структура plp-зависимой орнитиндекарбоксилазы из лактобацилл 30a с разрешением 3,1 ангстрем | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | OKR_DC_1 | ||||||||
| Pfam | PF01276 | ||||||||
| Pfam клан | CL0061 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000310 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1орд / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
| Орн / Lys / Arg декарбоксилаза, С-концевой домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
кристаллографическая структура plp-зависимой орнитиндекарбоксилазы из лактобацилл 30a с разрешением 3,1 ангстрем | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | OKR_DC_1_C | ||||||||
| Pfam | PF03711 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR008286 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1орд / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии пиридоксальзависимые декарбоксилазы III группы площадь семья из бактериальный ферменты в составе орнитиндекарбоксилаза EC 4.1.1.17, лизин декарбоксилаза EC 4.1.1.18 и аргининдекарбоксилаза EC 4.1.1.19.[1]
Пиридоксаль-5'-фосфат -зависимый аминокислота декарбоксилазы можно разделить на четыре группы на основе аминокислотная последовательность. Группа III включает прокариотический орнитин и лизин декарбоксилаза и прокариотический биоразлагаемый тип аргинин декарбоксилаза.[1]
Структура
Эти ферменты состоят из нескольких консервированный домены. В N-концевой домен имеет флаводоксин -подобная складка и называется доменом "крыла" из-за его положения в общей трехмерной структура. Орнитин декарбоксилаза из Лактобациллы 30a (L30a OrnDC) является представителем больших пиридоксаль-5'-фосфат-зависимых декарбоксилаз, которые действуют на лизин, аргинин или же орнитин. В Кристальная структура L30a OrnDC было решено до 3.0 А разрешающая способность. Шесть димеры связанные с C6 симметрия составить ферментативно активный додекамер (примерно 106 Да ). Каждый мономер L30a OrnDC можно описать пятью последовательными складывание домены. Аминоконцевой домен, остатки От 1 до 107, состоит из пятижильного бета-лист называется «крыло». Два крыла домены каждого димер направляются внутрь к центру додекамера и способствуют стабилизации додекамера.[2]Главный домен содержит сохраненный лизин остаток, который является местом прикрепления пиридоксальфосфат группа.[2]
Смотрите также
- Пиридоксальзависимые декарбоксилазы I группы
- Пиридоксальзависимые декарбоксилазы II группы
- Пиридоксальзависимые декарбоксилазы группы IV
Рекомендации
- ^ а б Сандмайер Э., Хейл Т.И., Кристен П. (май 1994 г.). «Множественное эволюционное происхождение пиридоксаль-5'-фосфат-зависимых декарбоксилаз аминокислот». Евро. J. Biochem. 221 (3): 997–1002. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1994.tb18816.x. PMID 8181483.
- ^ а б Момани С., Эрнст С., Гош Р., Чанг Н. Л., Хакерт М. Л. (октябрь 1995 г.). «Кристаллографическая структура PLP-зависимой орнитиндекарбоксилазы из Lactobacillus 30a с разрешением 3,0 A». J. Mol. Биол. 252 (5): 643–55. Дои:10.1006 / jmbi.1995.0526. PMID 7563080.