KIAA0895 - KIAA0895

KIAA0895
Идентификаторы
ПсевдонимыKIAA0895, 9530077C05Rik, 1110003N12Rik, Kiaa0895, mKIAA0895
Внешние идентификаторыMGI: 1915533 ГомолоГен: 19280 Генные карты: KIAA0895
Расположение гена (человек)
Хромосома 7 (человек)
Chr.Хромосома 7 (человек)[1]
Хромосома 7 (человек)
Геномное расположение KIAA0895
Геномное расположение KIAA0895
Группа7п14.2Начинать36,324,221 бп[1]
Конец36,390,125 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

23366

68283

Ансамбль

ENSG00000164542

ENSMUSG00000036411

UniProt

Q8NCT3

Q7TQE7

RefSeq (мРНК)

NM_026739
NM_183273
NM_001378982
NM_001378983

RefSeq (белок)

NP_081015
NP_001365911
NP_001365912

Расположение (UCSC)Chr 7: 36.32 - 36.39 МбChr 9: 22.41 - 22.44 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

KIAA0895 это белок что в Homo sapiens кодируется KIAA0895 ген. Ген кодирует белок широко известный как белок KIAA0895. Его псевдонимы включают гипотетический белок LOC23366, OTTHUMP00000206979, OTTHUMP00000206980, 9530077C05Rik и 1110003N12Rik.[5] Находится по адресу 7п14.2.[6]

Исследования белков KIAA показали, что они похожи на известные гены с функциями, связанными с сотовая сигнализация / связь, клеточная структура / подвижность и управление нуклеиновыми кислотами.[7]

Ген

Locus

Ген KIAA0895 расположен в 7p14.2.[6] Геномная ДНК имеет длину 65 976 пар оснований,[8] в то время как самая длинная мРНК, которую он производит, составляет 4463 основания.

Его можно переписать на 15 варианты расшифровки, что, в свою очередь, может производить 13 различных изоформы белка.[9]

Расположение гена KIAA0895 на хромосоме 7

Gene Neighborhood

KIAA0895 окружен следующими генами на хромосоме 7:[8]

Размер гена

Ген, кодирующий белок KIAA0895, составляет 65 975 нуклеотиды длинный, от нуклеотидов 36324150 до 36390125, с семью экзоны.

мРНК

Есть десять разных изоформы для KIAA0895.[6]

  • NP_001093895.1
  • EAW94064.1
  • NP_056129.2
  • NP_001186636.1
  • NP_001186635.1
  • XP_005249746.1
  • EAW94065.1
  • XP_024302470.1
  • NP_001186637.1
  • NP_001287885.1

Протеин

Самый длинный изоформа белка который продуцируется геном KIAA0895, называется изоформа 1 LOC23366 и составляет 520 аминокислоты длинный.[10] Предсказанный молекулярный вес составляет 61 кДа.[11] Кроме того, теоретические изоэлектрическая точка 10.[11]

Аминокислотный состав

KIAA0895 - это лизин и аргинин полуобогащенный белок.[12] KIAA0895 частично обогащен положительно заряженными группами лизина и аргинина, а также положительно и отрицательно заряженными лизином, аргинином, глютаминовая кислота и аспарагиновая кислота группы.[12] Однако KIAA0895 наполовину исчерпал неполярный аланин, глицин и пролин группы.[12]

Анализ распределения заряда показывает, что кластеров с отрицательным или смешанным зарядом нет.[12] Однако есть один кластер положительного заряда из аминокислот с 12 по 36.[12]

Область неизвестной функции 1704
Идентификаторы
СимволDUF1704
PfamPF08014
ИнтерПроIPR012548

Регионы

LOC23366 содержит белок область неизвестной функции называется DUF1704.[13] Он также содержит область низкой сложности от положения 120 до положения 150 в белке,[14] и аргинин -богатая зона с позиции 12 на позицию 51.[15]

Промоутеры

Используя ElDorado от Genomatrix, была найдена последовательность промоторной области.[16] Наиболее вероятный промоутер для KIAA0895 начинается с 36389926 и идет до 36391149 с длиной 1224.[16]

Предсказанный серин, треонин, и тирозин сайты фосфорилирования белка KIAA0895

Посттрансляционная модификация

Ожидается, что KIAA0895 подвергнется фосфорилирование на нескольких серины, треонины, и тирозины по всей его структуре.[17] Фосфорилирование на этих участках представляет собой форму генная регуляция. Фосфорилирование приводит к конформационное изменение в составе многих ферментов и рецепторов. Это заставляет их активироваться или деактивироваться.

Стеблевые петли

Использование базы данных, называемой Mfold, формирование петли-стебля для 5 'UTR-области показывает отсутствие консервативности, что означает, что существует некоторый приоритет, что эти основы и петли не используются для регуляции трансляции.[18] Значение ΔG составляло -12,90 ккал / моль с тремя петлями.[18] Используя ту же базу данных, образование стебля-петли для области 3 'UTR показывает, что существует консервация, то есть существует некоторый приоритет, что они используются для регуляции трансляции.[18] Значение ΔG составляло -636,80 ккал / моль.[18]

Третичная структура

KIAA0895 имеет третичную структуру с альфа спирали и бета-листы.[19]

Предлагаемая третичная структура для KIAA0895.
Предлагаемая третичная структура для 24% KIAA0895. Изображение окрашено радугой N → C конечной точки.

Взаимодействующие белки

Есть три белка, которые могут взаимодействовать с KIAA0895. Эти белки ELAVL1,[20] вата[21] и глим.[21] Эти взаимодействия имеют экспериментальные доказательства из предоставленных источников.

Выражение

KIAA0895 чаще всего встречается в яичко, однако он также имеет сильное выражение в почки, надпочечники, и мозг. [6]

Данные по ткани RNA-seq представлены как среднее значение TPM (транскриптов на миллион).
Средние значения RPKM для KIAA0895 в 27 различных типах тканей.

По состоянию здоровья

Используя профиль EST от NCBI, KIAA0895 имеет сильную экспрессию в опухолях шейки матки и карциноме мочевого пузыря.[22]

Профиль EST был создан NCBI. Профили EST показывают приблизительные паттерны экспрессии генов, выведенные из подсчетов EST и источников библиотеки кДНК.

Взаимодействующие белки

Используя три разные базы данных, были обнаружены три разных взаимодействующих белка. К ним относятся ELAVL1, VATA и GLYM.[21] Для всех трех взаимодействующих белков были экспериментальные доказательства.

Гомологи и ортологи

KIAA0895 насчитывает более 228 ортологи.[6] Ортологи были найдены в млекопитающие и эукариоты.[23] Есть гомологи у 9 видов.[6] Полный список организмов, у которых были обнаружены гомологи, приведен ниже.

Паралоги

KIAA0895 имеет 7 паралогов в Homo sapiens:[23]

  • Без названия белковый продукт
  • Неохарактеризованный белок KIAA0895-подобный
  • hCG28832, изоформа CRA_a
  • Гипотетический белок
  • Без названия белковый продукт
  • hCG38687, изоформа CRA_a, частичная
  • hCG38687, изоформа CRA_b

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000164542 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036411 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «GeneCards: KIAA0895 Gene». Получено 2011-04-24.
  6. ^ а б c d е ж «KIAA0895 KIAA0895 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-02-24.
  7. ^ Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Н., Номура Н., Охара О. (декабрь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК исследования. 5 (6): 355–64. Дои:10.1093 / днарес / 5.6.355. PMID  10048485.
  8. ^ а б «Энтрез Джин: KIAA0895». Получено 2011-04-24.
  9. ^ "NCBI AceView: KIAA0895". Получено 2011-04-24.
  10. ^ "Белок NCBI: изоформа 1 LOC23366". Получено 2011-05-09.
  11. ^ а б «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2019-04-17.
  12. ^ а б c d е «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-04-17.
  13. ^ "Wellcome Trust Sanger Institute, Pfam". Архивировано из оригинал на 2014-06-17. Получено 2011-05-09.
  14. ^ "MyHits Dotlet". Получено 2011-05-09.
  15. ^ «Юнипрот». Получено 2011-05-09.
  16. ^ а б "Введение в Эльдорадо". www.genomatix.de. Получено 2019-05-13.
  17. ^ «Центр биологических наук ДТУ, NetPhos». Получено 2011-05-09.
  18. ^ а б c d "Веб-сервер Mfold | mfold.rit.albany.edu". unafold.rna.albany.edu. Получено 2019-04-17.
  19. ^ "Сервер распознавания складок PHYRE2". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2019-04-20.
  20. ^ "mentha: интерактивный браузер". mentha.uniroma2.it. Получено 2019-04-20.
  21. ^ а б c «По поисковому запросу KIAA0895 найдено 2 бинарных взаимодействия». База данных по молекулярным взаимодействиям IntAct. Получено 2019-04-20.
  22. ^ «Тканевая экспрессия KIAA0895 - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2019-05-13.
  23. ^ а б "NCBI BLAST". Получено 2011-05-09.