База данных модельных организмов - Википедия - Model organism database

Базы данных модельных организмов (Моды) находятся биологические базы данных, или базы знаний, посвященные предоставлению подробных биологических данных для интенсивно изучаемых модельные организмы. MOD позволяют исследователям легко находить справочную информацию о больших наборах генов, эффективно планировать эксперименты, комбинировать свои данные с существующими знаниями и строить новые гипотезы.[1][2] Они позволяют пользователям анализировать результаты и интерпретировать наборы данных, а данные, которые они генерируют, все чаще используются для описания менее изученных видов.[1] По возможности, MOD используют общие подходы к сбору и представлению биологической информации. Например, все моды используют Генная онтология (ИДТИ) [3][4] для описания функций, процессов и клеточного расположения определенных генных продуктов. Также существуют проекты, позволяющие совместно использовать программное обеспечение для курирования, визуализации и запросов между различными модами.[5] Однако организационное разнообразие и меняющиеся требования пользователей означают, что MOD часто требуются для настройки сбора, отображения и предоставления данных.[1]

Типы данных и услуг

Базы данных модельных организмов интегрально генерируют, исходят и сопоставляют специфичную для видов информацию, сочетая экспертные знания с литературным руководством и биоинформатикой.

Услуги, предоставляемые биологическим исследовательским сообществам, включают:

  • Аннотации последовательности генома
    • Расположение генов и регуляторных участков в геноме
  • Функциональное лечение генных продуктов
    • Выявить функции, выполняемые генным продуктом, изучив различные данные, включая Генная онтология (GO) аннотации, фенотипы, экспрессия генов, информация о путях
  • Аннотации последовательностей белков / РНК
  • Анатомическая информация
  • Складские центры
  • Ортология

Список баз данных модельных организмов

Распространенное имяНаучное названиеСтраница ВикипедииСсылка на базу данных
пекарские дрожжиSaccharomyces cerevisiaeБаза данных генома SaccharomycesSGD[6]
Делящиеся дрожжиSchizosaccharomyces pombePomBasePomBase[7][8][9][10]
Когтистая лягушкаXenopusXenbaseXenbase[11][12]
Плодовая мухаDrosophila melanogasterFlyBaseFlyBase[13]
МышьMus musculusИнформатика генома мышиMGI[14]
НематодаCaenorhabditis elegansWormBaseWormBase[15]
КрысаРаттус норвегикусБаза данных генома крысыRGD[16]
Социальная амебаDictyostelium discoideumDictyBasedictyBase[17]
Тале крессArabidopsis thalianaИнформационный ресурс по арабидопсисуТАИР[18]
КукурузаZea mays ssp. май-КукурузаGDB[19][20]
ДаниоДанио РериоИнформационная сеть по рыбкам даниоZFIN[21]
-грибковые микроорганизмы албиканс-CGD[22]
-кишечная палочкаEcoCycEcoCyc[23]

Рекомендации

  1. ^ а б c Оливер С.Г., Замок A, Харрис М.А., медсестра П., Вуд V (июнь 2016 г.). «Базы данных модельных организмов: важные ресурсы, которые нуждаются в поддержке как спонсоров, так и пользователей». BMC Биология. 14 (1): 49. Дои:10.1186 / s12915-016-0276-z. ЧВК  4918006. PMID  27334346.
  2. ^ Bond M, Holthaus SM, Tammen I, Tear G, Russell C (ноябрь 2013 г.). «Использование модельных организмов для изучения нейронального цероидного липофусциноза». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Молекулярная основа болезни. 1832 (11): 1842–65. Дои:10.1016 / j.bbadis.2013.01.009. PMID  23338040.
  3. ^ Эшбернер М., Болл С.А., Блейк Дж. А., Ботштейн Д., Батлер Н., Черри Дж. М. и др. (Май 2000 г.). «Генная онтология: инструмент для объединения биологии. Консорциум генных онтологий». Природа Генетика. 25 (1): 25–9. Дои:10.1038/75556. ЧВК  3037419. PMID  10802651.
  4. ^ Консорциум Gene Ontology (январь 2015 г.). «Консорциум генных онтологий: в будущем». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D1049–56. Дои:10.1093 / нар / gku1179. ЧВК  4383973. PMID  25428369.
  5. ^ О'Коннор Б.Д., День А, Каин С., Арнаис О., Сперлинг Л., Штейн Л.Д. (2008). «GMODWeb: веб-структура для базы данных универсальных модельных организмов». Геномная биология. 9 (6): R102. Дои:10.1186 / gb-2008-9-6-r102. ЧВК  2481422. PMID  18570664.
  6. ^ Черри Дж. М., Хонг Э. Л., Амундсен С., Балакришнан Р., Бинкли Дж., Чан Э. Т. и др. (Январь 2012 г.). «База данных генома Saccharomyces: ресурс геномики почкующихся дрожжей». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D700–5. Дои:10.1093 / нар / gkr1029. ЧВК  3245034. PMID  22110037.
  7. ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Hayles, J; Оливер SG; Bähler, J; Вуд, V (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных по делящимся дрожжам обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D821 – D827. Дои:10.1093 / нар / gky961. ЧВК  6324063. PMID  30321395.
  8. ^ Wood V, Harris MA, McDowall MD, Rutherford K, Vaughan BW, Staines DM, et al. (Январь 2012 г.). «PomBase: обширный онлайн-ресурс по делящимся дрожжам». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D695–9. Дои:10.1093 / nar / gkr853. ЧВК  3245111. PMID  22039153.
  9. ^ McDowall MD, Harris MA, Lock A, Rutherford K, Staines DM, Bähler J, et al. (Январь 2015 г.). «PomBase 2015: обновления базы данных по делящимся дрожжам». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D656–61. Дои:10.1093 / нар / gku1040. ЧВК  4383888. PMID  25361970.
  10. ^ Замок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Вуд, V (2018). PomBase: научный ресурс для делящихся дрожжей. Методы молекулярной биологии. 1757. С. 49–68. Дои:10.1007/978-1-4939-7737-6_4. ISBN  978-1-4939-7736-9. ЧВК  6440643. PMID  29761456.
  11. ^ Карими К., Фортриде Д.Д., Лотай В.С., Бернс К.А., Ван Д.З., Фишер М.Э. и др. (Январь 2018). «Xenbase: база данных геномных, эпигеномных и транскриптомных моделей организмов». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D861 – D868. Дои:10.1093 / нар / gkx936. ЧВК  5753396. PMID  29059324.
  12. ^ Джеймс-Зорн С., Понферрада В.Г., Фишер М.Э., Бернс К.А., Фортриде Д.Д., Сегерделл Э., Карими К., Лотай В.С., Ван Д.З., Чу С., Пеллс Т.Дж., Ван Й., Визе П.Д., Цорн А. Xenbase: навигация по Xenbase: интегрированная база данных геномики и экспрессии генов Xenopus. Геномные базы данных эукариот: методы и протоколы. Методы молекулярной биологии. 1757. С. 251–305. Дои:10.1007/978-1-4939-7737-6_10. ISBN  978-1-4939-7736-9. ЧВК  6853059. PMID  29761462.
  13. ^ Attrill H, Falls K, Goodman JL, Millburn GH, Antonazzo G, Rey AJ, et al. (Январь 2016 г.). «FlyBase: создание ресурса группы генов для Drosophila melanogaster». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D786–92. Дои:10.1093 / нар / gkv1046. ЧВК  4702782. PMID  26467478.
  14. ^ Эппиг Дж. Т., Блейк Дж. А., Булт Дж. Дж., Кадин Дж. А., Ричардсон Дж. Э. (январь 2015 г.). «База данных генома мышей (MGD): мышь как модель для биологии человека и болезней». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D726–36. Дои:10.1093 / нар / gku967. ЧВК  4384027. PMID  25348401.
  15. ^ Харрис Т.В., Баран Дж., Биери Т., Кабунок А., Чан Дж., Чен В.Дж. и др. (Январь 2014). «WormBase 2014: новые взгляды на тщательно подобранную биологию». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Выпуск базы данных): D789–93. Дои:10.1093 / нар / gkt1063. ЧВК  3965043. PMID  24194605.
  16. ^ Shimoyama M, De Pons J, Hayman GT, Laulederkind SJ, Liu W, Nigam R и др. (Январь 2015 г.). «База данных генома крысы 2015: геномные, фенотипические и экологические вариации и болезни». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D743–50. Дои:10.1093 / нар / gku1026. ЧВК  4383884. PMID  25355511.
  17. ^ Креппель Л., Фей П., Годе П., Джаст Э., Киббе В.А., Чисхолм Р.Л. и др. (Январь 2004 г.). "dictyBase: новая база данных генома Dictyostelium discoideum". Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Выпуск базы данных): D332–3. Дои:10.1093 / нар / гх138. ЧВК  308872. PMID  14681427.
  18. ^ Ламеш П., Берардини Т.З., Ли Д., Сварбрек Д., Уилкс С., Сасидхаран Р. и др. (Январь 2012 г.). «Информационный ресурс по арабидопсису (TAIR): улучшенная аннотация генов и новые инструменты». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D1202–10. Дои:10.1093 / nar / gkr1090. ЧВК  3245047. PMID  22140109.
  19. ^ Лоуренс, К. Дж. (1 января 2004 г.). «MaizeGDB, база данных сообщества по генетике и геномике кукурузы». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (90001): 393D – 397. Дои:10.1093 / нар / гх011. ЧВК  308746. PMID  14681441.
  20. ^ Andorf, Carson M .; Кэннон, Эталинда К .; Портвуд, Джон Л .; Гардинер, Джек М .; Харпер, Лиза С .; Шеффер, Мэри Л .; Braun, Bremen L .; Кэмпбелл, Дарвин А .; Виннакота, Abhinav G .; Sribalusu, Venktanaga V .; Уэрта, Миранда; Чо, Кён Так; Вималанатан, Кокулапалан; Рихтер, Жаклин Д .; Mauch, Emily D .; Rao, Bhavani S .; Birkett, Scott M .; Сен, Танер З .; Лоуренс-Дилл, Кэролайн Дж. (1 октября 2015 г.). «Обновление MaizeGDB: новые инструменты, данные и интерфейс для базы данных модельных организмов кукурузы». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D1195 – D1201. Дои:10.1093 / нар / gkv1007. ЧВК  4702771. PMID  26432828.
  21. ^ Хоу Д.Г., Брэдфорд Ю.М., Конлин Т., Игл А.Е., Фашена Д., Фрейзер К. и др. (Январь 2013). «ZFIN, База данных модельных организмов рыбок данио: усиленная поддержка мутантов и трансгенных животных». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D854–60. Дои:10.1093 / нар / gks938. ЧВК  3531097. PMID  23074187.
  22. ^ Inglis DO, Arnaud MB, Binkley J, Shah P, Skrzypek MS, Wymore F, et al. (Январь 2012 г.). «База данных генома Candida включает несколько видов Candida: инструменты для поиска и анализа множества видов с тщательно подобранной информацией о генах и белках Candida albicans и Candida glabrata». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D667–74. Дои:10.1093 / nar / gkr945. ЧВК  3245171. PMID  22064862.
  23. ^ Кеселер И.М., Маки А., Перальта-Гил М., Сантос-Завалета А., Гама-Кастро С., Бонавидес-Мартинес С. и др. (Январь 2013). «EcoCyc: объединение баз данных модельных организмов с системной биологией». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Выпуск базы данных): D605–12. Дои:10.1093 / нар / гкс1027. ЧВК  3531154. PMID  23143106.