PyMOL - PyMOL

PyMOL
	Экземпляр PyMOL с видимым средством просмотра и графическим интерфейсом.
Оригинальный автор (ы)	Уоррен Лайфорд ДеЛано
Разработчики)	Schrödinger, Inc.
изначальный выпуск	2000; 20 лет спустя
Стабильный выпуск	2.4.0 / 20 мая 2020; 6 месяцев назад
Репозиторий	github.com/ шредингер/ pymol-с открытым исходным кодом;
Написано в	C, C ++, Python
Операционная система	Кроссплатформенность: macOS, Unix, Linux, Windows
Платформа	IA-32, x86-64
Доступно в	английский
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	Python
Интернет сайт	пимол.org/2/

PyMOL является Открытый исходный код система молекулярной визуализации, созданная Уоррен Лайфорд ДеЛано. Первоначально он был коммерциализирован DeLano Scientific LLC, частной компанией-разработчиком программного обеспечения, занимавшейся созданием полезных инструментов, которые стали общедоступными для научного и образовательного сообщества. В настоящее время коммерциализируется Schrödinger, Inc. PyMOL может создавать высококачественные 3D-изображения небольших молекулы и биологические макромолекулы, такие как белки. Согласно первоначальному автору, к 2009 году почти четверть всех опубликованных изображений трехмерных белковых структур в научной литературе была сделана с использованием PyMOL.^{[нужна цитата ]}

PyMOL - один из немногих модель с открытым исходным кодом инструменты визуализации, доступные для использования в структурная биология. В Py часть программного обеспечения Имя относится к программе, написанной на языке программирования. Python.

PyMOL использует Библиотека OpenGL Extension Wrangler (GLEW) и FreeGLUT, и может решить Уравнения Пуассона – Больцмана. с помощью адаптивного решателя Пуассона-Больцмана.^[3] PyMOL использовал Тк для Виджеты GUI и имел родной Аква двоичные файлы для macOS через Шредингер, которые были заменены PyQt пользовательский интерфейс на всех платформах с выходом версии 2.0.^[4]

История и коммерциализация

Ранние версии PyMol были выпущены под Лицензия Python. 1 августа 2006 г. DeLano Scientific приняла систему загрузки с контролируемым доступом для предварительно скомпилированных сборок PyMOL (включая бета-версии), распространяемых компанией. Доступ к этим исполняемые файлы теперь доступны только зарегистрированным пользователям, которые платят клиентам; образовательные сборки доступны для студентов и преподавателей бесплатно. Однако большая часть нынешних исходный код по-прежнему доступен бесплатно, как и старые предварительно скомпилированные сборки. Хотя системы сборки для других платформ открыты, Windows API (WinAPI, Win32) системы сборки нет, хотя неофициальные двоичные файлы Windows доступны в Интернете.^[5] Любой может либо компилировать исполняемый файл из исходного кода, лицензированного Python, или оплатить подписку на службы поддержки, чтобы получить доступ к предварительно скомпилированным исполняемым файлам.

8 января 2010 г. Schrödinger, Inc. достигнута договоренность о приобретении PyMOL. Фирма взяла на себя разработку, обслуживание, поддержку и продажу PyMOL, включая все действующие на тот момент подписки. Они также продолжают активно поддерживать сообщество разработчиков открытого исходного кода PyMOL. В 2017 году Шредингер модернизировал систему распространения, чтобы унифицировать пользовательский интерфейс под Qt и управление пакетами в Анаконда, и выпустил его как PyMol v2.^[4] Эта версия ограничивает некоторые новые функции и добавляет водяной знак к визуализации, если она используется без лицензии после 30-дневного пробного периода; общая лицензионная политика аналогична системе DeLano. Исходный код остается в основном доступным, на этот раз под лицензией типа BSD.^[6] Как и в предыдущем выпуске, неофициальные двоичные файлы Windows в формат колеса доступны,^[5] и действительно Дистрибутивы Linux продолжают предоставлять свои собственные сборки с открытым исходным кодом.

Галерея

Воспроизвести медиа

Пример некоторых функций редактирования молекул PyMOL, вращения двугранной связи и интерактивной молекулярной релаксации с Режим скульптуры. Это полезные функции для подготовки входной геометрии для программного обеспечения квантовой химии.
Такая же структура белка (Протеаза TEV - PDB: 1LVB) Рендерится в разных режимах. Стандартный рисунок, поверхность, врезка поверхности, стволы выделены, 'QuteMol "-подобный", "Гудселл-подобный", с глянцевой поверхностью и b-фактор шпатлевка.