SLX4IP - SLX4IP

SLX4IP
Идентификаторы
ПсевдонимыSLX4IP, C20orf94, bA204H22.1, bA254M13.1, dJ1099D15.3, SLX4 взаимодействующий белок
Внешние идентификаторыOMIM: 615958 MGI: 1921493 ГомолоГен: 49913 Генные карты: SLX4IP
Расположение гена (человек)
Хромосома 20 (человек)
Chr.Хромосома 20 (человек)[1]
Хромосома 20 (человек)
Геномное расположение SLX4IP
Геномное расположение SLX4IP
Группа20p12.2Начинать10,435,303 бп[1]
Конец10,636,829 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

128710

74243

Ансамбль

ENSG00000149346

ENSMUSG00000027281

UniProt

Q5VYV7

Q9D7Y9

RefSeq (мРНК)

NM_001009608

RefSeq (белок)

NP_001009608

Расположение (UCSC)Chr 20: 10.44 - 10.64 МбChr 2: 136.89 - 137.07 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

SLX4 взаимодействующий белок это белок что у людей кодируется SLX4IP ген.[5]

Функция

SLX4 взаимодействующий белок (SLX4IP) существует в мономерный форме и взаимодействует с SLX4 -XPF -ERCC1 мультипротеиновый комплекс, отвечающий за сборку Резольваза холлидей-джанкшн в роли ремонта и поддержания ДНК.[6]

Было показано, что SLX4IP напрямую взаимодействует с N-концевой конец SLX4 белок, который играет роль в координации множества различных эндонуклеаз, специфичных для структуры ДНК.[7]

Также было показано, что SLX4IP участвует в контроле альтернативного удлинения теломеры через его накопление и взаимодействие с SLX4, BLM и XPF белки.[8]

Расположение и выражение

Ген SLX4IP расположен на коротком плече (p) хромосома 20 в позиции 12.2 (20п12.2).[9] Ген SLX4IP человека содержит 14 экзоны с кДНК, состоящей из 204000 пар оснований, ориентированных на положительной цепи.[9] Это кодирует белок из 408 аминокислот с молекулярной массой 45,552. Дальтон.[10]

Гомологи гена SLX4IP, как было обнаружено, консервативны у нескольких видов, не относящихся к человеку, включая мышей, крыс, лягушек, кур, собак, макак-резусов и шимпанзе.[11] Ортологи для гена SLX4IP человека также были идентифицированы у 283 других организмов.[11]

Белок SLX4IP экспрессируется на самом высоком уровне в коже и семенниках, а также в 26 других тканях.[12]

Клиническое значение

Рак

Острый лимфобластный лейкоз

Было показано, что соматические и моноаллельные делеции 5’-области SLX4IP встречаются у 30% пациентов детского возраста. острый лимфобластный лейкоз (ВСЕ) и в случаях ETV6 /RUNX1 - реорганизованный острый лимфобластный лейкоз, делеции были обнаружены более чем в 60% случаев.[13] Анализируя точки останова SLX4IP, характерный нелегитимный В (Д) Дж выявлена ​​опосредованная рекомбинация.[13] Было обнаружено, что эти делеции значительно смещены в сторону мужского пола.[13]

Альтернативное удлинение теломер

Для того чтобы раковые клетки сохраняли свою способность к беспрепятственному размножению, они могут регулировать теломеры их хромосом путем рекомбинации с помощью процесса, известного как альтернативное удлинение теломер (ALT).[14] Было показано, что эта рекомбинация требует накопления SLX4IP на теломерах ALT из-за его антагонизма с беспорядочными половыми связями. BLM Мероприятия.[8] BLM отвечает за расширение теломер, так как это RecQ геликаза жизненно важна для гомологичной рекомбинации и репликации ДНК.[15]

Ремонт межнитевых сшивок

В ДНК Межнитевые сшивки (ICL) требуют ремонта из-за их высокой токсичности, часто приводящей к таким заболеваниям, как Анемия Фанкони.[16] SLX4IP играет роль в функциональности восстановления ICL комплекса SLX4-XPF-ERCC1 благодаря одновременному связыванию как SLX4, так и XPF-ERCC1, что поддерживает стабильность комплекса и способствует взаимодействию между SLX4 и областями XPF-ERCC1. .[6][17] Когда SLX4IP истощался из обработанных клеток, было обнаружено, что они накапливаются в фазе G2 / M клеточного цикла, где регулярно происходит разрешение «отпускных» соединений во время восстановления ICL.[17][18]

ВИЧ-1

В ВИЧ-1 вспомогательный белок Впр эффективно останавливает развитие клеток-хозяев в их естественном цикле на G2 / M переходный этап.[19] Было обнаружено, что этот арест вызван преждевременной активацией структурно-специфической SLX4. эндонуклеаза комплекс, с которым напрямую взаимодействует SLX4IP.[20] В ходе этого исследования было обнаружено, что комплекс SLX4 участвует в регуляции врожденного иммунитета из-за его негативной регуляции интерферон 1 типа продукция, как при спонтанной индукции, так и при опосредовании ВИЧ-1.[20]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000149346 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027281 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Ген Entrez: белок, взаимодействующий с SLX4».
  6. ^ а б Свендсен JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (июль 2009 г.). «BTBD12 / SLX4 млекопитающих собирает резольвазу соединения Холлидея и необходим для репарации ДНК». Клетка. 138 (1): 63–77. Дои:10.1016 / j.cell.2009.06.030. ЧВК  2720686. PMID  19596235.
  7. ^ Фекаири С., Скаглионе С., Чахван С., Тейлор Э. Р., Тиссье А., Кулон С. и др. (Июль 2009 г.). «Человеческий SLX4 представляет собой субъединицу резольвазы Холлидея, которая связывает несколько эндонуклеаз репарации / рекомбинации ДНК». Клетка. 138 (1): 78–89. Дои:10.1016 / j.cell.2009.06.029. ЧВК  2861413. PMID  19596236.
  8. ^ а б Паньер С., Марич М., Хьюитт Дж., Мейсон-Осанн Э., Гали Н., Дай А. и др. (Октябрь 2019 г.). «SLX4IP противодействует беспорядочной активности BLM во время поддержания ALT». Молекулярная клетка. 76 (1): 27–43.e11. Дои:10.1016 / j.molcel.2019.07.010. ЧВК  6863466. PMID  31447390.
  9. ^ а б "SLX4IP SLX4 взаимодействующий белок [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-10-31.
  10. ^ «SLX4IP - белок SLX4IP - Homo sapiens (человек) - ген и белок SLX4IP». www.uniprot.org. Получено 2019-10-31.
  11. ^ а б «Ген: SLX4IP (ENSG00000149346) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 98». asia.ensembl.org. Получено 2019-10-31.
  12. ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J, et al. (Февраль 2014). «Анализ тканеспецифической экспрессии человека путем полногеномной интеграции транскриптомики и протеомики на основе антител». Молекулярная и клеточная протеомика. 13 (2): 397–406. Дои:10.1074 / mcp.M113.035600. ЧВК  3916642. PMID  24309898.
  13. ^ а б c Мейснер Б., Бартрам Т., Эккерт С., Трка Дж., Панцер-Грюмайер Р., Германова И. и др. (Февраль 2014). «Частая и зависимая от пола делеция SLX4IP путем незаконной V (D) J-опосредованной рекомбинации при остром лимфобластном лейкозе у детей». Молекулярная генетика человека. 23 (3): 590–601. Дои:10.1093 / hmg / ddt447. PMID  24045615.
  14. ^ Брайан Т.М., Энглезу А., Далла-Поцца Л., Данэм М.А., Реддел Р.Р. (ноябрь 1997 г.). «Доказательства альтернативного механизма для поддержания длины теломер в человеческих опухолях и клеточных линиях опухолевого происхождения». Природа Медицина. 3 (11): 1271–4. Дои:10,1038 / нм1197-1271. PMID  9359704. S2CID  10220776.
  15. ^ Bhattacharyya S, Keirsey J, Russell B, Kavecansky J, Lillard-Wetherell K, Tahmaseb K, et al. (Май 2009 г.). «Теломеразно-связанный белок 1, HSP90 и топоизомераза IIальфа связываются непосредственно с геликазой BLM в иммортализованных клетках с использованием ALT и модулируют его геликазную активность с помощью субстратов теломерной ДНК». Журнал биологической химии. 284 (22): 14966–77. Дои:10.1074 / jbc.m900195200. ЧВК  2685679. PMID  19329795.
  16. ^ Хашимото С., Анаи Х, Ханада К. (01.05.2016). «Механизмы репарации межцепочечных сшивок ДНК и нарушения у человека». Гены и окружающая среда. 38 (1): 9. Дои:10.1186 / s41021-016-0037-9. ЧВК  4918140. PMID  27350828.
  17. ^ а б Zhang H, Chen Z, Ye Y, Ye Z, Cao D, Xiong Y и др. (Ноябрь 2019 г.). «SLX4IP действует с SLX4 и XPF-ERCC1, способствуя репарации межнитевых поперечных связей». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (19): 10181–10201. Дои:10.1093 / нар / gkz769. ЧВК  6821277. PMID  31495888.
  18. ^ МакХью П.Дж., Саркар С. (май 2006 г.). «Реставрация межцепочечных перекрестных связей ДНК в клеточном цикле: критическая роль полимеразы дзета в фазе G1». Клеточный цикл. 5 (10): 1044–7. Дои:10.4161 / cc.5.10.2763. PMID  16687932.
  19. ^ Коннор Р.И., Чен Б.К., Чхве С., Ландау Н.Р. (февраль 1995 г.). «Vpr необходим для эффективной репликации вируса иммунодефицита человека типа 1 в мононуклеарных фагоцитах». Вирусология. 206 (2): 935–44. Дои:10.1006 / viro.1995.1016. PMID  7531918.
  20. ^ а б Laguette N, Brégnard C, Hue P, Basbous J, Yatim A, Larroque M и др. (Январь 2014). «Преждевременная активация комплекса SLX4 с помощью Vpr способствует остановке G2 / M и уходу от врожденного иммунного восприятия». Клетка. 156 (1–2): 134–45. Дои:10.1016 / j.cell.2013.12.011. PMID  24412650.

дальнейшее чтение