Термококк сельдерей - Википедия - Thermococcus celer

Термококк Целер
Научная классификация
Домен:
Археи
Тип:
Euryarchaeota
Учебный класс:
Термококки
Заказ:
Thermococcales
Семья:
Thermococcaceae
Род:
Термококк
Разновидность:
Т. Целер
Биномиальное имя
Термококк Целер
Зиллиг 1983

Термококк Целер это Грамотрицательный, сферической формы Археон рода Термококк.[1] Открытие Т. Целер сыграли важную роль в повторном укоренении Дерево жизни когда Т. Целер было обнаружено, что он более тесно связан с метаногенный Археи чем с другими фенотипически похожими теплолюбивый разновидность.[1] Т. Целер был первым обнаруженным археоном, в котором размещался циркулярный геном.[2] Несколько типовые штаммы из Т. Целер были идентифицированы: Vu13, ATCC 35543 и DSM 2476.[2]

Изоляция

Т. Целер был обнаружен доктором Вольфрамом Зиллигом в 1983 году.[3] Организм был изолирован на пляжах г. Вулкано, Италия, из сера -обогатый мелководный вулканический кратер.[3] Исходные образцы были выделены из глубины морских нор и засеяны в 10-миллилитровые анаэробные пробирки.[4] Пробирки содержали 100 мг элементарного сера и раствор 95% N2 и 5% H2С.[4] В pH был впоследствии доведен до диапазона 5-6 за счет добавления CaCO3.[4] Чтобы гарантировать, что нет кислород проникли в образец, исследователи использовали индикатор кислорода Ресазурин.[4] Рост был достигнут за счет обогащения за счет Брока. Сульфолобус средний, который содержит элементаль сера и дрожжи, оба из которых требуются Т. Целер для оптимального роста.[3] После обогащения образцы наносили на полиакриламидный гель и затем инкубировали при 85 ° C в анаэробной среде.[4] Как только наблюдался рост колоний, клетки подвергали воздействию центрифугирование перед очисткой в ​​ТА буферный раствор (0,05 моль / л Трис HCl, 0,022 моль / л NH4Cl, 0,01 моль / л β-меркаптоэтанол).[4]

Таксономия и филогения

Следующий Секвенирование по Сэнгеру из 16s рРНК, обе скупость и матрица расстояний были проведены анализы для определения положения Т. Целер на древе жизни.[1] Т. Целер оказалось более тесно связанным с метаногенный архебактерии чем теплолюбивый архебактерии.[1] Это открытие привело к повторному укоренению архебактериального дерева и впоследствии помещению Т. Целер в клады с метаногенами на основе их близкого филогенетический отношение.[1] Это размещение было дополнительно подтверждено после анализа организационной структуры генома обоих видов. рРНК гены.[1] Обе Термококк и метаногенные архебактерии имеют тРНК спейсерный ген, расположенный между геном 16s рРНК и 23s [геном рРНК.[1] Этот спейсерный ген не обнаружен ни у одного другого термофильного вида архебактерий.[1]

Т. Целер относится к Pyrococcus woesei, оба принадлежат к порядку Thermococcales.[5] Оба строго анаэробный и сера -снижающий.[5] Т. Целер также поддерживает тесные отношения с Термококк литоралис, оба принадлежат к одному род, но Т. Целер оказался более зависимым от серы, чем T. littorals.[5]

Т. Целер в настоящее время классифицируется как термофильный Археон.[3] С момента открытия Т. Целер, термин архебактерии был заменен на Археи чтобы отразить самые последние филогенетические отношения, обнаруженные между организмами.[6]

Характеристика

Термококк построен из двух Греческий существительные: терма (Греческий, что означает тепло), и коккос (Греч., Что означает зерно или же семя ).[3] Celer происходит от греческого языка, означающего быстрый, в связи с высокими темпами роста вида.[3]

Морфология

Т. Целер это Грамотрицательный, сферический организм диаметром около 1 мкм.[3] Наблюдение с использованием электронная микроскопия показал, что Т. Целер использует монополярный политрих жгутик для движения.[3] Во время репликации Т. Целер сгущается до дипломатической формы, как это видно фазово-контрастная микроскопия.[3]

В Т. Целер плазматическая мембрана обладает большим количеством глицерин Дитер липиды по сравнению с относительно небольшими количествами липидов тетраэфира диглицерина.[7] В составе диэфирных липидов глицерина фитанил (C20) это углеводород компонент, а в липидах диглицерина тетраэфира, бифитанил (C40) - углеводородная составляющая.[3] В клеточная стенка, или же S-слой, из Т. Целер действует как защита от лизис клеток в результате изменения осмотических градиентов.[3] S-слой оболочки состоит из гликопротеин субъединицы организованы в двумерный паракристаллический гексагональная структура.[3] В Т. Целер клеточная оболочка не хватает мурамовая кислота, указывая сопротивление к пенициллин и ванкомицин.[3]

Метаболизм

Т. Целер это строгий анаэроб который использует органотрофный метаболизм[3] в виде пептиды (т.е. из дрожжи извлекать, пептон, или же триптон ) и белки (т.е. казеин ) в качестве источника углерода, который окисляется до углекислый газ через серное дыхание.[3] Т. Целер не может использовать углеводы в качестве источника углерода и считается зависимым от серы организмом, так как он зависит от сокращения сера к сероводород для оптимального роста.[5] Хотя это менее эффективно, Т. Целер также может использовать ферментация.[3] В отличие от большинства прокариоты, Т. Целер способен выполнять дыхание по дороге Эмбден – Мейерхоф (гликолиз ), хотя и использует альтернативный маршрут.[8]

Экология

Характеристика гипертермофильный разновидность, Т. Целер хорошо себя чувствует при очень высоких температурах.[1] В частности, он встречается только в богатых серой неглубоких вулканических кратерах Вулкано, Италия.[3] Температура в этой среде достигает 90 ° C. [3] Максимальная температура, при которой Т. Целер может расти при 93 ° C, оптимальная температура роста - 88 ° C.[3] Лучше всего он растет при pH 5,8, что означает, что он умеренно ацидофильный.[3] Оптимальный рост также зависит от наличия NaCl концентрация 40 г / л, что еще раз свидетельствует о высоком уровне адаптации Т. Целер эволюционировал из-за своей термальной морской среды.[3]

Геномика

Построение физической карты Т. Целер Vu13 посредством рестрикционный фермент фрагменты показали длину 1890 + 27 тыс. пар оснований (т.п.н.).[2] Молекулярное соотношение гуанин к цитозин баз составляет примерно 56,6%.[3] Это значение было определено путем усреднения как GC-контент приобретено высокоэффективная жидкостная хроматография и температура плавления (ТM) расчеты.[3] Т. Целер считается одним из самых медленно развивающихся видов архей, что указывает на то, что геном можно использовать в качестве модельный организм для тех, кто изучает ранние характеристики генома.[2]

В 1989 г. Т. Целер был первым археоном, в котором обнаружен циркулярный геном.[2] Форму генома определяли в трех отдельных экспериментах, все с использованием рестрикционные ферменты.[2] В Т. Целер геном был переварен рестрикционными ферментами Nhe, Spe, и Xba.[2] После переваривания использовали гибридизационный анализ для определения формы генома.[2] Зонды были синтезированы из клонированных генов 16S рРНК и 23S рРНК.[2] Обе Spe и Nhe произвел пять фрагментов, все одинаковой формы и размера.[2] Пищеварение с Xba произвел восемь осколков.[2] Используя шаблоны перекрытия, была определена круглая форма генома.[2]

Заявление

Область архей в настоящее время разделена на три основные группы, состоящие из крайних термофилы крайний галофилы, и крайний термофилы которые способны уменьшить сера (метаногены ).[1] Считается, что эти три группы не возникли независимо, а эволюционировали от одной к другой.[1]

Открытие Т. Целер изменил положение архебактериальной филогенетическое дерево.[1] Было обнаружено, что он имеет более тесные филогенетические отношения с метаногенными архебактериями, в отличие от его фенотипический аналог, чрезвычайно теплолюбивые архебактерии. Это открытие было сделано путем анализа последовательности 16S рРНК и привело к повторному укоренению филогенетического дерева.[1]

Это открытие предполагает, что крайние термофилы могли быть самыми ранними предками археонов, если учесть их медленные эволюция закономерностей, а также распределения экстремальных термофилов как в их собственные группы, так и в группы метаногенов.[1]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п Ахенбах-Рихтер, Л., Р. Гупта, В. Циллиг, К. Р. Вёзе. 1988. Укоренение архебактериального дерева: основная роль Thermococcus celer в эволюции архебактерий. Syst. Appl. Микробный. 10: 231-240. Распечатать.
  2. ^ а б c d е ж грамм час я j k л Нолл, К. М. (1989). «Хромосомная карта термофильной Archaebacterium Thermococcus celer». Журнал бактериологии. 171 (12): 6720–6725. Дои:10.1128 / jb.171.12.6720-6725.1989. ЧВК  210568. PMID  2512284.
  3. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Zillig, W .; Holtz, I .; Janekovic, D .; Schafer, W .; Рейтер, В. Д. (1983). «Archaebacterium Thermococcus celer представляет новый род в термофильной ветви архебактерий». Syst. Appl. Микробиол. 4: 88–94. Дои:10.1016 / s0723-2020 (83) 80036-8.
  4. ^ а б c d е ж Zillig, W., K. O. Stetter, W. Schafer, D. Janekovic, S. Wunderl, I. Holz, and P. Palm. «Thermoproteales: новый отряд архебактерий». Zentralblatt für Bakteriologie Mikrobiologie und Hygiene 2 (1981): 205-27. Распечатать.
  5. ^ а б c d Блейми, Дж., М. Чионг, К. Лопес и Э. Смит. 1999. Оптимизация условий роста экстремально термофильных микроорганизмов Thermococcus celer и Pyrococcus woesei. Журнал микробиологических методов. Том: 38: 1-2: 169-175. Распечатать.
  6. ^ Пейс, Н. Р. (2006). "Время перемен". Природа. 441 (7091): 289. Bibcode:2006Натура.441..289П. Дои:10.1038 / 441289a. PMID  16710401.
  7. ^ Бун, Дэвид Р. и Ричард В. Кастенхольц. Bergey's Manual® по систематической бактериологии, том первый Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии. Второе изд. Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer New York, 2001. 341-344. Распечатать.
  8. ^ Гэдд, Джеффри М. «Путь ЭМИ». Бактериальная физиология и метаболизм. Автор Byung H. Kim. Нью-Йорк: Кембридж, 2008. 65-67. Распечатать.

дальнейшее чтение

  • Ли, Чи-Фунг; Махатадзе, Георгий I .; Вонг, Кам-Бо (2005). «Влияние замен заряда на аланин на стабильность рибосомного белка L30e из Thermococcus celer». Биохимия. 44 (51): 16817–16825. Дои:10.1021 / bi0519654. PMID  16363795.
  • Ким, Ки Пум; Пэ, Хиджин; Ким, Ин Хе; Квон, Сук-Тэ (2011). «Клонирование, экспрессия и применение ПЦР ДНК-полимеразы из гипертермофильной археи, Thermococcus celer». Письма о биотехнологии. 33 (2): 339–346. Дои:10.1007 / s10529-010-0434-2.
  • Рид, Кристофер Дж .; Льюис, Хантер; Трехо, Эрик; Уинстон, Верн; Эвилия, Кэрин (14 августа 2013 г.). «Белковые адаптации у архей-экстремофилов». Археи. 2013: 14. Дои:10.1155/2013/373275. ЧВК  3787623. PMID  24151449.
  • Вонг, Кам-Бо; Байкрофт, Марк; Вонг, Кам-Бо (18 марта 2003 г.). «Кристаллическая структура рибосомного белка L30e из экстремального термофила Thermococcus celer: термостабильность и связывание РНК». Биохимия. 42 (10): 2857–65. Дои:10.1021 / bi027131s. PMID  12627951.

внешняя ссылка