Реконструкция последовательности предков - Википедия - Ancestral sequence reconstruction

Реконструкция родовой последовательности (ASR) - также известный как наследственный ген/реконструкция последовательности/воскрешение - это методика, применяемая при изучении молекулярная эволюция. В случае ферментов такой подход получил название палеоэнзимология (Британский: палеоэнзимология). Метод заключается в синтезе наследственного ген и выражение соответствующих предков белок.[1] Идея «воскрешения» белков была предложена в 1963 году Полингом и Цукеркандлом.[2] Некоторые ранние попытки были предприняты в восьмидесятых-девяностых годах, во главе которых стояла лаборатория Стивен А. Беннер, демонстрируя потенциал этой техники - метод, который начали реализовываться только в постгеномную эпоху.[3] Благодаря усовершенствованию алгоритмов и более совершенным методам секвенирования и синтеза в начале 2000-х годов этот метод получил дальнейшее развитие, чтобы позволить воскресить большее разнообразие и гораздо более древние гены.[4] В течение последнего десятилетия воскрешение предковых белков развилось как стратегия, позволяющая выявить механизмы и динамику эволюции белков.[5]

Принципы

Иллюстрация филогенетического дерева и его роли в концептуализации проведения ASR.
Алгоритм восстановления наследственных последовательностей 1, 2 и 3 (см. Рисунок выше). Наследственная последовательность последовательности 1 может быть восстановлена ​​из B и C, если доступна хотя бы одна внешняя группа, например D или E. Например, последовательности B и C различаются в положении 4, но, поскольку последовательности D и E имеют C в этом положении, последовательность 1, скорее всего, также имеет C. Последовательность 3 не может быть полностью реконструирована без дополнительной последовательности внешних групп (неопределенность обозначена знаком «X»).

В отличие от традиционных эволюционных и биохимических подходов к изучению белков, т. Е. Так называемых горизонтальный сравнение родственного белка гомологи с разных концов ветки Дерево жизни; ASR исследует статистически выведенные предковые белки в узлах дерева - в вертикальный способом (см. диаграмму справа). Этот подход дает доступ к свойствам белка, которые могли временно возникать в течение эволюционного времени, и недавно был использован как способ сделать вывод о потенциальных возможностях. давление отбора это привело к сегодняшним последовательностям, наблюдаемым сегодня. ASR использовался для исследования причинной мутации, которая привела к неофункционализация после дублирования, сначала определив, что указанная мутация была расположена между предками «5» и «4» на диаграмме (иллюстративно) с помощью функциональных анализов.[6] В области белка биофизика, ASR также использовался для изучения развития термодинамических и кинетических ландшафтов белка в течение эволюционного времени, а также путей сворачивания белка путем объединения многих современных аналитических методов, таких как HX / MS.[7] Подобные идеи обычно выводятся из нескольких предков, реконструированных в рамках филогении - со ссылкой на предыдущую аналогию путем изучения узлов. выше и выше (все дальше и дальше в эволюционном времени) внутри древа жизни.[8]

Большинство исследований ASR проводится in vitroи выявили наследственные свойства белков, которые кажутся желательными с эволюционной точки зрения, такие как повышенная термостабильность, каталитическая активность и каталитическая неразборчивость. Эти данные были аккредитованы для артефактов алгоритмов ASR, а также показательных иллюстраций окружающей среды древней Земли - часто исследования ASR должны дополняться обширными средствами контроля (обычно альтернативными экспериментами ASR) для смягчения алгоритмических ошибок. Не все изученные белки ASR демонстрируют это так называемое «наследственное превосходство».[9] Зарождающееся поле 'эволюционная биохимия 'был подкреплен недавним увеличением исследований ASR с использованием предков в качестве способов проверки приспособленности организма в определенных клеточных контекстах - эффективного тестирования предковых белков. in vivo.[8] Из-за неотъемлемых ограничений такого рода исследований - в первую очередь из-за отсутствия подходящих древних геномов, подходящих для этих предков, небольшого репертуара хорошо классифицированных лабораторных модельных систем и неспособности имитировать древнюю клеточную среду; очень мало исследований ASR in vivo были проведены. Несмотря на вышеупомянутые препятствия, предварительное понимание этого направления исследования из статьи 2015 года выявило наблюдаемое «наследственное превосходство» in vitro не были резюмированы in vivo данного белка.[10] ASR представляет собой один из немногих механизмов для изучения биохимии Докембрийский эра жизни (> 541Ма ) и поэтому часто используется впалеогенетика '; действительно, Цукерандл и Полинг изначально планировали, что ASR станет отправной точкой в ​​области, которую они назвали «палеобиохимией».

Методология

Выбирают и выравнивают несколько родственных гомологов интересующего белка. множественное выравнивание последовательностей (MSA), а 'филогенетическое дерево 'строится со статистически выведенными последовательностями в узлах ветвей. Именно эти последовательности являются так называемыми «предками» - процесс синтеза соответствующей ДНК, преобразования ее в клетку и производства белка является так называемой «реконструкцией». Наследственные последовательности обычно рассчитываются максимальная вероятность, тем не мение Байесовский также реализованы методы. Поскольку предки выводятся из филогении, топология и состав филогении играет главную роль в выходных последовательностях ASR. Учитывая, что существует много дискуссий и дискуссий о том, как построить филогении - например, являются ли термофильные бактерии базовыми или производными в бактериальной эволюции, - многие статьи ASR конструируют несколько филогений с различной топологией и, следовательно, с разными последовательностями ASR. Эти последовательности затем сравниваются и часто несколько (~ 10) экспрессируются и исследуются на филогенетический узел. ASR не претендует на воссоздание фактической последовательности древнего белка / ДНК, а скорее последовательности, которая, вероятно, будет похожа на ту, которая действительно была в узле. Это не считается недостатком ASR, поскольку оно вписывается внейтральная сеть 'модель эволюции белков, согласно которой в эволюционных стыках (узлах) в существующей популяции организма существовала популяция генотипически различных, но фенотипически сходных белковых последовательностей. Следовательно, возможно, что ASR будет генерировать одну из последовательностей нейтральной сети узла, и хотя он может не представлять генотип последнего общего предка современных последовательностей, он, вероятно, представляет фенотип.[8] Это подтверждается современными наблюдениями, согласно которым многие мутации в некаталитическом / функциональном сайте белка вызывают незначительные изменения биофизических свойств. Следовательно, ASR позволяет исследовать биофизические свойства прошлых белков и свидетельствует о древней генетике.

Методы максимального правдоподобия (ML) работают путем генерации последовательности, в которой остаток в каждой позиции, по прогнозам, с наибольшей вероятностью займет указанное положение с помощью используемого метода вывода - обычно это матрица оценок (аналогично тем, которые используются в Взрывы или MSA), рассчитанные на основе существующих последовательностей. Альтернативные методы включают: максимальная экономия (MP), которые создают последовательность на основе модели эволюции последовательности - обычно идея о том, что минимальное количество изменений нуклеотидной последовательности представляет собой наиболее эффективный путь эволюции, и бритва Оккама наиболее вероятно. MP часто считается наименее надежным методом реконструкции, поскольку он, возможно, упрощает эволюцию до степени, неприменимой в масштабе миллиарда лет. Другой метод включает рассмотрение неопределенности остатка - так называемые байесовские методы - эта форма ASR иногда используется в дополнение к методам ML, но обычно дает более неоднозначные последовательности. В ASR термин «неоднозначность» относится к положениям остатков, в которых невозможно предсказать четкую замену - часто в этих случаях создается несколько последовательностей ASR, охватывающих большую часть неоднозначностей и сравниваемых друг с другом. ML ASR часто требует дополнительных экспериментов, чтобы показать, что производные последовательности представляют собой нечто большее, чем просто консенсусы входных последовательностей. Это особенно необходимо при наблюдении «превосходства предков».[7] Одно из объяснений тенденции к повышению термостабильности состоит в том, что ML ASR создает согласованную последовательность нескольких различных параллельных механизмов, эволюционировавших для обеспечения термостабильности минорных белков на протяжении всей филогении, что приводит к аддитивному эффекту, приводящему к «превосходной» наследственной термостабильности.[11] Выражение консенсусных последовательностей и параллельное ASR с помощью методов, не связанных с ML, часто требуется, чтобы опровергнуть эту теорию на каждый эксперимент. Еще одна проблема, вызываемая методами ML, заключается в том, что скоринговые матрицы получены из современных последовательностей, и конкретные частоты аминокислот, наблюдаемые сегодня, могут не совпадать с докембрийской биологией, что приводит к искаженному выводу последовательности. В нескольких исследованиях предпринимались попытки построить древние скоринговые матрицы с помощью различных методологий и сравнивать полученные последовательности и биофизические свойства их белков. Хотя эти модифицированные последовательности приводят к несколько отличающимся последовательностям ASR, наблюдаемые биофизические свойства, по-видимому, не отличаются вне экспериментальной ошибки.[12] Из-за «целостной» природы ASR и большой сложности, которая возникает при рассмотрении всех возможных источников экспериментальной ошибки - экспериментальное сообщество считает окончательным измерением надежности ASR сравнение нескольких альтернативных реконструкций ASR одного и того же узла и выявление сходных биофизических свойств. Хотя этот метод не предлагает надежных статистических и математических показателей надежности, он основывается на фундаментальной идее, используемой в ASR, что отдельные аминокислотные замены не вызывают значительных изменений биофизических свойств в белке - свойство, которое должно соблюдаться для того, чтобы чтобы иметь возможность преодолеть эффект неоднозначности вывода.[13]

Кандидаты, используемые для ASR, часто выбираются на основе конкретного изучаемого свойства, представляющего интерес - например, термостойкость.[9] Путем выбора последовательностей с любого конца диапазона свойств (например, психрофильных белков и термофильных белков), но в В семействе белков ASR можно использовать для исследования конкретных изменений последовательности, которые вызывают наблюдаемый биофизический эффект, например, стабилизирующие взаимодействия. Учтите, что на диаграмме, если последовательность «А» кодирует белок, который был оптимально функциональным при нейтральных значениях pH, и «D» в кислых условиях, изменения последовательности между «5» и «2» могут проиллюстрировать точное биофизическое объяснение этой разницы. Поскольку эксперименты с ASR могут извлекать предков, которым, вероятно, миллиарды лет, часто происходят десятки, если не сотни изменений последовательностей между самими предками и предками и существующими последовательностями - из-за этого такие эволюционные исследования функций последовательности могут потребовать много работы и рациональное направление.[1][6][14]

Воскресшие белки

Существует множество примеров предковых белков, которые были реконструированы с помощью вычислений, экспрессированы в линиях живых клеток и - во многих случаях - очищены и изучены биохимически. Лаборатория Торнтона заметно воскресила несколько наследственных рецепторы гормонов (примерно от 500 млн лет назад)[15][16][17] и сотрудничал с лабораторией Стивенса, чтобы воскресить древние V-АТФаза подразделения[18] из дрожжи (800Ма). В Маркиз лаборатория недавно опубликовала несколько исследований, касающихся эволюционной биофизической истории Кишечная палочка Рибонуклеаза H1.[9][19] Некоторые другие примеры - зрительные пигменты предков у позвоночных,[20] ферменты в дрожжах, расщепляющих сахар (800Ma);[21] ферменты в бактерии которые обеспечивают сопротивление к антибиотикам (2 - 3Ga );[22] рибонуклеазы, участвующие в пищеварении жвачных животных; и алкогольдегидрогеназы (Adhs) участвует в дрожжах ферментация (~ 85 млн лет назад).[13]«Возраст» реконструированной последовательности определяется с помощью молекулярные часы модель, и часто используются несколько.[7][23] Этот метод датирования часто калибруется с использованием геологических временных точек (таких как древние составные части океана или BIF ), и хотя эти часы предлагают единственный метод определения возраста очень древнего белка, они имеют большие пределы погрешности и их трудно защитить от противоположных данных. С этой целью ASR «возраст» действительно следует использовать только как ориентировочную характеристику и часто вообще превосходит его для измерения количества замен между предковыми и современными последовательностями (основание, на котором рассчитываются часы).[9] При этом использование часов позволяет сравнивать наблюдаемые биофизические данные белка ASR с геологической или экологической средой в то время. Например, исследования ASR бактериального EF-Tus (белки, участвующие в перевод, которые, вероятно, редко подвергаются HGT и обычно выставляют ТМС ~ 2C больше чем Tenv ) указывают на более горячую докембрийскую Землю, что очень хорошо согласуется с геологическими данными о температурах океана древней Земли, основанными на Кислород-18 изотопные уровни.[12] Исследования ASR дрожжевых Adhs показывают, что появление субфункциональный Адгезивы для метаболизма этанола (а не только для выведения отходов) возникли во время, похожее на зарождение мясистых фруктов в Кембрийский Период и что до этого появления Adh служил для выделения этанола в качестве побочного продукта пируват.[13] Использование часов также, возможно, указывает на то, что происхождение жизни произошел до того, как самые ранние молекулярные окаменелости указали (> 4,1 Га), но, учитывая спорную надежность молекулярных часов, к таким наблюдениям следует относиться с осторожностью.[23][24]

Тиоредоксин

Одним из примеров является реконструкция тиоредоксин ферменты организмов возрастом до 4 миллиардов лет.[25] В то время как химическая активность этих реконструированных ферментов была удивительно похожа на современные ферменты, их физические свойства показали значительно повышенную термическую и кислотную стабильность. Эти результаты были интерпретированы как предполагающие, что древняя жизнь могла развиться в океанах, которые были намного более горячими и кислыми, чем сегодня.[25]

Значимость

Эти эксперименты затрагивают различные важные вопросы эволюционной биологии: эволюция действуйте маленькими шагами или большими прыжками; обратима ли эволюция; как сложность эволюционировать? Было показано, что незначительное мутации В аминокислотной последовательности рецепторов гормонов определяют важное изменение их предпочтений в отношении гормонов. Эти изменения означают огромные шаги в эволюции эндокринная система. Таким образом, очень небольшие изменения на молекулярном уровне могут иметь огромные последствия. Лаборатория Торнтона также смогла показать, что эволюция необратима, изучая рецептор глюкокортикоидов. Этот рецептор был изменен семью мутациями в рецепторе кортизола, но изменение этих мутаций не вернуло исходный рецептор. Указывая, что эпистаз играет важную роль в эволюции белка - наблюдение, которое в сочетании с наблюдениями за несколькими примерами параллельной эволюции поддерживает упомянутую выше модель нейтральной сети.[8] Другое ранее нейтральные мутации действовал как трещотка и сделал изменения рецептора необратимыми.[26] Эти различные эксперименты с рецепторами показывают, что в ходе своей эволюции белки сильно дифференцируются, и это объясняет, как может развиваться сложность. Более пристальный взгляд на различные рецепторы предковых гормонов и различные гормоны показывает, что на уровне взаимодействия между отдельными аминокислотными остатками и химическими группами гормоны возникают очень небольшие, но специфические изменения. Знание об этих изменениях может, например, привести к синтезу гормональных эквивалентов, способных имитировать или подавлять действие гормона, что может открыть возможности для новых методов лечения.

Учитывая, что ASR выявила тенденцию к древней термостабильности и ферментативной неразборчивости, ASR представляет собой ценный инструмент для белковые инженеры которые часто желают этих качеств (оказывая эффекты, иногда превосходящие существующие, рационально руководящие инструменты).[11] ASR также обещает «воскресить» фенотипически похожие «древние организмы», что, в свою очередь, позволит эволюционным биохимикам исследовать историю жизни. Сторонники ASR, такие как Беннер, заявляют, что благодаря этим и другим экспериментам в конце текущего века мы увидим уровень понимания биологии, аналогичный тому, который возник в классической химии в прошлом веке.[13]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Торнтон, Дж. (2004). «Воскрешая древние гены: экспериментальный анализ вымерших молекул». Природа Обзоры Генетика. 5 (5): 366–375. Дои:10.1038 / nrg1324. PMID  15143319. S2CID  205482979.
  2. ^ Полинг, Л. и Цукеркандл, Э. Химическая палеогенетика: исследования молекулярного восстановления вымерших форм жизни. Acta Chem. Сканд. supl. 17, S9 – S16 (1963) Онлайн-архив Acta Chemica Scandinavica
  3. ^ Jermann, TM; Opitz, JG; Стэкхаус, Дж; Беннер, SA (март 1995 г.). «Реконструкция эволюционной истории надсемейства парнокопытных рибонуклеаз». Природа. 374 (6517): 57–9. Bibcode:1995 Натур.374 ... 57J. Дои:10.1038 / 374057a0. PMID  7532788. S2CID  4315312.
  4. ^ Торнтон, JW; Потребность, E; Crews, D (сентябрь 2003 г.). «Возрождение предкового стероидного рецептора: древнее происхождение передачи сигналов эстрогена». Наука. 301 (5640): 1714–7. Bibcode:2003Научный ... 301.1714T. Дои:10.1126 / science.1086185. PMID  14500980. S2CID  37628350.
  5. ^ Пирсон, Хелен (21 марта 2012 г.) "Доисторические белки: воскрешение мертвых "Природа (Лондон)"
  6. ^ а б Андерсон, Дуглас П .; Whitney, Dustin S .; Хэнсон-Смит, Виктор; Возница, Ариэль; Камподонико-Бернетт, Уильям; Volkman, Brian F .; Король, Николь; Торнтон, Джозеф В .; Прехода, Кеннет Э. (07.01.2016). «Эволюция функции древнего белка, участвующего в организованной многоклеточности у животных». eLife. 5: e10147. Дои:10.7554 / eLife.10147. ISSN  2050-084X. ЧВК  4718807. PMID  26740169.
  7. ^ а б c Уиллер, Лукас С .; Lim, Shion A .; Маркиз, Сьюзен; Хармс, Майкл Дж. (01.06.2016). «Термостабильность и специфичность древних белков». Текущее мнение в структурной биологии. 38: 37–43. Дои:10.1016 / j.sbi.2016.05.015. ISSN  1879-033X. ЧВК  5010474. PMID  27288744.
  8. ^ а б c d Хармс, Майкл Дж .; Торнтон, Джозеф В. (1 августа 2013 г.). «Эволюционная биохимия: раскрытие исторических и физических причин свойств белка». Природа Обзоры Генетика. 14 (8): 559–571. Дои:10.1038 / nrg3540. ISSN  1471-0056. ЧВК  4418793. PMID  23864121.
  9. ^ а б c d Lim, Shion A .; Харт, Кэтрин М .; Хармс, Майкл Дж .; Маркиз, Сьюзен (15.11.2016). «Эволюционная тенденция к кинетической стабильности траектории сворачивания РНКаз H». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 113 (46): 13045–13050. Дои:10.1073 / pnas.1611781113. ISSN  1091-6490. ЧВК  5135364. PMID  27799545.
  10. ^ Хоббс, Джоан К .; Прентис, Эрика Дж .; Груссен, Матье; Аркус, Викери Л. (01.10.2015). «Реконструированные предковые ферменты накладывают издержки на приспособленность современных бактерий, несмотря на их благоприятные биохимические свойства». Журнал молекулярной эволюции. 81 (3–4): 110–120. Bibcode:2015JMolE..81..110H. Дои:10.1007 / s00239-015-9697-5. HDL:1721.1/105120. ISSN  1432-1432. PMID  26349578. S2CID  18833850.
  11. ^ а б Риссо, Валерия А .; Gavira, Jose A .; Санчес-Руис, Хосе М. (01.06.2014). «Термостабильные и неразборчивые докембрийские белки». Экологическая микробиология. 16 (6): 1485–1489. Дои:10.1111/1462-2920.12319. ISSN  1462-2920. PMID  25009840.
  12. ^ а б Gaucher, Eric A .; Говиндараджан, Шридхар; Ганеш, Омджой К. (07.02.2008). «Палеотемпературный тренд докембрийской жизни по воскресшим белкам». Природа. 451 (7179): 704–707. Bibcode:2008Натура.451..704Г. Дои:10.1038 / природа06510. ISSN  0028-0836. PMID  18256669. S2CID  4311053.
  13. ^ а б c d Реконструкция предков. Оксфорд, Нью-Йорк: Издательство Оксфордского университета. 2007-07-26. ISBN  9780199299188.
  14. ^ Рисунок 1 из ссылки Хармс, Майкл Дж .; Торнтон, Джозеф В. (1 августа 2013 г.). «Эволюционная биохимия: раскрытие исторических и физических причин свойств белка». Природа Обзоры Генетика. 14 (8): 559–571. Дои:10.1038 / nrg3540. ЧВК  4418793. PMID  23864121.
  15. ^ Торнтон, JW; Потребность, E; Экипажи, Д. (2003). «Воскрешение рецепторов стероидов предков: древнее происхождение сигналов эстрогена». Наука. 301 (5640): 1714–1717. Bibcode:2003Научный ... 301.1714T. Дои:10.1126 / science.1086185. PMID  14500980. S2CID  37628350.
  16. ^ Эйк, Г. Н.; Colucci, JK; Хармс, MJ; Орлунд, EA; Торнтон, Дж. В. (2012). «Эволюция минимальной специфичности и неразборчивости рецепторов стероидных гормонов». PLOS Genetics. 8 (11): e1003072. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003072. ЧВК  3499368. PMID  23166518.
  17. ^ Хармс MJ, Eick GN, Goswami D, Colucci JK, Griffin PR, Ortlund EA, Thornton JW. (2013) Биофизические механизмы мутаций с большим эффектом в эволюции рецепторов стероидных гормонов. Труды Национальной академии наук США. опубликовано в сети 24 июня
  18. ^ Финниган, G; Hanson-Smith, V; Стивенс, TH; Торнтон, Дж. В. (2012). «Механизмы эволюции повышенной сложности в молекулярной машине». Природа. 481 (7381): 360–4. Bibcode:2012Натура 481..360F. Дои:10.1038 / природа10724. ЧВК  3979732. PMID  22230956.
  19. ^ Харт, Кэтрин М .; Хармс, Майкл Дж .; Schmidt, Bryan H .; Эля, Кэролайн; Торнтон, Джозеф В .; Маркиз, Сьюзен (11 ноября 2014 г.). «Дрейф термодинамической системы в эволюции белка». PLOS Биология. 12 (11): e1001994. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001994. ISSN  1545-7885. ЧВК  4227636. PMID  25386647.
  20. ^ Shi, Y .; Ёкояма, С. (2003). «Молекулярный анализ эволюционного значения ультрафиолетового зрения у позвоночных». Proc. Natl. Акад. Sci. Соединенные Штаты Америки. 100 (14): 8308–8313. Bibcode:2003ПНАС..100.8308С. Дои:10.1073 / pnas.1532535100. ЧВК  166225. PMID  12824471.
  21. ^ Voordeckers, K; Браун, Калифорния; Ваннест, К; van der Zande, E; Voet, A; и другие. (2012). «Реконструкция предковых метаболических ферментов выявляет молекулярные механизмы, лежащие в основе эволюционных инноваций посредством дупликации генов». ПЛОС Биол. 10 (12): e1001446. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001446. ЧВК  3519909. PMID  23239941.
  22. ^ Риссо, Вирджиния; Jose, AG; Мехиа-Кармона, ДФ; Gauchier, EA; Санчес-Руис, Дж. М. (2013). «Гиперстабильность и неоднородность субстратов в лабораторных воскрешениях докембрийских β-лактамаз». Варенье. Chem. Soc. 135 (8): 2899–2902. Дои:10.1021 / ja311630a. PMID  23394108. S2CID  207092445.
  23. ^ а б Battistuzzi, Fabia U; Фейжао, Андрей; Хеджес, С. Блэр (2004-11-09). «Геномная шкала времени эволюции прокариот: понимание происхождения метаногенеза, фототрофии и колонизации земли». BMC Эволюционная биология. 4: 44. Дои:10.1186/1471-2148-4-44. ISSN  1471-2148. ЧВК  533871. PMID  15535883.
  24. ^ Белл, Элизабет А .; Бёнке, Патрик; Харрисон, Т. Марк; Мао, Венди Л. (24 ноября 2015 г.). «Потенциально биогенный углерод, сохранившийся в цирконе возрастом 4,1 миллиарда лет». Труды Национальной академии наук. 112 (47): 14518–14521. Bibcode:2015ПНАС..11214518Б. Дои:10.1073 / pnas.1517557112. ISSN  0027-8424. ЧВК  4664351. PMID  26483481.
  25. ^ а б Перес-Хименес, Рауль; Альваро Инглес-Прието; Цзы-Мин Чжао; Инмакулада Санчес-Ромеро; Хорхе Алегри-Себоллада; Паллав Косури; Сержи Гарсиа-Манйес; Т. Джозеф Каппок; Масару Танокура; Арне Хольмгрен; Хосе М. Санчес-Руис; Эрик Гоше; Хулио М. Фернандес (3 апреля 2011 г.). «Палеоэнзимология одиночных молекул исследует химию воскрешенных ферментов». Структурная и молекулярная биология природы. 18 (5): 592–6. Дои:10.1038 / nsmb.2020. ЧВК  3087858. PMID  21460845.
  26. ^ Бриджем, JT; Ортлунд, EA; Торнтон, Дж. В. (2009). «Эпистатический храповик ограничивает направление развития рецепторов глюкокортикоидов». Природа. 461 (7263): 515–519. Bibcode:2009Натура.461..515Б. Дои:10.1038 / природа08249. ЧВК  6141187. PMID  19779450.