Fam158a - Fam158a

EMC9
Идентификаторы
ПсевдонимыEMC9, C14orf122, FAM158A, CGI-112, Fam158a, субъединица 9 комплекса мембранного белка ER
Внешние идентификаторыMGI: 1934682 ГомолоГен: 41095 Генные карты: EMC9
Расположение гена (человек)
Хромосома 14 (человек)
Chr.Хромосома 14 (человек)[1]
Хромосома 14 (человек)
Геномное расположение EMC9
Геномное расположение EMC9
Группа14q12Начинать24,138,959 бп[1]
Конец24,141,591 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

51016

85308

Ансамбль

ENSG00000100908
ENSG00000285377

ENSMUSG00000022217

UniProt

Q9Y3B6

Q9DB76

RefSeq (мРНК)

NM_001346874
NM_001346875
NM_001346876
NM_001346877
NM_016049

NM_033146

RefSeq (белок)

NP_001333803
NP_001333804
NP_001333805
NP_001333806
NP_057133

NP_149158

Расположение (UCSC)Chr 14: 24.14 - 24.14 МбChr 14: 55,58 - 55,59 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Белок UPF0172 FAM158A, также известный как c14orf122 или же CGI112, это белок что у человека кодируется FAM158A ген расположен на хромосома 14q 11.2.[5][6]

Человеческий FAM158A и его паралоги у других видов являются частью не охарактеризованного семейства белков UPF0172, которое является подмножеством убиквитиновой протеазы JAB1 / Mov34 / MPN / PAD-1 белковая семья. Суперсемейство MPN способствует убиквитинирование и активность деубиквитинирования внутри клетки. Подмножество UPF0172 больше не имеет функционального домена убиквитинирования, и функция не охарактеризована.[7]

Ген

Fam158a находится между PSME1 (антисмысловой) и PSME2 (смысл).[8] RNF31 находится выше по течению и антисмыслово по отношению к Fam158a. DCAF11 и FITM1 оба находятся выше антисмыслового PSME1 по отношению к Fam158a. PSME1 это подразделение регулятора 11S, входящего в состав иммунопротеасома ответственный за раскалывание MHC класс I пептиды.[9] PSME2 - еще одна подблок регулятора 11S.[10] RNF31 кодирует белок, который содержит мотив безымянного пальца, обнаруженный в нескольких белках, которые опосредуют взаимодействия белок-ДНК и белок-белок.[11] FITM1 - это белок, участвующий в хранении жира.[12] DCAF11 - это белок, который, как известно, взаимодействует с COP9 и имеет несколько альтернативных транскриптов.[13]

  • Концептуальная трансляция Fam158a с аннотациями предсказанных сайтов фосфорилирования, границ экзонов и консервативных областей

  • Хромосомное положение Fam158a и соседние гены

  • сайты связывания факторов транскрипции в промоторе Fam158a

Промоутер

Промотор сохраняется еще в Данио Рерио. FGenesH компании Softberry предсказывает наличие двух промоутеров в восходящем направлении, Коробка ТАТА 461 п.н. выше стартового сайта и другой не охарактеризованный промотор 83 п.н. выше.[нужна цитата ] Genomatix ElDorado предсказывает несколько фактор транскрипции сайты связывания в промоторной области.[нужна цитата ][14] обнаружили, что экспрессия Fam158a увеличивается в GATA3 мутанты, и, как видно из таблицы, промоторная область Fam158a содержит сайт связывания Gata. Другое исследование показывает, что FAM158A реагирует на Бета-катенин истощение.[15] Хотя в промоторе нет известных сайтов связывания бета-катенина, существует NeuroD site и NeuroD реагирует на бета-катенин.

Гомология

Это расклад Fam158a и его единственный паралог Cox4NB
Выравнивание белковых последовательностей гомологов приведено в таблице. Аннотировано химией, а не сходством. Высококонсервативные области отмечены красными прямоугольниками.
Сходство белков как функция дивергенции видов.
Неукорененное филогенетическое древо, изображающее отношения нескольких видов на основе сходства белка Fam158a.

Паралоги

ИмяРазновидностьОбщее название видаРегистрационный номер NCBIдлинаИдентичность белков
Fam158aHomo sapiensЧеловекNP_057133.2208aa100%
Cox4NBHomo sapiensЧеловекO43402.1210aa41.6%

В паралог to FAM158A, обычно известный как Cox4NB, расположен по адресу 16q24.[16] Его также называют Cox4AL, Noc4 и Fam158b. Паралог частично перекрывается COX4I1 и имеет два изоформы. Изоформа 1 - это полная изоформа, состоящая из 210 аминокислот, а изоформа 2 - из 126 аминокислот.[17] Как и Fam158a, Cox4NB высоко консервативен у эукариот, от млекопитающих до рыб. В настоящее время функции Cox4NB неизвестны. У большинства рыб и более ранних есть один гомолог, предшественник Cox4NB и Fam158a.

Гомологи

РазновидностьОбщее название видаНомер доступа NCBI (мРНК / белок)Длина (уд / а)Идентичность белковмРНК идентичностьПримечания
Homo sapiensЧеловекNM_16049.3 / NP_057133.2896bp / 208aa100%100%
Пан троглодитыШимпанзеXM_001167788.2 / XP_001167788.1842bp / 208aa99.5%98.7%Идентификация на основе выравнивания SDSC [18]
Mus musculusМышьNM_033146.1 / NP_149158.1805bp / 206aa90.4%77.7%
Xenopus (Silurona) tropicalisЗападная когтистая лягушкаXM_002939019.1 / XP_002939065.11182bp / 205aa49.8%40.4%
'Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушкаNM_001096278.1 / NP_001089747.1750bp / 206aa49.8%51.9%мРНК отсутствует 5 'UTR
Данио РериоДаниоNM_200126.1 / NP_956420.1962bp / 205aa51.4%46.3%
Bombus impatiensВосточный шмельXM_003489887.1 / XP_003489935.1846bp / 207aa35.8%41.1%мРНК отсутствует 5 'UTR
Volvox carteri f. nagariensisЗеленые водорослиXM_002953071.1 / XP_002953117.11677bp / 222aa29.3%34.8%
Salicornia bigeloviiКарликовая солянкаDQ444286.1 / ABD97881.1870bp / 198aa31.3%47.5%
Arabidopsis thalianaТале крессNM_124976.3 / NP_568832.11039bp / 208aa29.1%44.7%
Physcomitrella patens patensМохXM_001763974 / XP_001764026.1609bp / 202aa30.9%49.2%мРНК отсутствует 5 'UTR
Серпула lacrymans S7.3Базидиомицеты тип дрожжей - нет общепринятого названияGL945481.1 / EGN98368.1203aa30.3%последовательность мРНК дробовика, информация о мРНК отсутствует
Capsaspora owczarzakiа протист - нет общего имениGG697244.1 / EFW44366.1202aa31.2%последовательность мРНК дробовика, информация о мРНК отсутствует
Plasmodium knowlesi Штамм HПлазмодий, малярия причина, нет общего названияXM_002259366.1 / XP_002259402.1609bp / 202aa24.7%45.9%мРНК отсутствует 5 'UTR

Как показано в сопоставлении, белок является высококонсервативным химически, хотя точная последовательность может быть разной. Есть также несколько регионов с высокой степенью сохранности (выделены красными рамками). Степень сохранения соответствует ожидаемой эволюционной схеме. График демонстрирует это, отображая сходство белков каждого вида с человеческим белком в зависимости от времени, прошедшего с тех пор, как у вида был общий предок. Неукорененный филогенетическое дерево также демонстрирует эту взаимосвязь.

Протеин

Fam158a имеет изоэлектрическая точка из 5,5[19] и молекулярный вес 23 килодальтон.[20] Fam158a не предсказал сигнальные пептиды или же трансмембранный регионы. Есть несколько предполагаемых сайтов фосфорилирования.[21][22] отмечены как в концептуальном переводе, так и в предполагаемой вторичной структуре.[23] Нет областей, значительно отличающихся от других белков человека в отношении состава, областей полярности или областей гидрофобности. iPsortII не предсказывает отсутствие сигнальных пептидов и локализует Fam158a в цитоплазма -[24] И-Тассер[25] предсказывает несколько структур для Fam158a, и показано наилучшее предсказание. Швейцарская модель[26] предсказывает две потенциальные белковые структуры, как показано на изображениях. Первая структура предсказывает, что белок образует димер белка, второй как мономер. Rual et al.[27] обнаружили, что Fam158a взаимодействует с белком, называемым TTC35. Функция TTC35 неизвестна, но также известно, что он взаимодействует с Cox4NB и Убиквитин С.

  • Прогнозируемые структуры белка с использованием SwissModel

  • Предсказанная структура Fam158a от I Tasser

Функция

Fam158a почти повсеместно экспрессируется в организме человека.[28] Гомолог у мышей также проявляет экспрессию по всему телу.[29] Несколько микромассивов демонстрируют вариабельную экспрессию Fam158a в ответ на другие факторы и при различных типах рака. Никакая из этой информации не дает никаких указаний на конкретную функцию, но широкая экспрессия гена и его высокая консервативность указывают на то, что Fam158a играет важную роль в клеточной функции.

Клиническое значение

Есть несколько заболеваний, связанных с делециями 14q11.2, но ни одно из них не было связано конкретно с Fam158a. Т-лимфоцитарный Лейкемия с или без атаксия, телеангиэктазия был связан с инверсиями и тандемными транслокациями 14q11 и 14q32 и других хромосом.[30] Также, синдактилия тип 2 был изолирован от 14q11.2-12.[31] Эта форма синдактилии характеризуется слиянием третьего и четвертого пальцев кисти, четвертого и пятого пальцев стопы в дополнение к другим сращениям и порокам развития.

Рекомендации

  1. ^ а б c ENSG00000285377 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000100908, ENSG00000285377 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022217 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ GeneCard за fam158a
  6. ^ HomoloGene: 41095
  7. ^ "NCBI CDD cd08060". Сохраненная база данных домена. Национальный центр биотехнологической информации.Марчлер-Бауэр А., Андерсон Дж. Б., Чицаз Ф., Дербишир М.К., ДеВиз-Скотт К., Фонг Дж. Х., Гир Л. Я., Гир Р. К., Гонсалес Н. Р., Гвадз М., Хе С., Гурвиц Д. И., Джексон Д. Д., Ке З., Ланчицкий К. Джей, Либерт CA, Лю С., Лу Ф., Лу С., Марчлер Г. Х., Муллокандов М., Сонг Дж. С., Тасним А., Танки Н., Ямасита Р. А., Чжан Д., Чжан Н., Брайант С.Х. (январь 2009 г.). «CDD: специальная функциональная аннотация с базой данных сохраненных доменов». Нуклеиновые кислоты Res. 37 (Выпуск базы данных): D205–10. Дои:10.1093 / нар / gkn845. ЧВК  2686570. PMID  18984618.
  8. ^ EntrezGene 51016
  9. ^ EntrezGene 5720
  10. ^ EntrezGene 5721
  11. ^ EntrezGene 55072
  12. ^ EntrezGene 161247
  13. ^ EntrezGene 80344
  14. ^ Usary J, Llaca V, Karaca G, Presswala S, Karaca M, He X, Langerød A, Kåresen R, Oh DS, Dressler LG, Lønning PE, Strausberg RL, Chanock S, Børresen-Dale AL, Perou CM (октябрь 2004 г.) . «Мутация GATA3 в опухолях груди человека». Онкоген. 23 (46): 7669–78. Дои:10.1038 / sj.onc.1207966. PMID  15361840.
  15. ^ Датта-Симмонс Дж., Чжан Й., Горгун Дж., Гатт М., Мани М., Хидешима Т., Такада К., Карлсон Н. Э., Карраско Д. Е., Тай Ю. Т., Радже Н., Летай А. Г., Андерсон К. К., Карраско Д. Р. (сентябрь 2009 г.) «Киназа Aurora A является мишенью для Wnt / бета-катенина, участвующего в прогрессировании множественной миеломы». Кровь. 114 (13): 2699–708. Дои:10.1182 / кровь-2008-12-194290. PMID  19652203.
  16. ^ Бахман Н.Дж., Ву В., Шмидт Т.Р., Гроссман Л.И., Ломакс М.И. (май 1999 г.). «5'-область гена COX4 содержит новый перекрывающийся ген, NOC4» (PDF). Мамм. Геном. 10 (5): 506–12. Дои:10.1007 / s003359901031. PMID  10337626.
  17. ^ NCBI. «Сосед COX4 (COX4NB) человека (Homo sapiens), вариант транскрипта 1, мРНК - нуклеотид». Эталонная последовательность NCBI: NM_006067.4. Национальный центр биотехнологической информации.
  18. ^ Томпсон Дж. Д., Хиггинс Д. Г., Гибсон Т. Дж. (Ноябрь 1994 г.). «CLUSTAL W: повышение чувствительности прогрессивного множественного выравнивания последовательностей за счет взвешивания последовательностей, штрафов за пропуски в зависимости от позиции и выбора весовой матрицы». Нуклеиновые кислоты Res. 22 (22): 4673–80. Дои:10.1093 / nar / 22.22.4673. ЧВК  308517. PMID  7984417.
  19. ^ Тольдо Л., Киндлер Б. "EMBL WWW-шлюз к службе изоэлектрической точки". EMBL Heidelberg.
  20. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 89 (6): 2002–6. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  21. ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». J. Mol. Биол. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  22. ^ Блом Н., Зихериц-Понтен Т., Гупта Р., Гаммельтофт С., Брунак С. (июнь 2004 г.). «Прогнозирование посттрансляционного гликозилирования и фосфорилирования белков по аминокислотной последовательности». Протеомика. 4 (6): 1633–49. Дои:10.1002 / pmic.200300771. PMID  15174133.
  23. ^ Цянь Н., Сейновски Т.Дж. (август 1988 г.). «Предсказание вторичной структуры глобулярных белков с использованием моделей нейронных сетей». J. Mol. Биол. 202 (4): 865–84. Дои:10.1016/0022-2836(88)90564-5. PMID  3172241. Совместное предсказание - Прогноз, сделанный программой, которая назначает структуру с использованием процедуры «победитель получает все» для каждой аминокислоты, предсказания с использованием других методов.
  24. ^ Баннай Х., Тамада Й., Маруяма О, Накаи К., Мияно С. (февраль 2002 г.). «Обширная функция обнаружения сигналов сортировки N-концевых белков». Биоинформатика. 18 (2): 298–305. Дои:10.1093 / биоинформатика / 18.2.298. PMID  11847077.
  25. ^ Амбриш Рой, Альпер Кучукурал, Ян Чжан. I-TASSER: унифицированная платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков. Протоколы природы, том 5, 725-738 (2010)
  26. ^ Арнольд К., Бордоли Л., Копп Дж., Шведе Т. (январь 2006 г.). «Рабочее пространство SWISS-MODEL: веб-среда для моделирования гомологии структуры белков». Биоинформатика. 22 (2): 195–201. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti770. PMID  16301204.
  27. ^ Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514.
  28. ^ "Профиль EST - Hs.271614". EST Profile Viewer. Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  29. ^ "Идентификатор набора GENEPAINT: EH1992". GenePaint.org. цифровой атлас паттернов экспрессии генов у мышей
  30. ^ Брито-Бабапулле V, Катовский Д. (август 1991 г.). «Инверсии и тандемные транслокации с участием хромосомы 14q11 и 14q32 при Т-пролимфоцитарном лейкозе и Т-клеточном лейкозе у пациентов с атаксией и телеангиэктазией». Рак Генет. Цитогенет. 55 (1): 1–9. Дои:10.1016 / 0165-4608 (91) 90228-М. PMID  1913594.
  31. ^ Малик С., Аббаси А.А., Ансар М., Ахмад В., Кох М.К., Гжещик К.Х. (июнь 2006 г.). «Генетическая гетерогенность синполидактилии: новый локус SPD3 отображается на хромосоме 14q11.2-q12». Clin. Genet. 69 (6): 518–24. Дои:10.1111 / j.1399-0004.2006.00620.x. PMID  16712704.