LRRC40 - Википедия - LRRC40
LRRC40 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | LRRC40, dJ677H15.1, богатый лейцином повтор, содержащий 40 | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | MGI: 1914394 ГомолоГен: 9825 Генные карты: LRRC40 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr 1: 70.14 - 70.21 Мб | Chr 3: 158.04 - 158.07 Мб | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
Богатый лейцином повтор, содержащий 40 (LRRC40) - это белок что у людей кодируется LRRC40 ген.[5]
Распространение видов
LRRC40 сохраняется во всех своих ортологи. Весь белок является высококонсервативным у млекопитающих, тогда как консервативность высока в богатых лейцином повторах в остальных ортологах.[6] Ортологи были найдены вплоть до алого морского анемона и гомологи были найдены в бактерии и Археи с помощью ВЗРЫВ.[7] В следующей таблице представлена информация о гомологах LRRC40.
Род разновидность | Общее название организма | Дивергенция от человека (MYA) [8] | Присоединение к мРНК NCBI | Сходство последовательностей [7] | Длина белка | Общее название гена |
---|---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens[9] | Люди | -- | NM_017768 | 100% | 602 | LRRC40 |
Пан троглодиты[10] | Обыкновенный шимпанзе | 6.4 | XM_513483 | 99% | 602 | Гипотетический белок |
Pongo abelii [11] | Орангутанг | 15.8 | NM_001131180 | 99% | 602 | LRRC40 |
Macaca fascicularis [12] | Длиннохвостая макака | 30.2 | AB179219 | 99% | 602 | Полный LRRC40 |
Каллитрикс Яхус [13] | Обыкновенная мартышка | 43.9 | XM_002750952.1 | 99% | 602 | Прогноз: LRRC40 |
Sus scrofa [14] | Дикий кабан | 92.5 | XM_003127928 | 96% | 602 | Прогнозировано: LRRC40-подобный белок |
Mus musculus [15] | Мышь | 94.1 | NM_024194 | 92% | 602 | LRRC40 |
Monodelphis domestica [16] | Опоссум | 160.2 | XM_001379417 | 86% | 598 | Гипотетический белок |
Gallus gallus [17] | Курица | 274.8 | NM_001031295 | 85% | 603 | LRRC40 |
Taeniopygia guttata [18] | Зебра зяблик | 274.8 | XM_002188367 | 85% | 605 | Прогноз: LRRC40 |
Xenopus (Silurana) tropicalis [19] | Западная когтистая лягушка | 389.7 | NM_001011310 | 80% | 605 | LRRC40 |
Данио Рерио [20] | Данио | 444.3 | NM_199862 | 83% | 601 | LRRC40 |
Salmo salar [21] | Лосось | 444.3 | BT043621 | 82% | 600 | LRRC40 |
Nematostella vectensis [22] | Алый морской анемон | 830.3 | XM_001640230 | 66% | 602 | Прогнозируемый белок |
Culex quinquefasciatus [23] | Комар Южный дом | 838.3 | XM_001842697.1 | 58% | 612 | LRRC40 |
Ген
LRRC40 расположен на отрицательной цепи ДНК (см. Смысл (молекулярная биология) ) из хромосома 1 от 70 611 483 до 70 671 223.[24] Ген производит 2958 базовая пара мРНК. Есть 15 прогнозируемых экзоны в человеческом гене [9] с четырьмя другими шаблонами сварки, предсказанными для GeneCard альтернативной базой данных сварки.[25]
Джин соседство
LRRC40 находится ниже по течению LRRC7 (70,225,888 - 70,587,570) на положительной цепи ДНК и выше по течению SRSF11 (70,687,320-70,716,488) на положительной цепи ДНК.
Экспрессия гена
LRRC40 экспрессируется между 50-м и 100-м процентилями почти в каждой ткани тела.[26]
Протеин
Хотя точная функция белка LRRC40 еще не выяснена, считается, что он участвует во взаимодействиях белок-белок, поскольку он является членом богатый лейцином повтор семейство белков, которые, как известно, участвуют в белок-белковые взаимодействия.[27]
Характеристики
LRRC40 представляет собой белок из 602 аминокислот с молекулярный вес 68,254 кДа и изоэлектрическая точка от 6.04.[28] Ожидается, что LRRC40 будет локализован на ядро [29] и не имеет трансмембранных доменов, чтобы прикрепить его к ядерная мембрана. LRRC40 многое предсказал фосфорилирование места. Из 19 предсказанных фосфосерин сайтов, в ортологах сохранились только два.[30] Эти два сайта - S38 и S391.
Белковая структура
В вторичная структура белка имеет структуру в областях повторов лейцина. Каждый повтор лейцина имеет β-лист и α-спираль. Изображение справа показывает особую подковообразную структуру белка с множеством повторов, богатых лейцином. В зависимости от области, где расположены LRR, другие белки могут связываться внутри изгиба подковы или присоединяться к белку снаружи.
Белковые взаимодействия
По данным Genecards, LRRC40 имеет 756 возможных белковые взаимодействия.[25] Эти взаимодействия основаны на результатах в базе данных Molecular Interaction, которая предоставила два возможных взаимодействия белков. Эти два белка описаны в таблице ниже.
Сокращение | Название протеина | Присоединение белка NCBI | Сотовая связь | Функция |
---|---|---|---|---|
CDC5L | 5-подобный белок цикла деления клетки | NP_001244 | ядро | регуляция транскрипции и обработка мРНК [32] |
SNW1 | Белок, взаимодействующий с лыжами | NP_036377.1 | ядро | обработка мРНК [33] |
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000066557 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000063052 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Entrez Gene: богатый лейцином повтор, содержащий 40".
- ^ Ченна Р., Сугавара Х., Коике Т., Лопес Р., Гибсон Т.Дж., Хиггинс Д.Г., Томпсон Д.Д. (июль 2003 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с помощью программ серии Clustal». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (13): 3497–500. Дои:10.1093 / нар / гкг500. ЧВК 168907. PMID 12824352.
- ^ а б "NCBI BLAST".
- ^ «Дерево времени».
- ^ а б "Нуклеотид NCBI: NM_017768.4".
- ^ "Нуклеотид NCBI: XP_513483".
- ^ «Нуклеотид NCBI: NM_001131180».
- ^ «Нуклеотид NCBI: AB179219».
- ^ «Нуклеотид NCBI: XM_002750952.1».
- ^ "Нуклеотид NCBI: XM_003127928".
- ^ "Нуклеотид NCBI: NM_024194".
- ^ "Нуклеотид NCBI: XM_001379417".
- ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001031295".
- ^ "Нуклеотид NCBI: XM_002188367".
- ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001011310".
- ^ "Нуклеотид NCBI: NM_199862".
- ^ «Нуклеотид NCBI: BT043621».
- ^ «Нуклеотид NCBI: XM_001640230».
- ^ "Нуклеотид NCBI: XM_001842697.1".
- ^ "NCBI Gene: 55631".
- ^ а б «Генные карты: LRRC40».
- ^ а б "Профили GEO: LRRC40 GDS596".
- ^ Кобе Б., Каява А.В. (декабрь 2001 г.). «Богатый лейцином повтор как мотив узнавания белка». Curr. Мнение. Struct. Биол. 11 (6): 725–32. Дои:10.1016 / S0959-440X (01) 00266-4. PMID 11751054.
- ^ «ExPASy: вычислить PI / Mw». Архивировано из оригинал 23 июля 2003 г.
- ^ "PSORTII: Инструмент локализации белков".[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Сервер NetPhos 2.0: прогноз фосфорилирования».
- ^ "NCBI MMDB: Inla S192n G194S".
- ^ "МЯТ: CDC5L". Архивировано из оригинал 18 февраля 2013 г.
- ^ «МЯТ: SNW1». Архивировано из оригинал 18 февраля 2013 г.