Патрокладограмма - Patrocladogram

А патрокладограмма это кладистический схема ветвления, которая была точно изменена за счет использования святоотеческих расстояний (т.е. расхождений между родословными); тип филограмма.[1] Патристическое расстояние определяется как «количество апоморфных ступенчатых изменений, разделяющих два таксона на кладограмме,[2]"и используется исключительно для определения степени отклонения характеристики от общего предка. Это означает, что кладистические и святоотеческие расстояния объединяются для построения нового дерева с использованием различных фенетических алгоритмы.[3] Назначение патрокладограммы в биологическая классификация состоит в том, чтобы сформировать гипотезу о том, какие эволюционные процессы на самом деле задействованы, до принятия таксономического решения.[4] Патрокладограммы основаны на биостатистика которые включают, но не ограничиваются: скупость, матрица расстояний, методы вероятности, и Байесовская вероятность. Некоторые примеры геномно связанных данные которые могут использоваться в качестве входных данных для этих методов: молекулярные последовательности, весь геном последовательности, частоты генов, сайты ограничения, матрицы расстояний, уникальные символы, мутации, такие как SNP, и митохондриальный геном данные.

Меры предосторожности при использовании патрокладограммы

Патрокладограммы - это графики, которые утверждают гипотезы сходства, тогда как филогенетический деревья - это графы, которые утверждают гипотезы общих происхождение. Когда патрокладограмма логически не соответствует гипотезе сопоставимого филогенетического дерева, ее не следует использовать для определения монофилетических групп. Использование патрокладограмм может исказить интерпретацию новой эволюции или изобразить гомологичный черты характера как гомопластический.[5]

Программы для анализа патрокладограмм

Большинство филограмм сохранено в том или ином варианте Формат Ньюика Такие как: ПАУП *, MEGA, Анализ молекулярной эволюционной генетики, Clustal, ФИЛИП, или же Файл Nexus. Эти различные версии формата Ньюика могут затем использоваться в качестве входных данных для святоотеческих расстояний при формировании патрокладограммы. Есть две широко используемые части программного обеспечения; один используется для анализируя святоотеческое расстояние, а другое - для создания видимой патрокладограммы.

См. Обе программы ниже:

ОТДЫХ

Patristic - это программа на Java, которая использует различные файлы деревьев в качестве входных данных и вычисляет их святоотеческие расстояния. Патристика позволяет сохранять и редактировать эти расстояния. Patristic предоставляет различные графические представления результатов, а также возможность сохранять их в формате CSV для построения графики с помощью Excel.[6]

RAMI

RAMI использует длины ветвей для создания кластеров, которые затем могут быть визуализированы в виде патрокладограммы.[7]

дальнейшее чтение

  • Хёрандл, Эльвира; Стюесси, Тод Ф. (декабрь 2010 г.), «Парафилетические группы как естественные единицы биологической классификации», Таксон, 59 (6): 1641–1653, Дои:10.1002 / налог.596001
  • Стюесси, Тод Ф. (февраль 2009 г.), «Парадигмы в биологической классификации (1707-2007): действительно ли что-нибудь изменилось?», Таксон, 58 (1): 68–76, Дои:10.1002 / налог.581010

Рекомендации

  1. ^ Hörandl E; Стюесси Т.Ф. (2010). «Парафилетические группы как естественные единицы биологической классификации». Таксон. 59 (2): 345–350. Дои:10.1002 / налог.592001.
  2. ^ Стюесси Т.Ф .; Кениг C (май 2008 г.). «Патрокладистская классификация». Таксон. 57 (2): 594–601.
  3. ^ Ачиган-Дако, Енох Г. (2008). Филогенетический и генетический анализ изменчивости видов тыквенных (Cucurbitaceae) из Западной Африки: определение стратегий сохранения. Cuvillier Verlag. С. 1–145. ISBN  978-3867277853.
  4. ^ Хёрандл Э. (апрель 2010 г.). «За пределами кладистики: расширение эволюционной классификации на более глубокие временные уровни». Таксон. 59 (2): 345–350. Дои:10.1002 / налог.592001.
  5. ^ Wiley E.O. (Февраль 2009 г.). «Патрокладистика, ничего нового». Таксон. 58 (1): 2–6. Дои:10.1002 / налог.581002.
  6. ^ Фурмент М .; Гиббс М. Дж. (2006). «PATRISTIC: программа для расчета святоотеческих расстояний и графического сравнения компонентов генетического изменения». BMC Эволюционная биология. 6: 1–5. Дои:10.1186/1471-2148-6-1. ЧВК  1352388. PMID  16388682.
  7. ^ Pommier T .; Canbäck B .; Lundberg P .; Hagström A .; Тунлид А. (2009). «RAMI: инструмент для идентификации и характеристики филогенетических кластеров в микробных сообществах». Биоинформатика. 25 (6): 736–742. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp051. ЧВК  2654800. PMID  19223450.

внешняя ссылка