Прокариотическая малая рибосомная субъединица - Википедия - Prokaryotic small ribosomal subunit

Атомная структура 30S субъединицы из Термус термофильный. Белки показаны синим, а одиночная цепь РНК - оранжевым.[1]

В прокариотическая малая рибосомная субъединица, или же 30S подразделение, является меньшей субъединицей 70S рибосома нашел в прокариоты. Это комплекс 16S рибосомная РНК (рРНК) и 19 белки.[1] Этот комплекс участвует в связывании переносить РНК к информационная РНК (мРНК).[2] Маленькая субъединица отвечает за связывание и считывание мРНК во время перевод. Малая субъединица, как рРНК, так и ее белки, соединяется с большой 50S подразделение для формирования 70S прокариотический рибосома в прокариотических клетках. Затем эта 70S рибосома используется для трансляции мРНК в белки.

Функция

Субблок 30S является неотъемлемой частью трансляция мРНК. Связывает три факторы инициации прокариот: IF-1, IF-2 и IF-3.[3]

Часть субъединицы 30S ( 16S рРНК ) направляет инициирующий стартовый кодон (5 ′) - AUG- (3 ′) из мРНК на позицию, признав Последовательность Шайна-Далгарно, а дополнительный сайт связывания примерно на 8 пар оснований выше стартового кодона.[4] Это гарантирует, что рибосома начинает трансляцию в правильном месте. Плотность связи между последовательностью Шайна-Далгарно на мРНК и 16S рРНК определяет, насколько эффективно происходит трансляция.[4] Как только 16S рРНК распознает стартовый кодон мРНК, специальный переносить РНК, f-Met -тРНК, связывается и начинается трансляция белка.[5] Сайт связывания f-Met-тРНК на 30S рибосомной субъединице называется «D-сайтом».[6] Этот шаг необходим для синтез белка происходить. Тогда большая рибосомная субъединица свяжется, и синтез белка продолжится.[7] Связывание большой субъединицы вызывает конформационное изменение в 70S, что открывает еще один сайт для трансляции белков.[6]

Чтобы образовать трансляционный комплекс с субъединицей 50S, субъединица 30S должна связывать IF-1, IF-2, IF-3, мРНК и f-met-тРНК. Затем субъединица 50S связывается и гуанозинтрифосфат является расколотый к гуанозиндифосфат и неорганический фосфат, тем самым диссоциируя факторы инициирования и в результате происходит трансляция белка.[8][5] Этот процесс называется «инициацией» и является самым медленным процессом перевода.[5]

Структура

Маленькая рибосомная субъединица состоит из 16S рРНК и 19 полных белков.[9] Также есть один полипептидная цепь который состоит из 26 аминокислоты.[10] Обычно рРНК маркируют «H #», чтобы указать номер спирали на изображениях с высоким разрешением. Белки помечены «S #» для обозначения различных пептидов, участвующих в стабилизации рРНК. S11 и H45 расположены рядом с сайтом связывания Шайна-Дальгарно, который также находится рядом с сайтом связывания IF-3. Белки S3, S4, S5 и S12, наряду с H18, расположены рядом с каналом, в котором мРНК присутствует в 30S-субъединице.[1]

Торможение

Субблок 30S является целью антибиотики Такие как тетрациклин и гентамицин.[11] Эти антибиотики специально нацелены на прокариотические рибосомы, следовательно, их полезность при лечении бактериальных инфекций у эукариоты. Тетрациклин взаимодействует с H27 в малой субъединице, а также связывается с Сайт в большой субъединице.[11] Пуромицин является ингибитором рибосомной трансляции.[6] Пактамицин прерывает связывание в области связывания Шайна-Дальгарно в малой субъединице, тем самым нарушая активность. Гигромицин B также взаимодействует с H44 и подавляет перемещение транслокаций, необходимое во время синтеза белка.[11]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Schluenzen, Франк; Тоциль, Анте; Заривач, Раз; Хармс, Йорг; Глюеманн, Марко; Джанелл, Даниэла; Башан, Анат; Бартельс, Хайке; Агмон, Илана (01.09.2000). «Структура функционально активированной малой рибосомной субъединицы при разрешении 3,3 Å». Клетка. 102 (5): 615–623. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00084-2. PMID  11007480.
  2. ^ Томпсон, Джон Ф .; Херст (1983). «Структурно-функциональные отношения в 16s РНК E. coli» (PDF). Клетка. 33 (1): 19–24. CiteSeerX  10.1.1.625.7760. Дои:10.1016/0092-8674(83)90330-6. PMID  6380748.
  3. ^ L золото; D Pribnow; Т. Шнайдер; S Shinedling; B Singer; Стормо и Г. (1981). «Трансляционная инициация у прокариот». Ежегодный обзор микробиологии. 35 (1): 365–403. Дои:10.1146 / annurev.mi.35.100181.002053. PMID  6170248.
  4. ^ а б Малыс, Наглис (01.01.2012). «Последовательность Шайна-Далгарно бактериофага T4: GAGG преобладает в ранних генах». Отчеты по молекулярной биологии. 39 (1): 33–39. Дои:10.1007 / s11033-011-0707-4. ISSN  0301-4851. PMID  21533668.
  5. ^ а б c Gualerzi, Claudio O .; Пон, Синтия Л. (1990). «Инициирование трансляции мРНК у прокариот». Биохимия. 29 (25): 5881–5889. Дои:10.1021 / bi00477a001. PMID  2200518.
  6. ^ а б c Игараси, Казуэй; Танака, Шигеаки; Кадзи, Акира (1971-02-11). «О сайте связывания аминоацил-тРНК 30-S субъединицы рибосомы и его связи с сайтом инициации цепи рибосомы». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - нуклеиновые кислоты и синтез белков. 228 (3): 728–731. Дои:10.1016/0005-2787(71)90737-4. PMID  4929429.
  7. ^ Слобин, Лоуренс I (декабрь 1972 г.). «Структурные и функциональные свойства рибосом, сшитых диметилсуберимидатом». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 69 (12): 3769–3773. Дои:10.1073 / pnas.69.12.3769. ЧВК  389868. PMID  4566460.
  8. ^ Милон П., Каротти М., Коневега А.Л., Винтермейер В., Роднина М.В., Гуалерзи СО (2010). «Связанный с рибосомой фактор инициации 2 рекрутирует тРНК инициатора в комплекс инициации 30S». EMBO отчеты. 11 (4): 312–316. Дои:10.1038 / embor.2010.12. ЧВК  2854590. PMID  20224578.
  9. ^ Циболи, Параскеви; Херфурт, Эльке; Чоли, Теодора (1994-11-01). «Очистка и характеристика 30S рибосомных белков из Bacterium Thermus thermophilus». Европейский журнал биохимии. 226 (1): 169–177. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1994.0t169.x. ISSN  1432-1033.
  10. ^ Чоли Т., Франчески Ф., Йонат А., Виттманн-Либольд Б. (1993). «Выделение и характеристика нового рибосомального белка из термофильных эубактерий, Thermus thermophilus, T. aquaticus и T. flavus» (PDF). Биологическая химия Хоппе-Зейлер. 374 (6): 377–383. Дои:10.1515 / bchm3.1993.374.1-6.377. PMID  8357533.
  11. ^ а б c Brodersen, Ditlev E .; Клемонс, Уильям М .; Картер, Эндрю П .; Морган-Уоррен, Роберт Дж .; Уимберли, Брайан Т .; Рамакришнан, В. (2000-12-22). «Структурная основа действия антибиотиков тетрациклина, пактамицина и гигромицина B на 30S субъединицу рибосомы». Клетка. 103 (7): 1143–1154. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00216-6. PMID  11163189.

внешняя ссылка