ZNF337 - Википедия - ZNF337
ZNF337 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | ZNF337, белок цинковых пальцев 337 | ||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | ГомолоГен: 49427 Генные карты: ZNF337 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
Ансамбль |
| ||||||||||||||||||||||||
UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (мРНК) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (белок) |
| ||||||||||||||||||||||||
Расположение (UCSC) | Chr 20: 25,67 - 25,7 Мб | н / д | |||||||||||||||||||||||
PubMed поиск | [2] | н / д | |||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
|
ZNF337, также известный как белок 337 цинкового пальца, представляет собой белок, который у человека кодируется геном ZNF337. Ген ZNF337 расположен на человеческом хромосома 20 (20p11.21). Его белок содержит 751 аминокислоту, мРНК из 4237 пар оснований и всего 6 экзонов.[3]. Кроме того, альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскрипции. [4]. Ген ZNF337 кодирует белок, содержащий домен цинкового пальца, однако этот ген / белок еще недостаточно изучен научным сообществом. Предполагается, что функция этого гена участвует в таких процессах, как регуляция транскрипции (ДНК-зависимая), и ожидается, что белки будут выполнять такие молекулярные функции, как Связывание ДНК связывание ионов металлов, связывание ионов цинка, которое в дальнейшем будет локализовано в различных субклеточных местах [5][6]. Хотя нет обычно ассоциируемых или известных псевдонимы, важным паралогом этого гена является ZNF875 [7]
Ген
За исключением Zinc Finger 337 обычно ассоциированных или известных псевдонимов нет, однако некоторые потенциальные могут включать LOC26152. [8]. Его локус находится на 20 хромосоме в позиции 11.21 (20p11.21). Базовые координаты указаны на отрицательной (минусовой) нити. Всего экзонов 6. Размах гена ZNF337 (начало транскрипции в сайт полиА в парах оснований) составляет 4237 пар оснований (мРНК).
Стенограммы
Ген ZNF337 содержит два варианта транскрипта (оба кодируют один и тот же белок); вариант 1 представляет собой более длинный транскрипт (751 а.о.), тогда как вариант 2 отличается 5 ’UTR. Также есть три изоформы (X1, X2 и X3). Эти изоформы представляют собой один из многих вариантов сплайсинга гена (в то время как транскрипт представляет собой экспрессируемую последовательность).
Белки
ZNF337 имеет прогнозируемую молекулярную массу около 86,9 кдал и прогнозируемую изоэлектрическую точку 9,74 pI. [9]. Важно отметить, что это прогнозы, поскольку посттрансляционные модификации могут повлиять на эти значения. Судя по названию белка, существует несколько цинковых пальцев. Отсутствуют гидрофобные или трансмембранные сегменты / области с высокими баллами и кластеры положительного или отрицательного заряда. [10].
Некоторые аминокислоты, обнаруженные в ZNF337, встречаются в необычных количествах, как показано ниже. В распределении аминокислот глутамин (E), метионин (M) и аланин (A) низкие, тогда как цистеин (C) и гистидин (H) высокие. Цистеин редко особенно сильно экспрессируется в аминокислотных последовательностях; белок ZNF337 - необычно основной белок. Благодаря своим основным свойствам, он любит ДНК или РНК (то есть может довольно легко связываться с ДНК или РНК).
Домены и мотивы
Как было обнаружено с помощью программы MyHits (можно найти на ExPasy), в ZNF337 присутствует около 6 различных мотивов (или pfam).[11].
Тип мотива | Положение аминокислотной последовательности | электронная стоимость |
---|---|---|
КРАБ (коробка КРАБ) | 12-52 | 6,6e-26 |
PHD (PHD-палец) | 349-412 | 0.0032 |
Rpr2 (домен РНКазы P Rpr2 / Rpr21 / SNM1) | 472-551 | 0.00088 |
Zf-C2H2 (цинковый палец, тип C2H2) | 208-230 | 4.3e-06 |
236-258 | 3.8e-09 | |
264-286 | 6e-07 | |
292-314 | 2.4e-08 | |
320-342 | 4.6e-07 | |
348-370 | 1.9e-09 | |
376-398 | 2,8e-07 | |
404-426 | 5.9e-09 | |
432-454 | 1.2e-07 | |
460-482 | 1,8e-08 | |
488-510 | 3.1e-07 | |
516-538 | 3.8-07 | |
544-566 | 2.1e-06 | |
572-594 | 2.2e-06 | |
600-622 | 5e-07 | |
628-650 | 1.3e-08 | |
656-679 | 0.00014 | |
685-707 | 2.4e-07 | |
713-735 | 1.2e-07 | |
Zf-C3HC4 (Цинковый палец, тип C3HC4 (КОЛЬЦО-палец)) | 210-269 | 0.00083 |
Zf-FCS (цинковый палец типа MYM с мотивом последовательности FCS) | 342-385 | 0.02 |
Таблица 1. Шесть различных мотивов в белке ZNF337. Коробка КРАБ, Палец PHD, Rpr2, Цинковый палец (тип C2H2), Цинковый палец (тип C3HC4 - Безымянный палец ) и Zinc finger (цинковый палец MYM-типа с мотивом последовательности FCS) играют разные функции и роли.
Вторичные и третичные структуры
Предполагается, что вторичная структура ZNF337 будет иметь множество спиралей, листов, витков и витков (особенно случайных витков), как показано ниже. [12][13].
Тип вторичной структуры | Количество аминокислот | Процентный состав |
---|---|---|
Альфа-спираль | 169 | 22.50% |
Расширенная прядь | 154 | 20.51% |
Случайный катушки | 428 | 56.99% |
Оба Х. Сапиенс и П. троглодит вторичные конструкции чрезвычайно похожи; однако интересно сравнить с С. думерили где существует более сильное присутствие листов и спиралей между позициями 200-300 пар оснований и 400-500 пар оснований вместо листов и спиралей. Кроме того, сравнение начала вторичной структуры (0-14 п.н.) всех видов / ортологов показывает, что спирали и витки составляют большую часть начала, но не так много у некоторых видов, таких как С. думерили (вместо этого больше спиралей и листов).
Несколько программ моделирования третичной структуры не смогли построить модель для ZNF337. Однако при использовании программы SWISS-model некоторые модели были построены по ZNF568. Последовательность белка ZNF568 на 45,20% идентична последовательности ZNF337, имеет сходство последовательностей 0,44 и покрытие 0,37 с диапазоном между аминокислотами 345-623 п.н. в последовательности белка ZNF337. [14]. Предсказанная третичная структура показана на рисунке 1. На этом рисунке имеется несколько лигандов, содержащих ионы цинка.
ZNF568 - это ген, кодирующий белок, связанный с такими заболеваниями, как преходящий неонатальный сахарный диабет. Он обладает активностью репрессии транскрипции, частично за счет рекрутирования корепрессора. TRIM28, но также имеет репрессивную активность независимо от этого взаимодействия. Это особенно важно во время эмбрионального развития, где он действует как прямой репрессор специфичного для плаценты транскрипта IGF2 в раннем развитии и регулирует конвергентные движения вытяжения, необходимые для удлинения оси и морфогенеза ткани во всех зародышевых листках. Это также важно для нормального морфогенеза внеэмбриональных тканей, включая желточный мешок, внэмбриональную мезодерму и плаценту. Интересно, что он может усиливать пролиферацию или поддержание нервных стволовых клеток. [15]
Регулирование уровня генов
Промоутер
Промоторная область была выбрана с использованием ElDorado в Genomatrix, который оценил локус гена ZNF337 на предмет возможных промоторных областей. Из шести возможных промоторных областей и наборов был выбран набор промоторов 6 (GXP_8991829), поскольку он лучше всего поддерживается транскриптами (имеет шесть идентификаторов транскриптов). Его начальная позиция - 25696627, конечная позиция - 25697904, а длина - 1278 пар оснований. В GXP_8991829 (-) был выбран кодирующий транскрипт GXT_26235925, поскольку он имеет 5 экзонов, 37 403 тега CAGE и соответствует номеру доступа XM_006723558 в NCBI (см. Рисунок 2).
Последовательность промотора содержит островок CpG с числом CpG 138. В промоторной последовательности также присутствует кластер ДНКазы (оценка = 1000).
Сайты связывания факторов транскрипции
Возможные факторы транскрипции для промоторной области ZNF337 определяли с помощью ElDorado в Genomatrix. Они перечислены ниже в таблице 2.
Фактор транскрипции | Подробная информация о матрице | Анкерная база / положение | Матричное сходство | Последовательность |
TF2B | Элемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB) | 984 | 1.0 | ccgCGCC |
ВТБП | Коробка TATA LTR типа C Avian | 21 | 0.814 | ctatagtTAAGaacaat |
Коробка TATA LTR типа C Avian | 743 | 0.825 | ttttattTAGGtagccc | |
Лентивирус LTR TATA ящик | 314 | 0.83 | gtgTATAatatgctgat | |
Клеточные и вирусные элементы TATA-бокса | 177 | 0.961 | ccctaTAAAtatgtaca | |
Клеточные и вирусные элементы TATA-бокса | 275 | 0.911 | aaataTAAAgtctacgt | |
CAAT | Клеточный и вирусный бокс CCAAT | 553 | 0.909 | taaaCCATtgagaga |
CAAT | Ядерный фактор Y (фактор связывания Y-бокса) | 114 | 0.939 | taccCCAAtcaccct |
CEBP | CCAAT / связывающий белок энхансер (C / EBP), эпсилон | 289 | 0.974 | gtggtttgGCAAgcc |
Таблица 2. Возможные факторы транскрипции для промоторной области ZNF337.
Есть 340 факторов из 129 типов клеток кластеров ChIP-seq факторов транскрипции (из Encode3) [16] . С учетом сказанного, только сильные (обозначенные черным или темно-серым цветом), которые также содержат пики в областях промотора или энхансера, показаны в таблице 3.
Место расположения | Фактор транскрипции - ChIP | Типы ячеек |
Промоутер | CTCF | GM12878 (лимфобластоид человека), H1-hESC (эмбриональные стволовые клетки человека), K562 (клетки миелогенного лейкоза) |
Промоутер | RFX5 | GM12878 (лимфобластоид человека) |
Промоутер | STAT1 | GM12878 (лимфобластоид человека) |
Промоутер | TAF1 | GM12878 (лимфобластоид человека) |
Промоутер | TRIM22 | GM12878 (лимфобластоид человека) |
Промоутер | ОТДЫХ | H1-hESC (эмбриональные стволовые клетки человека) |
Промоутер | ГАБПА | HeLa-S3 (линия клеток рака шейки матки) |
Промоутер | МАФК | HeLa-S3 (линия клеток рака шейки матки) |
Промоутер | TBP | HeLa-S3 (линия клеток рака шейки матки) |
Промоутер | FOXA1 | HepG2 (линия клеток рака печени человека) |
Промоутер | SIN3A | HepG2 (линия клеток рака печени человека) |
Промоутер | SP1 | HepG2 (линия клеток рака печени человека) |
Промоутер | GATA2 | K562 (клетки миелогенного лейкоза) |
Промоутер | МОЙ С | K562 (клетки миелогенного лейкоза) |
Промоутер | POLR2A | Тело поджелудочной железы |
Промоутер | FOS | Эндотелиальная клетка пупочной вены |
Таблица 3. Кластеры фактора транскрипции-ChIP, связанные с конкретными типами клеток.
Согласно ORegAnno (курируемые в литературе TFBS), нет перекрытия сигналов TF-ChIP в областях промотора / энхансера. Большинство ссылок ORegAnno коррелируют с геном «NANP», в то время как факторы транскрипции CTCF и CEBPA подтверждены в области энхансера для гена ZNF337. [16].
Шаблоны выражения
Обе данные последовательности РНК из записей базы данных генов в NCBI и Атласа белков человека [17] Использование иммуногистохимического окрашивания для определения белка в различных тканях показывает, что белок ZNF337 экспрессируется во многих тканях. В то время как тканевая специфичность мРНК ZNF337 выражается в низких уровнях тканевой специфичности, мРНК заметно экспрессируется в мозжечке (головном мозге), но также более высоко экспрессируется во всех тканях (распределение во всех) по сравнению с экспрессией белка, особенно выше в женских тканях.
Антитело было разработано против рекомбинантного белка, соответствующего аминокислотам: ESSQGQRENPTEIDKVLKGIENSRWGAFKCAERGQDFSRKMMVIIHKKAHSRQKLFTCRECHQGFRDESALLLHQN. Специфичность человеческого антитела ZNF337 была подтверждена на протеиновой матрице, содержащей целевой белок плюс 383 других неспецифических белка. Этот изотип представляет собой IgG, его клональность поликлональна, его хозяин - кролик, и его чистота - очищенная сродство иммуногена. Это окрашивание мозжечка человека показывает положительный цитоплазматический эффект в клетках Пуркинье (которые регулируют и координируют двигательные движения посредством тормозных функций и нейротрансмиттеров). [18].
Несмотря на то, что в широком спектре тканей экспрессия невысока, вместе взятые, эти результаты указывают на тенденцию, согласно которой экспрессия наиболее высока и больше всего присутствует в мозге, особенно в мозжечке. Несколько экспериментов и результатов также указывают на экспрессивность женских (и некоторых мужских) репродуктивных тканей.
Регулирование уровня стенограммы
Были созданы множественные выравнивания последовательностей для наблюдения за сохранением различных видов. В частности, множественное выравнивание последовательностей (MSA) области промотора ZNF337 у приматов и сумчатых животных (опоссум, шимпанзе, человек и макака-резус) или близкородственных видов практически не показывает консервации в начале последовательностей.
В начале множественного выравнивания последовательностей как 5 ’UTR, так и 3’ UTR находятся высококонсервативные области. Они могут быть функционально важными на основе образования стебля-петли, способности связывания miRNA или способности связывания РНК-связывающего белка.
Регулирование уровня белка
Локализация
Прогноз для локализации ZNF337 является самым высоким в ядре (ядерном) - 95,7%, за которым следуют 4,3% в митохондриях (митохондриях). [19].
Посттрансляционные модификации
ZNF337 содержит много предсказанных посттрансляционных доменов, таких как фосфорилирование (сериновые и тирозинкиназы) [20] , Мотивы PEST [21], O-GlcNAc места [22], СУМОилирование [23] , и гликирование [24] как показано ниже:
Модификация | Аминокислотное число (последовательно) |
---|---|
Фосфорилирование | 46, 109, 127, 155, 287, 446, 474, 483, 672, 695, 708, 743, 745, 751 |
Мотив PEST | 598-612 |
O-GlcNAc места | 109, 142, 231, 384, 750, 751 |
СУМОилирование | 633 |
Гликирование | 94, 123, 125, 199, 206, 234, 248, 309, 339, 374, 388, 407, 430, 449, 486, 547, 556, 617, 668, 730 |
Таблица 4. Различные пост-переводческие модификации. Модификации могут изменять структуру белка, тем самым влияя на общую функцию и жизнеспособность белка.
- Мотивы PEST содержат большое количество пролина (P), глутаминовой кислоты (E), серина (S) и треонина (T). Мотивы PEST связаны с уменьшенным периодом полужизни белков и являются потенциальными мишенями для сайтов протеолитической деградации / расщепления.
- O-GlcNAc модификации могут конкурировать с фосфорилированием за контроль состояния активации белка.
- СУМОилирование может мешать взаимодействию между мишенью и ее партнером, может обеспечивать сайт связывания для взаимодействующего партнера, приводить к конформационному изменению модифицированной мишени или способствовать или противодействовать убиквитинирование.
- Гликирование сайты указывают на возможность возникновения неферментативного процесса, в котором белки реагируют с восстанавливающими молекулами сахара и, следовательно, нарушают функцию и изменяют характеристики белка. Поскольку таких сайтов гликирования довольно много, может быть довольно высокая вероятность того, что легко изменить функцию или характеристику белка.
Предсказанные трансмембранные домены, новые сигнальные пептиды, N-концевые сигнальные пептиды и цитоплазматические прогнозы
Не предсказано трансмембранные домены были определены в результате тестов, проведенных через SOSUI [25]. Прогноз для нового сигнального пептида очень низкий и отрицательный при -3,83. GvH также очень отрицательный при -8,69 (с возможным сайтом расщепления между аминокислотами 56 и 57), что указывает на низкую вероятность того, что он имеет расщепляемую сигнальную последовательность. Таким образом, предполагается, что ZNF337 не имеет N-концевого сигнального пептида. Кроме того, метод Райнхардта для цитоплазматической / ядерной дискриминации имеет цитоплазматический прогноз для ZNF337 с показателем надежности 94,1. [19].
Сигнал ядерной локализации несколько низкий - 0,75. Ортологи (P. troglodytes, S. dumerili, и C. asiatica ) были использованы для подтверждения значимости этих прогнозов. Точно так же не было предсказаний отсутствия N-концевых пептидных сигналов и трансмембранных доменов. Все эти ортологичные белки ZNF337 подтвердили предсказание ядерной локализации на 95,7%.
Гомология / Эволюция
Важно паралог гена ZNF337 - это ZNF875.[7]
ZNF337 имеет много ортологи показаны у самых разных видов (позвоночных и беспозвоночных), таких как приматы, костистые рыбы, грызуны и даже некоторые растения, как показано в Таблице 6 ниже. За пределами растений ортологов нет. Высококонсервативные аминокислоты и области показаны в среднем конце последовательности белка ZNF337, предполагая, что функции могут различаться из-за меньшей консервативности в начале последовательностей ZNF337 между видами.
Филогенетические деревья подчеркивают эволюцию видов (особенно в отношении эволюции гена ZNF337). Приматы сгруппированы ближе всего к людям, в то время как другие виды, такие как мегабат и мышь, отклоняются от мыса золотого крота, а зигзагообразный угорь и летучая цихлида отклоняются от большого амберджек. Виды, чья дата отклонения от человеческого происхождения (измеренная в миллионы лет назад) больше, демонстрируют меньшее сходство последовательностей и идентичность, что также демонстрируется на расстоянии, показанном на филогенетических деревьях.
Род и вид | Распространенное имя | Таксономическая группа | Дата отклонения от человеческого происхождения (миллион лет назад - MYA) | Регистрационный номер | Длина последовательности (аа) | Идентичность последовательности человеческому белку (%) | электронная стоимость |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Человек | Приматы | 0 | NP_056470 | 751 аа | 100% | 0 |
Горилла горилла горилла | Западная горилла | Приматы | 8.6 | XP_004061979.1 | 751 аа | 99.5% | 0 |
Pongo abelii | Суматранский орангутанг | Приматы | 15.2 | XP_009231663.1 | 753 аа | 98.3% | 0 |
Colobus angolensis паллиатс | Ангольский колобус | Приматы | 15.2 | XP_011807556.1 | 758 лет назад | 96.7% | 0 |
Aotus nancymaae | Ночная обезьяна Нэнси Ма | Приматы | 42.9 | XP_012324051.1 | 751 аа | 94.4% | 0 |
Пан троглодиты | Шимпанзе | Приматы | 6.4 | XP_009435254.1 | 751 аа | 95.6% | 0 |
Macaca mulatta | Макака резус | Приматы | 28.81 | XP_028683917.1 | 751 аа | 81.4% | 0 |
Macaca fascicularis | Макака-крабоядная | Приматы | 28.81 | XP_015313198.1 | 751 аа | 81.2% | 0 |
Имитатор Cebus capucinus | Панамский белолицый капуцин | Приматы | 42.9 | XP_017376089.1 | 751 аа | 80.4% | 0 |
Пан панискус | Бонобо | Приматы | 6.4 | XP_014198483.1 | 827 лет назад | 76.8% | 0 |
Тупая китайская | Китайская землеройка | Scandentia | 85 | XP_006163813.1 | 876 аа | 50.7% | 0 |
Карлито Сиричта | Филиппинский долгопят | Приматы | 69 | XP_021573536.1 | 807 аа | 52.5% | 0 |
Chrysochloris asiatica | Мыс золотой крот | Афросорицида | 102 | XP_006877795.1 | 764 года назад | 45.0% | 0 |
Эхинопс телфаири | Малый ёжик тенрек | Афросорицида | 102 | XP_030742187.1 | 1487 лет назад | 26.1% | 0 |
Сериола думерили | Большой амберджек | Carangidae («Костные рыбы») | 433 | XP_022604330.1 | 763 года назад | 30.9% | 0 |
Oreochromis niloticus | Нильская тилапия | Цичильды («Костные рыбы») | 433 | XP_019222635.1 | 1033 аа | 10.2% | 0 |
Archocentrus centrachus | Цихлида Флиер | Цичильды («Костные рыбы») | 433 | XP_030603298.1 | 794 года назад | 28.6% | 0 |
Mastacembelus armatus | Зигзагообразный угорь | Synbrachiformes | 433 | XP_026164592.1 | 760 лет назад | 28.7% | 0 |
Pteropodidae | Мегабат | Рукокрылые | 94 | 751 аа | 35.4% | 0 | |
Mus musculus | Мышь | Rodentia | 89 | 751 аа | 26.5% | 3.00e-153 | |
Циона кишечника | Морской брызг | Энтерогона | 603 | 1278 лет назад | 15.6% | 3.00e-96 | |
Petromyzontiformes | Морская минога | Минога | 599 | 751 аа | 7.1% | 4.00e-35 | |
Drosophila sechellia | Плодовая муха | Летать | 736 | 751 аа | 6.9% | 4.00e-35 | |
Pristionchus pacificus | Аскариды | Рабдитида | 736 | 751 аа | 2.9% | 6.00e-15 | |
Caenorhabditis briggsae | Нематода | Рабдитида | 736 | 751 аа | 1.9% | 2.00e-08 | |
Камелия японская | Камелия японская | Растения | 1275 | 751 аа | 1.9% | 2.00e-08 |
Таблица 5. Ортологи к ZNF337.
ZNF337 очень быстро развивается на молекулярном уровне. По сравнению с фибриноген Скорость эволюции белка, ZNF337, по-видимому, накапливает такое же количество аминокислотных замен за то же время. Он развивается быстрее, чем белок цитохрома С, который, как известно, развивается медленно, а также гемоглобин.
Функция / Биохимия
Ген ZNF337 кодирует белок, содержащий домен цинкового пальца, однако этот ген / белок еще недостаточно изучен научным сообществом.
Было предложено, чтобы функция этого гена участвовала в таких процессах, как регуляция транскрипции (ДНК-зависимая), и ожидается, что белки будут иметь молекулярные функции, такие как Связывание ДНК, связывание ионов металла, связывание иона цинка, которое в дальнейшем будет локализовано в различных субклеточных местах [5] [6].
Поскольку ZNF337 имеет несколько сайтов посттрансляционной модификации, могут присутствовать альтернативные состояния белка, которые позволяют ZNF337 иметь разные формы.
ZNF337 также имеет множество взаимодействий с другими белками, как обсуждалось выше, что позволяет предположить, что он может иметь широкий спектр действия. Различные факторы транскрипции демонстрируют роль в регуляции транскрипции. KRAB-бокс в начале последовательности может играть важную роль в дифференцировке и развитии клеток, а также в регулировании репликации и транскрипции вирусов. [26]. Пальцы PHD обнаружены в ядерных белках, участвующих в эпигенетике и регуляции транскрипции, опосредованной хроматином. [27]. Факторы транскрипции «цинковый палец» C2H2 представляют собой специфичные для последовательности ДНК-связывающие белки, которые регулируют транскрипцию. Они обладают ДНК-связывающими доменами, образованными из повторяющихся Cys.2Его2 мотивы цинковых пальцев [28]. Кроме того, многие белки, содержащие RING finger, играют ключевую роль в убиквитинирование путь.
Взаимодействующие белки
GenoMatix также обнаружил только фактор транскрипции CEBPA в самом сильном кластере HS ДНКазы. GenoMatix определила, что потенциальные факторы транскрипции могут включать следующее: TF2B, VTBP, CAAT и CEBP. Подтверждено, что это связано с геном ZNF337 данными TF-ChIP ENCODE и ORegAnno. Кластерный балл для этого перекрывающегося фактора транскрипции, CEBPA, составляет 1000 [16]. Факторы транскрипции, которые могут связываться с регуляторными последовательностями, в частности с энхансерной областью, включают: CEBPA (chr20: 25670005-25670302) и CTCF (chr20: 25670168-25670507).
Клиническое значение
Заболевания, связанные с геном ZNF337, включают развитие взрослых астроцитарных опухолей. [29], которая является наиболее распространенной глиальной (клеточной) опухолью головного и спинного мозга. [30]. Это наблюдение и ассоциация могут иметь смысл, поскольку существует высокая экспрессия гена ZNF337 в различных частях мозга (особенно в мозжечке).
Есть несколько примечательных SNP в кодирующая последовательность из ZNF337. Эти мутации включают в основном промах и ерунда мутации [31][32].
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000130684 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «ZNF337, цинковый палец, белок 337 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-29.
- ^ «Белок цинкового пальца 337 (ZNF337) человека (Homo sapiens), вариант транскрипта 2, мРНК». 2019-08-22. Цитировать журнал требует
| журнал =
(помощь) - ^ а б Делукас П., Мэтьюз Л.Х., Эшерст Дж., Бертон Дж., Гилберт Дж. Г., Джонс М. и др. (20–27 декабря 2001 г.). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 20 человека». Природа. 414 (6866): 865–71. Bibcode:2001Натура.414..865D. Дои:10.1038 / 414865a. PMID 11780052.
- ^ а б «AceView: Gene: ZNF337, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-29.
- ^ а б "Ген ZNF337 - Генные карты | Белок ZN337 | Антитело ZN337". www.genecards.org. Получено 2020-04-29.
- ^ "Ген ZNF337 - Генные карты | Белок ZN337 | Антитело ZN337". www.genecards.org. Получено 2020-05-02.
- ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-05-02.
- ^ «SAPS <Статистика последовательностей
. www.ebi.ac.uk. Получено 2020-05-02. - ^ "Сканер мотивов". myhits.isb-sib.ch. Получено 2020-04-30.
- ^ "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2020-04-30.
- ^ npsa-prabi.ibcp.fr https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_gor4.pl. Получено 2020-05-03. Отсутствует или пусто
| название =
(помощь) - ^ «ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ». swissmodel.expasy.org. Получено 2020-04-30.
- ^ "Ген ZNF568 - Генные карты | Белок ZN568 | Антитело ZN568". www.genecards.org. Получено 2020-04-30.
- ^ а б c "Human hg38 chr20: 25 618 436-25 683 311 UCSC Genome Browser v397". genome.ucsc.edu. Получено 2020-05-03.
- ^ "Атлас человеческого белка". www.proteinatlas.org. Получено 2020-05-03.
- ^ «Антитело ZNF337». Novus Biologicals. Получено 2020-05-03.
- ^ а б "WWW-сервер PSORT". psort.hgc.jp. Получено 2020-05-03.
- ^ «GPS 5.0 - Прогнозирование сайта фосфорилирования киназам». gps.biocuckoo.cn. Получено 2020-04-30.
- ^ "EMBOSS: epestfind". emboss.bioinformatics.nl. Получено 2020-05-03.
- ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
- ^ "Программа анализа SUMOplot ™ | Abcepta". www.abcepta.com. Получено 2020-04-30.
- ^ "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-04-30.
- ^ «SOSUIsignal: Результат». harrier.nagahama-i-bio.ac.jp. Получено 2020-04-30.
- ^ "SMART: аннотация домена KRAB". smart.embl.de. Получено 2020-05-03.
- ^ "SMART: аннотация домена PHD". smart.embl.de. Получено 2020-05-03.
- ^ «Генная группа: ФАКТОРЫ ТРАНСКРИПЦИИ ПАЛЬЦЕВ C2H2 ЦИНКА». flybase.org. Получено 2020-05-03.
- ^ "Ген ZNF337 - Генные карты | Белок ZN337 | Антитело ZN337". www.genecards.org. Получено 2020-05-03.
- ^ «Опухоли астроцитомы - симптомы, диагностика и лечение». www.aans.org. Получено 2020-05-03.
- ^ «Дом - СНП - НЦБИ». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.
- ^ «SNP, связанный с геном (geneID: 26152) через аннотацию контига». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.