C15orf39 - C15orf39

C15orf39
Хромосомы C15orf39.png
Хромосома 15
Идентификаторы
СимволC15orf39
Ген NCBI56905
HGNC24497
RefSeqNP_056307.2
UniProtQ6ZRI6

C15orf39 это белок что у человека кодируется открытой рамкой считывания 15 хромосомы 15 (C15orf39) ген.

Ген

Место расположения

C15orf39 находится на хромосома 15 (15q24.2), охватывающий 16,53 КБ из 75487985-75504515 на плюс ДНК прядь.[1] C15orf39 имеет три экзоны, и семь интроны.[1][2]

Расположение C15orf39 на хромосоме 15.[3]

мРНК

Изоформы

Кодирующая последовательность для C15orf39 мРНК это 4443 пар оснований длинный.[4] Ген C15orf39 производит семь транскриптов мРНК, самая длинная кодирующая изоформа - 1047 аминокислоты длинная, а самая короткая из 27 аминокислот имеет усеченный 3' конец.[5]

Выражение

Экспрессия C15orf39 в тканях человека.[6]

C15orf39 высоко экспрессируется в тройничный узел, верхний шейный ганглий, цельная кровь, а сердце. Низкие уровни экспрессии C15orf39 были обнаружены в затылочная доля и PB-CD19 + В-клетки.[6]

.

.

Гибридизация C15orf39 in-situ в ретикулоцитах плода и взрослого человека.[7]

Уровни экспрессии C15orf39 в плод и взрослый ретикулоциты показали значительно разные уровни экспрессии (P <0,0001), при этом ретикулоциты взрослых экспрессировали больше C15orf39, чем клетки плода.[7]

.

.

.

.

Протеин

Общие свойства

C15orf39 имеет немодифицированный молекулярная масса 110,6 кДа.[2][8] Модифицированная молекулярная масса составляет 110,7 кДа.[9] C15orf39 состоит из выше среднего уровня пролин (≈17%) и не хватает изолейцин (≈1%) и аспарагин (≈1%).[10] Оба близки (Суслик с тринадцатью линиями ) и дальний (Хохлатый ибис ) ортологи содержат уровни пролина выше среднего и низкие уровни изолейцина и аспарагина.

Домены и мотивы

Домены C15orf39. P = фосфорилирование, A = ацетилирование, SUMO = сумоилирование, O = O-гликозилирование.

C15orf39 имеет четыре предсказанных домена. Два из которых являются пролин богатый и аланин богатые домены. Большой домен белка тегумента UL36 важен для регуляции вирусного цикла человека. Вирус герпеса 1 (HHV-1), включая транспортировку вирусного капсид к ядерный поровый комплекс и связывание внутреннего и внешнего капсидов вирусного тегумента вместе.[11] Наконец, WH2 домен, Домен 2 гомологии WASP, имеет длину примерно 18 аминокислот и служит актин связывающий домен.[12] WH2 связывает мономеры актина, позволяя производить актиновые нити.

Посттрансляционные модификации

Предсказанный посттрансляционные модификации для C15orf39 включить фосфорилирование, ацетилирование, сумоилирование, и о-гликозилирование. Важной аминокислотой является K17, к которой ковалентно присоединены ацетильная и сумо-группа.[2][13] Кроме того, фосфорилированный Т970 имеет присоединенную о-гликозильную группу.[14][15] Все предсказанные посттрансляционные модификации сохранились в отдаленных и строгих ортологах.

Концептуальный перевод C-терминала C15orf39, показывающий прогнозируемую PTM и вторичную структуру.
PTMАминокислотное расположение
Фосфорилирование[14]S208, S322, S467, S496, S497, T970
Ацетилирование[2]K17
Сумоилирование[13]К17, К57, К154, К358, К569, К975
Сумоилированное взаимодействие[13]462-466
О-гликозилирование[15]S497, T970

.

.

.

.

.

Структура

Альфа-спирали предсказанные в белке C15orf39 окрашены в красный цвет, а случайные спирали представлены коричневым цветом. Нет бета-листы были предсказаны быть частью вторичная структура для C15orf39. Не смоделированные аминокислоты были предсказаны как случайные катушки.[16]

Предсказанная третичная структура для C-концевого конца C15orf39.[17]

Субклеточная локализация

Предполагается, что C15orf39 будет расположен в цитозоль ячейки.[18]

Белковые взаимодействия

Скрининг белковых взаимодействий показал, что C15orf39 взаимодействует со многими белками, включая RPLP1 и EIF4ENIF1. Было обнаружено, что C15orf39 взаимодействует с RPLP1 (Белок большой рибосомной субъединицы P1), a цитоплазматический белок, с высоким выходом дрожжевой двугибридный скрининг. RPLP1 - кислый рибосомальный субъединица, которая важна на стадии удлинения транскрипция.[19][20] EIF4ENIF1 (Транспортер фактора инициации трансляции 4E эукариот), представляет собой нуклеоцитоплазматический белок, который перемещает перевод фактор инициирования eIF4E между ядро и цитоплазма.[21] Белковое взаимодействие между C15orf39 и EIF4ENIF1 было обнаружено через захват близости.[22]

Гомология

Паралоги

Нет известных паралоги для гена C15orf39 человека.[23]

Ортологи

В ортолог место для C15orf39 включает в себя столь же далеких родственников, как хрящевые рыбы подобно Ринкодон тип (Китовая акула ), и столь же строгие, как и близкородственные млекопитающие, такие как Горилла, который имеет 99% идентичность последовательности с человеческим белком.[24][25] В филогенетическое дерево ниже показан эволюционный взаимосвязь последовательности белка C15orf39 в его ортологах.[26]

Филогенетическое дерево для избранных ортологов C15orf39.[26]
Научное названиеРаспространенное имяMYAНомер доступа белкаДлина (AA)% Личность
Homo sapiensЧеловек0NP_0563071,047100
Горилла горилла гориллаГорилла9.06XP_004056588.11,04799
Ictidomys tridecemlineatusСуслик с тринадцатью линиями90XP_005316869.11,03280
Equus caballusЛошадь96XP_023509136.11,03379
Delphinapterus leucasБелуга96XP_022435768.11,04178
Loxodonta africanaАфриканский слон-кустарник105XP_003413993.11,07275
Omithorhynchus anatinusУтконос177XP_007656779.11,11937
Gekko japonicusГекко Японикус312XP_015267003.11,38751
Ниппония НиппонХохлатый ибис312XP_009468021.11,04632
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушка352XP_018111022.11,47540
Ринкодон типКитовая акула473XP_020392571.11,49131

Расхождение

Скорость дивергенции последовательностей C15orf39, фибриногена и цитохрома C в ортологах.[27]

График показывает, что белок C15orf39 быстро развивающийся. Последовательность C15orf39 расходилась быстрее, чем быстро развивающаяся фибриноген белок в организме человека.[27]

.

.

.

.

.

.

.

.Рекомендации

  1. ^ а б [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: C15orf39, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червей с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-19.
  2. ^ а б c d «неохарактеризованный белок C15orf39 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-19.
  3. ^ "Открытая рамка считывания 39 хромосомы 15 C15orf39 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-05.
  4. ^ «Открытая рамка считывания 39 (C15orf39) хромосомы 15 человека Homo sapiens, мРНК - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-05.
  5. ^ "Ген: C15orf39 (ENSG00000167173) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 92". useast.ensembl.org. Получено 2018-05-05.
  6. ^ а б "GDS596 / 204495_s_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-05.
  7. ^ а б "GDS2655 / 204494_s_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-05.
  8. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген C15orf39 - GeneCards | Белок CO039 | Антитело CO039». www.genecards.org. Получено 2018-02-19.
  9. ^ "C15orf39 - Антитела - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org. Получено 2018-05-05.
  10. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2018-05-05.
  11. ^ «UL36 - Большая тегументная протеиновая денеддилаза - Вирус герпеса 1 человека (штамм 17) (HHV-1) - Ген и белок UL36». www.uniprot.org. Получено 2018-05-05.
  12. ^ "ELM - поиск на ресурсе эукариотических линейных мотивов". elm.eu.org. Получено 2018-05-05.
  13. ^ а б c «Интернет-сервис GPS-SUMO». GPS. 20 апреля 2018.[постоянная мертвая ссылка ]
  14. ^ а б «GPS 3.0 - Прогнозирование сайта фосфорилирования киназой». gps.biocuckoo.org. Получено 2018-05-05.
  15. ^ а б "Срок действия 5ADC962700006D04C7682FA1 истек". www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-05.
  16. ^ UCBL, Институт биологии и химии белков - UMR5086 - CNRS -. "NPS @: прогноз вторичной структуры GOR4". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2018-05-06.
  17. ^ "Отправить прогнозное задание". raptorx.uchicago.edu. Получено 2018-05-05.
  18. ^ «C15orf39 - неохарактеризованный белок C15orf39 - Homo sapiens (человек) - ген и белок C15orf39». www.uniprot.org. Получено 2018-02-19.
  19. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген RPLP1 - GeneCards | Белок RLA1 | Антитело RLA1». www.genecards.org. Получено 2018-05-06.
  20. ^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. PMID  16169070.
  21. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген EIF4ENIF1 - Генные карты | Белок 4ET | Антитело 4ET». www.genecards.org. Получено 2018-05-06.
  22. ^ Boldt K, van Reeuwijk J, Lu Q, Koutroumpas K, Nguyen TM, Texier Y, et al. (Май 2016). «Белковый ландшафт, специфичный для органелл, выявляет новые заболевания и молекулярные механизмы». Nature Communications. 7: 11491. Дои:10.1038 / ncomms11491. ЧВК  4869170. PMID  27173435.
  23. ^ «Ген: C15orf39 (ENSG00000167173) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 91». useast.ensembl.org. Получено 2018-02-26.
  24. ^ «не охарактеризованный белок, гомолог изоформы X1 C15orf39 [Rhincodon typus] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  25. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: не охарактеризованный гомолог белка C15orf39 [Gorilla gorilla g - Белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  26. ^ а б «Выравнивание нескольких последовательностей - CLUSTALW». www.genome.jp. Получено 2018-05-06.
  27. ^ а б «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2018-05-06.