LRRIQ3 - Википедия - LRRIQ3

LRRIQ3
Идентификаторы
ПсевдонимыLRRIQ3, LRRC44, богатые лейцином повторы и мотив IQ, содержащий 3, богатые лейцином повторы и мотив IQ, содержащий 3
Внешние идентификаторыOMIM: 617957 MGI: 1921685 ГомолоГен: 23668 Генные карты: LRRIQ3
Расположение гена (человек)
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человек)[1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение LRRIQ3
Геномное расположение LRRIQ3
Группа1п31.1Начинать74,026,015 бп[1]
Конец74,198,187 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

127255

74435

Ансамбль

ENSG00000162620

ENSMUSG00000028182

UniProt

A6PVS8
H0Y5F9

Q14DL3

RefSeq (мРНК)

NM_001105659
NM_145258
NM_001322315

NM_028938

RefSeq (белок)

NP_001099129
NP_001309244

NP_083214

Расположение (UCSC)Chr 1: 74.03 - 74.2 МбChr 3: 155.09 - 155.19 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

LRRIQ3 (богатые лейцином повторы и мотив IQ, содержащий 3), который также известен как LRRC44, является белок что у человека кодируется LRRIQ3 ген.[5] Он преимущественно экспрессируется в яичках и связан с рядом заболеваний.[6]

Ген

Locus

LRRIQ3 находится на минус прядь конца короткая рука человека хромосома 1 при 1p31.1.[7]

Общая структура

Всего 7 экзоны в предполагаемой последовательности LRRIQ3.[7]

мРНК

Выражение

LRRIQ3 выражается как 2 первичных изоформы, которые производят белки длиной 624 и 464 аминокислоты соответственно.[7] Он экспрессируется на низких уровнях в тканях человека и коричневой крысы.[8][9] с самым высоким уровнем экспрессии в яички ткань. Относительно высокие уровни экспрессии Т-клетки, то придаток яичка, то почка, и ряд желез.[10]

Протеин

Общие характеристики и особенности композиции

Изоформа 1 человеческого белка LRRIQ3 состоит из 624 аминокислот и имеет молекулярную массу 73,7 кДа. Изоэлектрическая точка LRRIQ3 составляет 9,73, что предполагает, что LRRIQ3 является базовый при нормальном физиологическом pH (~ 7,4).[11] Кроме того, существуют убедительные доказательства того, что человеческий LRRIQ3 локализуется на плазматической мембране в результате окрашивания антителами.[12] LRRIQ3 богат лизин остатков, всего 82 лизина. Это также немного мало глицины.[13]

Домены и мотивы

Всего 4 сохраненные домены в пределах LRRIQ3: 3 богатые лейцином повторы и 1 IQ кальмодулин-связывающий мотив.[13] Богатые лейцином повторы обычно участвуют во взаимодействиях белок-белок и образуют характерную α / β подкову. складывать.[14][15] Мотив IQ обеспечивает сайт связывания для кальмодулина (CaM) или CaM-подобных белков.[16]

Вторичная и третичная структура

Предполагается, что LRRIQ3 будет в основном альфа-спиральный в структура, включая длинную альфа-спиральную С-концевой домен. Также предполагается, что он будет функционировать как мономер.[17][18][19][20]

Лучшая модель, созданная И-ТАССЕР[21] для LRRIQ3. 3 богатых лейцином повтора показаны красным, лососевым и пурпурным цветом соответственно. Кальмодулин-связывающий домен IQ показан зеленым цветом.

Посттрансляционные модификации

Ожидается, что LRRIQ3 подвергнется многим посттрансляционные модификации. К ним относятся O-GlcNAцилирование, СУМОилирование, убиквитинирование, и фосфорилирование.[22][23] Предполагается, что LRRIQ3 имеет 4 хорошо консервативных сайта SUMOlyation и 1 хорошо консервативный сайт убиквитинирования.[22] Представление этих посттрансляционных модификаций показано на рисунке ниже.

Представление доменов, мотива и сайтов посттрансляционной модификации LRRIQ3, созданного с использованием DOG 2.0.[24]

Белковые взаимодействия

Имеются данные о том, что LRRIQ3 взаимодействует с рядом белков из двугибридные анализы и аффинная хроматография. Белки, с которыми взаимодействует LRRIQ3, включают: LYN, NCK2, GNB4, и ABL1.[25][26] Эти белки связаны с клеточная сигнализация, цитоскелет реорганизация, и дифференциация клеток, а также другие.[27][28][29][30]

Гомология и эволюция

Паралоги и ортологи

Нет паралоги существует для LRRIQ3 у людей.[6] Однако есть ряд ортологи, как сообщает ВЗРЫВ, некоторые из которых перечислены ниже.[31] Количество лет с расхождение из человеческого белка, перечисленного ниже в «миллион лет назад (MYA)», были рассчитаны с использованием TimeTree.[32]

Ортологи белка LRRIQ3 человека (NP_001099129.1)
Род и видРаспространенное имяОтклонение от человеческого происхождения (MYA)Регистрационный номерДлина последовательности (аа)Идентичность последовательности человеческому белкуСходство последовательности с человеческим белком
Горилла горилла гориллаГорилла9.06XP_004026030.162497%98%
Macaca mulattaОбезьяна-резус29.44XP_001097148.262393%95%
Ursus maritimusПолярный медведь96XP_008689049.162576%87%
Felis catusДомашняя кошка96XP_003990274.162574%86%
Camelus ferusДвугорбый верблюд96XP_006178380.161873%84%
Oryctolagus cuniculusЕвропейский кролик90XP_002715603.162271%83%
Бизон бизон бизонАмериканский бизон96XP_010847739.162570%82%
Trichechus manatus latirostrisЛамантин105XP_004369192.162370%82%
Loxodonta africanaАфриканский слон105XP_003411181.162568%80%
Condylura cristataКрот-звездочка96XP_004679575.162767%80%
Eptesicus fuscusБольшая коричневая летучая мышь96XP_008137759.162166%80%
Myotis davidiiЛетучая мышь Венеры96XP_006775977.161865%79%
Раттус норвегикусНорвежская крыса90NP_001019478.163362%77%
Mus MusculusДомовая мышь90NP_083214.263363%76%
Sorex araneusОбыкновенная бурозубка96XP_004603704.161255%73%
Chrysemys picta belliiНарисованная черепаха312XP_005285573.162440%56%
Погона виттицепсБородатый дракон312XP_020650341.165135%54%
Apteryx australis mantelliКоричневый киви312XP_013800580.166435%54%
Struthio camelus australisЮжный страус312XP_009685099.162834%51%

Клиническое значение

LRRIQ3 связан с рядом видов рака. Эксперименты с RNA-seq показали, что LRRIQ3 сильно подавляется (Log2-кратные изменения между -3,4 и -4,2) при ряде болезненных состояний, включая рак поджелудочной железы, колоректальный рак и рак груди.[33][34][35]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000162620 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028182 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Ген LRRIQ3 - Генные карты».
  6. ^ а б "Запись AceView на LRRIQ3".
  7. ^ а б c «Богатые лейцином повторы LRRIQ3 и мотив IQ, содержащий 3 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-30.
  8. ^ «Изобилие белка Lrriq3 в PaxDb». pax-db.org. Получено 2018-04-30.
  9. ^ «Изобилие белка LRRIQ3 в PaxDb». pax-db.org. Получено 2018-04-30.
  10. ^ «GDS3834 / 3169». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  11. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2018-04-30.
  12. ^ "Атлас клеток - LRRIQ3 - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org. Получено 2018-04-30.
  13. ^ а б EMBL-EBI. «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-04-30.
  14. ^ Кобе Б., Дайзенхофер Дж. (Октябрь 1994 г.). «Богатый лейцином повтор: универсальный связывающий мотив». Trends Biochem. Наука. 19 (10): 415–21. Дои:10.1016/0968-0004(94)90090-6. ISSN  0968-0004. PMID  7817399.
  15. ^ Энхбаяр П., Камия М., Осаки М., Мацумото Т., Мацусима Н. (февраль 2004 г.). «Структурные принципы белков с богатым лейцином повторов (LRR)». Белки. 54 (3): 394–403. Дои:10.1002 / prot.10605. ISSN  1097-0134. PMID  14747988.
  16. ^ Rhoads AR, Friedberg F (апрель 1997 г.). «Мотивы последовательности для распознавания кальмодулина». FASEB J. 11 (5): 331–40. Дои:10.1096 / fasebj.11.5.9141499. ISSN  0892-6638. PMID  9141499.
  17. ^ Рост Б (2001). «Обзор: прогнозирование вторичной структуры белков продолжает расти». J. Struct. Биол. 134 (2–3): 204–18. CiteSeerX  10.1.1.8.8169. Дои:10.1006 / jsbi.2001.4336. ISSN  1047-8477. PMID  11551180.
  18. ^ Уали М., король Р. Д. (июнь 2000 г.). «Каскадирование нескольких классификаторов для предсказания вторичной структуры». Белковая наука. 9 (6): 1162–76. Дои:10.1110 / пс 9.6.1162. ISSN  0961-8368. ЧВК  2144653. PMID  10892809.
  19. ^ Манжета Дж. А., Бартон Дж. Дж. (Август 2000 г.). «Применение нескольких профилей выравнивания последовательностей для улучшения предсказания вторичной структуры белка». Белки. 40 (3): 502–11. Дои:10.1002 / 1097-0134 (20000815) 40: 3 <502 :: AID-PROT170> 3.0.CO; 2-Q. ISSN  0887-3585. PMID  10861942.
  20. ^ Джонс Д. Т. (сентябрь 1999 г.). «Прогнозирование вторичной структуры белка на основе оценочных матриц для конкретных позиций». J. Mol. Биол. 292 (2): 195–202. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3091. ISSN  0022-2836. PMID  10493868. S2CID  15506630.
  21. ^ Ян Дж., Ян Р., Рой А., Сюй Д., Пуассон Дж., Чжан И. (январь 2015 г.). «I-TASSER Suite: предсказание структуры и функции белков». Nat. Методы. 12 (1): 7–8. Дои:10.1038 / nmeth.3213. ISSN  1548-7091. ЧВК  4428668. PMID  25549265.
  22. ^ а б Пагни М., Иоаннидис В., Серутти Л., Зан-Забал М., Джонженель К.В., Фальке Л. (июль 2004 г.). «MyHits: новый интерактивный ресурс для аннотации белков и идентификации доменов». Нуклеиновые кислоты Res. 32 (Выпуск веб-сервера): W332–5. Дои:10.1093 / нар / гх479. ISSN  0305-1048. ЧВК  441617. PMID  15215405.
  23. ^ de Castro E, Sigrist CJ, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (июль 2006 г.). «ScanProsite: обнаружение совпадений сигнатур PROSITE и связанных с ProRule функциональных и структурных остатков в белках». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск веб-сервера): W362–5. Дои:10.1093 / нар / gkl124. ISSN  1362-4962. ЧВК  1538847. PMID  16845026.
  24. ^ Рен Дж, Вэнь Л., Гао X, Джин С, Сюэ И, Яо Х (февраль 2009 г.). «DOG 1.0: иллюстратор доменных структур белков». Cell Res. 19 (2): 271–3. Дои:10.1038 / кр.2009.6. ISSN  1001-0602. PMID  19153597.
  25. ^ "Результаты - мента: браузер интерактивного дома". mentha.uniroma2.it. Получено 2018-04-30.
  26. ^ «LRRIQ3 - богатый лейцином повтор и белок 3, содержащий домен IQ - Homo sapiens (человек) - ген и белок LRRIQ3». www.uniprot.org. Получено 2018-04-30.
  27. ^ Хардер К.В., Парсонс Л.М., Армес Дж., Эванс Н., Контури Н., Кларк Р., Квиличи С., Грааль Д., Ходжсон Г.С., Данн А.Р., Хиббс М.Л. (октябрь 2001 г.). «Мыши-мутанты Lyn с усилением и потерей функции определяют критическую ингибирующую роль Lyn в миелоидном клоне». Иммунитет. 15 (4): 603–15. Дои:10.1016 / с1074-7613 (01) 00208-4. ISSN  1074-7613. PMID  11672542.
  28. ^ Доунс Г.Б., Гаутам Н. (декабрь 1999 г.). «Семейства генов субъединиц G-белка». Геномика. 62 (3): 544–52. Дои:10.1006 / geno.1999.5992. ISSN  0888-7543. PMID  10644457.
  29. ^ Ту И, Ли Ф, Ву Ц (декабрь 1998 г.). «Nck-2, новый адаптерный белок, содержащий гомологию Src2 / 3, который взаимодействует с LIM-единственным белком PINCH и компонентами сигнальных путей киназы рецептора фактора роста». Мол. Биол. Клетка. 9 (12): 3367–82. Дои:10.1091 / mbc.9.12.3367. ISSN  1059-1524. ЧВК  25640. PMID  9843575.
  30. ^ Эра Т (июль 2002 г.). «Bcr-Abl - это« молекулярный переключатель »для принятия решения о росте и дифференцировке гемопоэтических стволовых клеток». Int. J. Hematol. 76 (1): 35–43. Дои:10.1007 / BF02982716. PMID  12138893. S2CID  10269867.
  31. ^ Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Е. В., Липман Д. Д. (октябрь 1990 г.). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». J. Mol. Биол. 215 (3): 403–10. Дои:10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2. ISSN  0022-2836. PMID  2231712.
  32. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2018-05-06.
  33. ^ «Тканевая экспрессия LRRIQ3 - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2018-05-06.
  34. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, команда разработчиков EMBL-EBI Expression Atlas. "Результаты поиска <Атлас выражений . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-04-30.
  35. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, команда разработчиков EMBL-EBI Expression Atlas. "Эксперимент <Атлас выражений . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-06.