Список секвенированных геномов протистов - Википедия - List of sequenced protist genomes
Этот список секвенированных геномов протистов содержит все протист виды, о которых известно, что они имеют общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и опубликованы; не включены ни черновики геномов, ни последовательности только органелл.
Альвеолаты
Альвеолаты группа протистов, в которую входят Цилиофора, Apicomplexa и Динофлагеллата. Члены этой группы представляют особый интерес для науки как причины серьезных заболеваний человека и домашнего скота.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания | Статус сборки | Ссылки |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Babesia bovis | Апикомплексан | Возбудитель крупного рогатого скота | 8,2 Мб | 3,671 | 2007[1] | |||
Бревиолум минутим (Симбиодиниум minutum; клады B1) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт | 1,5 Гб | 47,014 | Окинавский институт науки и технологий | 2013[2] | Проект | Морская геномика OIST[3] |
Cladocopium goreaui (Симбиодиниум горори; Clade C1) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт | 1.19 Гб | 35,913 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Университет Квинсленда | 2018[4] | Проект | ReFuGe 2020[5] |
Кладокопиум C92 штамм Y103 (Симбиодиниум sp. клады C; предполагаемый тип C92) | Динофлагеллята | Симбионт фораминифер | Неизвестно (размер сборки 0,70 Гб) | 65,832 | Окинавский институт науки и технологий | 2018[6] | Проект | Морская геномика OIST[3] |
Cryptosporidium hominis Штамм: TU502 | Апикомплексан | Человеческий патоген | 10,4 Мб | 3,994[7] | Университет Содружества Вирджинии | 2004[7] | ||
Криптоспоридиум парвум Изолят С- или генотипа 2 | Апикомплексан | Человеческий патоген | 16,5 Мб | 3,807[8] | UCSF и Университет Миннесоты | 2004[8] | ||
Эймерия тенелла Штамм Houghton | Апикомплексан | Кишечный паразит домашней птицы | 55-60 Мб[9] | Институт Wellcome Trust Sanger[10] | Доступно для скачивания;[10] 2007 для Chr 1[11] | |||
Fugacium kawagutii CS156 = CCMP2468 (Симбиодиниум Кавагути; клады F1) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт? | 1.07 Гб | 26,609 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Университет Квинсленда | 2018[4] | Проект | ReFuGe 2020[5] |
Fugacium kawagutii CCMP2468 (Симбиодиниум Кавагути; клады F1) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт? | 1.18 Гб | 36,850 | Университет Коннектикута / Сямэньский университет | 2015[12] | Проект | С. кавагути геномный проект[13] |
Neospora caninum | Апикомплексан | Возбудитель для крупного рогатого скота и собак | 62 Мб[14] | Институт Wellcome Trust Sanger[15] | Доступно для скачивания[15] | |||
Paramecium tetraurelia | Инфузорий | Модельный организм | 72 Мб | 39,642[16] | Геноскоп | 2006[16] | ||
Polarella Glacialis CCMP1383 | Динофлагеллята | Психрофил, Антарктика | 3,02 ГБ (диплоид), 1,48 ГБ (гаплоид) | 58,232 | Университет Квинсленда | 2020[17] | Проект | UQ eSpace[18] |
Polarella Glacialis CCMP2088 | Динофлагеллята | Психрофил, Арктика | 2,65 Гб (диплоид), 1,30 Гб (гаплоид) | 51,713 | Университет Квинсленда | 2020[17] | Проект | UQ eSpace[18] |
Плазмодий бергей Штамм: Anka | Апикомплексан | Кроличья малярия | 18,5 Мб[19] | 4,900;[19] 11 654 (UniProt) | ||||
Плазмодий чабауди | Апикомплексан | Малярия грызунов | 19,8 Мб[20] | 5,000[20] | ||||
Плазмодий falciparum Клон: 3D7 | Апикомплексан | Патоген человека (малярия ) | 22.9 Мб | 5,268[21] | Консорциум проекта генома малярии | 2002[21] | ||
Plasmodium knowlesi | Апикомплексан | Возбудитель приматов (малярия) | 23,5 Мб | 5,188[22] | 2008[22] | |||
Плазмодий вивакс | Апикомплексан | Патоген человека (малярия) | 26,8 Мб | 5,433[23] | 2008[23] | |||
Плазмодий yoelii yoelii Штамм: 17XNL | Апикомплексан | Возбудитель грызунов (малярия) | 23,1 Мб | 5,878[24] | TIGR и NMRC | 2002[24] | ||
Симбиодиниум микроадриатикум (клад А) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт | 1.1 Гб | 49,109 | Университет науки и технологий короля Абдаллы | 2016[25] | Проект | Рифовая геномика[26] |
Симбиодиниум Штамм A3 Y106 (Симбиодиниум sp. клады A3) | Динофлагеллята | симбионт | Неизвестно (размер сборки 0,77 Гб) | 69,018 | Окинавский институт науки и технологий | 2018[6] | Проект | Морская геномика OIST[3] |
Tetrahymena thermophila | Инфузорий | Модельный организм | 104 Мб | 27,000[27] | 2006[27] | |||
Theileria annulata Клон Анкары C9 | Апикомплексан | Возбудитель крупного рогатого скота | 8,3 Мб | 3,792 | Sanger | 2005[28] | ||
Theileria parva Штамм: Мугуга | Апикомплексан | Возбудитель крупного рогатого скота (Африканская лихорадка восточного побережья ) | 8,3 Мб | 4,035[29] | ТИГР и Международный научно-исследовательский институт животноводства | 2005[29] | ||
Toxoplasma gondii Штаммы GT1, ME49, VEG | Апикомплексан | Млекопитающий возбудитель | 63 Мб (RefSeq) | 8100 (UniProt) - 9000 (EuPathDB) | J. Craig Venter Inst., ТИГР, UPenn. | 2008[30] |
Амебозоа
Амебозоа группа подвижных амебовидный протисты, члены этой группы перемещаются или кормятся посредством временных выступов, называемых ложноножки. Самый известный член этой группы - слизь который изучается веками; другие члены включают Архамебы, Tubulinea и Flabellinea. Некоторые амебозы вызывают заболевание.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|
Dictyostelium discoideum Штамм: AX4 | Слизь плесень | Модельный организм | 34 Мб | 12,500[31] | Консорциум из Кельнского университета, Медицинского колледжа Бейлора и Центра Сангера | 2005[31] |
Entamoeba histolytica HM1: IMSS | Паразитические простейшие | Патоген человека (амебной дизентерией ) | 23,8 Мб | 9,938[32] | TIGR, Институт Сангера и Лондонская школа гигиены и тропической медицины | 2005[32] |
Polysphondylium pallidum Напряжение: PN500 | Слизь плесень | Модельный организм | 12,939,[33] 12 350 (UniProt) | Лейбниц Институт возрастных исследований | 2009[33] |
Chromista
В Chromista представляют собой группу протистов, содержащую тип водорослей Heterokontophyta (страменопилы ), Гаптофита и Криптофита. Члены этой группы в основном изучаются в эволюционных целях.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|
Albugo laibachii | Оомицет | Паразит арабидопсиса, биотроф | 37 Мб[34] | 13,032[34] | 2011[34] | |
Ауреококк анофагеференс Штамм: CCMP1984 | Пелагофит | Объединенный институт генома DOE | 2011[35] | |||
Bigelowiella natans | Хлорарахниофит | Модельный организм | нуклеоморф: 0.331 МБ ядерная: 95 МБ | нуклеоморф: 373[36] ядерная:> 21,000[37] | нуклеоморф: Институт Холла Австралия, Univ. Мельбурн, Univ. до н.э ядерная: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада | 2006,[36] 2012[37] |
Chroomonas мезостигматика CCMP1168 | Криптофита | 2012[38] | ||||
Криптомонады парамеций | Криптофита | 2010[39] | ||||
Эмилиания Хаксли CCMP1516 | Кокколитофора (фитопланктон ) | 141,7 Мб[40] | 30,569[40] | Объединенный институт генома | 2013[40] | |
Эмилиания Хаксли RCC1217 | Кокколитофора (фитопланктон ) | Доступно для скачивания[41] | ||||
Фрагилариопсис цилиндр | Диатомовый | 61,1 Мб[42] | 21,066[42] | Объединенный институт генома | 2017[42] | |
Гиллардия тета | Криптомонады | Модельный организм | 0.551 МБ (нуклеоморф только геном) 87 МБ (ядерный геном) | нуклеоморф: 465[43] 513, 598 (UniProt) ядерная:> 21,000[37] | нуклеоморф: Канадский институт перспективных исследований, Филиппский университет Марбург и Университет Британской Колумбии ядерная: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада | 2001,[43] 2012[37] |
Hemiselmis Андерсении CCMP7644 | Криптомонады | Модельный организм | 0.572 МБ (нуклеоморф только геном) | 472,[44] 502 (UniProt) | Канадский институт перспективных исследований | 2007[44] |
Hyaloperonospora arabidopsidis | Оомицет | облигатный биотроф, Арабидопсис возбудитель | WUGSC | 2010[45] | ||
Нанохлоропис гадитана Штамм: CCMP526 | Эустигматофит | Производство липидов, биотехнологии | Институт биоинформатики Вирджинии | 2012[46] | ||
Phaeodactylum tricornutum Штамм: CCAP1055 / 1 | Диатомовый | 27,4 Мб | 10,402 | Объединенный институт генома | 2008[47] | |
Phytophthora infestans Штамм: T30-4 | Оомицет | Великий голод Ирландии возбудитель | Broad Institute | 2009[48] | ||
Phytophthora ramorum | Оомицет | Внезапная смерть дуба возбудитель | 65 Мб (7x) | 15,743 | Объединенный институт генома и другие. | 2006[49] |
Phytophthora sojae | Оомицет | Соя возбудитель | 95 Мб (9x) | 19,027 | Объединенный институт генома и другие. | 2006[49] |
Pseudo-nitzschia многосерийный | Диатомовый | Объединенный институт генома | ||||
Plasmodiophora brassicae | Плазмодиофорид | Косолапость возбудитель | 25,5 Мб | 9,730 | SLU Упсала и другие. | 2015[50] |
Pythium ultimum | Оомицет | повсеместный патоген растений | 42,8 Мб | 15,290 | Университет штата Мичиган и другие. | 2010[51] |
Thalassiosira pseudonana Штамм: CCMP 1335 | Диатомовый | 34,5 Мб | 11,242[52] | Объединенный институт генома и Вашингтонский университет | 2004[52] |
Экскавата
Экскавата группа родственных свободноживущих и симбиотических протистов; он включает Метамонада, Лукозоа, Эвгленозоа и Перколозоа. Они исследуются на предмет их роли в болезнях человека.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|
Giardia enterica (G. duodenalis сборка B) | Паразитические простейшие | Патоген человека (Лямблиоз ) | 11,7 Мб | 4,470[53] | многоцентровое сотрудничество | 2009[53] |
Giardia duodenalis ATCC 50803 (Giardia duodenalis сборка А) | Паразитические простейшие | Патоген человека (Лямблиоз ) | 11,7 Мб | 6,470,[54] 7 153 (UniProt) | Каролинский институт, Морская биологическая лаборатория | 2007[54] |
Leishmania braziliensis MHOM / BR / 75M2904 | Паразитические простейшие | Патоген человека (Лейшманиоз ) | 33 Мб | 8,314[55] | Институт Сэнгера, Universidade de São Paulo, Imperial College | 2007[55] |
Leishmania infantum JPCM5 | Паразитические простейшие | Патоген человека (Висцеральный лейшманиоз ) | 33 Мб | 8,195[55] | Институт Сангера, Имперский колледж и Университет Глазго | 2007[55] |
Leishmania major Штамм: Фридлин | Паразитические простейшие | Патоген человека (Кожный лейшманиоз ) | 32,8 Мб | 8,272[56] | Институт Сэнгера и Сиэтлский институт биомедицинских исследований | 2005[56] |
Naegleria gruberi | амебофлагеллята | Отошли от других эукариот более 1 миллиарда лет назад. | 41 Мб[57] | 15,727[57] | 2010[57] | |
Влагалищная трихомонада | Паразитические простейшие | Патоген человека (Трихомониаз ) | 160 Мб | 59,681[58] | ТИГР | 2007[58] |
Trypanosoma brucei Штамм: TREU927 / 4 GUTat10.1 | Паразитические простейшие | Патоген человека (Сонная болезнь ) | 26 Мб | 9,068[59] | Институт Сангера и ТИГР | 2005[59] |
Trypanosoma cruzi Штамм: CL Brener TC3 | Паразитические простейшие | Патоген человека (Болезнь Шагаса ) | 34 Мб | 22,570[60] | TIGR, Сиэтлский институт биомедицинских исследований и Упсальский университет | 2005[60] |
Опистоконц базальный
Опистоконц представляют собой группу эукариот, в которую входят как животные и грибы а также базальные группы, не входящие в эти группы. Эти базальные опистоконты обоснованно классифицируются как протисты и включают: хоанофлагелляты, которые являются сестринской или близкородственной группой животных.
Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год окончания |
---|---|---|---|---|---|---|
Monosiga brevicollis | Хоанофлагеллята | близкий родственник многоклеточных | 41,6 Мб | 9,200[61] | Объединенный институт генома | 2007[61] |
Смотрите также
- Список секвенированных бактериальных геномов
- Список секвенированных геномов животных
- Список секвенированных эукариотических геномов
- Список секвенированных геномов грибов
- Список секвенированных геномов растений
- Список секвенированных геномов водорослей
Рекомендации
- ^ Брайтон К.А., Лау А.О., Херндон Д.Р., Хэнник Л., Каппмайер Л.С., Беренс С.Дж. и др. (Октябрь 2007 г.). «Последовательность генома Babesia bovis и сравнительный анализ апикомплексных гемопротозоа». Патогены PLOS. 3 (10): 1401–13. Дои:10.1371 / journal.ppat.0030148. ЧВК 2034396. PMID 17953480.
- ^ Сёгути Э., Синдзато Ч., Кавасима Т., Гёджа Ф., Мунгпакди С., Коянаги Р. и др. (Август 2013). «Предварительная сборка ядерного генома Symbiodinium minutum раскрывает структуру гена динофлагеллат». Текущая биология. 23 (15): 1399–408. Дои:10.1016 / j.cub.2013.05.062. PMID 23850284.
- ^ а б c "Морская геномика OIST". marinegenomics.oist.jp. Получено 2018-08-22.
- ^ а б Лю Х., Стивенс Т.Г., Гонсалес-Печ Р.А., Белтран В.Х., Лапейре Б., Бонгаертс П. и др. (2018). «Геномы симбиодиниума показывают адаптивную эволюцию функций, связанных с симбиозом кораллов и динофлагеллат». Биология коммуникации. 1: 95. Дои:10.1038 / с42003-018-0098-3. ЧВК 6123633. PMID 30271976.
- ^ а б "Сайт данных ReFuGe 2020". Убежище2020.reefgenomics.org. Получено 2018-09-07.
- ^ а б Сегучи Э., Бедесси Дж., Тада I, Хисата К., Кавасима Т., Такеучи Т. и др. (Июнь 2018). «Два расходящихся генома Symbiodinium показывают сохранение кластера генов для биосинтеза солнцезащитного крема и недавно утраченных генов». BMC Genomics. 19 (1): 458. Дои:10.1186 / s12864-018-4857-9. ЧВК 6001144. PMID 29898658.
- ^ а б Xu P, Widmer G, Wang Y, Ozaki LS, Alves JM, Serrano MG и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном Cryptosporidium hominis». Природа. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004 Натур.431.1107X. Дои:10.1038 / природа02977. PMID 15510150.
- ^ а б Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S, Abrahante JE, Zhu G, Lancto CA и др. (Апрель 2004 г.). «Полная последовательность генома апикомплексана, Cryptosporidium parvum». Наука. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Научный ... 304..441A. Дои:10.1126 / science.1094786. PMID 15044751. S2CID 26434820.
- ^ genedb
- ^ а б Sanger
- ^ Ling KH, Rajandream MA, Rivailler P, Ivens A, Yap SJ, Madeira AM и др. (Март 2007 г.). «Секвенирование и анализ хромосомы 1 Eimeria tenella выявили уникальную сегментарную организацию». Геномные исследования. 17 (3): 311–9. Дои:10.1101 / гр.5823007. ЧВК 1800922. PMID 17284678.
- ^ Lin S, Cheng S, Song B, Zhong X, Lin X, Li W и др. (Ноябрь 2015 г.). «Геном Symbiodinium kawagutii проливает свет на экспрессию гена динофлагеллат и коралловый симбиоз». Наука. 350 (6261): 691–4. Bibcode:2015Научный ... 350..691Л. Дои:10.1126 / science.aad0408. PMID 26542574.
- ^ "С. кавагути сайт данных ". web.malab.cn/symka_new. Получено 2018-08-22.
- ^ genedb
- ^ а б Sanger
- ^ а б Aury JM, Jaillon O, Duret L, Noel B, Jubin C, Porcel BM и др. (Ноябрь 2006 г.). «Глобальные тенденции полногеномных дупликаций инфузорий Paramecium tetraurelia». Природа. 444 (7116): 171–8. Bibcode:2006Натура.444..171А. Дои:10.1038 / природа05230. PMID 17086204.
- ^ а б Стивенс Т.Г., Гонсалес-Печ Р.А., Ченг Й., Мохамед А.Р., Берт Д.В., Бхаттачарья Д. и др. (2020). «Геномы динофлагелляты Polarella glacialis кодируют тандемно повторяющиеся гены с одним экзоном с адаптивными функциями ". BMC Биология. 18 (1): 56. Дои:10.1186 / s12915-020-00782-8. ЧВК 7245778. PMID 32448240.
- ^ а б Стивенс, Тимоти; Раган, Марк; Бхаттачарья, Дебашиш; Чан, Чеонг Синь (2020). "Polarella сайт данных ". Дои:10.14264 / uql.2020.222. Цитировать журнал требует
| журнал =
(помощь) - ^ а б Ensembl entry
- ^ а б Ensembl entry
- ^ а б Гарднер М.Дж., Холл Н., Фанг Э., Уайт О, Берриман М., Хайман Р.В. и др. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома малярийного паразита человека Plasmodium falciparum». Природа. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002Натура.419..498Г. Дои:10.1038 / природа01097. ЧВК 3836256. PMID 12368864.
- ^ а б Pain A, Böhme U, Berry AE, Mungall K, Finn RD, Jackson AP и др. (Октябрь 2008 г.). «Геном обезьяньего и человека малярийного паразита Plasmodium knowlesi». Природа. 455 (7214): 799–803. Bibcode:2008Натура.455..799П. Дои:10.1038 / природа07306. ЧВК 2656934. PMID 18843368.
- ^ а б Карлтон Дж. М., Адамс Дж. Х., Сильва Дж. К., Бидвелл С. Л., Лоренци Х., Калер Э. и др. (Октябрь 2008 г.). «Сравнительная геномика запущенного малярийного паразита человека Plasmodium vivax». Природа. 455 (7214): 757–63. Bibcode:2008Натура.455..757С. Дои:10.1038 / природа07327. ЧВК 2651158. PMID 18843361.
- ^ а б Carlton JM, Angiuoli SV, Suh BB, Kooij TW, Pertea M, Silva JC и др. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома и сравнительный анализ модельного малярийного паразита грызунов Plasmodium yoelii yoelii». Природа. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002Натура. 419..512C. Дои:10.1038 / природа01099. PMID 12368865.
- ^ Аранда М., Ли Ю., Лью Ю.Дж., Баумгартен С., Симаков О., Уилсон М.К. и др. (Декабрь 2016 г.). «Геномы коралловых симбионтов с динофлагеллятами подчеркивают эволюционные адаптации, способствующие симбиотическому образу жизни». Научные отчеты. 6: 39734. Bibcode:2016НатСР ... 639734А. Дои:10.1038 / srep39734. ЧВК 5177918. PMID 28004835.
- ^ "Сайт данных Reef Genomics". smic.reefgenomics.org. Получено 2018-08-22.
- ^ а б Эйзен Дж. А., Койн Р. С., Ву М., Ву Д., Тиагараджан М., Вортман Дж. Р. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Макроядерная последовательность генома инфузории Tetrahymena thermophila, модельного эукариота». PLOS Биология. 4 (9): e286. Дои:10.1371 / journal.pbio.0040286. ЧВК 1557398. PMID 16933976.
- ^ Pain A, Renauld H, Berriman M, Murphy L, Yeats CA, Weir W. и др. (Июль 2005 г.). "Геном паразита, трансформирующего клетки-хозяева, Theileria annulata по сравнению с T. parva". Наука. 309 (5731): 131–3. Bibcode:2005Наука ... 309..131П. Дои:10.1126 / наука.1110418. PMID 15994557.
- ^ а б Гарднер MJ, Bishop R, Shah T., de Villiers EP, Carlton JM, Hall N, et al. (Июль 2005 г.). «Последовательность генома Theileria parva, патогена крупного рогатого скота, трансформирующего лимфоциты». Наука. 309 (5731): 134–7. Bibcode:2005Наука ... 309..134G. Дои:10.1126 / наука.1110439. PMID 15994558.
- ^ NCBI Геном T. gondii ME49
- ^ а б Eichinger L, Pachebat JA, Glöckner G, Rajandream MA, Sucgang R, Berriman M, et al. (Май 2005 г.). «Геном социальной амебы Dictyostelium discoideum». Природа. 435 (7038): 43–57. Bibcode:2005Натура.435 ... 43Э. Дои:10.1038 / природа03481. ЧВК 1352341. PMID 15875012.
- ^ а б Лофтус Б., Андерсон И., Дэвис Р., Альсмарк Калифорнийский университет, Самуэльсон Дж., Амедео П. и др. (Февраль 2005 г.). «Геном простейшего паразита Entamoeba histolytica» (PDF). Природа. 433 (7028): 865–8. Bibcode:2005Натура 433..865л. Дои:10.1038 / природа03291. PMID 15729342. S2CID 14231289.
- ^ а б Присоединение к NCBI
- ^ а б c Кемен Э., Гардинер А., Шульц-Ларсен Т., Кемен А.С., Бальмут А.Л., Роберт-Сейланианц А. и др. (Июль 2011 г.). Ausubel FM (ред.). «Прирост и потеря генов в процессе эволюции облигатного паразитизма у возбудителя белой ржавчины Arabidopsis thaliana». PLOS Биология. 9 (7): e1001094. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001094. ЧВК 3130010. PMID 21750662.
- ^ Gobler CJ, Berry DL, Dyhrman ST, Wilhelm SW, Salamov A, Lobanov AV, et al. (Март 2011 г.). «Ниша вредоносной водоросли Aureococcus anophagefferens, выявленная с помощью экогеномики». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (11): 4352–7. Bibcode:2011PNAS..108.4352G. Дои:10.1073 / pnas.1016106108. ЧВК 3060233. PMID 21368207.
- ^ а б Гилсон П.Р., Су В., Сламовиц С.Х., Рейт М.Э., Килинг П.Дж., Макфадден Г.И. (июнь 2006 г.). «Полная нуклеотидная последовательность нуклеоморфа хлорарахниофита: самое маленькое ядро в природе». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (25): 9566–71. Bibcode:2006PNAS..103.9566G. Дои:10.1073 / pnas.0600707103. ЧВК 1480447. PMID 16760254.
- ^ а б c d Кертис Б.А., Танифуджи Г., Бурки Ф., Грубер А., Иримиа М., Маруяма С. и др. (Декабрь 2012 г.). «Геномы водорослей раскрывают эволюционный мозаицизм и судьбу нуклеоморфов». Природа. 492 (7427): 59–65. Bibcode:2012Натура 492 ... 59С. Дои:10.1038 / природа11681. PMID 23201678.
- ^ Мур CE, Кертис Б., Миллс Т., Танифуджи Г., Арчибальд Дж. М. (2012). «Нуклеоморфная геномная последовательность криптофитовой водоросли Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 выявляет клон-специфическую потерю гена и сложность генома». Геномная биология и эволюция. 4 (11): 1162–75. Дои:10.1093 / gbe / evs090. ЧВК 3514955. PMID 23042551.
- ^ Танифуджи Г., Онодера Н.Т., Уилер Т.Дж., Длутек М., Донахер Н., Арчибальд Дж.М. (2012). «Полная последовательность нуклеоморфа генома нефотосинтетической водоросли Cryptomonas Paramecium показывает основной набор генов нуклеоморфа». Геномная биология и эволюция. 3: 44–54. Дои:10.1093 / gbe / evq082. ЧВК 3017389. PMID 21147880.
- ^ а б c Прочтите BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F, et al. (Июль 2013). «Пангеном фитопланктона Emiliania лежит в основе его глобального распространения». Природа. 499 (7457): 209–13. Bibcode:2013Натура.499..209.. Дои:10.1038 / природа12221. PMID 23760476.
- ^ Вход
- ^ а б c Mock T, Otillar RP, Strauss J, McMullan M, Paajanen P, Schmutz J, et al. (Январь 2017 г.). «Эволюционная геномика адаптированной к холоду диатомеи Fragilariopsis cylindrus». Природа. 541 (7638): 536–540. Bibcode:2017Натура.541..536М. Дои:10.1038 / природа20803. PMID 28092920.
- ^ а б Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М., Битон М., Пенни С., Дэн Л. Т. и др. (Апрель 2001 г.). «Сильно восстановленный геном порабощенного ядра водорослей». Природа. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Натур.410.1091D. Дои:10.1038/35074092. PMID 11323671.
- ^ а б Lane CE, van den Heuvel K, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (декабрь 2007 г.). «Нуклеоморфный геном Hemiselmis andersenii обнаруживает полную потерю и уплотнение интронов как фактор структуры и функции белка». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (50): 19908–13. Bibcode:2007ПНАС..10419908Л. Дои:10.1073 / pnas.0707419104. ЧВК 2148396. PMID 18077423.
- ^ Бакстер Л., Трипати С., Исхак Н., Бут N, Кабрал А., Кемен Е. и др. (Декабрь 2010 г.). "Признаки адаптации к облигатной биотрофии в геноме Hyaloperonospora arabidopsidis". Наука. 330 (6010): 1549–1551. Bibcode:2010Sci ... 330.1549B. Дои:10.1126 / science.1195203. ЧВК 3971456. PMID 21148394.
- ^ Радаковиц Р., Джинкерсон Р. Э., Фюрстенберг С. И., Тае Х., Сеттладж Р. Э., Буре Дж. Л., Посевиц М. С. (февраль 2012 г.). «Проект последовательности генома и генетической трансформации маслянистой водоросли Nannochloropis gaditana». Nature Communications. 3 (2): 686. Bibcode:2012NatCo ... 3..686R. Дои:10.1038 / ncomms1688. ЧВК 3293424. PMID 22353717.
- ^ Bowler C, Allen AE, Badger JH, Grimwood J, Jabbari K, Kuo A, et al. (Ноябрь 2008 г.). «Геном Phaeodactylum раскрывает эволюционную историю геномов диатомовых водорослей». Природа. 456 (7219): 239–44. Bibcode:2008Натура.456..239Б. Дои:10.1038 / природа07410. PMID 18923393.
- ^ Хаас Б.Дж., Камун С., Зоди М.К., Цзян Р.Х., Хандакер Р.Э., Кано Л.М. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Последовательность генома и анализ ирландского возбудителя картофельного голода Phytophthora infestans» (PDF). Природа. 461 (7262): 393–8. Bibcode:2009Натура.461..393H. Дои:10.1038 / природа08358. PMID 19741609. S2CID 4385549.
- ^ а б Тайлер Б.М., Трипати С., Чжан Х, Дехал П., Цзян Р.Х., Аэртс А. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Последовательности генома фитофторы раскрывают эволюционное происхождение и механизмы патогенеза». Наука. 313 (5791): 1261–6. Bibcode:2006Научный ... 313.1261Т. Дои:10.1126 / science.1128796. PMID 16946064. S2CID 21287860.
- ^ Schwelm A, Fogelqvist J, Knaust A, Jülke S, Lilja T, Bonilla-Rosso G и др. (Июнь 2015 г.). «Геном Plasmodiophora brassicae раскрывает понимание его жизненного цикла и происхождения хитинсинтаз». Научные отчеты. 5: 11153. Bibcode:2015НатСР ... 511153С. Дои:10.1038 / srep11153. ЧВК 4471660. PMID 26084520.
- ^ Карбон А, Сиу А., Патель Р. (сентябрь 2010 г.). «Детский атопический дерматит: обзор лечения». Летопись фармакотерапии. 44 (9): 1448–58. Дои:10.1345 / aph.1P098. PMID 20628042. S2CID 44649671.
- ^ а б Армбраст Э.В., Бергес Дж. А., Боулер С., Грин Б. Р., Мартинес Д., Патнэм Н. Х. и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Наука. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004 Наука ... 306 ... 79А. CiteSeerX 10.1.1.690.4884. Дои:10.1126 / science.1101156. PMID 15459382. S2CID 8593895.
- ^ а б Franzén O, Jerlström-Hultqvist J, Castro E, Sherwood E, Ankarklev J, Reiner DS, et al. (Август 2009 г.). Петри В (ред.). "Проект секвенирования генома изолята GS группы B giardia Кишечника: вызван ли лямблиоз человека двумя разными видами?". Патогены PLOS. 5 (8): e1000560. Дои:10.1371 / journal.ppat.1000560. ЧВК 2723961. PMID 19696920.
- ^ а б Моррисон Х.Г., МакАртур А.Г., Гиллин Ф.Д., Алей С.Б., Адам Р.Д., Олсен Г.Дж. и др. (Сентябрь 2007 г.). «Геномный минимализм у ранних кишечных паразитов Giardia lamblia». Наука. 317 (5846): 1921–6. Bibcode:2007Научный ... 317.1921M. Дои:10.1126 / science.1143837. PMID 17901334. S2CID 29299317.
- ^ а б c d Пикок С.С., Сигер К., Харрис Д., Мерфи Л., Руис Дж. К., Перепел М.А. и др. (Июль 2007 г.). «Сравнительный геномный анализ трех видов Leishmania, вызывающих различные заболевания человека». Природа Генетика. 39 (7): 839–47. Дои:10,1038 / ng2053. ЧВК 2592530. PMID 17572675.
- ^ а б Ivens AC, Peacock CS, Worthey EA, Murphy L, Aggarwal G, Berriman M и др. (Июль 2005 г.). «Геном кинетопластидного паразита Leishmania major». Наука. 309 (5733): 436–42. Bibcode:2005Наука ... 309..436I. Дои:10.1126 / наука.1112680. ЧВК 1470643. PMID 16020728.
- ^ а б c Фриц-Лейлин Л.К., Прочник С.Е., Джинджер М.Л., Дакс Дж.Б., Карпентер М.Л., Филд М.С. и др. (Март 2010 г.). «Геном Naegleria gruberi свидетельствует о ранней универсальности эукариот». Клетка. 140 (5): 631–42. Дои:10.1016 / j.cell.2010.01.032. PMID 20211133. S2CID 13901186.
- ^ а б Карлтон Дж. М., Хирт Р. П., Сильва Дж. К., Делчер А. Л., Шац М., Чжао К. и др. (Январь 2007 г.). «Проект последовательности генома возбудителя, передающегося половым путем, Trichomonas vaginalis». Наука. 315 (5809): 207–12. Bibcode:2007 Наука ... 315..207C. Дои:10.1126 / наука.1132894. ЧВК 2080659. PMID 17218520.
- ^ а б Берриман М., Гедин Э., Герц-Фаулер С., Бландин Г., Рено Х., Бартоломеу Д.К. и др. (Июль 2005 г.). «Геном африканской трипаносомы Trypanosoma brucei». Наука. 309 (5733): 416–22. Bibcode:2005Наука ... 309..416B. Дои:10.1126 / наука.1112642. PMID 16020726. S2CID 18649858.
- ^ а б Эль-Сайед Н.М., Майлер П.Дж., Бартоломеу Д.К., Нильссон Д., Аггарвал Г., Тран А.Н. и др. (Июль 2005 г.). «Последовательность генома Trypanosoma cruzi, этиологического агента болезни Шагаса». Наука. 309 (5733): 409–15. Bibcode:2005Наука ... 309..409E. Дои:10.1126 / наука.1112631. PMID 16020725. S2CID 3830267.
- ^ а б Кинг Н., Уэстбрук М.Дж., Янг С.Л., Куо А., Абедин М., Чепмен Дж. И др. (Февраль 2008 г.). «Геном хоанофлагеллаты Monosiga brevicollis и происхождение многоклеточных животных». Природа. 451 (7180): 783–8. Bibcode:2008Натура.451..783K. Дои:10.1038 / природа06617. ЧВК 2562698. PMID 18273011.