Список секвенированных геномов растений - List of sequenced plant genomes

Этот список секвенированных геномов растений содержит виды растений, известные как имеющие общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и опубликованы. Несобранные геномы не включены, как и последовательности органелл. Для всех королевств см. список секвенированных геномов.

Смотрите также Список секвенированных геномов водорослей.

Мохообразные

Организм напряжениеРазделениеАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Physcomitrella patens ssp. Patens str. Gransden 2004МохообразныеРанний расходящийся наземный завод2008[1]
Marchantia polymorphaМохообразныеРанний расходящийся наземный завод225,8 Мб19,1382017[2]
Ceratodon purpureusМохообразныеРанний расходящийся наземный завод
Anthoceros angustusМохообразныеРанний расходящийся наземный завод

Высшие растения (сосудистые растения)

Организм напряжениеРазделениеАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Selaginella moellendorffiiLycopodiophytaМодельный организм2011[3][4]

Папоротники

Организм напряжениеРазделениеАктуальностьРазмер геномаКоличество предсказанных геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Azolla filiculoidesПолиподиофитаПапоротник0,75 Гб20,2012018[5]
Salvinia cucullataПолиподиофитаПапоротник0,26 Гб19,9142018[5]

Голосеменные

Организм напряжениеРазделениеАктуальностьРазмер геномаКоличество предсказанных геновНет хромосомОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Picea abies (Ель обыкновенная)ПиналесДревесина, тонвуд, декоративные, такие как Рождественская елка19,6 Гб26,359[6]12Научный центр растений Умео / SciLifeLab, Швеция2013[7]
Picea glauca (Ель белая)ПиналесДревесина, Целлюлоза20,8 Гб14,462[6]12Институциональное сотрудничество2013[8][9]
Pinus Taeda (Сосна лоблолли)ПиналесДревесина20,15 Гб9,024[6]122014[10][11][12]Размер скаффолда N50: 66.9 kbp.
Pinus lambertiana (Сахарная сосна)ПиналесДревесина; с самыми большими геномами среди сосен;

самая крупная порода сосны

31 Гб13,936122016[6]Охват последовательности 61,5X, используемые платформы:

Hiseq 2000, Hiseq 2500, GAIIx, MiSeq

Гинкго билобаГинкгоалес11,75 Гб41,8402016[13]Размер скаффолда N50: 48,2 кбп
Псевдоцуга menziesiiПиналес16 Гб54,830132017[14]Размер скаффолда N50: 340,7 кбп.
Gnetum monatumGnetales4.07 Гб27,4912018[15]
Ларикс сибирскийПиналес12,34 Гбит2019[16]леска N50 6440 п.н.
Abies albaПиналес18.16 Гб94,2052019[17]леска N50 14051 п.н.

Покрытосеменные

Amborellales

Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Amborella trichopodaAmborellaceaeБазальное покрытосеменное2013[18][19]

Eudicots

Proteales
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество предсказанных геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Nelumbo nucifera (священный лотос)NelumbonaceaeБазальный эвдикот929 Мбит / с2013[20]contig N50 38,8 кбит и леска N50 3,4 мбит
Ранункулалес
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Aquilegia coeruleaЛютиковыеБазальный эвдикотНе опубликовано[21]
Trochodendrales
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Троходендрон аралиоидес (Колесо дерево)TrochodendralesБазальный эвдикот с вторичной ксилемой без сосудистых элементов1.614 Гб35,328Гуанси университет2019[22]19 каркасов, соответствующих 19 хромосомам
Caryophyllales
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Beta vulgaris (сахарная свекла)ChenopodiaceaeРастениеводство714–758 Мбит / с27,4212013[23]
Chenopodium quinoaChenopodiaceaeРастениеводство1,39–1,50 Гб44,7762017[24]3486 скаффолдов, скаффолд N50 3,84 Mb, 90% собранного генома содержится в 439 скаффолдах[24]
Амарант гипокондриакусAmaranthaceaeРастениеводство403,9 Мб23,8472016[25]16 больших строительных лесов от 16,9 до 38,1 Мб. N50 и L50 сборки были 24,4 и 7 Мб соответственно.[26]
Carnegiea giganteaКактусовыеДикорастущее растение1,40 Гб28,2922017[27]57409 каркасов, каркас N50 61,5 кб[27]
Suaeda aralocaspicaAmaranthaceaeВыполняет полное C4 фотосинтез внутри отдельных клеток (SCC4)467 Мб29,604ABLife Inc.2019[28]4033 подмости, подмости N50 длиной 1,83 Мб
Симмондсия китайская (жожоба)SimmondsiaceaeМасличные культуры887 Мб23,4902020[29]994 подмости, подмости N50 длиной 5,2 Мб
Росиды
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество предсказанных геновНет хромосомОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Sclerocarya birrea

(Марула)

AnacardiaceaeИспользуется в пищу18,3972018[30][31]
Betula pendula (береза ​​серебристая)BetulaceaeБореальное лесное дерево, модель для лесной биотехнологии435 Мбит / с[32]28,39914Университет Хельсинки2017[32]454 / Иллюмина / PacBio. Размер сборки 435 Мбп. Контиг N50: 48 209 п.н., каркас N50: 239 796 п.н. 89% сборки сопоставлено с 14 псевдомолекулами. Дополнительно секвенировано 150 особей березы.
Betula nana (карликовая береза)BetulaceaeАрктический кустарник450 Мбит / сQMUL / SBCS2013[33]
Aethionema arabicumBrassicaceaeСравнительный анализ геномов крестоцветных2013[34]
Арабидопсис лирата ssp. лирата штамм MN47BrassicaceaeМодельный завод206,7 Мбит / с32,670[35]82011[35]Покрытие последовательности 8,3X, проанализировано на капиллярных секвенаторах ABI 3730XL
Arabidopsis thaliana Экотип: КолумбияBrassicaceaeМодельный завод135 Мбит / с27,655[36]5AGI2000[37]
Barbarea vulgaris

G-тип

BrassicaceaeМодельное растение для специализированных метаболитов и защиты растений167,7 Мбит / с25,35082017[38]66,5-кратное покрытие с технологией Illumina GA II
Brassica rapa ssp. pekinensis (пекинская капуста) образец Chiifu-401-42BrassicaceaeАссорти сельскохозяйственных культур и модельный организм485 Мбит / с41 174 (подвергся троектированию генома)10Консорциум проекта по секвенированию генома Brassica rapa2011[39]72-кратный охват парных коротких последовательностей чтения, созданных с помощью технологии Illumina GA II
Brassica napus (Масличный рапс или рапс) Европейский сорт озимых масличных культур ‘Darmor-бж'BrassicaceaeКультуры1130 Мбит / с101,04019Институциональное сотрудничество2014[40]454 GS-FLX + Titanium (Roche, Базель, Швейцария) и секвенирование по Сэнгеру. Для коррекции и заполнения пробелов использовалась последовательность HiSeq Illumina (Сан-Диего, Калифорния) 79 Гб.
Capsella краснухаBrassicaceaeБлизкий родственник Arabidopsis thaliana130 Мбит / с26,521JGI2013?[41] 2013[42]
Кардамин хирсута (волосатый горький кресс) сорт "Оксфорд"BrassicaceaeМодельная система для изучения эволюции развития растений198 Мбит / с29,4588Институт Макса Планка по исследованию селекции растений, Кельн, Германия2016[43]Стратегия дробного секвенирования, комбинирующая парные считывания с конца (охват собранных последовательностей 197 ×) и считывания пар спариваний (сборные 66 ×) из Illumina HiSeq (всего 52 Гбит необработанных считываний).
Eruca sativa (салатная руккола)BrassicaceaeИспользуется в пищу851 Мбит / с45,438Университет Ридинга2020[44]Illumina MiSeq и HiSeq2500. Секвенирование и сборка парных концевых и длинных парных пар без ПЦР. Секвенирование транскриптома Illumina HiSeq (считывание парных концов 125/150 п.н.).
Erysimum cheiranthoides (червь обыкновенный) штамм 'Elbtalaue'BrassicaceaeМодельный завод для изучения оборонной химии, в том числе сердечные гликозиды175 Мбит / с29,9478Институт Бойса Томпсона, Итака, Нью-Йорк2020[45][46]Последовательности PacBio 39,5 ГБ (средняя длина 10603 п.н.), однополосное секвенирование Illumina MiSeq (спаренный конец 2 x 250 п.н.), каркас Hi-C Phase Genomics, секвенирование транскриптомов PacBio и Illumina
Eutrema salsugineumBrassicaceaeРодственник арабидопсиса с повышенной солеустойчивостью.240 Мбит / с26,351JGI2013[47]
Eutrema parvulumBrassicaceaeСравнительный анализ геномов крестоцветных2013[34]
Leavenworthia alabamicaBrassicaceaeСравнительный анализ геномов крестоцветных2013[34]
Сизимбриум ириоBrassicaceaeСравнительный анализ геномов крестоцветных2013[34]
Теллунгиелла парвулаBrassicaceaeРодственник арабидопсиса с повышенной солеустойчивостью.2011[48]
Каннабис сатива (конопля)CannabaceaeПроизводство конопли и марихуаныоколо 820 Мбит / с30 074 на основе сборки транскриптома и кластеризации2011[49]Иллюмина / 454

подмости N50 16,2 Кбп

Карика папайя (папайя)CaricaceaeУрожай плодов372 Мбит / с28,6292008[50]contig N50 11kbp

подмости N50

1 Мбит / с

общее покрытие ~ 3x (Sanger)

Картировано 92,1% уникальных генов

235 Мбит на якорь (из них 161 Мбит также ориентированы)

Casuarina equisetifolia

(Австралийская сосна)

Casuarinaceaeпредмет бонсай300 Мбит / с29,8272018[51]
Каланхоэ федченко Райм-Хамет и Х. Перье КаланхоэCrassulaceaeМолекулярно-генетическая модель облигатных видов САМ у эвдикотов256 Мбит / с30,964342017[52]~ 70 × считываний парных концов и ~ 37 × считываний сопряженных пар, сгенерированных с использованием платформы Illumina MiSeq.
Rhodiola crenulata (Тибетская лекарственная трава)CrassulaceaeИспользование в медицине и еде344,5 Мб35,5172017[53]
Citrullus lanatus (арбуз)ТыквенныеОвощной урожайоколо 425 Мбит / с23,440BGI2012[54]Иллюмина

охват 108,6x

contig N50 26,38 кбит / с

Подмостей N50 2.38 Мбит / с

геном покрыто 83,2%

Сопоставлено ~ 97% EST

Cucumis melo (Мускусная дыня) DHL92ТыквенныеОвощной урожай450 Мбит / с27,4272012[55]454

13,5-кратное покрытие

contig N50: 18,1 Кбит / с

скаффолд N50: 4,677 Мбит / с

WGS

Cucumis sativus (огурец) "Китайская длинная" инбредная линия 9930ТыквенныеОвощной урожай350 Мбит / с (глубина Кмера) 367 Мбит / с (проточная цитометрия)26,6822009[56]contig N50 19,8 Кбит / с

подмости N50 1,140kbp

общее покрытие ~ 72,2 (Sanger + Ilumina)

Картировано 96,8% унигенов

72,8% закрепленного генома

Cucurbita argyrosperma

(Серебряное семя)

ТыквенныеОвощной урожай228,8 Мбит / с28,29820Национальный автономный университет Мексики2019[57]contig N50 463 кбп

подмости N50 620 kbp

общее покрытие ~ 151x (PacBio + Illumina)

Siraitia grosvenorii

(Монах фрукт)

ТыквенныеКитайская медицина / подсластитель456,5 Мбит / с30,565Аньхойский сельскохозяйственный университет2018[58]
Hevea brasiliensis (каучуковое дерево)Молочайсамый экономически важный представитель рода Гевея2013[59]
Jatropha curcas ПалаванМолочайбиодизель2011[60]
Manihot esculenta (Маниока)МолочайГуманитарное значение~ 760 Мб30,666JGI2012[61]
Ricinus communis (Касторовая фасоль)МолочайМасличные культуры320 Мбит / с31,237JCVI2010[62]Покрытие по Сэнгеру ~ 4,6x contig N50 21,1 кбит каркас N50 496,5 кбит
Ammopiptanthus nanusFabaceaeЕдинственный род вечнозеленых широколистных кустарников889 Мб37,1882018[63]
Cajanus Cajan (Голубь горох) var. АшаFabaceaeМодельные бобовые2012[64][65]
Arachis duranensis (Диплоидный геном дикого арахиса) присоединение V14167FabaceaeДикий предок арахиса, масличных и зернобобовых культур2016[66]Покрытие Illumina 154x, contig N50 22 кбит, каркас N50 948 кбит
Arachis ipaensis (B геном диплоидный дикий арахис) присоединение K30076FabaceaeДикий предок арахиса, масличных и зернобобовых культур2016[66]Охват Illumina 163x, contig N50 23 кбит / с, каркас N50 5,343 кбит / с
Цицер ариетин (нут)Fabaceaeначинка2013[67]
Cicer arietinum L. (нут)Fabaceae2013[68]
Dalbergia odorifera (ароматный палисандр)FabaceaeИзделия из дерева (сердцевина) и народная медицина653 Мб30,31010Китайская академия лесного хозяйства2020[69]Contig N50: 5.92Мб

Платформа N50: 56.1 6Мб

Faidherbia albida

(Яблочно-кольцевая акация)

FabaceaeImportante в Сахеле для разведения пчел28,9792018[70][30]
Глицин макс (соя) var. Уильямс 82FabaceaeБелковые и масличные культуры1115 Мбит / с46,4302010[71]Contig N50: 189,4 Кбит / с

Скаффолд N50: 47,8 Мбит / с

Охват по Сэнгеру ~ 8x

WGS

955,1 Мбит / с собрано

Lablab purpureus

(Гиацинтовая фасоль)

FabaceaeУрожай для употребления в пищу20,9462018[30][72]
Лотос японский (Трилистник из птичьих лап)FabaceaeМодельные бобовые2008[73]
Medicago truncatula (Бочонок-медик)FabaceaeМодельные бобовые2011[74]
Phaseolus vulgaris (фасоль обыкновенная)FabaceaeМодель bean520 Мбит / с31,638JGI2013?[75]
Vigna subterranea

(Арахис Бамбара)

Fabaceaeпохож на арахис31,7072018[76][30]
Castanea mollissima (Китайский каштан)Fagaceaeкультивируемый орех785,53 Мб36,479Пекинский сельскохозяйственный университет2019[77]Освещенность: ∼42,7 ×

PacBio: ∼87 ×

contig N50: 944 000 п.п.

Carya illinoinensis

Пекан

Junglandaceaeзакуски по разным рецептам651.31 Мб2019[78]
Juglans regia (Персидский орех)Junglandaceaeкультивируемый орех540 МбКитайская академия лесного хозяйства2020[79]
Juglans sigillata (Железный орех)Junglandaceaeкультивируемый орех536,50 МбНанкинский лесной университет2020[80]Illumina + Nanopore + бионано

скаффолд N50: 16,43 Мб, contig N50: 4,34 Мб

Linum usitatissimum (лен)LinaceaeОбрезать~ 350 Мбит / с43,384BGI и другие.2012[81]
Bombax ceiba

(красное шелковое хлопковое дерево)

мальвовыекапсулы с белыми волокнами, как хлопок895 Мб2018[82]
Дурио зибетинус (Дуриан)мальвовыеТропическое фруктовое дерево~ 738 Мбит / с2017[83]
Gossypium raimondiiмальвовыеОдин из предполагаемых видов-прародителей тетраплоидного хлопка.2013?[84]
Теоброма какао (какао-дерево)мальвовыеАроматизатор урожая2010[85][86]
Теоброма какао (какао-дерево) резюме. Матина 1-6мальвовыеНаиболее широко культивируемый сорт какао2013[87]
Теоброма какао (200 присоединений)мальвовыеистория приручения какао2018[88]
Азадирахта индика (ним)MeliaceaeИсточник ряда терпеноидов, включая биопестицид азадирахтин, используемых в традиционной медицине364 Мбит / с~20000GANIT Labs2012[89] и 2011[90]Illumina GAIIx, каркас N50 из 452028 п.н., данные транскриптома из побегов, корней, листьев, цветов и семян
Моринга масличная

(Хреновое дерево)

Moringaceaeтрадиционная фитотерапия18,4512018[91][30]
Эвкалипт большой (Розовая жевательная резинка)МиртовыеВолокна и лесоматериалы691,43 Мб2011[92]
Эвкалипт pauciflora (Снежная резинка)МиртовыеВолокна и древесина594,87 МбANU2020[93]Нанопора + Иллюмина; contig N50: 3,23 Мб
C. cathayensis

(Китайский гикори)

Розоцветныеплодовый урожай706,43 Мб2019[78]
Eriobotrya japonica (Мушмула)РозоцветныеФруктовое дерево760,1 Мб45,743Шанхайская академия сельскохозяйственных наук2020[94]Иллюмина + Нанопор + Hi-C

17 хромосом, скаффолд N50: 39,7 МБ

Fragaria vesca (Дикая клубника)РозоцветныеУрожай плодов240 Мбит / с34,8092011[95]скаффолд N50: 1,3 Мбит / с

454 / Illumina / твердый

39-кратное покрытие

WGS

Malus domestica (яблоко) «Голден Делишес»РозоцветныеУрожай плодов~ 742,3 Мбит / с57,3862010[96]contig N50 13,4 (kbp ??)

каркас N50 1542,7 (kbp ??)

общее покрытие ~ 16.9x (Sanger + 454)

71,2% на якоре

Prunus amygdalus (миндаль)РозоцветныеУрожай плодов2013?[97]
Prunus avium (сладкая вишня) резюме. СтеллаРозоцветныеУрожай плодов2013?[97]
Prunus mume (Китайская слива или японский абрикос)РозоцветныеУрожай плодов2012[98]
Prunus persica (персик)РозоцветныеУрожай плодов265 Мбит / с27,8522013[99]Охват по Сэнгеру: 8,47x

WGS

сопоставлено около 99% EST

215,9 Мбит / с в псевдомолекулах

Pyrus bretschneideri (Я груша или китайская белая груша) резюме. ДангшансулиРозоцветныеУрожай плодов2012[100]
Pyrus communis (Европейская груша) резюме. Doyenne du ComiceРозоцветныеУрожай плодов2013?[97]
Rubus occidentalis

(Черная малина)

РозоцветныеУрожай плодов290 Мбит / с2018[101]
Цитрусовая клементина (Клементина)RutaceaeУрожай плодов2013?[102]
Citrus sinensis (Сладкий апельсин)RutaceaeУрожай плодов2013?,[102] 2013[103]
Populus trichocarpa (тополь)SalicaceaeСеквестрация углерода, модельное дерево, древесина510 Мбит (цитогенетический) 485 Мбит (покрытие)73 013 [Фитозом]2006[104]Scaffold N50: 19,5 Мбит / с

Contig N50: 552,8 Kbp [фитозом]

WGS

> = 95% найдено кДНК

Populus pruinosa

(пустынное дерево)

Salicaceaeсельское хозяйство и животноводство479,3 Мбит / с35,1312017[105]
Acer truncatum (пурпурный клен)SapindaceaeДерево, вырабатывающее нервоновую кислоту633,28 Мб28,4382020[106]contig N50 = 773,17 КБ; подмости N50 = 46,36 Мб
Acer yangbienseSapindaceaeВиды растений с крайне малочисленными популяциями110 Гб28,320132019[107]подмости N50 = 45 Мб
Dimocarpus longaп (Лонган)SapindaceaeУрожай плодов471,88 Мб2017[108]
Xanthoceras sorbifolium Bunge (Желторог)SapindaceaeФруктовый урожай504,2 Мб24,6722019[109][110]
Aquilaria sinensis (Агарвуд)ThymelaeaceaeАроматное дерево726,5 Мб29,2032020[111]Illumina + nanopore + Hi-C, скаффолд N50: 88,78 Мб
Vitis vinifera (виноград) генотип PN40024Vitaceaeплодовый урожай2007[112]
Астериды
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Asclepias syriaca, (молочай обыкновенный)ApocynaceaeИзлучает молочный латекс420 Мбит / с14,474Государственный университет Орегона2019[113]80,4 × глубина

N50 = 3415 п.н.

Erigeron breviscapus (Китайский травяной блохабан)Сложноцветныекитайская медицина37,5052017[114]
Helianthus annuus (подсолнечник)СложноцветныеМасличные культуры3.6 Гбб52,232INRA и База данных генома подсолнечника[115]2017[116]N50 contig: 13,7 кб
Lactuca sativa (латук)СложноцветныеОвощной урожай2,5 Гбб38,9192017[117]N50 contig: 12 kb; Подмости N50: 476 kb
Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae

(Розовый Ипе)

BignoniaceaeОбщее дерево503,7 Мб31,6682017[118]
Диоспирос олеифера Ченг (хурма или каки)EbenaceaeФруктовое дерево849,53 Мб28,580Чжэцзянский университет И Китайская академия лесного хозяйства2019[119] & 2020[120]Два генома имеют шкалу хромосом и отнесены к 15 псевдохромосомам.
Шалфей miltiorrhiza Bunge

(Китайский красный шалфей)

LamiaceaeЛечение ТКМ при ХОБЛ641 Мб34,5982015[121]
Callicarpa americana (Американский бьютиберри)LamiaceaeДекоративный кустарник и средство от насекомых506 Мб32,164Университет штата Мичиган2020[122]17 псевдомолекул Contig N50: 7,5 МБ Scaffold N50: и 29,0 МБ
Мента Икс пиперита (Мята перечная)LamiaceaeМасличные культуры353 Мб35,597Государственный университет Орегона2017[123]
Tectona grandis

(Тeak)

LamiaceaeПрочность и водостойкость31,1682019[124]
Utricularia gibba (пузырчатка горбатая)Лентибулярныемодельная система для изучения эволюции размеров генома; хищное растение81,87 Мб28,494ЛАНГЕБИО, СИНВЕСТАВ2013[125]Подмости N50: 80.839 Кб
Camptotheca acuminata Decne

(Китайское счастливое дерево)

Nyssaceaeхимические препараты для лечения рака403 Мб31,8252017[126]
Давидия инволюкрата Baill (голубь)NyssaceaeЖивое ископаемое1,169 Мб42,5542020[127]
Mimulus guttatusPhrymaceaeмодельная система для изучения экологической и эволюционной генетикиоколо 430 Мбит / с26,718JGI2013?[128]Платформа N50 = 1,1 Мбит / с

Contig N50 = 45,5 Кбит / с

Примула обыкновенная (Примула обыкновенная)PrimulaceaeИспользуется для приготовления474 Мб2018[129]
Solanum lycopersicum (помидор) резюме. Heinz 1706ПасленовыеПродовольственная культураоколо 900 Мбит / с34,727SGN2011[130] 2012[131]Sanger / 454 / Illumina / Solid

Псевдомолекулы, охватывающие 91 каркас (760 Мбит / с, из которых 594 Мбит / с ориентированы)

отображение более 98% EST

Solanum aethiopicum (Эфиопский баклажан)ПасленовыеПродовольственная культура1.02 Гбит34,906BGI2019[132]Иллюмина

каркас N50: 516,100 пн

контиг N50: 25 200 п.н.

∼109 × покрытие

Solanum pimpinellifolium (Помидор смородины)Пасленовыеближайший дикий родственник томата2012[131]Иллюмина

contig N50: 5100 бит / с

~ 40-кратное покрытие

Solanum tuberosum (Картофель)ПасленовыеПродовольственная культура726 Мбит / с[133]39,031Консорциум по секвенированию генома картофеля (PGSC)2011[134][135]Зангер / 454 / Illumina

79,2-кратное покрытие

contig N50: 31 429 п.н.

строительные леса N50: 1,318,511пн.

Solanum commersonii (паслен коммерсона)ПасленовыеРодственник дикого картофеля838 Мбит / с kmer (840 Мбит / с)37,662UNINA, UMN, UNIVR, Sequentia Biotech, CGR2015[136]Иллюмина

105-кратное покрытие

контиг N50: 6,506 п.н.

каркас N50: 44 298 пар оснований

Cuscuta campestris

(полевой повилика)

Пасленовыемодельная система для паразитические растения556 Мбит / с кмер. (581 Мбит / с)44,303RWTH Ахенский университет, Исследовательский центр Юлих, UiT Арктический университет Норвегии, Helmholtz Zentrum München, Технический университет Мюнхена, Венский университет2018[137]каркас N50 = 1,38 Мбит / с
Cuscuta australis (Южный повилика)Пасленовыемодельная система для паразитические растения265 Мбит / с

kmer (273 Мбит / с)

19,671Куньминский институт ботаники, Китайская Академия Наук2018[138]каркас N50 = 5,95 Мбит / с

contig N50 = 3,63 Мбит / с

Nicotiana benthamianaПасленовыеБлизкий родственник табакаоколо 3 Гбит2012[139]Иллюмина

63x покрытие

contig N50: 16,480 бит / с

каркас N50: 89,778 пн

Найдено> 93% уникальных генов

Nicotiana sylvestris (Табачный завод)Пасленовыемодельная система для изучения терпеноид производство2.636 ГбитФилип Моррис Интернэшнл2013[140]94x покрытие

скаффолд N50: 79,7 кбп

Суперкаффолды 194kbp с использованием физической карты Nicotiana

Nicotiana tomentosiformisПасленовыеПрародитель табака2.682 ГбФилип Моррис Интернэшнл2013[140]146-кратное покрытие

скаффолд N50: 82,6 кб

Суперкаффолды 166kbp с использованием физической карты Nicotiana

Capsicum annuum (Перец)

(а) cv. CM334 (b) cv. Зунла-1

ПасленовыеПродовольственная культура~ 3.48 Гбит(а) 34 903

(б) 35 336

(а) 2014 г.[141]

(б) 2014 г.[142]

Контиг N50: (а) 30,0 кб (б) 55,4 кб

Строительные леса N50: (а) 2,47 МБ (б) 1,23 МБ

Capsicum annuum var. глабриускул (Чилтепин)ПасленовыеПрародитель культурного перца~ 3.48 Гбит34,4762014[142]N50 contig: 52,2 кб

Строительные леса N50: 0,45 Мб

Петуния гибриднаяПасленовыеЭкономически важный цветок2011[143]

Однодольные

Травы
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Setaria italica (Просо лисохвост)PoaceaeМодель C4 метаболизм2012[144]
Эгилопс тауший (Козья трава Тауша)Poaceaeпредшественник D-генома мягкой пшеницыоколо 4,36 Гб39,6222017[145]сборка псевдомолекулы
Брахиподиум дистахион (фиолетовый ложный костер)PoaceaeМодель однодольные2010[146]
Коикс lacryma-jobi Л. (Слезы Иова)PoaceaeУрожай и использование в медицине и украшениях1.619 Гб39,6292019[147]
Дихантелий олигозантес (Розеточная трава Геллера)PoaceaeТрава C3, близкая к разновидностям C4960 МбDDPSC2016[148]
Eragrostis curvulaPoaceaeхорошо для домашнего скота43.31 Мб56,4692019[149]
Hordeum vulgare (ячмень)PoaceaeМодель экологического усыновленияМЧК2012,[150] 2017[151]
Oryza brachyantha (дикий рис)PoaceaeУстойчивый к болезням дикий родственник риса2013[152]
Орыза глаберрима (Африканский рис) var CG14PoaceaeЗападноафриканские виды риса2010[153]
Орыза руфипогон (красный рис)PoaceaeПредок Oryza sativa406 Мб37,071СИБС2012[154]Illumina HiSeq2000

100-кратное покрытие

Oryza sativa (длиннозерный рис) ssp индикаPoaceaeУрожай и модельный злак430 Мб[155]Международный проект по секвенированию генома риса (IRGSP)2002[156]
Oryza sativa (Рис короткозернистый) ssp japonicaPoaceaeУрожай и модельный злак430 МбМеждународный проект по секвенированию генома риса (IRGSP)2002[157]
Panicum virgatum (просо)Poaceaeбиотопливо2013?[158]
Phyllostachys edulis (бамбук moso)PoaceaeБамбуковая текстильная промышленность79,90 Мб25,2252013[159] 2018[160]
Сорго двухцветное генотип BTx623PoaceaeОбрезатьоколо 730 Мб34,4962009[161]contig N50: 195,4 Кбит / с

скаффолд N50: 62.4Mbp

Sanger, охват 8,5x

WGS

Triticum aestivum (хлебная пшеница)Poaceae20% мирового питания14,5 Гб107,891IWGSC2018[162]сборка псевдомолекулы
Triticum urartuPoaceaeПрародитель А-генома хлебной пшеницыоколо 4,94 ГБBGI2013[163]Собранная неповторяющаяся последовательность

Illumina WGS

Zea Mays (кукуруза) ssp май B73PoaceaeЗерновые культуры2.3 Гб39,656[164]2009[165]contig N50 40kbp

подмости N50: 76kbp

Sanger, покрытие 4-6x на BAC

Pennisetum glaucum (жемчужное просо)PoaceaeСубсахарские и сахелианские виды проса~ 1,79 Гб38,5792017[166]Секвенирование WGS и бактериальных искусственных хромосом (BAC)
Прочие не травяные
Организм напряжениеСемьяАктуальностьРазмер геномаКоличество предсказанных геновНет хромосомОрганизацияГод окончанияСтатус сборки
Ananas bracteatus присоединение CB5BromeliaceaeРодственник дикого ананаса382 Мбит / с27,024252015[167]100-кратное покрытие с использованием считывания парных концов библиотек Illumina с различными размерами вставок.
Ananas Comosus (Л.) Мерр. (Ананас), сорта F153 и MD2BromeliaceaeНаиболее экономически ценная культура, обладающая кислотным метаболизмом толстокожих (САМ).382 Мб27,024252015[167]400 × Illumina считываний, 2 × Moleculo синтетических длинных считываний, 1 × 454 считывания, 5 × длинных считываний одиночных молекул PacBio и 9400 BAC.
Musa acuminata (Банан)MusaceaeА-геном современных сортов банана523 Мбит / с36,5422012[168]N50 контиг: 43,1 кб

Строительные леса N50: 1,3 Мб

Musa balbisiana (Дикий банан)MusaceaeB-геном современных сортов банана438 Мбит / с36,6382013[169]N50 contig: 7.9 кб
Аир симплицифолиус
Арековыеродом из тропических и субтропических регионов1.98 Гб51,2352018[170]
Cocos nucifera (Кокосовая пальма)Арековыеиспользуется в продуктах питания и косметике419.67 Гб2017[171]
Daemonorops jenkinsianaАрековыеРодом из тропических и субтропических регионов.1.61 Гб52,3422018[170]
Phoenix dactylifera (Финиковая пальма)АрековыеДревесные культуры в засушливых регионах658 Мбит / с28,8002011[172]N50 contig: 6.4 кб
Elaeis guineensis (Африканская масличная пальма)АрековыеМасличные культуры~ 1800 Мбит / с34,8002013[173]Строительные леса N50: 1,27 Мб
Spirodela polyrhiza (Ряска большая)AraceaeВодное растение158 Мбит / с19,6232014[174]Строительные леса N50: 3,76 Мб
Фаленопсис конный (Schauer) Rchb.f. (Мотылек орхидея)ОрхидныеРодитель многих современных сортов и гибридов моли-орхидей.

Завод с метаболизм крассулоидной кислоты (САМ).

1600 Мбит / с29,4312014[175]Каркас N50: 359,115 кб

Пресс-релизы с объявлением о последовательности

Несоответствие критериям первого абзаца этой статьи - это почти полные последовательности с высоким качеством, опубликованные, собранные и общедоступные. В этот список входят виды, последовательности которых объявляются в пресс-релизах или на веб-сайтах, но не в публикации с большим объемом данных в рецензируемом рецензируемом журнале с DOI.

Смотрите также

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Ренсинг С.А., Ланг Д., Циммер А.Д., Терри А., Саламов А., Шапиро Н. и др. (Январь 2008 г.). «Геном Physcomitrella раскрывает эволюционное понимание завоевания земли растениями». Наука. 319 (5859): 64–9. Bibcode:2008Научный ... 319 ... 64R. Дои:10.1126 / science.1150646. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-3787-A. PMID  18079367.
  2. ^ Боуман Дж. Л., Кохчи Т., Ямато К. Т., Дженкинс Дж., Шу С., Ишизаки К. и др. (Октябрь 2017 г.). "Понимание эволюции наземных растений на основе генома Marchantia polymorpha". Клетка. 171 (2): 287–304.e15. Дои:10.1016 / j.cell.2017.09.030. PMID  28985561.
  3. ^ Бэнкс Дж. А., Нишияма Т., Хасебе М., Боуман Дж. Л., Грибсков М., dePamphilis C и др. (Май 2011 г.). «Геном селагинеллы определяет генетические изменения, связанные с эволюцией сосудистых растений». Наука. 332 (6032): 960–3. Bibcode:2011Sci ... 332..960B. Дои:10.1126 / science.1203810. ЧВК  3166216. PMID  21551031.
  4. ^ «Фитозом». JGI MycoCosm.
  5. ^ а б Ли Ф.В., Брауэр П., Карретеро-Поле Л., Ченг С., де Фрис Дж., Дело П.М. и др. (Июль 2018). «Геномы папоротников проливают свет на эволюцию наземных растений и симбиоз цианобактерий». Природа Растения. 4 (7): 460–472. Дои:10.1038 / s41477-018-0188-8. ЧВК  6786969. PMID  29967517.
  6. ^ а б c d Стивенс К.А., Вегжин Дж.Л., Зимин А., Пуйу Д., Крепо М., Кардено С. и др. (Декабрь 2016 г.). «Последовательность мегагенома сахарной сосны». Генетика. 204 (4): 1613–1626. Дои:10.1534 / генетика.116.193227. ЧВК  5161289. PMID  27794028.
  7. ^ Nystedt B, Street NR, Wetterbom A, Zuccolo A, Lin YC, Scofield DG и др. (Май 2013). «Последовательность генома европейской ели и эволюция генома хвойных пород». Природа. 497 (7451): 579–84. Bibcode:2013Натура.497..579N. Дои:10.1038 / природа12211. PMID  23698360.
  8. ^ Бирол I, Раймонд А., Джекман С.Д., Pleasance S, Купе Р., Тейлор Г.А. и др. (Июнь 2013). «Сборка генома белой ели (Picea glauca) размером 20 Гб из данных полногеномного секвенирования». Биоинформатика. 29 (12): 1492–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt178. ЧВК  3673215. PMID  23698863.
  9. ^ Уоррен Р.Л., Килинг К.И., Юен М.М., Раймонд А., Тейлор Г.А., Вандервальк Б.П. и др. (Июль 2015 г.). «Улучшенные сборки генома белой ели (Picea glauca) и аннотация больших семейств генов терпеноидов хвойных и фенольного защитного метаболизма». Журнал растений. 83 (2): 189–212. Дои:10.1111 / tpj.12886. PMID  26017574. S2CID  2642832.
  10. ^ Neale DB, Wegrzyn JL, Stevens KA, Zimin AV, Puiu D, Crepeau MW, et al. (Март 2014 г.). «Расшифровка массивного генома сосны лоблоли с использованием гаплоидной ДНК и новых стратегий сборки». Геномная биология. 15 (3): R59. Дои:10.1186 / gb-2014-15-3-r59. ЧВК  4053751. PMID  24647006.
  11. ^ Зимин А., Стивенс К.А., Крепо М.В., Хольц-Моррис А., Кориабин М., Марсай Дж., Пуйу Д., Робертс М., Вегжин Дж. Л., де Йонг П. Дж., Нил Д. Б., Зальцберг С. Л., Йорк Дж. А., Лэнгли СН (март 2014 г.). «Секвенирование и сборка генома сосны лоблолли 22 гб». Генетика. 196 (3): 875–90. Дои:10.1534 / генетика.113.159715. ЧВК  3948813. PMID  24653210.
  12. ^ Wegrzyn JL, Liechty JD, Stevens KA, Wu LS, Loopstra CA, Vasquez-Gross HA, et al. (Март 2014 г.). «Уникальные особенности мегагенома сосны лоблольной (Pinus taeda L.), выявленные с помощью аннотации последовательностей». Генетика. 196 (3): 891–909. Дои:10.1534 / генетика.113.159996. ЧВК  3948814. PMID  24653211.
  13. ^ Гуань Р., Чжао Ю., Чжан Х., Фань Г., Лю Х, Чжоу В. и др. (Ноябрь 2016 г.). «Проект генома живого ископаемого гинкго билоба». GigaScience. 5 (1): 49. Дои:10.1186 / s13742-016-0154-1. ЧВК  5118899. PMID  27871309.
  14. ^ Neale DB, McGuire PE, Wheeler NC, Stevens KA, Crepeau MW, Cardeno C и др. (Сентябрь 2017 г.). «Последовательность генома Дугласа-Фир выявляет специализацию фотосинтетического аппарата у сосновых». G3. 7 (9): 3157–3167. Дои:10.1534 / g3.117.300078. PMID  28751502.
  15. ^ Ван Т., Лю З.М., Ли Л.Ф., Лейтч А.Р., Лейтч И.Дж., Лохаус Р. и др. (Февраль 2018). «Геном гнетофитов и ранняя эволюция семенных растений». Природа Растения. 4 (2): 82–89. Дои:10.1038 / s41477-017-0097-2. PMID  29379155.
  16. ^ Кузьмин Д.А., Феранчук С.И., Шаров В.В., Цыбин А.Н., Маколов С.В., Путинцева Ю.А. и др. (Февраль 2019). «Поэтапный подход к сборке большого генома: случай лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb)». BMC Bioinformatics. 20 (Приложение 1): 37. Дои:10.1186 / s12859-018-2570-у. ЧВК  6362582. PMID  30717661.
  17. ^ Моска Э., Крус Ф., Гомес-Гарридо Дж., Бьянко Л., Реллстаб С., Бродбек С. и др. (Июль 2019). "Abies alba Mill.): Геномный ресурс, создаваемый сообществом". G3. 9 (7): 2039–2049. Дои:10.1534 / g3.119.400083. PMID  31217262.
  18. ^ Проект генома амбореллы (декабрь 2013 г.). «Геном Amborella и эволюция цветковых растений». Наука. 342 (6165): 1241089. Дои:10.1126 / science.1241089. PMID  24357323. S2CID  202600898.
  19. ^ «База данных генома амбореллы». Государственный университет Пенсильвании. Архивировано из оригинал на 2013-06-28.
  20. ^ Мин Р., ВанБурен Р., Лю И, Ян М., Хань И, Ли Л. Т. и др. (Май 2013). «Геном долгоживущего священного лотоса (Nelumbo nucifera Gaertn.)». Геномная биология. 14 (5): R41. Дои:10.1186 / gb-2013-14-5-r41. ЧВК  4053705. PMID  23663246.
  21. ^ "Aquilegia caerulea". Фитозом v9.1. Архивировано из оригинал на 2015-02-20. Получено 2013-07-10.
  22. ^ Страйк Дж. С., Хинзингер Д. Д., Чжан Ф., Цао К. (ноябрь 2019 г.). «Trochodendron aralioides, первый проект генома на уровне хромосом у Trochodendrales и ценный ресурс для базальных исследований эвдикотов». GigaScience. 8 (11). Дои:10.1093 / gigascience / giz136. ЧВК  6859433. PMID  31738437.
  23. ^ Dohm JC, Minoche AE, Holtgräwe D, Capella-Gutiérrez S, Zakrzewski F, Tafer H, et al. (Январь 2014). «Геном недавно одомашненного культурного растения сахарной свеклы (Beta vulgaris)». Природа. 505 (7484): 546–9. Bibcode:2014Натура.505..546D. Дои:10.1038 / природа12817. PMID  24352233.
  24. ^ а б Джарвис Д.Э., Хо Ю.С., Лайтфут Д.Д., Шмёкель С.М., Ли Б., Борм Т.Дж. и др. (Февраль 2017). «Геном Chenopodium quinoa». Природа. 542 (7641): 307–312. Bibcode:2017Натура.542..307J. Дои:10.1038 / природа21370. PMID  28178233.
  25. ^ Clouse JW, Adhikary D, Page JT, Ramaraj T., Deyholos MK, Udall JA, Fairbanks DJ, Jellen EN, Maughan PJ (март 2016 г.). «Геном амаранта: геном, транскриптом и сборка физической карты». Геном растений. 9 (1): 0. Дои:10.3835 / plantgenome2015.07.0062. PMID  27898770.
  26. ^ «Фитозом». phytozome.jgi.doe.gov. Получено 2017-06-21.
  27. ^ а б Копетти Д., Беркес А., Бустаманте Е., Шарбоно Ж. Л. М., Чайлдс К. Л., Эгиарте Л. Е. и др. (Ноябрь 2017 г.). «Обширные несоответствия между генами и гемиплазия сформировали геномы североамериканских столбчатых кактусов». Proc Natl Acad Sci U S A. 114 (45): 12003–12008. Дои:10.1073 / pnas.1706367114. ЧВК  5692538. PMID  29078296.
  28. ^ Ван Л., Ма Дж., Ван Х., Ченг С., Мю С., Куан В. и др. (Сентябрь 2019 г.). «Проект сборки генома галофита Suaeda aralocaspica, растения, которое осуществляет фотосинтез C4 в отдельных клетках». GigaScience. 8 (9). Дои:10.1093 / gigascience / giz116. ЧВК  6741815. PMID  31513708.
  29. ^ Стертевант Д., Лу С., Чжоу З. В., Шен Й, Ван С., Сун Дж. М. и др. (Март 2020 г.). "Simmondsia chinensis): таксономически изолированный вид, который управляет накоплением воскового эфира в его семенах". Достижения науки. 6 (11): eaay3240. Дои:10.1126 / sciadv.aay3240. ЧВК  7065883. PMID  32195345.
  30. ^ а б c d е Чанг Й., Лю Х., Лю М., Ляо Х, Саху С.К., Фу И и др. (Март 2019 г.). «Проект геномов пяти важных для сельского хозяйства африканских сиротских культур». GigaScience. 8 (3). Дои:10.1093 / gigascience / giy152. ЧВК  6405277. PMID  30535374.
  31. ^ Чанг Й., Лю Х., Лю М., Ляо Х, Саху С.К., Фу И и др. (2018). «Геномные данные Marula (Sclerocarya birrea)». Набор данных GigaDB. База данных GigaScience. Дои:10.5524/101057.
  32. ^ а б Салоярви Дж., Смоландер О.П. и др. (Май 2017 г.). «Секвенирование генома и популяционный геномный анализ дают представление об адаптивном ландшафте белой березы». Природа Генетика. 49 (6): 904–912. Дои:10,1038 / нг.3862. PMID  28481341.
  33. ^ Ван Н., Томсон М., Бодлс В.Дж., Кроуфорд Р.М., Хант Х.В., Фезерстон А.В., Пеллисер Дж., Баггс Р.Дж. (июнь 2013 г.). «Последовательность генома карликовой березы (Betula nana) и межвидовые маркеры RAD». Молекулярная экология. 22 (11): 3098–111. Дои:10.1111 / mec.12131. PMID  23167599.
  34. ^ а б c d Haudry A, Platts AE, Vello E, Hoen DR, Leclercq M, Williamson RJ и др. (Август 2013). «Атлас из более чем 90000 консервативных некодирующих последовательностей дает представление о регуляторных областях крестоцветных». Природа Генетика. 45 (8): 891–8. Дои:10,1038 / нг.2684. PMID  23817568.
  35. ^ а б Ху Т.Т., Паттин П., Баккер Э.Г., Цао Дж., Ченг Дж.Ф., Кларк Р.М. и др. (Май 2011 г.). «Последовательность генома Arabidopsis lyrata и основа быстрого изменения размера генома». Природа Генетика. 43 (5): 476–81. Дои:10,1038 / нг.807. ЧВК  3083492. PMID  21478890.
  36. ^ «Обновленная аннотация генома Col-0 (официальный выпуск Araport11) обновлена ​​в июне 2016 г. | Araport». www.araport.org. Получено 2019-03-18.
  37. ^ Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana». Природа. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Натура 408..796Т. Дои:10.1038/35048692. PMID  11130711.
  38. ^ Бирн С.Л., Эртманн ПО, Агербирк Н., Бак С., Хаузер Т.П., Надь И., Пайна С., Асп Т. (январь 2017 г.). «Последовательность генома Barbarea vulgaris облегчает изучение экологической биохимии». Научные отчеты. 7: 40728. Bibcode:2017НатСР ... 740728Б. Дои:10.1038 / srep40728. ЧВК  5240624. PMID  28094805.
  39. ^ Ван Х, Ван Х, Ван Дж, Сан Р., Ву Дж, Лю С. и др. (Август 2011 г.). «Геном мезополиплоидного вида сельскохозяйственных культур Brassica rapa». Природа Генетика. 43 (10): 1035–9. Дои:10,1038 / нг.919. PMID  21873998.
  40. ^ Чалхуб Б., Деноуд Ф., Лю С., Паркин И.А., Тан Х, Ван Х и др. (Август 2014 г.). «Генетика растений. Ранняя аллополиплоидная эволюция в постнеолитическом геноме масличных семян Brassica napus». Наука. 345 (6199): 950–3. Bibcode:2014Наука ... 345..950C. Дои:10.1126 / science.1253435. PMID  25146293. Сложить резюме – IRNA.
  41. ^ «Капселла краснуха». Фитозом v9.1. Архивировано из оригинал на 2015-04-26. Получено 2013-07-09.
  42. ^ Слотт Т., Хаззури К.М., Агрен Дж. А., Кениг Д., Маумус Ф., Гуо Ю. Л. и др. (Июль 2013). «Геном Capsella rubella и геномные последствия быстрой эволюции системы спаривания». Природа Генетика. 45 (7): 831–5. Дои:10,1038 / нг.2669. PMID  23749190.
  43. ^ Gan X, Hay A, Kwantes M, Haberer G, Hallab A, Ioio RD и др. (Октябрь 2016 г.). «Геном Cardamine hirsuta предлагает понимание эволюции морфологического разнообразия». Природа Растения. 2 (11): 16167. Дои:10.1038 / nplants.2016.167. PMID  27797353.
  44. ^ Белл, Люк; Чедвик, Мартин; Пураник, Маник; Тюдор, Ричард; Метвен, Лиза; Кеннеди, Сью; Вагстафф, Кэрол (2020). «Геном и транскриптом Eruca sativa: целевой анализ метаболизма серы и биосинтеза глюкозинолатов до и после сбора урожая». Границы науки о растениях. 11. Дои:10.3389 / fpls.2020.525102. ISSN  1664-462X.
  45. ^ "Сайт генома эризимума". www.erysimum.org. 17 сентября 2019.
  46. ^ Цюст, Тобиас; Стриклер, Сьюзан Р.; Пауэлл, Адриан Ф; Mabry, Makenzie E; Ань, Хонг; Мирзаи, Махдиех; Йорк, Томас; Холланд, Синтия К; Кумар, Паван; Эрб, Маттиас; Петченко Георгий; Гомес, Хосе-Мария; Perfectti, Francsco; Мюллер, Кэролайн; Пирес, Дж. Крис; Мюллер, Лукас; Джандер, Георг (07.04.2020). «Независимая эволюция предковых и новых защит в роде токсичных растений (Erysimum, Brassicaceae)». eLife. 9: e51712. Дои:10.7554 / eLife.51712. ISSN  2050-084X. ЧВК  7180059. PMID  32252891.
  47. ^ Янг Р., Джарвис Д.Е., Чен Х, Бейлштейн М.А., Гримвуд Дж., Дженкинс Дж., Шу С., Прочник С., Синь М., Ма С., Шмутц Дж., Винг Р.А., Митчелл-Олдс Т., Шумакер К.С., Ван X (2013). "Контрольный геном галофитного растения Eutrema salsugineum". Границы науки о растениях. 4: 46. Дои:10.3389 / fpls.2013.00046. ЧВК  3604812. PMID  23518688.
  48. ^ Dassanayake M, Oh DH, Haas JS, Hernandez A, Hong H, Ali S и др. (Август 2011 г.). «Геном экстремофила крестоцветных Thellungiella parvula». Природа Генетика. 43 (9): 913–8. Дои:10,1038 / нг.889. ЧВК  3586812. PMID  21822265.
  49. ^ ван Бакель Х., Стаут Дж. М., Кот АГ, Таллон К. М., Шарп АГ, Хьюз Т. Р., Пейдж Дж. Э. (октябрь 2011 г.). «Проект генома и транскриптома Cannabis sativa». Геномная биология. 12 (10): R102. Дои:10.1186 / gb-2011-12-10-r102. ЧВК  3359589. PMID  22014239.
  50. ^ Мин Р., Хоу С., Фенг Й., Ю К., Дионн-Ляпорт А., Пила Дж. Х. и др. (Апрель 2008 г.). «Проект генома трансгенного тропического фруктового дерева папайи (Carica papaya Linnaeus)». Природа. 452 (7190): 991–6. Bibcode:2008Натура.452..991М. Дои:10.1038 / природа06856. ЧВК  2836516. PMID  18432245.
  51. ^ Е Г, Чжан Х., Чен Б., Не С., Лю Х., Гао В. и др. (Февраль 2019). «Сборка de novo генома стрессоустойчивого лесного вида Casuarina equisetifolia дает представление о вторичном росте». Журнал растений. 97 (4): 779–794. Дои:10.1111 / tpj.14159. PMID  30427081.
  52. ^ Ян Х, Ху Р, Инь Х, Дженкинс Дж, Шу С, Тан Х и др. (Декабрь 2017 г.). «Геном каланхоэ дает представление о конвергентной эволюции и строительных блоках метаболизма кислоты толстянковых». Nature Communications. 8 (1): 1899. Bibcode:2017 НатКо ... 8.1899Y. Дои:10.1038 / s41467-017-01491-7. ЧВК  5711932. PMID  29196618.
  53. ^ Fu Y, Li L, Hao S, Guan R, Fan G, Shi C и др. (Июнь 2017). «Проект последовательности генома тибетской лекарственной травы Rhodiola crenulata». GigaScience. 6 (6): 1–5. Дои:10.1093 / gigascience / gix033. ЧВК  5530320. PMID  28475810.
  54. ^ Guo S, Zhang J, Sun H, Salse J, Lucas WJ, Zhang H и др. (Январь 2013). «Проект генома арбуза (Citrullus lanatus) и ресеквенирование 20 различных образцов». Природа Генетика. 45 (1): 51–8. Дои:10,1038 / нг. 2470. HDL:2434/619399. PMID  23179023.
  55. ^ Гарсия-Мас Дж., Бенджак А., Сансеверино В., Буржуа М., Мир Дж., Гонсалес В. М. и др. (Июль 2012 г.). «Геном дыни (Cucumis melo L.)». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (29): 11872–7. Bibcode:2012PNAS..10911872G. Дои:10.1073 / pnas.1205415109. ЧВК  3406823. PMID  22753475.
  56. ^ Хуанг С., Ли Р., Чжан З., Ли Л., Гу Х, Фань В. и др. (Декабрь 2009 г.). «Геном огурца Cucumis sativus L». Природа Генетика. 41 (12): 1275–81. Дои:10,1038 / нг.475. PMID  19881527.
  57. ^ Баррера-Редондо Дж., Ибарра-Лаклетт Е., Васкес-Лобо А., Гутьеррес-Герреро Ю. Т., Санчес де ла Вега Дж., Пиньеро Д. и др. (Апрель 2019 г.). «Геном Cucurbita argyrosperma (тыква с серебряными семенами) показывает более высокие темпы кодирования белка гена, а также длинный оборот некодирующей РНК и неофункционализацию в Cucurbita». Молекулярный завод. 12 (4): 506–520. Дои:10.1016 / j.molp.2018.12.023. PMID  30630074.
  58. ^ Ся М, Хань Х, Хе Х, Ю Р, Чжэнь Г, Цзя Х и др. (Июнь 2018). «Улучшенная сборка генома de novo и анализ китайского тыквенного растения Siraitia grosvenorii, также известного как плод монаха или луо-хан-гуо». GigaScience. 7 (6). Дои:10.1093 / gigascience / giy067. ЧВК  6007378. PMID  29893829.
  59. ^ Рахман А.Ю., Ушаррадж А.О., Мисра Б.Б., Тоттатил Г.П., Джаясекаран К., Фенг Й. и др. (Февраль 2013). «Проект последовательности генома каучукового дерева Hevea brasiliensis». BMC Genomics. 14: 75. Дои:10.1186/1471-2164-14-75. ЧВК  3575267. PMID  23375136.
  60. ^ Сато С., Хиракава Х., Исобе С., Фукаи Э., Ватанабэ А., Като М. и др. (Февраль 2011 г.). «Последовательный анализ генома масличного дерева Jatropha curcas L». ДНК исследования. 18 (1): 65–76. Дои:10.1093 / dnares / dsq030. ЧВК  3041505. PMID  21149391.
  61. ^ Прочник и др. (2012), J. Биология тропических растений
  62. ^ Чан А.П., Крэбтри Дж., Чжао К., Лоренци Х., Орвис Дж., Пуйу Д. и др. (Сентябрь 2010 г.). «Проект последовательности генома видов масличных семян Ricinus communis». Природа Биотехнологии. 28 (9): 951–6. Дои:10.1038 / nbt.1674. ЧВК  2945230. PMID  20729833.
  63. ^ Гао Ф, Ван Х, Ли Х, Сюй М., Ли Х, Абла М. и др. (Июль 2018). «Долговременное секвенирование и сборка генома de novo Ammopiptanthus nanus, кустарника пустыни». GigaScience. 7 (7). Дои:10.1093 / gigascience / giy074. ЧВК  6048559. PMID  29917074.
  64. ^ Сингх Н.К., Гупта Д.К., Джаясвал П.К., Махато А.К., Датта С., Сингх С. и др. (2012). «Первый проект последовательности генома голубиного гороха». Журнал биохимии растений и биотехнологии. 21 (1): 98–112. Дои:10.1007 / s13562-011-0088-8. ЧВК  3886394. PMID  24431589.
  65. ^ Варшней Р.К., Чен В., Ли И, Бхарти А.К., Саксена Р.К., Шлютер Дж.А. и др. (Ноябрь 2011 г.). «Проект последовательности генома голубиного гороха (Cajanus cajan), сиротской бобовой культуры бедных ресурсами фермеров». Природа Биотехнологии. 30 (1): 83–9. Дои:10.1038 / nbt.2022. PMID  22057054.
  66. ^ а б Бертиоли DJ, Cannon SB, Froenicke L, Huang G, Farmer AD, Cannon EK и др. (Апрель 2016 г.). «Последовательности генома Arachis duranensis и Arachis ipaensis, диплоидных предков культурного арахиса». Природа Генетика. 48 (4): 438–46. Дои:10,1038 / нг.3517. PMID  26901068.
  67. ^ Варшней Р.К., Сонг С., Саксена Р.К., Азам С., Ю С., Шарп А.Г. и др. (Март 2013 г.). «Предварительная последовательность генома нута (Cicer arietinum) обеспечивает ресурс для улучшения характеристик» (PDF). Природа Биотехнологии. 31 (3): 240–6. Дои:10.1038 / nbt.2491. PMID  23354103.
  68. ^ Джайн М., Мисра Дж., Патель Р.К., Прия П., Джанвар С., Хан А.В. и др. (Июнь 2013). «Проект последовательности генома зернобобовых культур нута (Cicer arietinum L.)». Журнал растений. 74 (5): 715–29. Дои:10.1111 / tpj.12173. PMID  23489434.
  69. ^ Хун З., Ли Дж., Лю Х, Лян Дж., Чжан Н., Ян З. и др. (Август 2020 г.). "Проект генома на уровне хромосом Dalbergia odorifera". GigaScience. 9 (8). Дои:10.1093 / gigascience / giaa084. ЧВК  7433187. PMID  32808664.
  70. ^ «Набор данных GigaDB - DOI 10.5524 / 101054 - Геномные данные яблочно-кольцевой акации (Faidherbia albida)». gigadb.org. Получено 2019-06-19.
  71. ^ Шмутц Дж., Кэннон С.Б., Шлютер Дж., Ма Дж., Митрос Т., Нельсон В. и др. (Январь 2010 г.). «Последовательность генома палеополиплоидной сои». Природа. 463 (7278): 178–83. Bibcode:2010Натура.463..178С. Дои:10.1038 / природа08670. PMID  20075913.
  72. ^ Чанг Й., Лю Х., Лю М., Ляо Х, Саху С.К., Фу И и др. (2018). «Геномные данные фасоли гиацинта (Lablab purpureus)». Набор данных GigaDB. База данных GigaScience. Дои:10.5524/101056.
  73. ^ Сато С., Накамура Ю., Канеко Т., Асамизу Э., Като Т., Накао М. и др. (Август 2008 г.). «Структура генома бобовых растений Lotus japonicus». ДНК исследования. 15 (4): 227–39. Дои:10.1093 / dnares / dsn008. ЧВК  2575887. PMID  18511435.
  74. ^ Янг Н.Д., Дебелле Ф., Олдройд Г.Е., Геуртс Р., Кэннон С.Б., Удварди М.К. и др. (Ноябрь 2011 г.). «Геном Medicago дает представление об эволюции ризобиальных симбиозов». Природа. 480 (7378): 520–4. Bibcode:2011Натура.480..520л. Дои:10.1038 / природа10625. ЧВК  3272368. PMID  22089132.
  75. ^ «Phaseolus vulgaris v1.0». Фитозом v9.1. Архивировано из оригинал 2015-04-15. Получено 2013-07-09.
  76. ^ «Набор данных GigaDB - DOI 10.5524 / 101055 - Геномные данные арахиса бамбарского (Vigna subterranea)». gigadb.org. Получено 2019-06-19.
  77. ^ Xing Y, Liu Y, Zhang Q, Nie X, Sun Y, Zhang Z и др. (Сентябрь 2019 г.). «Гибридная сборка генома de novo китайского каштана (Castanea mollissima)». GigaScience. 8 (9). Дои:10.1093 / gigascience / giz112. ЧВК  6741814. PMID  31513707.
  78. ^ а б Хуан И, Сяо Л., Чжан З, Чжан Р., Ван З, Хуанг С. и др. (Май 2019). «Геномы пекана и китайского гикори дают представление об эволюции кари и питании орехов». GigaScience. 8 (5). Дои:10.1093 / gigascience / giz036. ЧВК  6497033. PMID  31049561.
  79. ^ Zhang J, Zhang W, Ji F, Qiu J, Song X, Bu D и др. (Январь 2020 г.). «Качественная сборка генома грецкого ореха выявляет значительные расхождения в экспрессии генов после дупликации всего генома». Журнал биотехнологии растений. н / д (н / д). Дои:10.1111 / pbi.13350. PMID  32004401.
  80. ^ Нин Д.Л., Ву Т., Сяо Л.Дж., Ма Т., Фанг В.Л., Донг Р.К., Цао Флорида (февраль 2020 г.). «Сборка генома Juglans sigillata на хромосомном уровне с использованием анализа Nanopore, BioNano и Hi-C». GigaScience. 9 (2). Дои:10.1093 / gigascience / giaa006. ЧВК  7043058. PMID  32101299.
  81. ^ Ван З., Хобсон Н., Галиндо Л., Чжу С., Ши Д., МакДилл Дж. И др. (Ноябрь 2012 г.). «Геном льна (Linum usitatissimum), собранный de novo из короткой последовательности дробовика, гласит». Журнал растений. 72 (3): 461–73. Дои:10.1111 / j.1365-313X.2012.05093.x. PMID  22757964.
  82. ^ Гао Й, Ван Х, Лю Ц., Чу Х, Дай Д., Сонг С. и др. (Май 2018). «Сборка de novo генома красного шелкового хлопкового дерева (Bombax ceiba)». GigaScience. 7 (5). Дои:10.1093 / gigascience / giy051. ЧВК  5967522. PMID  29757382.
  83. ^ Teh BT, Lim K, Yong CH, Ng CC, Rao SR, Rajasegaran V и др. (Ноябрь 2017 г.). «Проект генома тропических фруктов дуриана (Durio zibethinus)». Природа Генетика. 49 (11): 1633–1641. Дои:10,1038 / нг.3972. PMID  28991254.
  84. ^ "Gossypium raimondii v2.1". Фитозом v9.1. Архивировано из оригинал на 2015-02-18. Получено 2013-07-10.
  85. ^ Argout X, Salse J, Aury JM, Guiltinan MJ, Droc G, Gouzy J и др. (Февраль 2011 г.). «Геном Theobroma cacao». Природа Генетика. 43 (2): 101–8. Дои:10,1038 / нг.736. PMID  21186351.
  86. ^ Pennisi E (сентябрь 2010 г.). «Научные публикации. Исследователи геномики недовольны оглаской конкурентов». Наука. 329 (5999): 1585. Bibcode:2010Sci ... 329.1585P. Дои:10.1126 / science.329.5999.1585. PMID  20929817.
  87. ^ Мотамайор Дж. К., Мокайтис К., Шмутц Дж., Хайминен Н., Ливингстон Д., Корнехо О. и др. (Июнь 2013). «Последовательность генома наиболее широко культивируемого типа какао и ее использование для идентификации генов-кандидатов, регулирующих цвет стручков». Геномная биология. 14 (6): r53. Дои:10.1186 / gb-2013-14-6-r53. ЧВК  4053823. PMID  23731509.
  88. ^ Cornejo OE, Yee MC, Dominguez V, Andrews M, Sockell A, Strandberg E, et al. (2018-10-16). «Theobroma cacao L., расскажите о процессе его одомашнивания». Биология коммуникации. 1 (1): 167. Дои:10.1038 / с42003-018-0168-6. ЧВК  6191438. PMID  30345393.
  89. ^ Кришнан Н.М., Паттнаик С., Джайн П., Гаур П., Чоудхари Р., Вайдьянатан С. и др. (Сентябрь 2012 г.). «Проект генома и четырех транскриптомов лекарственного и пестицидного покрытосеменных растений Azadirachta indica». BMC Genomics. 13: 464. Дои:10.1186/1471-2164-13-464. ЧВК  3507787. PMID  22958331.
  90. ^ Кришнан Н.М., Паттнаик С., Дипак С.А., Харихаран А.К., Гаур П., Чаудхари Р., Джайн П., Вайдьянатан С., Бхарат Кришна П.Г., Панда Б. (25 декабря 2011 г.). «De novo секвенирование и сборка транскриптома плодов Azadirachta indica» (PDF). Текущая наука. 101 (12): 1553–61.
  91. ^ Чанг И, Лю Х, Лю М., Ляо Х, Саху С.К., Фу И и др. (2018). «Геномные данные дерева хрена (Moringa oleifera)». Набор данных GigaDB. База данных GigaScience. Дои:10.5524/101058.
  92. ^ Myburg AA, Grattapaglia D, Tuskan GA, Hellsten U, Hayes RD, Grimwood J, et al. (Июнь 2014 г.). «Геном Eucalyptus grandis». Природа. 510 (7505): 356–62. Bibcode:2014Натура.510..356М. Дои:10.1038 / природа13308. PMID  24919147.
  93. ^ Ван В., Дас А., Кайнер Д., Шаламун М., Моралес-Суарес А., Швессингер Б., Ланфер Р. (январь 2020 г.). «Проект сборки ядерного генома Eucalyptus pauciflora: конвейер для сравнения сборок de novo». GigaScience. 9 (1). Дои:10.1093 / gigascience / giz160. ЧВК  6939829. PMID  31895413.
  94. ^ Цзян С., Ань Х, Сюй Ф, Чжан Х (март 2020 г.). «Сборка генома на уровне хромосом и аннотация генома мушмулы (Eriobotrya japonica)». GigaScience. 9 (3). Дои:10.1093 / gigascience / giaa015. ЧВК  7059265. PMID  32141509.
  95. ^ Шулаев В., Сарджент Д. Д., Кроухерст Р. Н., Моклер Т. С., Фолкертс О., Делчер А. Л. и др. (Февраль 2011 г.). «Геном лесной земляники (Fragaria vesca)». Природа Генетика. 43 (2): 109–16. Дои:10,1038 / нг.740. ЧВК  3326587. PMID  21186353.
  96. ^ Веласко Р., Жарких А., Affourtit J, Дхингра А., Честаро А., Кальянараман А. и др. (Октябрь 2010 г.). «Геном одомашненной яблони (Malus × domestica Borkh.)». Природа Генетика. 42 (10): 833–9. Дои:10,1038 / нг.654. PMID  20802477.
  97. ^ а б c «Четыре генома розоцветных». Gramene: ресурс для сравнительной геномики растений. 11 июня 2013 г.
  98. ^ Чжан К., Чен В., Сунь Л., Чжао Ф., Хуан Б., Ян В. и др. (2012). «Геном Prunus mume». Nature Communications. 3: 1318. Bibcode:2012 НатКо ... 3.1318Z. Дои:10.1038 / ncomms2290. ЧВК  3535359. PMID  23271652.
  99. ^ Верде I, Эбботт А.Г., Скалабрин С., Юнг С., Шу С., Маррони Ф. и др. (Май 2013). «Высококачественный черновой вариант генома персика (Prunus persica) определяет уникальные закономерности генетического разнообразия, одомашнивания и эволюции генома». Природа Генетика. 45 (5): 487–94. Дои:10.1038 / ng.2586. HDL:2434/218547. PMID  23525075.
  100. ^ Ву Дж, Ван З., Ши З., Чжан С., Мин Р., Чжу С. и др. (Февраль 2013). «Геном груши (Pyrus bretschneideri Rehd.)». Геномные исследования. 23 (2): 396–408. Дои:10.1101 / гр.144311.112. ЧВК  3561880. PMID  23149293.
  101. ^ ВанБурен Р., Вай С.М., Колл М., Ван Дж., Салливан С., Бушакра Дж. М. и др. (Август 2018 г.). «Почти полная хромосомная сборка генома черной малины (Rubus occidentalis)». GigaScience. 7 (8). Дои:10.1093 / gigascience / giy094. ЧВК  6131213. PMID  30107523.
  102. ^ а б "Цитрусовая клементина". Фитозом v9.1. Архивировано из оригинал в 2015-02-19. Получено 2013-07-10.
  103. ^ Сюй Кью, Чен Л.Л., Жуань Х, Чен Д., Чжу А., Чен С. и др. (Январь 2013). «Проект генома сладкого апельсина (Citrus sinensis)». Природа Генетика. 45 (1): 59–66. Дои:10,1038 / нг.2472. PMID  23179022.
  104. ^ Тускан Г.А., Дифацио С., Янссон С., Больманн Дж., Григорьев И., Хелльстен Ю. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Геном черного тополя, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)». Наука. 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Научный ... 313.1596Т. Дои:10.1126 / science.1128691. PMID  16973872.
  105. ^ Ян В., Ван К., Чжан Дж., Ма Дж., Лю Дж., Ма Т. (сентябрь 2017 г.). "The draft genome sequence of a desert tree Populus pruinosa". GigaScience. 6 (9): 1–7. Дои:10.1093/gigascience/gix075. ЧВК  5603765. PMID  28938721.
  106. ^ Ma Q, Sun T, Li S, Wen J, Zhu L, Yin T, et al. (Август 2020 г.). "The Acer truncatum genome provides insights into the nervonic acid biosynthesis". Журнал растений. н / д (н / д). Дои:10.1111/tpj.14954. PMID  32772482.
  107. ^ Yang J, Wariss HM, Tao L, Zhang R, Yun Q, Hollingsworth P, et al. (Июль 2019). "De novo genome assembly of the endangered Acer yangbiense, a plant species with extremely small populations endemic to Yunnan Province, China". GigaScience. 8 (7). Дои:10.1093/gigascience/giz085. ЧВК  6629541. PMID  31307060.
  108. ^ Lin Y, Min J, Lai R, Wu Z, Chen Y, Yu L, et al. (Май 2017 г.). "Genome-wide sequencing of longan (Dimocarpus longan Lour.) provides insights into molecular basis of its polyphenol-rich characteristics". GigaScience. 6 (5): 1–14. Дои:10.1093/gigascience/gix023. ЧВК  5467034. PMID  28368449.
  109. ^ Bi Q, Zhao Y, Du W, Lu Y, Gui L, Zheng Z, et al. (Июнь 2019). "Pseudomolecule-level assembly of the Chinese oil tree yellowhorn (Xanthoceras sorbifolium) genome". GigaScience. 8 (6). Дои:10.1093/gigascience/giz070. ЧВК  6593361. PMID  31241154.
  110. ^ Liang Q, Li H, Li S, Yuan F, Sun J, Duan Q, et al. (Июнь 2019). "The genome assembly and annotation of yellowhorn (Xanthoceras sorbifolium Bunge)". GigaScience. 8 (6). Дои:10.1093/gigascience/giz071. ЧВК  6593362. PMID  31241155.
  111. ^ Ding X, Mei W, Lin Q, Wang H, Wang J, Peng S, et al. (Март 2020 г.). "Genome sequence of the agarwood tree Aquilaria sinensis (Lour.) Spreng: the first chromosome-level draft genome in the Thymelaeceae family". GigaScience. 9 (3). Дои:10.1093/gigascience/giaa013. ЧВК  7050300. PMID  32118265.
  112. ^ Jaillon O, Aury JM, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A, et al. (Сентябрь 2007 г.). "The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla". Природа. 449 (7161): 463–7. Bibcode:2007Natur.449..463J. Дои:10.1038/nature06148. PMID  17721507.
  113. ^ Weitemier K, Straub SC, Fishbein M, Bailey CD, Cronn RC, Liston A (2019-09-20). "A draft genome and transcriptome of common milkweed (Asclepias syriaca) as resources for evolutionary, ecological, and molecular studies in milkweeds and Apocynaceae". PeerJ. 7: e7649. Дои:10.7717/peerj.7649. ISSN  2167-8359. ЧВК  6756140. PMID  31579586.
  114. ^ Yang J, Zhang G, Zhang J, Liu H, Chen W, Wang X, et al. (Июнь 2017). "Hybrid de novo genome assembly of the Chinese herbal fleabane Erigeron breviscapus". GigaScience. 6 (6): 1–7. Дои:10.1093/gigascience/gix028. ЧВК  5449645. PMID  28431028.
  115. ^ "The Sunflower Genome Database".
  116. ^ Badouin H, Gouzy J, Grassa CJ, Murat F, Staton SE, Cottret L, et al. (2017). "The sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution". Природа. 546 (7656): 148–152. Bibcode:2017Natur.546..148B. Дои:10.1038/nature22380. PMID  28538728.
  117. ^ Reyes-Chin-Wo S, Wang Z, Yang X, Kozik A, Arikit S, Song C, et al. (2017). "Genome assembly with in vitro proximity ligation data and whole-genome triplication in lettuce". Nature Communications. 8: 14953. Bibcode:2017NatCo...814953R. Дои:10.1038/ncomms14953. ЧВК  5394340. PMID  28401891.
  118. ^ Silva-Junior OB, Grattapaglia D, Novaes E, Collevatti RG (January 2018). "Genome assembly of the Pink Ipê (Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae), a highly valued, ecologically keystone Neotropical timber forest tree". GigaScience. 7 (1): 1–16. Дои:10.1093/gigascience/gix125. ЧВК  5905499. PMID  29253216.
  119. ^ Zhu QG, Xu Y, Yang Y, Guan CF, Zhang QY, Huang JW, et al. (2019-12-18). "Diospyros oleifera Cheng) genome provides new insights into the inheritance of astringency and ancestral evolution". Садоводческие исследования. 6 (1): 138. Дои:10.1038/s41438-019-0227-2. ЧВК  6917749. PMID  31871686.
  120. ^ Suo Y, Sun P, Cheng H, Han W, Diao S, Li H, et al. (Январь 2020 г.). "A high-quality chromosomal genome assembly of Diospyros oleiferaCheng". GigaScience. 9 (1). Дои:10.1093/gigascience/giz164. ЧВК  6964648. PMID  31944244.
  121. ^ Zhang G, Tian Y, Zhang J, Shu L, Yang S, Wang W, et al. (2015-12-01). "Hybrid de novo genome assembly of the Chinese herbal plant danshen (Salvia miltiorrhiza Bunge)". GigaScience. 4 (1): 62. Дои:10.1186/s13742-015-0104-3. ЧВК  4678694. PMID  26673920.
  122. ^ Hamilton JP, Godden GT, Lanier E, Bhat WW, Kinser TJ, Vaillancourt B, et al. (Сентябрь 2020 г.). "Generation of a chromosome-scale genome assembly of the insect-repellent terpenoid-producing Lamiaceae species, Callicarpa americana". GigaScience. 9 (9). Дои:10.1093/gigascience/giaa093. PMID  32893861.
  123. ^ Vining KJ, Johnson SR, Ahkami A, Lange I, Parrish AN, Trapp SC, et al. (February 2017). "Draft Genome Sequence of Mentha longifolia and Development of Resources for Mint Cultivar Improvement". Молекулярный завод. 10 (2): 323–339. Дои:10.1016/j.molp.2016.10.018. PMID  27867107.
  124. ^ Zhao D, Hamilton JP, Bhat WW, Johnson SR, Godden GT, Kinser TJ, et al. (Март 2019 г.). "A chromosomal-scale genome assembly of Tectona grandis reveals the importance of tandem gene duplication and enables discovery of genes in natural product biosynthetic pathways". GigaScience. 8 (3). Дои:10.1093/gigascience/giz005. ЧВК  6394206. PMID  30698701.
  125. ^ Ibarra-Laclette E, Lyons E, Hernández-Guzmán G, Pérez-Torres CA, Carretero-Paulet L, Chang TH, et al. (Июнь 2013). "Architecture and evolution of a minute plant genome". Природа. 498 (7452): 94–8. Bibcode:2013Natur.498...94I. Дои:10.1038/nature12132. ЧВК  4972453. PMID  23665961.
  126. ^ Zhao D, Hamilton JP, Pham GM, Crisovan E, Wiegert-Rininger K, Vaillancourt B, et al. (Сентябрь 2017 г.). "De novo genome assembly of Camptotheca acuminata, a natural source of the anti-cancer compound camptothecin". GigaScience. 6 (9): 1–7. Дои:10.1093/gigascience/gix065. ЧВК  5737489. PMID  28922823.
  127. ^ Chen Y, Ma T, Zhang L, Kang M, Zhang Z, Zheng Z, et al. (Январь 2020 г.). "Genomic analyses of a "living fossil": The endangered dove-tree". Ресурсы по молекулярной экологии. н / д (н / д). Дои:10.1111/1755-0998.13138. PMID  31970919.
  128. ^ "Mimulus guttatus". Phytozome v9.1. Архивировано из оригинал 16 февраля 2015 г.
  129. ^ Cocker JM, Wright J, Li J, Swarbreck D, Dyer S, Caccamo M, Gilmartin PM (December 2018). "Primula vulgaris (primrose) genome assembly, annotation and gene expression, with comparative genomics on the heterostyly supergene". Научные отчеты. 8 (1): 17942. Bibcode:2018NatSR...817942C. Дои:10.1038/s41598-018-36304-4. ЧВК  6299000. PMID  30560928.
  130. ^ "Details for species Solanum lycopersicum". Сеть Sol Genomics.
  131. ^ а б Tomato Genome Consortium (May 2012). «Последовательность генома томата дает представление об эволюции мясистых плодов». Природа. 485 (7400): 635–41. Bibcode:2012Натура.485..635Т. Дои:10.1038 / природа11119. ЧВК  3378239. PMID  22660326.
  132. ^ Song B, Song Y, Fu Y, Kizito EB, Kamenya SN, Kabod PN, et al. (2019-10-01). "Draft genome sequence of Solanum aethiopicum provides insights into disease resistance, drought tolerance, and the evolution of the genome". GigaScience. 8 (10). Дои:10.1093/gigascience/giz115. ЧВК  6771550. PMID  31574156.
  133. ^ "Spud DB". solanaceae.plantbiology.msu.edu. Получено 2019-03-20.
  134. ^ Xu X, Pan S, Cheng S, Zhang B, Mu D, Ni P, et al. (Июль 2011 г.). "Genome sequence and analysis of the tuber crop potato". Природа. 475 (7355): 189–95. Дои:10.1038/nature10158. PMID  21743474.
  135. ^ Hardigan MA, Crisovan E, Hamilton JP, Kim J, Laimbeer P, Leisner CP, et al. (Февраль 2016). "Genome Reduction Uncovers a Large Dispensable Genome and Adaptive Role for Copy Number Variation in Asexually Propagated Solanum tuberosum". Растительная клетка. 28 (2): 388–405. Дои:10.1105/tpc.15.00538. ЧВК  4790865. PMID  26772996.
  136. ^ Aversano R, Contaldi F, Ercolano MR, Grosso V, Iorizzo M, Tatino F, et al. (Апрель 2015 г.). "The Solanum commersonii Genome Sequence Provides Insights into Adaptation to Stress Conditions and Genome Evolution of Wild Potato Relatives". Растительная клетка. 27 (4): 954–68. Дои:10.1105/tpc.114.135954. ЧВК  4558694. PMID  25873387.
  137. ^ Vogel A, Schwacke R, Denton AK, Usadel B, Hollmann J, Fischer K, Bolger A, Schmidt MH, Bolger ME, Gundlach H, Mayer KF, Weiss-Schneeweiss H, Temsch EM, Krause K (June 2018). "Footprints of parasitism in the genome of the parasitic flowering plant Cuscuta campestris". Nature Communications. 9 (1): 2515. Bibcode:2018NatCo...9.2515V. Дои:10.1038/s41467-018-04344-z. ЧВК  6023873. PMID  29955043.
  138. ^ Sun G, Xu Y, Liu H, Sun T, Zhang J, Hettenhausen C, et al. (Июль 2018). "Large-scale gene losses underlie the genome evolution of parasitic plant Cuscuta australis". Nature Communications. 9 (1): 2683. Bibcode:2018NatCo...9.2683S. Дои:10.1038/s41467-018-04721-8. ЧВК  6041341. PMID  29992948.
  139. ^ Bombarely A, Rosli HG, Vrebalov J, Moffett P, Mueller LA, Martin GB (December 2012). "A draft genome sequence of Nicotiana benthamiana to enhance molecular plant-microbe biology research". Молекулярные взаимодействия растений и микробов. 25 (12): 1523–30. Дои:10.1094/MPMI-06-12-0148-TA. PMID  22876960.
  140. ^ а б Sierro N, Battey JN, Ouadi S, Bovet L, Goepfert S, Bakaher N, et al. (Июнь 2013). "Reference genomes and transcriptomes of Nicotiana sylvestris and Nicotiana tomentosiformis". Геномная биология. 14 (6): R60. Дои:10.1186/gb-2013-14-6-r60. ЧВК  3707018. PMID  23773524.
  141. ^ Kim S, Park M, Yeom SI, Kim YM, Lee JM, Lee HA, et al. (Март 2014 г.). "Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species". Природа Генетика. 46 (3): 270–8. Дои:10.1038/ng.2877. PMID  24441736.
  142. ^ а б Qin C, Yu C, Shen Y, Fang X, Chen L, Min J, et al. (Апрель 2014 г.). "Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 111 (14): 5135–40. Bibcode:2014PNAS..111.5135Q. Дои:10.1073/pnas.1400975111. ЧВК  3986200. PMID  24591624.
  143. ^ "The Petunia Platform". Архивировано из оригинал on 9 January 2011.
  144. ^ Bennetzen JL, Schmutz J, Wang H, Percifield R, Hawkins J, Pontaroli AC, et al. (Май 2012 г.). "Reference genome sequence of the model plant Setaria". Природа Биотехнологии. 30 (6): 555–61. Дои:10.1038/nbt.2196. PMID  22580951.
  145. ^ Luo MC, Gu YQ, Puiu D, Wang H, Twardziok SO, Deal KR, et al. (Ноябрь 2017 г.). "Genome sequence of the progenitor of the wheat D genome Aegilops tauschii". Природа. 551 (7443): 498–502. Bibcode:2017Natur.551..498L. Дои:10.1038/nature24486. PMID  29143815.
  146. ^ The International Brachypodium Initiative (February 2010). "Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon". Природа. 463 (7282): 763–8. Bibcode:2010Natur.463..763T. Дои:10.1038/nature08747. PMID  20148030.
  147. ^ Guo C, Wang Y, Yang A, He J, Xiao C, Lv S, et al. (Февраль 2020 г.). "The Coix Genome Provides Insights into Panicoideae Evolution and Papery Hull Domestication". Молекулярный завод. 13 (2): 309–320. Дои:10.1016/j.molp.2019.11.008. PMID  31778843.
  148. ^ Studer AJ, Schnable JC, Weissmann S, Kolbe AR, McKain MR, Shao Y, Cousins AB, Kellogg EA, Brutnell TP (October 2016). "3 panicoid grass species Dichanthelium oligosanthes". Геномная биология. 17 (1): 223. Дои:10.1186 / s13059-016-1080-3. ЧВК  5084476. PMID  27793170.
  149. ^ Carballo J, Santos BA, Zappacosta D, Garbus I, Selva JP, Gallo CA, et al. (Июль 2019). "A high-quality genome of Eragrostis curvula grass provides insights into Poaceae evolution and supports new strategies to enhance forage quality". Научные отчеты. 9 (1): 10250. Дои:10.1038/s41598-019-46610-0. ЧВК  6629639. PMID  31308395.
  150. ^ Mayer KF, Waugh R, Brown JW, Schulman A, Langridge P, Platzer M, et al. (Ноябрь 2012 г.). "A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome" (PDF). Природа. 491 (7426): 711–6. Bibcode:2012Natur.491..711T. Дои:10.1038/nature11543. PMID  23075845.
  151. ^ Mascher M, Gundlach H, Himmelbach A, Beier S, Twardziok SO, Wicker T, et al. (Апрель 2017 г.). "A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome". Природа. 544 (7651): 427–433. Bibcode:2017Natur.544..427M. Дои:10.1038/nature22043. PMID  28447635.
  152. ^ Chen J, Huang Q, Gao D, Wang J, Lang Y, Liu T, et al. (2013). "Whole-genome sequencing of Oryza brachyantha reveals mechanisms underlying Oryza genome evolution". Nature Communications. 4: 1595. Bibcode:2013NatCo...4.1595C. Дои:10.1038/ncomms2596. ЧВК  3615480. PMID  23481403.
  153. ^ Hurwitz BL, Kudrna D, Yu Y, Sebastian A, Zuccolo A, Jackson SA, et al. (Сентябрь 2010 г.). "Rice structural variation: a comparative analysis of structural variation between rice and three of its closest relatives in the genus Oryza". Журнал растений. 63 (6): 990–1003. Дои:10.1111/j.1365-313X.2010.04293.x. PMID  20626650. S2CID  8637330.
  154. ^ Huang X, Kurata N, Wei X, Wang ZX, Wang A, Zhao Q, et al. (Октябрь 2012 г.). "A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice". Природа. 490 (7421): 497–501. Bibcode:2012Natur.490..497H. Дои:10.1038/nature11532. PMID  23034647.
  155. ^ Eckardt NA (November 2000). "Sequencing the rice genome". Растительная клетка. 12 (11): 2011–7. Дои:10.1105/tpc.12.11.2011. ЧВК  526008. PMID  11090205.
  156. ^ Ю Дж, Ху С., Ван Дж, Вонг Г. К., Ли С., Лю Б. и др. (Апрель 2002 г.). «Проект последовательности генома риса (Oryza sativa L. ssp. Indica)». Наука. 296 (5565): 79–92. Bibcode:2002Наука ... 296 ... 79Y. Дои:10.1126 / science.1068037. PMID  11935017.
  157. ^ Goff SA, Ricke D, Lan TH, Presting G, Wang R, Dunn M, et al. (Апрель 2002 г.). "A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica)". Наука. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Sci...296...92G. Дои:10.1126/science.1068275. PMID  11935018. S2CID  2960202.
  158. ^ "Panicum virgatum". Phytozome v9.1. Архивировано из оригинал в 2015-02-19. Получено 2013-07-10.
  159. ^ Peng Z, Lu Y, Li L, Zhao Q, Feng Q, Gao Z, et al. (Апрель 2013). "The draft genome of the fast-growing non-timber forest species moso bamboo (Phyllostachys heterocycla)". Природа Генетика. 45 (4): 456–61, 461e1-2. Дои:10.1038/ng.2569. PMID  23435089.
  160. ^ Zhao H, Gao Z, Wang L, Wang J, Wang S, Fei B, et al. (Октябрь 2018 г.). "Chromosome-level reference genome and alternative splicing atlas of moso bamboo (Phyllostachys edulis)". GigaScience. 7 (10). Дои:10.1093/gigascience/giy115. ЧВК  6204424. PMID  30202850.
  161. ^ Paterson AH, Bowers JE, Bruggmann R, Dubchak I, Grimwood J, Gundlach H, et al. (Январь 2009 г.). "The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses" (PDF). Природа. 457 (7229): 551–6. Bibcode:2009Natur.457..551P. Дои:10.1038/nature07723. PMID  19189423. Архивировано из оригинал (PDF) на 2012-02-27. Получено 2015-08-29.
  162. ^ Appels R, et al. (International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC)) (August 2018). «Сдвиг границ в исследованиях и селекции пшеницы с использованием полностью аннотированного эталонного генома». Наука. 361 (6403): 705. Дои:10.1126 / science.aar7191. HDL:10261/169166. PMID  30115783.
  163. ^ Ling HQ, Zhao S, Liu D, Wang J, Sun H, Zhang C, et al. (Апрель 2013). "Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu". Природа. 496 (7443): 87–90. Bibcode:2013Natur.496...87L. Дои:10.1038/nature11997. PMID  23535596.
  164. ^ "Maize Sequence". Gramene.
  165. ^ Schnable PS, Ware D, Fulton RS, Stein JC, Wei F, Pasternak S и др. (Ноябрь 2009 г.). «Геном кукурузы B73: сложность, разнообразие и динамика». Наука. 326 (5956): 1112–5. Bibcode:2009Научный ... 326.1112S. Дои:10.1126 / science.1178534. PMID  19965430.
  166. ^ Varshney RK, Shi C, Thudi M, Mariac C, et al. (Сентябрь 2017 г.). "Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments". Природа Биотехнологии. 35 (10): 969–976. Дои:10.1038/nbt.3943. ЧВК  6871012. PMID  28922347.
  167. ^ а б Ming R, VanBuren R, Wai CM, Tang H, Schatz MC, Bowers JE, et al. (Декабрь 2015 г.). "The pineapple genome and the evolution of CAM photosynthesis". Природа Генетика. 47 (12): 1435–42. Дои:10.1038/ng.3435. ЧВК  4867222. PMID  26523774.
  168. ^ D'Hont A, Denoeud F, Aury JM, Baurens FC, Carreel F, Garsmeur O, et al. (Август 2012 г.). «Геном банана (Musa acuminata) и эволюция однодольных растений». Природа. 488 (7410): 213–7. Bibcode:2012Натура.488..213D. Дои:10.1038 / природа11241. PMID  22801500.
  169. ^ Davey MW, Gudimella R, Harikrishna JA, Sin LW, Khalid N, Keulemans J (October 2013). "A draft Musa balbisiana genome sequence for molecular genetics in polyploid, inter- and intra-specific Musa hybrids". BMC Genomics. 14: 683. Дои:10.1186/1471-2164-14-683. ЧВК  3852598. PMID  24094114.
  170. ^ а б Zhao H, Wang S, Wang J, Chen C, Hao S, Chen L, et al. (Сентябрь 2018 г.). "The chromosome-level genome assemblies of two rattans (Calamus simplicifolius and Daemonorops jenkinsiana)". GigaScience. 7 (9). Дои:10.1093/gigascience/giy097. ЧВК  6117794. PMID  30101322.
  171. ^ Xiao Y, Xu P, Fan H, Baudouin L, Xia W, Bocs S, et al. (Ноябрь 2017 г.). "The genome draft of coconut (Cocos nucifera)". GigaScience. 6 (11): 1–11. Дои:10.1093/gigascience/gix095. ЧВК  5714197. PMID  29048487.
  172. ^ Al-Dous EK, George B, Al-Mahmoud ME, Al-Jaber MY, Wang H, Salameh YM, et al. (Май 2011 г.). "De novo genome sequencing and comparative genomics of date palm (Phoenix dactylifera)". Природа Биотехнологии. 29 (6): 521–7. Дои:10.1038/nbt.1860. PMID  21623354.
  173. ^ Singh R, Ong-Abdullah M, Low ET, Manaf MA, Rosli R, Nookiah R, et al. (Август 2013). «Последовательность генома масличной пальмы показывает расхождение интерфертильных видов в Старом и Новом мирах». Природа. 500 (7462): 335–9. Bibcode:2013Natur.500..335S. Дои:10.1038 / природа12309. ЧВК  3929164. PMID  23883927.
  174. ^ Wang W, Haberer G, Gundlach H, Gläßer C, Nussbaumer T, Luo MC, et al. (2014). "The Spirodela polyrhiza genome reveals insights into its neotenous reduction fast growth and aquatic lifestyle". Nature Communications. 5: 3311. Bibcode:2014NatCo...5.3311W. Дои:10.1038/ncomms4311. ЧВК  3948053. PMID  24548928.
  175. ^ Cai J, Liu X, Vanneste K, Proost S, Tsai WC, Liu KW, et al. (Январь 2015 г.). "The genome sequence of the orchid Phalaenopsis equestris". Природа Генетика. 47 (1): 65–72. Дои:10.1038/ng.3149. PMID  25420146.
  176. ^ а б Islam MS, Saito JA, Emdad EM, Ahmed B, Islam MM, Halim A, et al. (Январь 2017 г.). "Comparative genomics of two jute species and insight into fibre biogenesis". Природа Растения. 3 (2): 16223. Дои:10.1038/nplants.2016.223. PMID  28134914.
  177. ^ Sarkar D, Mahato AK, Satya P, Kundu A, Singh S, Jayaswal PK, et al. (Июнь 2017). "Corchorus olitorius cv. JRO-524 (Navin)". Геномические данные. 12: 151–154. Дои:10.1016/j.gdata.2017.05.007. ЧВК  5432662. PMID  28540183.
  178. ^ "Welcome to the British Ash Tree Genome Project". The British Ash Tree Genome Project. The School of Biological & Chemical Sciences.
  179. ^ Heap T (2013-06-16). "Ash genome reveals fungus resistance". Новости BBC.