Nucleocytoviricota - Nucleocytoviricota

Nucleocytoviricota
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Вариднавирия
Королевство:Bamfordvirae
Тип:Nucleocytoviricota
Классы

См. Текст

Синонимы

Megavirales[1]

Nucleocytoviricota это тип вирусы.[2] Члены филума также известны как нуклеоцитоплазматические большие ДНК-вирусы (NCLDV), что служит основой названия флюма с суффиксом -вирикота для типа вируса. Эти вирусы называют нуклеоцитоплазматическими, потому что они часто способны реплицироваться как в организме хозяина. ядро клетки и цитоплазма.[3]

Тип примечателен тем, что содержит гигантские вирусы.[4][1] Существует девять семейств NCLDV, которые все имеют определенные геномные и структурные характеристики; однако неясно, имеют ли сходства разных семейств этой группы общего вирусного предка.[5] Одна из особенностей этой группы - большой геном и наличие многих гены участвует в Ремонт ДНК, Репликация ДНК, транскрипция, и перевод. Обычно вирусы с меньшими геномами не содержат генов этих процессов. Большинство вирусов этого семейства также реплицируются как в организме хозяина. ядро и цитоплазма, отсюда и название нуклеоцитоплазматический.

В настоящее время известно 47 ядерных генов NCLDV. К ним относятся четыре ключевых белка, участвующих в репликации и репарации ДНК: ферменты ДНК-полимераза семья B, топоизомераза II A, ЗАСЛОНКА эндонуклеаза и коэффициент обработки ядерный антиген пролиферирующих клеток. Другие белки включают ДНК-зависимые РНК-полимераза II и фактор транскрипции II Б.

Таксономия

Распознаются следующие классы, под которыми находятся заказы, содержащие семейства, упомянутые в этой статье:

Нераспознанные семейства заключены в скобки и помещены в наиболее вероятное место.

Примеры

Ascoviridae

Члены семьи Ascoviridae бывают разных форм. Одни могут иметь форму стержня, другие - овальной формы. Их размеры составляют до 130 нм в ширину и до 400 нм в длину. Эти вирусы имеют кольцевую двухцепочечную ДНК, длина которой составляет около 100–200 пар нуклеотидов. Они заражают личинок чешуекрылых насекомых и могут заразиться через паразитоидных ос. После заражения они размножаются и вызывают смерть насекомых-вредителей. Это позволяет им контролировать популяции насекомых.[6] В геноме Ascoviridae может быть до 180 генов. Репликация этого вируса происходит в ядре клетки-хозяина. Когда он реплицируется, ядро ​​увеличивается в размерах и, в конечном итоге, лопается. После этого вирион начинает формироваться и распространяться.[7]

Asfarviridae

Член семьи Asfarviridae известен как асфарвирус. Этот вирус является причиной африканской чумы свиней. Некоторые из симптомов этого гриппа включают жар, учащенный пульс, учащенное дыхание и могут привести к смерти. Эти симптомы могут быть похожи на симптомы холеры свиней, разница лишь в том, что африканский свиной грипп не лечится. Не существует вакцины для борьбы с этим вирусом.[8]

Iridoviridae

В Iridoviridae имеют линейные геномы двухцепочечной ДНК длиной до 220 килобаз и могут кодировать около 211 белков. Капсид этого вириона имеет форму икосаэдра и может иметь ширину до 350 нм. Цикл репликации этого вируса начинается в ядре хозяина и заканчивается в цитоплазме. Некоторые вирусы этого семейства часто встречаются у амфибий, а другие - у насекомых и ракообразных.[9]

Marseilleviridae

В Marseilleviridae у вирусов есть геномы двухцепочечной ДНК длиной около 372 килобаз. Члены семьи могут иметь около 457 открытые рамки для чтения (ORF) в его геноме. Организмы-хозяева: амебы. После заражения репликация вируса происходит в цитоплазме.[нужна цитата ] Выяснилось, что геном семейства Marseilleviridae кодирует около 28 различных белков.[10] Капсид марсельлевируса имеет ширину около 250 нм и имеет форму икосаэдра. Репликация этого вируса обычно происходит вблизи ядра, когда он заражает амебу. После заражения вирус может вызвать изменение формы ядра хозяина.[11]

Mimiviridae

В Megaviridae содержит одни из крупнейших когда-либо обнаруженных вирусов. У них есть линейные геномы двухцепочечной ДНК с длиной 1259197 пар оснований, что больше, чем у некоторых мелких бактерий. В этом геноме закодировано 1100 белков. 74,76% пар оснований представлены тимином и аденином. В Megaviridae вирус может быть обнаружен при заражении акантамебами или другими кладами простейших. После того, как вирус заражает хозяина, в цитоплазме происходит цикл репликации. В геноме можно найти ферменты репарации ДНК. Они используются, когда ДНК повреждена, например, когда она подвергается воздействию ионизирующего излучения или ультрафиолетового света.[12]

Традиционно эти вирусы были сгруппированы в семейство Mimiviridae. Позже выяснилось, что вирусы Органическое озеро Phycodna Group (OLPG) больше связаны с мимивирусами, чем с Фикоднавирусы. По этой причине было предложено добавить их в унаследованные Mimiviridae в качестве нового подсемейства. Мезомимивирины чтобы сформировать более обширную семью Megaviridae. Однако срок Mimiviridae в настоящее время используется Sensu lato синоним Megaviridae.[13][14][15][16][17][18]

Pandoraviridae

Pandoraviridae Обнаружен в 2013 году в пробе прибрежной воды в Чили. В основном он заражает амебы. Он имеет длину 1 микрометр и ширину 0,5 микрометра. Его геном может иметь длину до 2,5 миллионов пар оснований.[19] Репликация этого вируса происходит в цитоплазме. Как и другие гигантские вирусы, он поражает ядро ​​хозяина и может занять до 15 часов, чтобы начать заражение.[20] Хотя он содержится в воде, он не влияет на людей, но может помочь нам, увеличивая производство кислорода в водной среде.[21] 

Phycodnaviridae

В Phycodnaviridae имеют форму икосаэдра с двухцепочечной молекулой ДНК. Некоторые члены этого семейства могут иметь линейную двухцепочечную ДНК, а другие - кольцевую двухцепочечную ДНК. Было обнаружено, что длина генома достигает 560 килобаз. До 50% ДНК может быть представлено гуанином или цитозином. Известно, что этот вирус поражает водоросли, а это значит, что он обитает в океане.[22]

Pithoviridae

В Pithoviridae есть только два известных представителя. Эти вирусы поражают амебы и могут выжить при низких температурах. В течение многих лет этот вирус считался замороженным, но из-за изменения климата он снова начал появляться.[23] Это двухцепочечный ДНК-вирус размером 610 килобаз. По оценкам, геном кодирует 476 открытых рамок считывания. Вирон имеет форму стержня длиной 1100 нм и диаметром 500 нм.[24]

Поксвириды

В Поксвириды имеют линейную двухцепочечную молекулу ДНК, которая может иметь длину до 230 килобаз. Репликация этих вирусов происходит в цитоплазме. Оспа, коровья оспа, и другие вирусы оспы принадлежат к этой семье.[25] 

Мининуклеовирусы

Предложена новая семья - Мининуклеовирусы - для семейства крупных вирусов, размножающихся в ракообразных.[26] Члены этого предложенного семейства включают Вирус Carcinus maenas 1, Dikerogammarus haemobaphes вирус 1 и Панулирус вирус аргуса 1.

Неклассифицированные таксоны

Филогенетика

По общему мнению, Iridoviridae –Ascoviridae являются близкородственными сестринскими таксонами клады. Питовирус, Iridoviridae –Ascoviridae и Марсельлевирус сформировать кладу PIM или MAPI (Pimascovirales[2]) в деревьях, построенных из консервированных белков.[26] Сестринский класс PIM / MAPI - это клад, сделанный из Альгавиралес[2] (Phycodnaviridae, Pandoraviridae) и, возможно, Imitervirales[2]/Mimiviridae (Далее «P2»).[32] Поксвириды последовательно рассматривается как базальная ветвь. Asfarviridae является либо сестринской группой для Поксвириды (строим вместе Pokkesviricetes )[2] или член клады P2.[33] Классификация ICTV по состоянию на 2019 год соответствует общей форме дерева.

Происхождение NCLDVs может предшествовать происхождению их эукариотических хозяев, судя по их РНК-полимераза конструкции.[33]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Колсон П., Де Ламбаллери X, Ютин Н., Асгари С., Бигот Y, Бидеши Д. К., Ченг X В., Федеричи Б. А., Ван Эттен Д. Л., Кунин Е. В., Ла Скола Б., Рауль Д. (2013). ""Megavirales ", предлагаемый новый порядок для эукариотических нуклеоцитоплазматических больших ДНК-вирусов". Архив вирусологии. 158 (12): 2517–21. Дои:10.1007 / s00705-013-1768-6. ЧВК  4066373. PMID  23812617.
  2. ^ а б c d е «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 25 апреля 2020.
  3. ^ Кунин Е.В., Доля В.В., Крупович М., Варсани А., Вольф Ю.И., Ютин Н., Зербини М., Кун Дж. Х. (октябрь 2019 г.). «Создать мегатаксономическую структуру, заполняющую все основные таксономические ранги, для ДНК-вирусов, кодирующих главные белки капсида вертикального желеобразного типа». Предложение ICTV (Taxoprop): 2019.003G. Дои:10.13140 / RG.2.2.14886.47684.
  4. ^ Колсон П., де Lamballerie X, Fournous G, Raoult D (2012). «Реклассификация гигантских вирусов, составляющих четвертую область жизни в новом порядке Megavirales». Интервирология. 55 (5): 321–332. Дои:10.1159/000336562. PMID  22508375.
  5. ^ Iyer, L.M .; Aravind, L .; Кунин, Э. В. (декабрь 2001 г.). «Общее происхождение четырех различных семейств крупных ДНК-вирусов эукариот». Журнал вирусологии. 75 (23): 11720–34. Дои:10.1128 / JVI.75.23.11720-11734.2001. ЧВК  114758. PMID  11689653.
  6. ^ «Ascoviridae - Ascoviridae - вирусы дцДНК - Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Получено 2017-12-07.
  7. ^ Асгари, Сасан; Бидеши, Деннис К.; Фанат, Ив; Федеричи, Брайан А; Чэн, Сяо-Вэнь (2017). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Ascoviridae". Журнал общей вирусологии. 98 (1): 4–5. Дои:10.1099 / jgv.0.000677. ISSN  0022-1317. ЧВК  5370392. PMID  28218573.
  8. ^ «Африканская чума свиней (АЧС) | болезнь животных». Энциклопедия Британника. Получено 2017-12-07.
  9. ^ «Iridoviridae - Iridoviridae - вирусы дцДНК - Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Получено 2017-12-07.
  10. ^ Бойер, Микаэль; Ютин Наталья; Паньье, Изабель; Баррасси, Лина; Фурнус, Гислен; Эспиноза, Леон; Роберт, Кэтрин; Азза, Саид; Сунь, Сиян (22 декабря 2009 г.). «Гигантский марсельский вирус подчеркивает роль амеб как плавильного котла в появлении химерных микроорганизмов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 106 (51): 21848–21853. Bibcode:2009PNAS..10621848B. Дои:10.1073 / pnas.0911354106. ISSN  0027-8424. ЧВК  2799887. PMID  20007369.
  11. ^ Ахерфи, Сара (01.10.2014). «Расширяющееся семейство Marseilleviridae». Вирусология. 466–467: 27–37. Дои:10.1016 / j.virol.2014.07.014. ISSN  0042-6822. PMID  25104553.
  12. ^ Арслан, Дефне; Лежандр, Матье; Зельцер, Вирджиния; Абергель, Шанталь; Клавери, Жан-Мишель (18.10.2011). «Дальний родственник мимивируса с более крупным геномом подчеркивает фундаментальные особенности Megaviridae». Труды Национальной академии наук. 108 (42): 17486–17491. Bibcode:2011PNAS..10817486A. Дои:10.1073 / pnas.1110889108. ISSN  0027-8424. ЧВК  3198346. PMID  21987820.
  13. ^ Шульц, Фредерик; Ютин Наталья; Иванова Наталья Н .; Ortega, Davi R .; Ли, Тхэ Квон; Vierheilig, Julia; Даймс, Хольгер; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл (2017-04-07). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы перевода» (PDF). Наука. 356 (6333): 82–85. Bibcode:2017Научный ... 356 ... 82S. Дои:10.1126 / science.aal4657. ISSN  0036-8075. PMID  28386012. S2CID  206655792., UCPMS ID: 1889607, PDF
  14. ^ Кунин, Э.В. Крупович, М; Ютин, Н (2015). «Эволюция двухцепочечных ДНК-вирусов эукариот: от бактериофагов до транспозонов и гигантских вирусов». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 1341 (1): 10–24. Bibcode:2015НЯСА1341 ... 10К. Дои:10.1111 / nyas.12728. ЧВК  4405056. PMID  25727355. Рисунок 3
  15. ^ Ютин Наталья; и другие. (2013). «Mimiviridae: кластеры ортологичных генов, реконструкция эволюции репертуара генов и предлагаемое расширение гигантского семейства вирусов». Журнал вирусологии. 10: 106. Дои:10.1186 / 1743-422X-10-106. ЧВК  3620924. PMID  23557328.
  16. ^ Блог Каролины Рейес, Кеннета Стедмана: Являются ли вирусы Phaeocystis globosa (OLPG) и фикоднавирус органического озера частью Phycodnaviridae или Mimiviridae?, на ResearchGate, 8 января 2016 г.
  17. ^ Маруяма, Фумито; Шоко (2016). «Эволюция и филогения крупных ДНК-вирусов, Mimiviridae и Phycodnaviridae Включая недавно охарактеризованные Гетеросигма акашиво Вирус". Границы микробиологии. 7: 1942. Дои:10.3389 / fmicb.2016.01942. ЧВК  5127864. PMID  27965659.
  18. ^ Чжан, Вт; Чжоу, Дж; Лю, Т; Yu, Y; Пан, Y; Ян, С; Ван, Й (2015). «Четыре новых генома водорослевых вирусов обнаружены в метагеномах Йеллоустонского озера». Научные отчеты. 5: 15131. Bibcode:2015НатСР ... 515131Z. Дои:10.1038 / srep15131. ЧВК  4602308. PMID  26459929. Рисунок 6
  19. ^ Йонг, Эд (2013). «Гигантские вирусы открывают ящик Пандоры». Природа. Дои:10.1038 / природа.2013.13410. S2CID  88440241.
  20. ^ Ахерфи, Сара; Колсон, Филипп; Ла Скола, Бернар; Рауль, Дидье (22 марта 2016 г.). «Гигантские вирусы амеб: обновление». Границы микробиологии. 7: 349. Дои:10.3389 / fmicb.2016.00349. ISSN  1664-302X. ЧВК  4801854. PMID  27047465.
  21. ^ «Самый крупный вирус, который когда-либо обнаружен, может быть четвертой сферой жизни?». 2013-07-19. Получено 2017-12-07.
  22. ^ Wilson, W.H .; Van Etten, J. L .; Аллен, М. Дж. (2009). Phycodnaviridae: история о том, как крошечные гиганты правят миром. Актуальные темы микробиологии и иммунологии. 328. С. 1–42. Дои:10.1007/978-3-540-68618-7_1. ISBN  978-3-540-68617-0. ISSN  0070-217X. ЧВК  2908299. PMID  19216434.
  23. ^ Орнес, Стивен (31.07.2017). «Возвращение гигантского зомби-вируса». Новости науки для студентов. Получено 2017-12-07.
  24. ^ «Питовирус». viralzone.expasy.org. Получено 2017-12-07.
  25. ^ Мосс, Бернард (2013). «Репликация ДНК поксвируса». Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии. 5 (9): a010199. Дои:10.1101 / cshperspect.a010199. ISSN  1943-0264. ЧВК  3753712. PMID  23838441.
  26. ^ а б Субраманиам, К. (14 января 2020 г.). «Новое семейство ДНК-вирусов, вызывающих заболевание у ракообразных из различных водных биомов». мБио. 11 (1). Дои:10,1128 / мБио.02938-19. ЧВК  6960288. PMID  31937645.
  27. ^ Needham, David M .; Ёсизава, Сусуму; Хосака, Тошиаки; Пуарье, Камилла; Чой, Чанг Джэ; Хехенбергер, Элизабет; Ирвин, Николас А. Т .; Уилкен, Сюзанна; Юнг, Чеук-Ман; Бачи, Чарльз; Курихара, Рика; Накадзима, Ю; Кодзима, Кейчи; Кимура-Сомея, Томоми; Леонард, Гай; Malmstrom, Rex R .; Mende, Daniel R .; Олсон, Дэниел К .; Судо, Юки; Судек, Себастьян; Richards, Thomas A .; Делонг, Эдвард Ф .; Килинг, Патрик Дж .; Санторо, Элисон Э .; Широузу, Микако; Ивасаки, Ватару; Уорден, Александра З. (8 октября 2019 г.). «Отдельная ветвь гигантских вирусов приносит одноклеточным морским хищникам фотосистему родопсина». Труды Национальной академии наук. 116 (41): 20574–20583. Bibcode:2019PNAS..11620574N. Дои:10.1073 / пнас.1907517116. ЧВК  6789865. PMID  31548428.
  28. ^ https://www.hilarispublisher.com/abstract/serendipitous-discovery-in-a-marine-invertebrate-phylum-chaetognatha-of-the-longest-giant-viruses-reported-to-date-24968.html. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь); Отсутствует или пусто | название = (помощь)
  29. ^ Йошикава, Генки; Блан-Матье, Ромен; Песня, Чихонг; Каяма, Йоко; Мотидзуки, Томохиро; Мурата, Казуёси; Огата, Хироюки; Такемура, Масахару (2019). «Медузавирус, новый большой ДНК-вирус, обнаруженный в воде из горячих источников». Журнал вирусологии. 93 (8). Дои:10.1128 / JVI.02130-18. ЧВК  6450098. PMID  30728258.
  30. ^ Андреани, Жюльен; Khalil, Jacques Y.B .; Батист, Эмелин; Хасни, Иссам; Мишель, Кэролайн; Рауль, Дидье; Левассер, Энтони; Ла Скола, Бернар (22 января 2018 г.). «Орфеовирус IHUMI-LCC2: новый вирус среди гигантских вирусов». Границы микробиологии. 8: 2643. Дои:10.3389 / fmicb.2017.02643. ЧВК  5786535. PMID  29403444.
  31. ^ . Дои:10.1002 / imaging.6224 (неактивно 10.11.2020) https://analyticalscience.wiley.com/do/10.1002/imaging.6224/full/. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь); Отсутствует или пусто | название = (помощь)CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2020 г. (связь)
  32. ^ Бэкстрём Д., Ютин Н., Йоргенсен С.Л., Дхарамши Дж., Хома Ф., Заремба-Недведска К., Спанг А., Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Эттема Т.Дж. (2019). «Геномы вирусов из глубоководных отложений расширяют океанский мегавиром и поддерживают независимое происхождение вирусного гигантизма». мБио. 10 (2): e02497-18. Дои:10,1128 / мБио.02497-18. ЧВК  6401483. PMID  30837339.PDF
  33. ^ а б Гульельмини, Жюльен; Ву, Энтони С .; Крупович, Март; Фортер, Патрик; Гайя, Морган (10.09.2019). «Диверсификация гигантских и крупных эукариотических вирусов дцДНК предшествовала возникновению современных эукариот». Труды Национальной академии наук. 116 (39): 19585–19592. Дои:10.1073 / пнас.1912006116. ISSN  0027-8424. ЧВК  6765235. PMID  31506349.

внешняя ссылка