PubMed Central - Википедия - PubMed Central

PubMed Central
РежиссерНациональная медицинская библиотека США (Соединенные Штаты)
История2000, чтобы представить
Доступ
РасходыСвободный
Покрытие
ДисциплиныЛекарство
Глубина записиИндекс, аннотация и полный текст
Формат покрытияжурнальные статьи
Ссылки
Интернет сайтhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
Список (ы) заголовковhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/

PubMed Central (ЧВК) является бесплатным цифровое хранилище что архивы открытый доступ полнотекстовые научные статьи, опубликованные в биомедицинский и Науки о жизни журналы. Как одна из основных исследовательских баз данных, разработанная Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) PubMed Central - это больше, чем просто хранилище документов. Представления в PMC индексируются и форматируются для улучшения метаданные, медицинская онтология, и уникальные идентификаторы, которые обогащают XML структурированные данные для каждой статьи.[1] Контент в PMC может быть связан с другими базами данных NCBI и доступен через Entrez системы поиска и поиска, повышающие способность общественности открывать, читать и использовать свои биомедицинские знания.[2]

PubMed Central отличается от PubMed.[3] PubMed Central - это бесплатный цифровой архив полных статей, доступный каждому из любого места через веб-браузер (с различными условиями для повторного использования). И наоборот, хотя PubMed - это база данных биомедицинских цитат и рефератов с возможностью поиска, полнотекстовая статья находится в другом месте (в печатном или онлайн-варианте, бесплатно или за подписчиком. платный доступ ).

По состоянию на декабрь 2018 г., архив PMC содержал более 5,2 миллиона статей,[4] при участии издателей или авторов, помещающих свои рукописи в репозиторий в соответствии с Политика общественного доступа NIH. Более ранние данные показывают, что с января 2013 года по январь 2014 года инициированные авторами депозиты превысили 103 000 статей за 12-месячный период.[5] PMC выявляет около 4000 журналов, которые в той или иной степени участвуют в размещении своего опубликованного контента в репозитории PMC.[6] Некоторые издатели откладывают выпуск своих статей на PubMed Central на определенное время после публикации, называемое «периодом эмбарго», который варьируется от нескольких месяцев до нескольких лет в зависимости от журнала. (Наиболее распространены эмбарго на срок от шести до двенадцати месяцев.) PubMed Central - ключевой пример «систематического внешнего распространения третьей стороной»[7] что по-прежнему запрещено соглашениями с участниками многих издателей.

Принятие

Смотрите также: Политика общественного доступа NIH

Запущенный в феврале 2000 г., репозиторий быстро рос по мере того, как Политика общественного доступа NIH предназначен для того, чтобы все исследования финансировались Национальные институты здоровья (NIH) свободно доступен для всех, и, кроме того, многие издатели сотрудничают с NIH, чтобы предоставить бесплатный доступ к своим работам. В конце 2007 года был подписан Закон о консолидированных ассигнованиях от 2008 года (HR 2764), который включал положение, обязывающее NIH изменять свою политику и требовать включения в PubMed Central полных электронных копий их рецензируемых исследований и результатов, полученных от NIH. исследование. Эти статьи должны быть включены в течение 12 месяцев после публикации. Это первый раз, когда правительство США потребовало от агентства предоставить открытый доступ для исследования и является развитием политики 2005 года, в которой NIH просил исследователей добровольно добавлять свои исследования в PubMed Central.[8]

Британская версия системы PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC), был разработан Wellcome Trust и Британская библиотека как часть группы из девяти британских спонсоров исследований. Эта система была запущена в январе 2007 года. 1 ноября 2012 года она стала Европа PubMed Central. Канадский член сети PubMed Central International, PubMed Центральная Канада, был запущен в октябре 2009 года.

В Национальная медицинская библиотека Статья журнала "NLM Journal Publishing Tag Set" язык разметки находится в свободном доступе.[9] В Ассоциация издателей образованного и профессионального общества комментирует, что «это, вероятно, станет стандартом для подготовки научного содержания как для книг, так и для журналов».[10] Связанный DTD доступен для книг.[11] В Библиотека Конгресса и Британская библиотека объявили о поддержке NLM DTD.[12] Он также был популярен среди поставщиков услуг журналов.[13]

С выпуском планов общественного доступа для многих агентств, помимо NIH, PMC находится в процессе превращения в репозиторий для более широкого круга статей.[14] Сюда входит контент НАСА с интерфейсом, обозначенным как «PubSpace».[15][16]

Технологии

Статьи отправляются в PubMed Central издателями в XML или же SGML, используя различные статьи DTD. Старые и крупные издатели могут иметь свои собственные установленные внутренние DTD, но многие издатели используют DTD NLM Journal Publishing (см. Выше).

Полученные статьи конвертируются через XSLT с очень похожим DTD NLM Archiving and Interchange. Этот процесс может выявить ошибки, которые будут отправлены издателю для исправления. Графика также преобразуется в стандартные форматы и размеры. Исходная и преобразованная формы архивируются. Преобразованная форма перемещается в реляционную базу данных вместе со связанными файлами для графики, мультимедиа или других связанных данных. Многие издатели также предоставляют PDF их статей, и они доступны без изменений.[17]

Библиографические ссылки анализируются и автоматически связываются с соответствующими рефератами в PubMed, статьями в PubMed Central и ресурсами на веб-сайтах издателей. Ссылки PubMed также ведут на PubMed Central. Неразрешимые ссылки, такие как журналы или отдельные статьи, еще не доступные в одном из этих источников, отслеживаются в базе данных и автоматически становятся «живыми», когда ресурсы становятся доступными.

Собственная система индексирования обеспечивает возможность поиска и учитывает биологические и Медицинская терминология, например, названия дженериков и патентованных лекарств, а также альтернативные названия организмов, болезней и анатомических частей.

Когда пользователь обращается к выпуску журнала, автоматически создается оглавление путем извлечения всех статей, писем, редакционных статей и т. Д. Для этого выпуска. Когда достигается фактический элемент, например статья, PubMed Central преобразует разметку NLM в HTML для доставки и предоставляет ссылки на связанные объекты данных. Это возможно, потому что множество входящих данных сначала было преобразовано в стандартные DTD и графические форматы.

В отдельном потоке отправки авторы, финансируемые NIH, могут размещать статьи в PubMed Central, используя NIH Manuscript Submission (NIHMS). Отправленные таким образом статьи обычно проходят через разметку XML для преобразования в NLM DTD.

Прием

Реакция на PubMed Central среди научного издательского сообщества варьируется от искреннего энтузиазма некоторых,[18] к осторожному отношению к другим.[19]

Хотя PMC является желанным партнером издателей открытого доступа в своей способности расширять открытие и распространение биомедицинских знаний, та же самая истина заставляет других беспокоиться о том, что трафик будет отвлекаться от опубликованной версии записи, а также об экономических последствиях сокращения читательской аудитории. а также влияние на сохранение сообщества ученых в научных обществах.[20][21] Анализ 2013 года обнаружил убедительные доказательства того, что публичные репозитории опубликованных статей несут ответственность за «отвлечение значительного числа читателей от веб-сайтов журналов» и что «эффект PMC со временем растет».[22]

Библиотеки, университеты, сторонники открытого доступа, группы защиты здоровья потребителей и организации по защите прав пациентов приветствовали PubMed Central и надеются увидеть аналогичные репозитории с открытым доступом, разработанные другими федеральными финансирующими агентствами, чтобы свободно обмениваться любыми исследовательскими публикациями, которые стали результатом поддержки налогоплательщиков. .[23]

Антельманское исследование издательского дела с открытым доступом показало, что в философии, политологии, электротехнике, электронной технике и математике, открытый доступ статьи имели большее исследовательское влияние.[24] Рандомизированное испытание обнаружило увеличение количества скачиваний контента статей в открытом доступе без преимущества цитирования по сравнению с доступом по подписке через год после публикации.[25]

Политика NIH и работа с репозиториями с открытым доступом вдохновили Указ президента от 2013 г. что вызвало активность и в других федеральных агентствах.

В марте 2020 года PubMed Central ускорила процедуру депонирования полного текста публикаций на коронавирус. NLM сделал это по запросу Белого дома. Управление научно-технической политики и международные ученые для улучшения доступа ученых, поставщиков медицинских услуг, новаторы интеллектуального анализа данных, Исследователи искусственного интеллекта в области здравоохранения, и широкая публика.[26]

PMCID

PMCID (идентификатор PubMed Central), также известный как ссылочный номер PMC, является библиографический идентификатор для базы данных PubMed Central, как и PMID это библиографический идентификатор для PubMed база данных. Однако эти два идентификатора различны. Он состоит из "PMC", за которым следует нить из семи номеров. Формат:[27]

  • PMCID: PMC1852221

Авторы, претендующие на Национальные институты здравоохранения США награды должны включать в себя PMCID.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Бек Дж (2010). «Отчет с мест: PubMed Central, XML-архив статей журнала наук о жизни». Материалы Международного симпозиума по XML для долгосрочного использования: проблемы долгосрочного сохранения XML. 6. Дои:10.4242 / BalisageVol6.Beck01. ISBN  978-1-935958-02-4.
  2. ^ Мэлони С., Секейра Е., Келли С., Оррис Р., Бек Дж. (5 декабря 2013 г.). PubMed Central. Национальный центр биотехнологической информации (США).
  3. ^ «MEDLINE, PubMed и PMC (PubMed Central): чем они отличаются?». www.nlm.nih.gov. 9 сентября 2019.
  4. ^ «Открытость по умолчанию», Внутри Высшего Эд, 16 января 2017.
  5. ^ «Статистика NIHMS». nihms.nih.gov.
  6. ^ «Дом - ЧВК - НЦБИ». www.ncbi.nlm.nih.gov.
  7. ^ Уэрфелли Н. «Права автора: что это такое?» (PDF).
  8. ^ «Открытый доступ к исследованиям NIH стал законом». Научный кодекс. 2007. Архивировано с оригинал 4 марта 2016 г.. Получено 6 ноября 2013.
  9. ^ "Набор тегов публикации журнала". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 6 ноября 2013.
  10. ^ Французский D (4 августа 2006 г.). «Обновление технологии ALPSP: стандартный формат XML-документа: аргументы в пользу принятия NLM DTD». ALPSP. Получено 6 ноября 2013.
  11. ^ "Набор книжных тегов NCBI". dtd.nlm.nih.gov.
  12. ^ «Новости из Библиотеки Конгресса». Библиотека Конгресса. 19 апреля 2006 г.. Получено 6 ноября 2013.
  13. ^ "Inera Inc. - Ресурсы NLM DTD". 19 февраля 2013. Архивировано с оригинал 19 февраля 2013 г.
  14. ^ «Планы общественного доступа федеральных агентств США». cendi.gov.
  15. ^ Ково Ю. (22 июля 2016 г.). «Открытый доступ к результатам исследований, финансируемых НАСА». nasa.gov.
  16. ^ «НАСА в ЧВК». preview.ncbi.nlm.nih.gov.
  17. ^ Набор тегов для архивирования и обмена журналов NLM, Национальный центр биотехнической информации, Национальная медицинская библиотека
  18. ^ «PLOS приветствует Конгресс за действия в области открытого доступа». Архивировано из оригинал на 2016-05-07. Получено 2014-02-07.
  19. ^ «Подача ACS в Управление научно-технической политики с запросом информации о публичном доступе к рецензируемым научным публикациям по результатам исследований, финансируемых из федерального бюджета» (PDF). whitehouse.gov. Архивировано из оригинал (PDF) на 2012-07-11. Получено 2014-02-07.
  20. ^ Дэвис PM (октябрь 2012 г.). «Влияние публичного депонирования научных статей на читательскую аудиторию». Физиолог. 55 (5): 161, 163–5. PMID  23155924.
  21. ^ Дэвис PM (июль 2013 г.). «Доступность биомедицинских статей из PubMed Central снижает читательскую аудиторию журнала - ретроспективный когортный анализ». Журнал FASEB. 27 (7): 2536–41. Дои:10.1096 / fj.13-229922. ЧВК  3688741. PMID  23554455.
  22. ^ Дэвис PM (июль 2013 г.). «Доступность биомедицинских статей из PubMed Central снижает читательскую аудиторию журнала - ретроспективный когортный анализ». Журнал FASEB. 27 (7): 2536–41. Дои:10.1096 / fj.13-229922. ЧВК  3688741. PMID  23554455.
  23. ^ «Autism Speaks объявляет о новой политике, обеспечивающей семьям легкий и бесплатный доступ к ключевым результатам исследований - пресс-релиз - Autism Speaks». www.autismspeaks.org. 25 июля 2012 г.
  24. ^ Антельман, Кристин (2004). «Имеют ли статьи в открытом доступе большее влияние на исследования?». Колледж и исследовательские библиотеки. 65 (5): 372–382. Дои:10.5860 / crl.65.5.372., резюмированный Стемпер Дж, Уильямс К. (2006). «Научное общение: превращение кризиса в возможность». Новости колледжей и исследовательских библиотек. 67 (11): 692–696. Дои:10.5860 / crln.67.11.7720.
  25. ^ Дэвис П.М., Левенштейн Б.В., Саймон Д.Х., Бут Дж. Г., Коннолли М.Дж. (июль 2008 г.). «Публикация в открытом доступе, загрузка статей и цитирование: рандомизированное контролируемое испытание». BMJ. 337: a568. Дои:10.1136 / bmj.a568. ЧВК  2492576. PMID  18669565.
  26. ^ «Национальная медицинская библиотека расширяет доступ к литературе о коронавирусе через PubMed Central». Национальные институты здоровья (NIH). 2020-03-25. Получено 2020-03-31. Чтобы поддержать эту инициативу, NLM адаптирует свои стандартные процедуры для размещения статей в PMC, чтобы обеспечить большую гибкость, которая обеспечит доступность исследований коронавируса.
  27. ^ "Включить PMCID в цитаты | publicaccess.nih.gov". publicaccess.nih.gov. Получено 2017-07-01.

внешняя ссылка