Открытый блокнот - Open-notebook science

Открытый блокнот это практика создания всей первичной записи исследовательский проект общедоступный онлайн в том виде, в котором он записан. Это предполагает размещение личного или лабораторного, ноутбук исследователя онлайн вместе со всеми необработанными и обработанными данными и любыми связанными с ними материалами по мере создания этого материала. Подход можно резюмировать лозунгом «никакой инсайдерской информации». Это логическая крайность из прозрачный подходы к исследованиям и явно включают в себя предоставление доступа к неудачным, менее значимым и другим неопубликованным экспериментам; так называемые «темные данные».[1] Практика открытой тетради, хотя и не является нормой в академический сообщества, в последнее время привлекла значительное внимание в исследованиях[2][3] и вообще[1][4] СМИ как часть общей тенденции к более открытым подходам в исследовательской практике и публикации. Таким образом, науку об открытых тетрадях можно охарактеризовать как часть более широкого движения за открытую науку, которое включает отстаивание и принятие открытый доступ публикация открытые данные, краудсорсинг данные и гражданская наука. Частично он вдохновлен успехом программное обеспечение с открытым исходным кодом[5] и опирается на многие из его идей.

История

Термин «наука с открытой записной книжкой»[6] впервые был использован в 2006 году в блоге автора Жан-Клод Брэдли, доцент кафедры химии Университет Дрекселя в то время. Брэдли описал науку с открытой записной книжкой следующим образом:[7]

... есть URL-адрес лабораторной записной книжки, которая находится в свободном доступе и индексируется в обычных поисковых системах. Он не обязательно должен быть похож на бумажный блокнот, но важно, чтобы вся информация, доступная исследователям для того, чтобы сделать свои выводы, была в равной степени доступна остальному миру.

— Жан-Клод Брэдли

Практикующие

Активный

Экспериментальный (в алфавитном порядке по фамилии)

«Команда новаторских ученых из SGC теперь делится своими лабораторными блокнотами в Интернете».[11][12][13]

Теоретическая

  • Тобиас Дж. Осборн[22]
  • Карл Боеттигер, Теория и компьютерное моделирование в экологии и эволюции.[23][24]
  • Дрор Бар-Натан[25]
  • Андрес Г. Саравиа,[26] физика к. студент на Цинвестав-Мерида.
  • Дэниел Химмельштейн, возглавлявший проект Rephetio - исследование по изучению лекарств, в котором использовались GitHub и Thinklab для научных исследований и совместной работы с открытыми блокнотами в реальном времени.[27]

В архиве (в алфавитном порядке по фамилии)

  • Бриджет Блэк[28]), к.ф.-м.н. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Жан-Клод Брэдли[29]
  • Иеремия Вера[30]
  • Надежда Фернандес-Оропеза,[31] Биомедицинская инженерия Ph.D. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Майк Лоуренс
  • Линь Ле,[32] бакалавр физики и выпускник лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
  • Энди Мэлони,[33] постдокторант в лаборатории Смита Техасского университета. Кандидат наук. в лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико (2011)[34][35]
  • Кэмерон Нейлон[36]
  • Алехандро Тамайо[37]
  • Происхождение и эволюция гриппа[38]

Рекуррент (образовательный)

Частично открытые / псевдооткрытые блокноты

Эти инициативы более открыты, чем традиционные лабораторные записные книжки, но им не хватает ключевого компонента для полноценного Open Notebook Science. Обычно доступ к записной книжке осуществляется только частично или предоставляется доступ со значительной задержкой.[40]

  • Сеть Open Notebook Science [41] это сеть блогов WordPress, предназначенная для создания и поддержки индивидуальных / лабораторных записных книжек. По состоянию на январь 2018 года в этой группе насчитывается 126 активных членов.[42]
  • Протоколопедия позволяет совместно использовать и хранить лабораторные протоколы.
  • Научный сотрудник позволяет пользователям определять права доступа, но может использоваться как открытый инструмент записной книжки.
  • Винод Скария[43]
  • OpenWetWare (содержит много лабораторий и позволяет выборочно обмениваться информацией, относящейся к каждой исследовательской группе)
  • Калеб Морс[44]
  • Гас Росания[45]
  • Энтони Гарретт Лиси[46]
  • Рози Редфилд,[47] микробиолог Университета Британской Колумбии; все результаты обсуждаются, но необработанный экспериментальный блокнот не предоставляется.
  • Мартин Джонсон,[48] морской химик в Университет Восточной Англии.[49]
  • Грег Лэнг,[50] пост-доктор в лаборатории Дэвида Ботстайна в Принстонском университете.[51] - делятся примерно раз в неделю

Преимущества

В общедоступной лабораторной тетради удобно приводить в статьях точные примеры экспериментов, используемых для обоснования аргументов. Например, в статье об оптимизации Уги реакция,[52][53] Для определения характеристик используются три разные партии продукта, и каждый спектр относится к конкретному эксперименту, в котором использовалась каждая партия: EXP099,[54] EXP203[55] и EXP206.[56] Эта работа впоследствии была опубликована в Журнал визуализированных экспериментов,[57] демонстрируя, что данные целостности происхождение может храниться от лабораторной записной книжки до окончательной публикации в рецензируемом журнале.

Без дополнительных оговорок Open Notebook Science подразумевает, что отчеты об исследовании публикуются на постоянной основе без необоснованной задержки или фильтрации. Это позволяет другим точно понять, как на самом деле проводятся исследования в рамках области или конкретной исследовательской группы. Такая информация может быть полезна для сотрудников, будущих студентов или будущих работодателей. Предоставление доступа к отдельным страницам записной книжки или введение периода запрета не соответствовало бы значению термина «Открыть» в этом контексте. Если не будут сообщены исправления ошибок, неудачные эксперименты и неоднозначные результаты, сторонний наблюдатель не сможет точно понять, как делается наука. Такие термины, как Псевдо[58] или частично[40] использовались в качестве квалификаторов для выборочного или со значительными задержками обмена информацией из лабораторных журналов.

Недостатки

Аргументы против использования открытых записных книжек в основном делятся на три категории, которые имеют разное значение в разных областях науки. Основное беспокойство, особенно выражаемое учеными-биологами и медиками, касается:кража данных 'или' черпают '. В то время как степень, в которой исследовательские группы крадут или адаптируют результаты других, остается предметом споров, определенно верно то, что страх не опубликовать публикацию первым во многом определяет поведение, особенно в некоторых областях. Это связано с акцентом в этих областях на опубликованном рецензируемом документе как на главном показателе карьерного успеха.

Второй аргумент против науки об открытых записных книжках заключается в том, что они представляют собой предварительную публикацию, что делает невозможным патент и сложно опубликовать результаты в традиционном экспертная оценка литература. Что касается патентов, публикация в Интернете явно классифицируется как раскрытие. Следовательно, хотя могут быть споры о ценности патентов и подходах, позволяющих обойти эту проблему, очевидно, что открытая наука о записных книжках не подходит для исследований, для которых патентная защита является ожидаемым и желаемым результатом. Что касается публикации в рецензируемой литературе, дело обстоит не так однозначно. Большинство издателей научных журналов принимают материалы, которые ранее были представлены на конференции или в виде препринтов. Те издатели, которые принимают материалы, которые ранее были опубликованы в этих формах, как правило, неофициально указали, что публикация данных в Интернете, в том числе открытая наука о ноутбуках, попадает в эту категорию. Открытые блокноты успешно опубликованы в высоких рейтингах. фактор воздействия рецензируемых журналах[59][60] но это не было проверено на широком круге издателей. Следует ожидать, что те издатели, которые явно исключают эти формы предварительной публикации, не будут принимать материалы, ранее раскрытые в открытой записной книжке.

Последний аргумент касается проблемы «потока данных». Если текущий объем рецензируемой литературы слишком велик для любого человека, то как можно ожидать, что кто-то справится с огромным количеством нерецензируемых материалов, которые потенциально могут быть доступны, особенно когда некоторые, возможно, большинство , было бы плохого качества? Связанный с этим аргумент состоит в том, что «моя записная книжка слишком специфична», чтобы интересовать кого-либо еще. С этим связан вопрос, как найти качественный и актуальный материал. Проблема курирования и проверки данных и методологического качества - серьезная проблема, которая, возможно, имеет значение не только для открытой науки о блокнотах, но и здесь представляет собой особую проблему.

Финансирование и спонсорство

В Открытый конкурс Notebook Science,[61] теперь направлен на отчет об измерениях растворимости в неводном растворителе, получил спонсорскую поддержку от Субмета,[62] Природа[63] и Сигма-Олдрич.[64] Первой из десяти победительниц конкурса за декабрь 2008 года стала Дженни Хейл.[65]

Логотипы

Логотипы могут использоваться на записных книжках для обозначения условий предоставления доступа. Полностью открытые записные книжки помечаются как «все содержимое» и «немедленный доступ». Частично открытые блокноты могут быть помечены как «выбранный контент» и / или «отложенные».[66]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Освобождение темных данных от неудачных научных экспериментов, Гетц, Т., Wired Magazine, 25 сентября 2007 г.
  2. ^ Сандерсон, К; Нейлон, C (Сентябрь 2008 г.). «Данные на дисплее». Природа. 455 (7211): 273. Дои:10.1038 / 455273a. PMID  18800097.
  3. ^ Сингх, С. (апрель 2008 г.). «Данные на дисплее». Клетка. 133 (2): 201–3. Дои:10.1016 / j.cell.2008.04.003. PMID  18423188.
  4. ^ Уильямс, А. (2008). «Интернет-инструменты для общения и сотрудничества в области химии». Открытие наркотиков сегодня. 13 (11–12): 502–506. Дои:10.1016 / j.drudis.2008.03.015. PMID  18549976.
  5. ^ «Новости химии и техники - на службе у химии, наук о жизни и лабораторных исследований».
  6. ^ Брэдли, Дж. К. (2007). «Открытый блокнот с использованием блогов и вики». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2007.39.1.
  7. ^ Брэдли, Жан-Клод (26 сентября 2006 г.). «Открытый блокнот». Электронное обучение Drexel CoAS.
  8. ^ «Открытая наука: исследователи Университета Торонто будут публиковать лабораторные заметки в режиме реального времени». Новости Университета Торонто. Получено 2018-01-21.
  9. ^ «Исследователь - открытая книга: первый, кто делится лабораторными заметками в реальном времени». 26 февраля 2016. В архиве из оригинала от 6 марта 2016 г.. Получено 6 марта 2016.
  10. ^ Резник, Брайан (3 марта 2016 г.). «Наука слишком скрытна и медлительна. Так что этот исследователь ведет блог о своей работе».. Vox.com. В архиве из оригинала 4 марта 2016 г.. Получено 6 марта 2016.
  11. ^ «Экстремально открытая наука в SGC - команда новаторских ученых из SGC теперь делится своими лабораторными блокнотами в Интернете». opennotebook.thesgc.org. Получено 2018-01-26.
  12. ^ Канал SGC (2018-01-24), Интернет-конференция: Записные книжки открытой лаборатории: Инициатива экстремально открытой науки 19 января 2018 г., получено 2018-01-26
  13. ^ «О компании - Extreme Open Science at SGC». opennotebook.thesgc.org. Получено 2018-01-26.
  14. ^ "Записная книжка Николаса Дж. ЛаСорта по открытой науке".
  15. ^ «Тамара Майури». fhs.mcmaster.ca. Получено 2018-01-22.
  16. ^ ContentMine (03.11.2015), Лекция 2014 года: Открытая тетрадь Питера Мюррея-Раста, получено 2018-01-21
  17. ^ "Исследование IheartAnthony".
  18. ^ «Малярия из открытых источников». В архиве из оригинала 13 марта 2016 г.. Получено 7 мая 2016.
  19. ^ «Наш эксперимент - малярия из открытых источников». В архиве из оригинала 14 марта 2016 г.. Получено 7 мая 2016.
  20. ^ Тодд, Мэтью (7 мая 2016 г.). «Открытый исходный код устраняет секретность в исследованиях лекарств». Научное шоу (Опрос). Беседовала Алиса Уильямсон. Австралийская радиовещательная корпорация. В архиве из оригинала 7 мая 2016 г.
  21. ^ «ONSchallenge - список экспериментов».
  22. ^ «Записки исследования Тобиаса Дж. Осборна».
  23. ^ Карл Боеттигер. «Лабораторная тетрадь».
  24. ^ "введение в блокнот".
  25. ^ "Дрор Бар-Натан: Академическая память".
  26. ^ «Исследовательская машина - Андрес».
  27. ^ Химмельштейн, Даниэль; Лизе, Антуан; Ханханян, Пуйя; Брейггеман, Лео; Чен, Сабрина; Хэдли, Декстер; Хесслер, Крисси; Баранзини, Серджио; Грин, Ари (2015). "Rephetio: перепрофилирование наркотиков в [проекте] в сети". Thinklab. Дои:10.15363 / thinklab.4.
  28. ^ "Пользователь: Бриджет Д. Блэк / Блокнот / Блокнот Бригетт".
  29. ^ «UsefulChem - Все реакции».
  30. ^ записная книжка архивирована 15 апреля 2008 г.
  31. ^ «Пользователь: Надежда Фернандес-Оропеза / Блокнот / Блокнот».
  32. ^ "Пользователь: Linh N Le / Notebook".
  33. ^ "Энди Мэлони".
  34. ^ «Пользователь: Энди Мэлоуни / Блокнот / Лабораторный блокнот Энди Мэлоуни / Содержание / Содержание».
  35. ^ "Пользователь: Энди Мэлоуни / Предисловие к диссертации".
  36. ^ ноутбук
  37. ^ Фруктовая компьютерная лаборатория ноутбук, блог
  38. ^ «Молекулярная эволюция, филогенетика и эпидемиология».
  39. ^ "Физика307Л".
  40. ^ а б Брэдли, Жан-Клод Комментарий к псевдо-открытой науке о тетрадях? от Quantum Pontiff 27 июня 2008 г.
  41. ^ «Открытая научная сеть для ноутбуков».
  42. ^ "Члены". Открытая научная сеть Notebook. 2014-07-18. Получено 2018-01-26.
  43. ^ "ноутбук, нужен вход". Архивировано из оригинал на 2008-11-01. Получено 2020-04-25.
  44. ^ "Пользователь: Cmorse / Notebook / MediaWiki for Open Science".
  45. ^ ноутбук
  46. ^ «Дифференциальная геометрия -».
  47. ^ "RRResearch".
  48. ^ ноутбук)
  49. ^ «Выборочный контент, немедленный доступ». Архивировано из оригинал на 2012-05-28. Получено 2009-02-26.
  50. ^ «Веб-сайт Lang Lab».
  51. ^ «Весь контент, публикация с задержкой». Архивировано из оригинал на 2012-05-28. Получено 2009-02-26.
  52. ^ Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (август 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкости». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2008.2237.1. HDL:10101 / npre.2008.2237.1.
  53. ^ "UsefulChem - paper03".
  54. ^ "UsefulChem - EXP099".
  55. ^ «UsefulChem - EXP203».
  56. ^ «UsefulChem - EXP206».
  57. ^ Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (ноябрь 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкости». Журнал визуализированных экспериментов (21): 942. Дои:10.3791/942. ЧВК  2762777. PMID  19066532.
  58. ^ Бэкон, Дэвид Псевдо «Открытый блокнот»? от Quantum Pontiff 26 июня 2008 г.
  59. ^ Woelfle, Майкл; Зеерден, Жан-Поль; де Гойер, Джесси; Pouwer, Kees; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (19 сентября 2011 г.). Гири, Тимоти Г. (ред.). «Разрешение празиквантела». PLOS забытые тропические болезни. 5 (9): e1260. Дои:10.1371 / journal.pntd.0001260. ЧВК  3176743. PMID  21949890.
  60. ^ Woelfle, Майкл; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (22 сентября 2011 г.). «Открытая наука - ускоритель исследований». Химия природы. 3 (10): 745–748. Bibcode:2011НатЧ ... 3..745Вт. Дои:10.1038 / nchem.1149. PMID  21941234.
  61. ^ Открытый конкурс Notebook Science
  62. ^ «Полезная химия».
  63. ^ «Полезная химия».
  64. ^ «Полезная химия».
  65. ^ «Полезная химия».
  66. ^ Страница заявлений Open Notebook Science