Предполагаемый ген - Putative gene

А предполагаемый ген это сегмент ДНК это считается ген. Предполагаемые гены могут иметь сходство последовательностей с уже охарактеризованными генами, и, таким образом, можно сделать вывод, что они обладают сходной функцией, но точная функция предполагаемых генов остается неизвестной.[1] Недавно идентифицированные последовательности считаются предполагаемыми кандидатами на гены, когда гомологи из этих последовательностей, как обнаружено, связаны с интересующим фенотипом.[2]

Примеры

Примеры исследований с участием предполагаемых генов включают открытие 30 предполагаемых генов рецепторов, обнаруженных в вомероназальном органе крысы (ВНО).[3] и идентификация 79 предполагаемых TATA-боксов, обнаруженных во многих геномах растений.[4]

Практическое значение

Чтобы определить и охарактеризовать кластер биосинтетических генов, все предполагаемые гены в указанном кластере должны быть сначала идентифицированы, а их функции должны быть охарактеризованы. Это может быть выполнено с помощью экспериментов по дополнению и выбиванию. В процессе характеристики предполагаемых генов изучаемый геном становится все более понятным, поскольку можно идентифицировать больше взаимодействий.[5] Идентификация предполагаемых генов необходима для изучения геномной эволюции, поскольку значительная часть геномов составляет более крупные семейства связанных генов. Геномная эволюция происходит с помощью таких процессов, как дублирование отдельных генов, сегментов генома или целых геномов. Эти процессы могут привести к Потеря функции, измененная функция или усиление функции, и оказывают сильное влияние на фенотип.[6][7]

Мутации ДНК вне предполагаемого гена могут действовать посредством позиционного эффекта, при котором они изменяют экспрессию гена. Эти изменения оставляют единицу транскрипции и промотор гена нетронутыми, но могут затрагивать дистальные промоторы, элементы энхансера / сайленсера или локальное окружение хроматина. Эти мутации могут быть связаны с заболеваниями или нарушениями, связанными с геном.

Идентификация

Предполагаемые гены могут быть идентифицированы путем кластеризации больших групп последовательностей по образцам и упорядочивания по взаимному сходству.[8] или может быть выведено из потенциальных Ящики ТАТА.[9]

Предполагаемые гены также можно идентифицировать, распознавая различия между хорошо известными кластерами генов и кластерами генов с уникальным профилем.[10]

Программные инструменты были разработаны для автоматической идентификации предполагаемых генов. Это делается путем поиска семейств генов и проверки достоверности не охарактеризованных генов по сравнению с уже идентифицированными генами.[11]

Белковые продукты можно идентифицировать и использовать для характеристики предполагаемого гена, который их кодирует.[12]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Александр С., Гюйо М., Мерфи Н. Б., Кокле Н, Пей А, Штайнерт М., Пай Э (июнь 1988 г.). «Предполагаемые гены вариантно-специфической единицы транскрипции гена антигена у Trypanosoma brucei». Молекулярная и клеточная биология. 8 (6): 2367–78. Дои:10.1128 / mcb.8.6.2367. ЧВК  363435. PMID  3405209.
  2. ^ Мисима К., Хирао Т., Цубомура М., Тамура М., Курита М., Нос М. и др. (Апрель 2018 г.). «Идентификация новых предполагаемых причинных генов и генетического маркера мужской стерильности у японского кедра (Cryptomeria japonica D.Don)». BMC Genomics. 19 (1): 277. Дои:10.1186 / s12864-018-4581-5. ЧВК  5914023. PMID  29685102.
  3. ^ Дюлак С., Аксель Р. (октябрь 1995 г.). «Новое семейство генов, кодирующих предполагаемые рецепторы феромонов у млекопитающих». Клетка. 83 (2): 195–206. Дои:10.1016/0092-8674(95)90161-2. PMID  7585937. S2CID  18784638.
  4. ^ Джоши CP (август 1987 г.). «Проверка домена между предполагаемым боксом ТАТА и сайтом начала трансляции в 79 генах растений». Исследования нуклеиновых кислот. 15 (16): 6643–53. Дои:10.1093 / nar / 15.16.6643. ЧВК  306128. PMID  3628002.
  5. ^ Wawrzyn GT, Bloch SE, Schmidt-Dannert C (01.01.2012). Хопвуд (ред.). «Открытие и характеристика путей биосинтеза терпеноидов грибов». Методы в энзимологии. Биосинтез натуральных продуктов микроорганизмами и растениями, часть А. 515: 83–105. Дои:10.1016 / b978-0-12-394290-6.00005-7. ISBN  9780123942906. PMID  22999171.
  6. ^ Франк Р.Л., Мане А., Эркал Ф. (сентябрь 2006 г.). «Автоматизированный метод быстрой идентификации предполагаемых членов семейства генов у растений». BMC Bioinformatics. 7 (2): S19. Дои:10.1186 / 1471-2105-7-S2-S19. ЧВК  1683565. PMID  17118140.
  7. ^ Эмери А.Е. (2013). «Личные воспоминания Дэвида Римоэна». Принципы и практика медицинской генетики Эмери и Римоина. Эльзевир. стр. i. Дои:10.1016 / b978-0-12-383834-6.11001-8. ISBN  978-0-12-383834-6.
  8. ^ Ауф М., Лиянаге Л. (26 сентября 2012 г.). "Анализ данных экспрессии генов дрожжей высокой размерности с помощью интеллектуального анализа данных". Прикладная механика и материалы. 197: 515–522. Bibcode:2012АММ ... 197..515А. Дои:10.4028 / www.scientific.net / amm.197.515. S2CID  109965976.
  9. ^ Джоши CP (август 1987 г.). «Проверка домена между предполагаемым боксом ТАТА и сайтом начала трансляции в 79 генах растений». Исследования нуклеиновых кислот. 15 (16): 6643–53. Дои:10.1093 / nar / 15.16.6643. ЧВК  306128. PMID  3628002.
  10. ^ Михали Т.К., Кармайкл В.В., Нейлан Б.А. (февраль 2011 г.). «Предполагаемый кластер генов из цветков Lyngbya wollei, который кодирует биосинтез паралитического токсина моллюсков». PLOS ONE. 6 (2): e14657. Bibcode:2011PLoSO ... 614657M. Дои:10.1371 / journal.pone.0014657. ЧВК  3037375. PMID  21347365.
  11. ^ Франк Р.Л., Мане А., Эркал Ф. (сентябрь 2006 г.). «Автоматизированный метод быстрой идентификации предполагаемых членов семейства генов у растений». BMC Bioinformatics. 7 Приложение 2 (2): S19. Дои:10.1186 / 1471-2105-7-S2-S19. ЧВК  1683565. PMID  17118140.
  12. ^ Денисон М., Перлман С. (апрель 1987 г.). «Идентификация предполагаемого продукта гена полимеразы в клетках, инфицированных мышиным коронавирусом A59». Вирусология. 157 (2): 565–8. Дои:10.1016/0042-6822(87)90303-5. ЧВК  7131660. PMID  3029990.

внешняя ссылка