Strand Life Sciences - Strand Life Sciences

Strand Life Sciences Pvt. ООО
Частный
ПромышленностьПрограммного обеспечения
Науки о жизни
Здравоохранение
Основан2000
Штаб-квартираБангалор, Карнатака, Индия
Ключевые люди
Виджай Чандру , ИСПОЛНИТЕЛЬНЫЙ ДИРЕКТОР
Рамеш Харихаран, технический директор
Кас Субраманян, CSO
ТоварыStrandAdvantage
Strand NGS
Гептокс
Авадис
Интернет сайтwww.strandls.com

Strand Life Sciences, ранее Strand Genomics, это Бангалор, Индия -основан in silico технологическая компания. Strand фокусируется на сбор данных, прогнозное моделирование, вычислительная химия, программная инженерия, биоинформатика, а также исследование биологии для разработки программного обеспечения и услуг для исследований в области наук о жизни. Strand также предлагает индивидуальные решения на основе своей интеллектуальной собственности. В августе 2007 года Strand и Agilent Technologies, Inc. заключили соглашение, в котором Strand разрабатывает и поддерживает GeneSpring компании Agilent.[1] программное обеспечение, которое Agilent приобрела в результате приобретения Silicon Genetics в августе 2004 г.[2] В октябре 2010 г. Strand и Agilent возобновили соглашение.[3] для Strand, чтобы расширить сферу применения GeneSpring Agilent во многих областях наук о жизни.

История

Strand Life Sciences была основана в октябре 2000 года профессорами Виджай Чандру, Рамеш Харихаран, Свами Манохар, и В. Винай. Он был зарегистрирован как Strand Genomics, но позже был переименован в Strand Life Sciences, поскольку занимался различными другими аспектами наук о жизни. В августе 2007 года Strand и Agilent Technologies, Inc. заключили соглашение, в котором Strand разрабатывает и поддерживает GeneSpring компании Agilent.[4] программное обеспечение, которое Agilent приобрела в результате приобретения Silicon Genetics в августе 2004 г.[5] В октябре 2010 г. Strand и Agilent продлили соглашение.[6] для Strand, чтобы расширить сферу применения GeneSpring Agilent во многих областях наук о жизни.

Программного обеспечения

Strand NGS (ранее Avadis NGS)

Strand NGS программная платформа для секвенирование следующего поколения анализ данных. Он может импортировать необработанные последовательности чтения с платформ секвенирования, таких как Иллюмина, Ион Торрент, PacBio, ABI, и 454 Науки о жизни и поддерживает фрагментные, односторонние, парные, сопряженные, направленные типы библиотек с одиночным / парным концом. В инструмент можно импортировать необработанные данные в форматах FASTA, FASTQ, SAM, BAM, невыровненных BAM, BED, данных подсчета, VCF, VAL или Eland. Кроме того, выполните выравнивание разделенного чтения для обнаружения длинных InDels и транслокации.

Strand NGS также позволяет пользователям выполнять контроль качества импортируемых данных и фильтровать считывания перед выполнением основного анализа. Версия 2.6 инструмента поддерживает шесть типов экспериментов: ChIP-Seq, РНК-Seq, малая РНК, Метил-Seq, MeDIP-Seq и ДНК-Seq. Ген, стенограмма, SNP, гомология, генная онтология (GO), а другие аннотации, необходимые для анализа, можно загрузить непосредственно из Strand NGS. интернет сайт.

В Рабочий процесс анализа ChIP-Seq позволяет пользователям идентифицировать обогащенные области, используя три различных алгоритма поиска пиков - простой подход на основе скользящего окна, MACS и PICS. В зависимости от план эксперимента, эти регионы могут быть фактор транскрипции участок связывания, метилирование сайты и т. д. Мотивы, присутствующие в идентифицированных сайтах связывания, могут быть обнаружены с использованием параллельной реализации алгоритма GADEM. Списки объектов, содержащие гены по соседству с областями связывания, могут быть созданы и использованы ниже по течению. генная онтология Анализ обогащения генетического набора (GSEA) анализ пути.
В Рабочий процесс эксперимента RNA-Seq позволяет пользователям измерять уровни экспрессии известных генов и транскриптов. Это также позволяет открывать новые экзоны, гены и соединения сплайсинга. В Браузер генома в Strand NGS позволяет пользователям проверять прогнозы, позволяя просматривать результаты в контексте аннотаций из нескольких источников, таких как NCBI, то Браузер генома UCSC, и Ансамбль. Статистические тесты, специально разработанные для обработки данных на основе подсчета, могут использоваться для дифференциальной экспрессии генов и анализа альтернативного сплайсинга. Специальная визуализация «Gene View» представляет консолидированную информацию о гене и помогает в проверке прогнозов.
В Рабочий процесс эксперимента DNA-Seq есть ссылки для SNP и структурная вариация алгоритмы обнаружения. Шаг предсказания SNP находит гомозиготный и гетерозиготный SNP и идентифицирует совпадения с предоставленными аннотациями dbSNP. Далее анализируются SNP, попадающие в генные области, и описывается их влияние на транскрипты (аналогично веб-сервису Ensembl SNP Effect Prediction). В структурная вариация алгоритмы анализа идентифицируют гомозиготных и гетерозиготных InDels, инверсии и перемещение События. Кроме того, Копировать варианты чисел могут быть обнаружены с помощью пар опухоль-нормальная.

Инструменты визуализации, а именно Браузер генома, представление генов и представление поддержки вариантов, являются ключевым аспектом программного обеспечения. Другие визуализации, доступные с помощью инструмента: диаграмма рассеяния, Участок MvA, участок профиля, гистограмма, Тепловая карта, Коробка и участок усов, и Диаграмма Венна. С помощью визуализации пользователи могут наглядно увидеть статистические тенденции в данных.

Браузер генома в Strand NGS - это интерфейс для визуализации данных, результатов и аннотаций, связанных с геномом, в одном месте. Данные аннотации, такие как цитобанды, гены, транскрипты и т. д., а также результаты анализов, такие как области пиков, SNP, слияния генов и т. д., могут быть наложены друг на друга. Пользователи могут перетаскивать данные в браузер, а также выполнять поисковые операции. Для навигации в браузере Genome пользователи могут прокручивать, панорамировать и масштабировать. Пользователи также могут раскрашивать, фильтровать и маркировать интересующие точки данных.
Джин Вью используется для визуализации отдельных генов и их транскриптов. Пользователи могут видеть покрытие чтения для известных, а также новых разделов экзонов.

Strand NGS также обеспечивает доступ к базам данных специфических для организма взаимодействий, содержащим отношения между белками, небольшими молекулами, ферментами, комплексами, биологическими процессами, молекулярными функциями и семействами генов. Два миллиона взаимодействий, представленных в этих базах данных, также могут быть увеличены путем импорта путей в формате GPML (WikiPathways ), Формат XML (BioCyc ), BioPAX формат из Reactome, карты раковых клеток и т. д. Списки генов, сгенерированные на этапах анализа, могут использоваться в качестве отправной точки для многих операций анализа путей.

GeneSpring

GeneSpring GX (начиная с версии 9.0.0), GeneSpring Workgroup (начиная с версии 7.0.0) и Mass Profiler Pro разработаны отделом исследований и разработок Strand в Бангалоре.

Авадис

Avadis - это комплексная платформа для интеллектуального анализа и визуализации данных. Он сочетает в себе возможности масштабируемых алгоритмов и динамической интерактивной визуализации. Платформа была адаптирована для различных научных областей, таких как экспрессия гена, секвенирование следующего поколения, доклинические исследования, химия и здравоохранение.

Архитектор

Sarchitect - это платформа для моделирования и прогнозирования свойств молекул, связанных с лекарствами. in silico.

ArrayAssist

ArrayAssist был разработан для Stratagene, Inc. на основе платформы Avadis. Производство было остановлено после того, как Stratagene была приобретена Agilent Technologies, Inc. в 2007.

Похвалы

  • Strand - это Красная сельдь "Asia 100 Private Company" на 2005 год.[7] и 2010.[8]
  • Делойт Fast 50 India и Fast 500 Asia в 2009 и 2010 годах.
  • Strand Life Sciences названа «Новатором в области информационных технологий NASSCOM 2006» НАСКОМ.[9] Это одна из семи индийских компаний, признанных NASSCOM новаторами ИТ в 2007 году.
  • Strand Life Sciences названа "Пионером технологий 2007" Всемирный Экономический Форум.[10]
  • Strand получил Фрост и Салливан «Премия за выдающиеся достижения в области технологий 2005 года»[11] для своей технологической платформы Avadis.
  • 2003 Strand был номинирован как пионер технологий Всемирный Экономический Форум на 2002 год.
  • Журнал Genome Technology включил Strand в пятерку самых важных компаний в категории «Компания года 2002».

Рекомендации

  1. ^ http://www.agilent.com/about/newsroom/presrel/2007/20aug-ca07049.html
  2. ^ http://www.biodevicesbiz.com/newsArticle.asp?nId=84896&cId=275
  3. ^ http://www.agilent.com/about/newsroom/presrel/2010/04oct-ca10065.html
  4. ^ «Agilent - Agilent Technologies и Strand Life Sciences объявляют о соглашении о разработке GeneSpring». agilent.com. 5 января 2017 г.. Получено 22 февраля 2017.
  5. ^ «Agilent Technologies приобретает Silicon Genetics, ведущего поставщика информатики в области наук о жизни». biodevicesbiz.com. Получено 22 февраля 2017.
  6. ^ «Agilent - Agilent Technologies и Strand объединяются для разработки интегрированных программных систем для биологии». agilent.com. 4 октября 2010 г.. Получено 22 февраля 2017.
  7. ^ "Indecomm Global Services - партнерство @ работа" (PDF). indecommglobal.com. Получено 22 февраля 2017.
  8. ^ "www.herring100.com". herring100.com. Получено 22 февраля 2017.
  9. ^ http://www.nasscom.in/Nasscom/templates/NormalPage.aspx?id=50719
  10. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал 23 октября 2008 г.. Получено 23 декабря 2008.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  11. ^ «Strand Genomics уходит с наградой Frost & Sullivan за выдающиеся достижения в области технологий за свою платформу avadis». frost.com. Получено 22 февраля 2017.

внешняя ссылка