Методы исследования белок-белковых взаимодействий - Methods to investigate protein–protein interactions

Есть много методы исследования белок-белковые взаимодействия которые являются физическими контактами высокой специфичности, установленными между двумя или более белковыми молекулами с участием электростатические силы и гидрофобные эффекты. У каждого из подходов есть свои сильные и слабые стороны, особенно в отношении чувствительность и специфичность метода.[1] Высокая чувствительность означает, что многие происходящие взаимодействия обнаруживаются экраном. Высокая специфичность указывает на то, что большинство взаимодействий, обнаруживаемых экраном, происходят в действительности.

Биохимические методы

Коиммунопреципитация Считается[нужна цитата ] быть золотым стандартом анализа белок-белковых взаимодействий, особенно когда он проводится с эндогенными (не сверхэкспрессируемыми и не отмечен ) белки. Представляющий интерес белок выделяют со специфическим антитело. Партнеры по взаимодействию, которые придерживаются этого белка, впоследствии идентифицируются Вестерн-блоттинг.[2] Взаимодействия, обнаруженные таким подходом, считаются реальными. Однако этот метод может проверять взаимодействия только между предполагаемыми партнерами по взаимодействию. Таким образом, это не метод проверки. Следует также обратить внимание на то, что эксперименты по иммунопреципитации выявляют прямые и косвенные взаимодействия. Таким образом, положительные результаты могут указывать на то, что два белка взаимодействуют напрямую или могут взаимодействовать через одну или несколько мостиковых молекул. Это могут быть мостиковые белки, нуклеиновые кислоты (ДНК или РНК) или другие молекулы.

Комплементация бимолекулярной флуоресценции (BiFC) - это новый метод наблюдения за взаимодействием белков. В сочетании с другими новыми методами этот метод можно использовать для скрининга белок-белковых взаимодействий и их модуляторов.[3] DERB.[4]

Аффинный электрофорез как используется для оценки константы привязки, как, например, в лектин аффинный электрофорез или характеристика молекул с такими специфическими характеристиками, как гликан содержание или лиганд привязка.

Анализы Pull-down - распространенный вариант иммунопреципитация и иммуноэлектрофорез и используются идентично, хотя этот подход больше подходит для начального скрининга взаимодействующих белков.

Перенос этикеток может использоваться для скрининга или подтверждения взаимодействия белков и может предоставлять информацию об интерфейсе, на котором происходит взаимодействие. Перенос метки также может обнаруживать слабые или временные взаимодействия, которые трудно зафиксировать с помощью других in vitro стратегии обнаружения. В реакции переноса метки известный белок маркируется обнаруживаемой меткой. Затем метка передается на взаимодействующий белок, который затем можно идентифицировать по присутствию метки.

Фаговый дисплей используется для высокопроизводительного скрининга белковых взаимодействий.

In-vivo сшивание белковых комплексов с использованием фотореактивные аналоги аминокислот был представлен в 2005 году исследователями из Института Макса Планка.[5] В этом методе клетки выращивают с фотореактивный диазирин аналоги лейцин и метионин, которые входят в состав белков. Под воздействием ультрафиолета диазирины активируются и связываются с взаимодействующими белками, которые находятся в пределах нескольких ангстремы фотореактивного аналога аминокислоты.[6]

Тандемная аффинная очистка (TAP) метод позволяет идентифицировать белковые взаимодействия с высокой пропускной способностью. В отличие от дрожжевого двугибридного подхода, точность метода можно сравнить с результатами мелкомасштабных экспериментов.[7] и взаимодействия обнаруживаются в правильной клеточной среде, как коиммунопреципитация. Однако метод TAP tag требует двух последовательных стадий очистки белка и, следовательно, не может легко обнаружить временные межбелковые взаимодействия. Недавние полногеномные эксперименты с ТАП были выполнены Кроганом. и другие. и Гэвин и другие. предоставление обновленных данных о взаимодействии белков для дрожжевого организма.[8][9]

Химическое сшивание часто используется для «фиксации» взаимодействия белков на месте перед попыткой выделить / идентифицировать взаимодействующие белки. Общие сшивающие агенты для этого приложения включают нерасщепляемые NHS -эфирный сшивающий агент, бисульфосукцинимидил суберат (BS3); расщепляемая версия BS3, дитиобис (сульфосукцинимидил пропионат) (ДЦСП); и имидоэфир сшивающий агент диметилдитиобиспропионимидат (DTBP), который используется для исправления взаимодействий в ЧИП анализы.

Химическое сшивание сопровождаемый большой массой МАЛДИ масс-спектрометрии может быть использован для анализа взаимодействия интактных белков на месте, прежде чем пытаться выделить / идентифицировать взаимодействующие белки. Этот метод обнаруживает взаимодействия между немечеными белками и доступен в CovalX.

ПОЗВОНОЧНИК (Эксперимент взаимодействия стреппротеинов)[10] использует комбинацию обратимого сшивания формальдегидом и включение аффинного тега для обнаружения партнеров по взаимодействию in vivo.

Количественная иммунопреципитация в сочетании с нокдауном (QUICK) основан на коиммунопреципитации, количественном масс-спектрометрии (СИЛАК ) и РНК-интерференция (РНКи). Этот метод выявляет взаимодействия между эндогенными немечеными белками.[11] Таким образом, он имеет такую ​​же высокую достоверность, что и коиммунопреципитация. Однако этот метод также зависит от наличия подходящих антител.

Анализ близости лигирования (PLA) in situ - это иммуногистохимический метод, использующий так называемые зонды PLA для обнаружения белков, взаимодействий и модификаций белков. К каждому зонду PLA прикреплена уникальная короткая цепь ДНК, которая связывается либо с видоспецифичными первичными антителами, либо состоит из первичных антител, непосредственно меченных ДНК.[12][13] Когда зонды PLA находятся в непосредственной близости, нити ДНК могут взаимодействовать посредством последующего добавления двух других кольцевидных олигонуклеотидов ДНК. После объединения двух добавленных олигонуклеотидов путем ферментативного лигирования их амплифицируют путем амплификации по типу катящегося круга с использованием полимеразы. После реакции амплификации происходит многократная репликация круга ДНК, и флуофор или меченные ферментом комплементарные олигонуклеотидные зонды выделяют продукт. Результирующая высокая концентрация флуоресцентного или кромогенного сигнала в каждом продукте амплификации с одной молекулой легко видна в виде отдельного яркого пятна при просмотре либо в флуоресцентный микроскоп, либо в стандартный светлопольный микроскоп.

Биофизические и теоретические методы

Поверхностный плазмонный резонанс (SPR) - наиболее распространенный безметочный метод измерения биомолекулярных взаимодействий.[нужна цитата ] Приборы SPR измеряют изменение показателя преломления света, отраженного от металлической поверхности («биосенсор»). Связывание биомолекул с другой стороной этой поверхности приводит к изменению показателя преломления, которое пропорционально массе, добавленной к поверхности сенсора. В типичном применении один связывающий партнер («лиганд», часто белок) иммобилизуется на биосенсоре, и раствор с потенциальными связывающими партнерами («аналит») направляется по этой поверхности. Накопление аналита с течением времени позволяет количественно оценить скорость (kon), скорость отклонения (koff), константы диссоциации (Kd) и, в некоторых случаях, активные концентрации аналита.[14] Несколько разных производителей предлагают устройства на основе SPR. Наиболее известны Biacore инструменты, которые были первыми коммерчески доступными.

Двойная поляризационная интерферометрия (DPI) можно использовать для измерения белок-белковых взаимодействий. DPI обеспечивает измерение размера, плотности и массы молекул в реальном времени с высоким разрешением. Хотя в маркировке нет необходимости, один из видов белка должен быть иммобилизован на поверхности волновода. Помимо кинетики и сродства, конформационные изменения во время взаимодействия также может быть определено количественно.

Статическое рассеяние света (SLS) измеряет изменения в Рэлеевское рассеяние белковых комплексов в растворе и может характеризовать как слабые, так и сильные взаимодействия без мечения или иммобилизации белков или других биомакромолекул. Измерение градиента состава, многоуглового статического светорассеяния (CG-MALS) смешивает серии аликвот различных концентраций или составов, измеряет эффект изменений светорассеяния в результате взаимодействия и соответствует коррелированному светорассеянию. меняется с концентрацией на серию ассоциативных моделей, чтобы найти наиболее подходящий дескриптор. Слабые, неспецифические взаимодействия обычно характеризуются вторым вириальный коэффициент. Для специфического связывания этот тип анализа может определять стехиометрию и константу (константы) равновесной ассоциации одного или нескольких связанных комплексов,[15] включая сложные системы, такие как те, которые демонстрируют одновременную гомо- и гетеро-ассоциацию, многовалентные взаимодействия и кооперативность.

Динамическое рассеяние света (DLS), также известное как квазиупругое рассеяние света (QELS) или фотонная корреляционная спектроскопия, обрабатывает зависящие от времени флуктуации интенсивности рассеянного света, чтобы определить гидродинамический радиус частиц в растворе. Гидродинамический радиус - это радиус твердой сферы с таким же коэффициентом трансляционной диффузии, что и измеренный для частицы образца. По мере связывания белков средний гидродинамический радиус раствора увеличивается. Применение метода непрерывного изменения, также известного как Сюжет работы, с гидродинамическим радиусом решения в качестве наблюдаемой, позволяет in vitro определение Kd, комплексная стехиометрия, комплексный гидродинамический радиус и ΔЧАС° и ΔS° белок-белковых взаимодействий.[16] Этот метод не влечет за собой иммобилизацию или маркировку. Можно охарактеризовать временные и слабые взаимодействия. По сравнению со статическим светорассеянием, которое основано на абсолютной интенсивности рассеянного света, DLS нечувствительна к фоновому свету от стен ограждающих конструкций. Эта нечувствительность позволяет проводить измерения DLS из объемов 1 мкл в 1536-луночных планшетах и ​​снижает требования к образцам до фемтомолей. Этот метод также подходит для скрининга компонентов буфера и / или низкомолекулярных ингибиторов / эффекторов.

Анализ дисперсии, вызванной потоком (FIDA), это новая капиллярная технология без иммобилизации, используемая для характеристики и количественной оценки биомолекулярного взаимодействия и белок концентрация в нативных условиях.[17] Метод основан на измерении изменения видимого размера (гидродинамического радиуса) выборочного лиганд при взаимодействии с интересующим аналитом. Анализ FIDA работает в сложных растворах (например, в плазме [18]) и предоставляет информацию о концентрации аналита, константах сродства, размере молекул и кинетике связывания. Одиночный анализ обычно занимает несколько минут и требует всего несколько мкл образца.[17]

Поляризация / анизотропия флуоресценции может использоваться для измерения взаимодействий белок-белок или белок-лиганд. Обычно один связывающий партнер метят флуоресцентным зондом (хотя иногда может использоваться собственная флуоресценция белка триптофана), и образец возбуждают поляризованным светом. Увеличение поляризации флуоресценции при связывании меченого белка с его партнером по связыванию можно использовать для расчета аффинности связывания.

С флуоресцентная корреляционная спектроскопия, один белок помечен флуоресцентным красителем, а другой не помечен. Затем два белка смешиваются, и данные выводят долю меченого белка, которая не связана и связана с другим белком, что позволяет вам получить меру KD и сродство связывания. Вы также можете измерить время, чтобы охарактеризовать кинетику связывания. FCS также сообщает вам размер образовавшихся комплексов, чтобы вы могли измерить стехиометрию связывания. Более мощные методы - флуоресцентная кросс-корреляционная спектроскопия (FCCS), в котором используются методы двойной маркировки и взаимная корреляция, что приводит к значительному улучшению отношения сигнал / шум по сравнению с FCS. Кроме того, двухфотонное и трехфотонное возбуждение практически исключает эффекты фотообесцвечивания и обеспечивает сверхбыструю запись данных FCCS или FCS.

Флуоресцентный резонансный перенос энергии (FRET) - это распространенный метод наблюдения за взаимодействием различных белков.[19] [20][21][22]Применяемый in vivo, FRET использовался для определения местоположения и взаимодействия генов и клеточных структур, включая интегрины и мембранные белки.[23] FRET можно использовать для получения информации о метаболических или сигнальных путях.[24] [25][26]

Биослойная интерферометрия (BLI) - это технология без этикеток для измерения биомолекулярных взаимодействий.[27][28] (белок: белок или белок: малая молекула). Это оптический аналитический метод, который анализирует интерференционную картину белого света, отраженного от двух поверхностей: слоя иммобилизованного белка на наконечнике биосенсора и внутреннего эталонного слоя. Любое изменение количества молекул, связанных с наконечником биосенсора, вызывает сдвиг в интерференционной картине, которую можно измерить в реальном времени, предоставляя подробную информацию о кинетике ассоциации и диссоциации двух молекул молекул, а также о константе сродства для белковое взаимодействие (kа, kd и Kd). Благодаря конфигурации сенсора, этот метод хорошо подходит как для очищенных, так и для сырых проб, а также для высокопроизводительных скрининговых экспериментов. Метод обнаружения также можно использовать для определения молярной концентрации аналитов.

Определение активности белка по ЯМР измерения многоядерной релаксации, или 2D-FT ЯМР-спектроскопия в растворах, в сочетании с нелинейным регрессионным анализом наборов данных ЯМР-релаксации или 2D-FT-спектроскопии. В то время как концепция активность воды широко известен и используется в прикладных биологических науках, его дополнение - активность белка который количественно определяет белок-белковые взаимодействия - гораздо менее известен биологам, поскольку его труднее определить в разбавленных растворах белков; Активность белка также намного труднее определить для концентрированных белковых растворов, когда агрегация белка, а не просто временная ассоциация белков, часто является доминирующим процессом.[29]

Изотермическая калориметрия титрования (ITC), считается наиболее доступным количественным методом для измерения термодинамических свойств белок-белковых взаимодействий и становится необходимым инструментом для структурных исследований белок-белковых комплексов. Этот метод основан на точном измерении изменений тепла, которые следуют за взаимодействием белковых молекул в растворе, без необходимости маркировать или иммобилизовать связывающих партнеров, поскольку поглощение или выработка тепла является внутренним свойством практически всех биохимических реакций. ITC предоставляет информацию о стехиометрии, энтальпии, энтропии и кинетике связывания между двумя взаимодействующими белками.[30]

Микромасштабный термофорез (MST), это новый метод, который позволяет количественный анализ молекулярных взаимодействий в растворе в микролитровом масштабе. Метод основан на термофорезе молекул, который дает информацию о размере молекулы, заряде и гидратной оболочке. Поскольку связывание обычно влияет по крайней мере на один из этих параметров, метод можно использовать для анализа каждого вида биомолекулярного взаимодействия или модификации. Метод одинаково хорошо работает со стандартными буферами и биологическими жидкостями, такими как кровь или клеточный лизат. Это бесплатный метод решения, который не требует иммобилизации связывающих партнеров. MST предоставляет информацию относительно аффинности связывания, стехиометрии, конкуренции и энтальпии двух или более взаимодействующих белков.[31][32]

Анализ связывания лиганда на основе вращающихся клеток с использованием радиоактивности или флуоресценции - это недавний метод измерения молекулярных взаимодействий в живых клетках в режиме реального времени. Этот метод позволяет охарактеризовать механизм связывания, а также Kd, kна и kвыключенный. Этот принцип применяется в нескольких исследованиях, в основном с белковыми лигандами и живыми клетками млекопитающих.[33][34][35][36]

Одноцветная рефлектометрия (SCORE) - это технология без этикеток для измерения всех видов биомолекулярных взаимодействий в режиме реального времени. Подобно BLI, он использует эффекты интерференции на тонких слоях. Однако для этого не требуется спектральное разрешение, а скорее используется монохроматический свет. Таким образом, можно анализировать не только одиночные взаимодействия, но и массивы с высокой плотностью до 10000 взаимодействий на см.2.[37]

Генетические методы

В дрожжевой двугибридный и бактериальный двухгибридный скрининг[38] исследовать взаимодействие между искусственными белками слияния. Они не требуют выделения белков, а используют трансформация экспрессировать белки в бактерии или же дрожжи. Ячейки устроены таким образом, что взаимодействие активирует транскрипция из репортерный ген или репортер фермент.[39]

Вычислительные методы

Большинство методов PPI требуют некоторого анализа вычислительных данных. Методы, описанные в этом разделе, в основном являются вычислительными, хотя для них обычно требуются данные, полученные с помощью лабораторных экспериментов.

Белок-белковая стыковка, предсказание белок-белковых взаимодействий, основанное только на трехмерных структурах белка на основе дифракции рентгеновских лучей кристаллов белка, может быть неудовлетворительным.[40][41]

Сетевой анализ включает анализ сетей взаимодействия с использованием методов теория графов или статистические методы. Цель этих исследований - понять природу взаимодействий в контексте клетки или путь, а не только индивидуальные взаимодействия.[42]

Рекомендации

  1. ^ Титека, Кевин; Лемменс, Ирма; Тавернье, Ян; Эйкерман, Свен (29.06.2018). «Обнаружение клеточных белок-белковых взаимодействий: технологические стратегии и возможности». Обзоры масс-спектрометрии. 38 (1): 79–111. Дои:10.1002 / mas.21574. ISSN  0277-7037. PMID  29957823.
  2. ^ Големис Э (2002). Белковые взаимодействия: руководство по молекулярному клонированию. Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор.[страница нужна ]
  3. ^ Ху CD, Чиненов Ю., Керппола Т.К. (апрель 2002 г.). «Визуализация взаимодействий между белками семейства bZIP и Rel в живых клетках с использованием бимолекулярной флуоресцентной комплементации». Молекулярная клетка. 9 (4): 789–98. Дои:10.1016 / S1097-2765 (02) 00496-3. PMID  11983170.
  4. ^ Лу Дж. П., Битти Л. К., Пинтус Дж. Х. (2008). «Система одного вектора на основе рекомбиназы двойной экспрессии (DERB) для высокопроизводительного скрининга и проверки взаимодействия белков в живых клетках». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2008.1550.2. HDL:10101 / npre.2008.1550.2.
  5. ^ Сучанек М., Радзиковска А., Тиле С. (апрель 2005 г.). «Фото-лейцин и фото-метионин позволяют идентифицировать белок-белковые взаимодействия в живых клетках». Методы природы. 2 (4): 261–7. Дои:10.1038 / nmeth752. PMID  15782218.
  6. ^ Мурале Д.П., Хонг СК, Хак М.М., Ли Дж.С. (24.06.2017). «Мечение фотоаффинности (PAL) в химической протеомике: удобный инструмент для исследования белок-белковых взаимодействий (PPI)». Протеомная наука. 15: 14. Дои:10.1186 / s12953-017-0123-3. ЧВК  5483283. PMID  28652856.
  7. ^ Collins SR, Kemmeren P, Zhao XC, Greenblatt JF, Spencer F, Holstege FC, Weissman JS, Krogan NJ (март 2007 г.). «К всеобъемлющему атласу физического взаимодействия Saccharomyces cerevisiae» (PDF). Молекулярная и клеточная протеомика. 6 (3): 439–50. Дои:10.1074 / mcp.M600381-MCP200. PMID  17200106. S2CID  11177122.
  8. ^ Кроган Нью-Джерси, Кэгни Дж., Ю Х, Чжун Дж., Гуо Х, Игнатченко А., Ли Дж., Пу С, Датта Н., Тикуисис А. П., Пунна Т., Перегрин-Альварес Дж. М., Шалес М, Чжан Х, Дэйви М., Робинсон М. Пакканаро А., Брей Дж. Э., Шунг А., Битти Б., Ричардс Д. П., Канадиен В., Лалев А., Мена Ф., Вонг П., Старостин А., Канете М. М., Власблом Дж., Ву С., Орси С., Коллинз С. Р., Чандран С., Хав Р. , Rilstone JJ, Gandi K, Thompson NJ, Musso G, St Onge P, Ghanny S, Lam MH, Butland G, Altaf-Ul AM, Kanaya S, Shilatifard A, O'Shea E, Weissman JS, Ingles CJ, Hughes TR , Паркинсон Дж., Герштейн М., Водак С.Дж., Эмили А., Гринблатт Дж. Ф. (март 2006 г.). «Глобальный ландшафт белковых комплексов дрожжей Saccharomyces cerevisiae». Природа. 440 (7084): 637–43. Bibcode:2006Натура.440..637K. Дои:10.1038 / природа04670. PMID  16554755. S2CID  72422.
  9. ^ Gavin AC, Aloy P, Grandi P, Krause R, Boesche M, Marzioch M, Rau C, Jensen LJ, Bastuck S, Dümpelfeld B, Edelmann A, Heurtier MA, Hoffman V, Hoefert C, Klein K, Hudak M, Michon AM , Schelder M, Schirle M, Remor M, Rudi T, Hooper S, Bauer A, Bouwmeester T, Casari G, Drewes G, Neubauer G, Rick JM, Kuster B, Bork P, Russell RB, Superti-Furga G (март 2006 г.) ). «Протеомный обзор показывает модульность механизма дрожжевых клеток». Природа. 440 (7084): 631–6. Bibcode:2006Натура 440..631Г. Дои:10.1038 / природа04532. PMID  16429126. S2CID  4335436.
  10. ^ Герцберг К., Вейдингер Л.А., Дёррбекер Б., Хюбнер С., Штюльке Дж., Commichau FM (ноябрь 2007 г.). «ПОЗВОНОЧНИК: метод быстрого обнаружения и анализа белок-белковых взаимодействий in vivo». Протеомика. 7 (22): 4032–5. Дои:10.1002 / pmic.200700491. PMID  17994626. S2CID  35517635.
  11. ^ Зельбах М., Манн М. (декабрь 2006 г.). «Скрининг белковых взаимодействий путем количественной иммунопреципитации в сочетании с нокдауном (QUICK)». Методы природы. 3 (12): 981–3. Дои:10.1038 / nmeth972. PMID  17072306. S2CID  21675041.
  12. ^ Седерберг О., Гуллберг М., Ярвиус М., Риддерстроле К., Леуховиус К. Дж., Ярвиус Дж., Вестер К., Хайдбринг П., Бахрам Ф., Ларссон Л. Г., Ландегрен Ю. (декабрь 2006 г.). «Прямое наблюдение индивидуальных эндогенных белковых комплексов in situ путем лигирования близости». Методы природы. 3 (12): 995–1000. Дои:10.1038 / nmeth947. PMID  17072308. S2CID  21819907.
  13. ^ Ярвиус М., Паульссон Дж., Вайбрехт И., Лейховиус К.Дж., Андерссон А.С., Вэлби С., Гуллберг М., Ботлинг Дж., Сьоблом Т., Маркова Б., Остман А., Ландегрен Ю., Седерберг О. (сентябрь 2007 г.). «Обнаружение in situ рецептора бета-фактора фосфорилированного тромбоцитов с использованием метода обобщенного лигирования близости». Молекулярная и клеточная протеомика. 6 (9): 1500–9. Дои:10.1074 / mcp.M700166-MCP200. PMID  17565975.
  14. ^ Плата CJ, Fredericks-Short F, Billikanti JM, Damodaran VB (22–26 июня 2008 г.). Измерение электростатических взаимодействий ПЭГилированных белков с использованием новой методики многоканального поверхностного плазмонного резонанса. Восстановление биологических продуктов XIII. Квебек-Сити, Квебек. Архивировано из оригинал на 2010-11-04.
  15. ^ Аттри А.К., Минтон А.П. (ноябрь 2005 г.). «Композиционное градиентное статическое рассеяние света: новый метод для быстрого обнаружения и количественной характеристики обратимых макромолекулярных гетероассоциаций в растворе». Аналитическая биохимия. 346 (1): 132–8. Дои:10.1016 / j.ab.2005.08.013. PMID  16188220.
  16. ^ Хэнлон А.Д., Ларкин М.И., Реддик Р.М. (январь 2010 г.). «Взаимодействия белок-белок в свободном растворе и без меток, характеризующиеся динамическим светорассеянием». Биофизический журнал. 98 (2): 297–304. Bibcode:2010BpJ .... 98..297H. Дои:10.1016 / j.bpj.2009.09.061. ЧВК  2808485. PMID  20338851.
  17. ^ а б Поульсен Н. Н., Андерсен Н. З., Остергаард Дж., Чжуанг Г., Петерсен Н. Дж., Дженсен Х. (июль 2015 г.). «Анализ дисперсии, индуцированной потоком, быстро определяет количество белков в образцах плазмы человека». Аналитик. 140 (13): 4365–9. Bibcode:2015Ана ... 140.4365P. Дои:10.1039 / c5an00697j. PMID  26031223.
  18. ^ Поульсен Н.Н., Педерсен М.Э., Остергаард Дж., Петерсен Н.Дж., Нильсен Коннектикут, Хигаард Н.Х., Йенсен Х. (сентябрь 2016 г.). «Поток-индуцированный дисперсионный анализ для исследования гетерогенности связывания антител против дцДНК у пациентов с системной красной волчанкой: к новому подходу к диагностике и стратификации пациентов». Аналитическая химия. 88 (18): 9056–61. Дои:10.1021 / acs.analchem.6b01741. PMID  27571264.
  19. ^ Поллок, Б; Хайм, Р. (1999). «Использование GFP в приложениях на основе FRET». Тенденции в клеточной биологии. 9 (2): 57–60. Дои:10.1016 / S0962-8924 (98) 01434-2. PMID  10087619.
  20. ^ Мартин, Сара Ф. и др. «Количественный анализ мультибелковых взаимодействий с использованием FRET: приложение к пути SUMO». Protein Science 17.4 (2008): 777-784.
  21. ^ Ши Y, Стоутен П.Ф., Пиллаламарри Н., Бариль Л., Розаль Р.В., Тейхберг С., Бу Зи, Каллавей Д.Д. (9 ноября 2005 г.). «Количественное определение топологических предрасположенностей амилоидогенных пептидов». Биофиз. Chem. 120 (1): 55–61. Дои:10.1016 / j.bpc.2005.09.015. PMID  16288953.
  22. ^ Мацумото С., Хаммес Г.Г. (28 января 1975 г.). «Перенос энергии флуоресценции между сайтами связывания лиганда на аспартат-транскарбамилазе». Биохимия. 14 (2): 214–224. Дои:10.1021 / bi00673a004. PMID  1091284.
  23. ^ Sekar, R. B .; Periasamy, А (2003). «Флуоресцентная микроскопия с резонансным переносом энергии (FRET), визуализация локализации белков живых клеток». Журнал клеточной биологии. 160 (5): 629–33. Дои:10.1083 / jcb.200210140. ЧВК  2173363. PMID  12615908.
  24. ^ Ни, Цян; Чжан, Цзинь (2010). «Динамическая визуализация сотовой сигнализации». Ин Эндо, Исао; Нагамуне, Теруюки (ред.). Нано / Микробиотехнологии. Достижения в области биохимической инженерии / биотехнологии, том 119. 119. Springer. С. 79–97. Bibcode:2010nmb..book ... 79N. Дои:10.1007/10_2008_48. ISBN  978-3-642-14946-7. PMID  19499207.
  25. ^ Гаделла TW (2008). Техники FRET и FLIM. Эльзевир. ISBN  978-0-08-054958-3.[страница нужна ]
  26. ^ Лакович, Джозеф Р. (1999). Принципы флуоресцентной спектроскопии (2-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Kluwer Acad./Plenum Publ. С. 374–443. ISBN  978-0-306-46093-7.
  27. ^ Фанг Y (2007). "Оптические биосенсоры без этикеток в открытии лекарств" (PDF). Тенденции в био / фармацевтической промышленности. 3: 34–8.
  28. ^ Рич Р.Л., Мышка Д.Г. (февраль 2007 г.). «Высокопроизводительный анализ молекулярных взаимодействий в реальном времени без меток». Аналитическая биохимия. 361 (1): 1–6. Дои:10.1016 / j.ab.2006.10.040. PMID  17145039.
  29. ^ Baianu IC, Pressen H, Kumosinski TF (1993). «Принципы ЯМР и их применение для определения структуры, активности и гидратации белков». Расширенные методы, структуры и приложения. Физическая химия пищевых процессов, Том II. Нью-Йорк: Ван Ностранд-Рейнхольд. С. 338–420. ISBN  978-0-442-00582-5.
  30. ^ Беллуччи М (2010). Белковые взаимодействия: набор инструментов для определения функциональных сетей. VDM Verlag Dr. Müller. ISBN  978-3-639-31160-0.[страница нужна ]
  31. ^ Винкен CJ, Baaske P, Rothbauer U, Braun D, ​​Duhr S (октябрь 2010 г.). «Анализы связывания белков в биологических жидкостях с использованием термофореза на микроуровне». Nature Communications. 1 (7): 100. Bibcode:2010 НатКо ... 1..100 Вт. Дои:10.1038 / ncomms1093. ЧВК  3186516. PMID  20981028.
  32. ^ Baaske P, Wienken CJ, Reineck P, Duhr S, Braun D (март 2010 г.). «Оптический термофорез для количественной оценки буферной зависимости связывания аптамера». Angewandte Chemie. 49 (12): 2238–41. Дои:10.1002 / anie.200903998. PMID  20186894. S2CID  42489892.
  33. ^ Renaud JP, Chung CW, Danielson UH, Egner U, Hennig M, Hubbard RE, Nar H (октябрь 2016 г.). «Биофизика в открытии лекарств: влияние, проблемы и возможности» (PDF). Обзоры природы. Открытие наркотиков. 15 (10): 679–98. Дои:10.1038 / nrd.2016.123. PMID  27516170. S2CID  34486618.
  34. ^ Андерссон, Карл; Бьоркелунд, Ханна; Мальмквист, Магнус (10.11.2010). Карл Андерссон. «Взаимодействия антитело-антиген: какое время требуется для достижения равновесия?». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2010.5218.1.
  35. ^ Бьорке Х, Андерссон К. (август 2006 г.). «Автоматизированные исследования удержания и поглощения клеток in vitro с высоким разрешением». Прикладное излучение и изотопы. 64 (8): 901–5. Дои:10.1016 / j.apradiso.2006.03.002. PMID  16618544.
  36. ^ Бьорке Х, Андерссон К. (январь 2006 г.). «Измерение сродства радиолиганда к его рецептору с использованием вращающейся чашки для клеток с эталонной областью in situ». Прикладное излучение и изотопы. 64 (1): 32–7. Дои:10.1016 / j.apradiso.2005.06.007. PMID  16055339.
  37. ^ «Архивная копия» (PDF). Архивировано из оригинал (PDF) на 2017-10-20. Получено 2017-12-04.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  38. ^ Баттести А., Бувере Э. (декабрь 2012 г.). «Бактериальная двугибридная система, основанная на восстановлении аденилатциклазы в Escherichia coli». Методы. 58 (4): 325–34. Дои:10.1016 / j.ymeth.2012.07.018. PMID  22841567.
  39. ^ Мехла Дж., Кауфилд Дж. Х., Уетц П. (май 2015 г.). «Дрожжевая двугибридная система: инструмент для картирования белок-белковых взаимодействий». Протоколы Колд-Спринг-Харбор. 2015 (5): 425–30. Дои:10.1101 / pdb.top083345. PMID  25934943.
  40. ^ Бонвин А.М. (апрель 2006 г.). «Гибкий белок-белковый докинг». Текущее мнение в структурной биологии. 16 (2): 194–200. Дои:10.1016 / j.sbi.2006.02.002. HDL:1874/20093. PMID  16488145.
  41. ^ Грей JJ (апрель 2006 г.). «Белковая стыковка высокого разрешения». Текущее мнение в структурной биологии. 16 (2): 183–93. Дои:10.1016 / j.sbi.2006.03.003. PMID  16546374.
  42. ^ Барабаши А.Л., Олтвай З.Н. (февраль 2004 г.). «Сетевая биология: понимание функциональной организации клетки». Обзоры природы. Генетика. 5 (2): 101–13. Дои:10.1038 / nrg1272. PMID  14735121. S2CID  10950726.