Раб геранилгеранилтрансфераза - Rab geranylgeranyltransferase
Rab-протеин геранилгеранилтрансфераза | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||
Номер ЕС | 2.5.1.60 | ||||||||
Базы данных | |||||||||
IntEnz | Просмотр IntEnz | ||||||||
БРЕНДА | BRENDA запись | ||||||||
ExPASy | Просмотр NiceZyme | ||||||||
КЕГГ | Запись в KEGG | ||||||||
MetaCyc | метаболический путь | ||||||||
ПРИАМ | профиль | ||||||||
PDB структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
Генная онтология | AmiGO / QuickGO | ||||||||
|
Rab геранилгеранилтрансфераза, альфа-субъединица | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||
Символ | RABGGTA | ||||||
Ген NCBI | 5875 | ||||||
HGNC | 9795 | ||||||
OMIM | 601905 | ||||||
RefSeq | NM_004581 | ||||||
UniProt | Q92696 | ||||||
Прочие данные | |||||||
Номер ЕС | 2.5.1.60 | ||||||
Locus | Chr. 14 q11.2 | ||||||
|
Rab геранилгеранилтрансфераза, бета-субъединица | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||
Символ | RABGGTB | ||||||
Ген NCBI | 5876 | ||||||
HGNC | 9796 | ||||||
OMIM | 179080 | ||||||
RefSeq | NM_004582 | ||||||
UniProt | P53611 | ||||||
Прочие данные | |||||||
Номер ЕС | 2.5.1.60 | ||||||
Locus | Chr. 1 стр.31 | ||||||
|
Раб геранилгеранилтрансфераза также известен как (белок) геранилгеранилтрансфераза II один из трех пренилтрансферазы. Он передает (обычно) два геранилгеранил групп цистеина (ов) на C-конец из Раб белки.[2]
- геранилгеранил дифосфат + белок-цистеин S-геранилгеранил-Cys-протеин + дифосфат
С-конец Rab белков различается по длине и последовательности и называется гипервариабельным. Таким образом, Rab-белки не имеют консенсусной последовательности, такой как CAAX-бокс, которую может распознать Rab геранилгеранилтрансфераза. Вместо этого Rab-белки связываются Rab escort протеин (REP) над более консервативной областью белка Rab, а затем представили геранилгеранилтрансферазе Rab.
После пренилирования Rab-белков липидный якорь (-ы) гарантирует, что Rab больше не растворяются. Следовательно, REP играет важную роль в связывании и солюбилизации геранилгеранильных групп и доставляет белок Rab к соответствующей клеточной мембране.
Реакция
Rab геранилгеранилтрансфераза (RabGGTase; код комиссии по ферментам EC 2.5.1.60) классифицируется как фермент трансфераза; в частности, он входит в семейство протеин-пренилтрансфераз вместе с двумя другими ферментами (протеин-фарнезилтрансфераза и протеин-геранилгеранилтрансфераза типа I). Реакция, катализируемая RabGGTase, описывается следующим образом:
- геранилгеранил дифосфат + протеин-цистеин = S-геранилгеранил-протеин + дифосфат
Эта реакция важна для контроля стыковки и слияния мембран. Исследования на мышах показали, что гены Rab GGTase экспрессируются во всех основных органах взрослого человека, а также в некоторых эмбриональных единицах, включая спинной мозг и печень (Chinpaisal).
«Аутсорсинг» специфичности Rab-геранилгеранилтрансферазы (использование REP для взаимодействия с Rab-белками, которые она пренилирует, как упомянуто выше) является уникальным среди пренилтрансфераз. Rab GGTase «отвечает за наибольшее количество событий пренилирования отдельных белков в клетке»,[1] вероятно, из-за этой способности взаимодействовать со многими различными Rab-белками (он может пренилировать любую последовательность, содержащую остаток цистеина).
Исследования in vitro показали, что Rab-GGTase может подавляться азотсодержащими бисфосфонатными препаратами, такими как ризедронат; однако эффекты таких лекарств, по-видимому, гораздо более ограничены in vivo (Coxon).
Структура
RabGGTase - это гетеродимер состоит из альфа- и бета-субъединиц, которые кодируются RABGGTA и RABGGTB гены соответственно. Структура RabGGTase крысы была определена с помощью дифракции рентгеновских лучей (см. Изображение слева) с разрешением 1,80 Å.[1] Вторичная структура RabGGTase в основном состоит из альфа спирали; альфа-субъединица на 74% спиральна без бета-листы, в то время как бета-субъединица на 51% состоит из спиральных и на 5% из бета-листов. Всего имеется 28 альфа-спиралей (15 в альфа-субъединице и 13 в бета-субъединице) и 15 очень коротких (не более 4 остатков) бета-листов. Функциональная RabGGTase связывает три иона металла как лиганды: два кальций ионы (Ca2+) и цинк ион (Zn2+), все из которых взаимодействуют с бета-субъединицей.
Смотрите также
- Фарнезилтрансфераза
- Геранилгеранилтрансфераза типа 1 - также называется геранилгеранилтранфераза 1 или просто геранилгеранилтранфераза
- Пренилирование
Рекомендации
- ^ а б c d PDB: 3DSS; Guo Z, Wu YW, Das D, Delon C, Cramer J, Yu S, Thuns S, Lupilova N, Waldmann H, Brunsveld L, Goody RS, Alexandrov K, Blankenfeldt W. (сентябрь 2008 г.). «Структуры комплексов RabGGTase-субстрат / продукт позволяют понять эволюцию пренилирования белка». EMBO J. 27 (18): 2444–56. Дои:10.1038 / emboj.2008.164. ЧВК 2543052. PMID 18756270.
- ^ Maurer-Stroh S, Washietl S, Eisenhaber F (2003). «Белковые пренилтрансферазы». Геном Биол. 4 (4): 212. Дои:10.1186 / gb-2003-4-4-212. ЧВК 154572. PMID 12702202.
- Коксон, Фрейзер П., Фрэнк Х. Эбетино, Эмили Х. Мулс, Мигель С. Сибра, Чарльз Э. Маккенна и Майкл Дж. Роджерс. Фосфонокарбоксилатные ингибиторы Rabnext term геранилгеранилтрансферазы нарушают пренилирование и мембранную локализацию белков предыдущего termRabnext term в остеокластах in vitro и in vivo. Кость Vol. 37, вып. 3. Сентябрь 2005 г., с. 349-358.
- Чинпайсал, Чатчай, Чи-Хао Ли и Ли-На Вэй. Исследования субъединицы β геранилгеранилтрансферазы мыши Rabnext: структура гена, экспрессия и регуляция. Ген Vol. 184, вып. 2 января 1997 г., стр. 237-43.
- Кейси П.Дж., Seabra MC (1996). «Белковые пренилтрансферазы». J. Biol. Chem. 271 (10): 5289–92. Дои:10.1074 / jbc.271.10.5289. PMID 8621375.
- Уилсон А.Л., Эрдман Р.А., Кастеллано Ф., Мальтийский Вашингтон (1998). «Пренилирование ГТФазы Rab8 геранилгеранилтрансферазами типа I и типа II». Biochem. J. 333 (Pt 3): 497–504. Дои:10.1042 / bj3330497. ЧВК 1219609. PMID 9677305.
- Чжан Х., Seabra MC, Deisenhofer J (2000). «Кристаллическая структура Rab геранилгеранилтрансферазы при разрешении 2,0 А». Структура. Складывать. Des. 8 (3): 241–51. Дои:10.1016 / S0969-2126 (00) 00102-7. PMID 10745007.
- Тома Н.Х., Никулае А., Гуди Р.С., Александров К. (2001). «Двойное пренилирование с помощью RabGGTase может происходить без диссоциации монопренилированного промежуточного соединения». J. Biol. Chem. 276 (52): 48631–6. Дои:10.1074 / jbc.M106470200. PMID 11591706.
- Александров К; Никулае, А; Калинин А; Thomä, NH; Сидорович, В; Гуди, RS; Александров, К (2002). «Сборка, очистка и кристаллизация раб геранилгеранилтрансферазы: субстратный комплекс in vitro». Protein Expr. Purif. 25 (1): 23–30. Дои:10.1006 / преп.2001.1605. PMID 12071695.
- Синнотт М. (ред.), Комплексный биологический катализ. Справочник по механизму, т. 1, Academic Press, Сан-Диего, Калифорния, 1998 г., стр. 31-118.
внешняя ссылка
- Rab + геранилгеранилтрансфераза в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)