Раб геранилгеранилтрансфераза - Rab geranylgeranyltransferase

Rab-протеин геранилгеранилтрансфераза
Идентификаторы
Номер ЕС2.5.1.60
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmiGO / QuickGO
Rab геранилгеранилтрансфераза, альфа-субъединица
Rab geranylgeranyltransferase.png
Кристаллографическая структура RabGGTase крысы (цвет радуги, N-конец = синий, C-конец = красный).[1]
Идентификаторы
СимволRABGGTA
Ген NCBI5875
HGNC9795
OMIM601905
RefSeqNM_004581
UniProtQ92696
Прочие данные
Номер ЕС2.5.1.60
LocusChr. 14 q11.2
Rab геранилгеранилтрансфераза, бета-субъединица
Идентификаторы
СимволRABGGTB
Ген NCBI5876
HGNC9796
OMIM179080
RefSeqNM_004582
UniProtP53611
Прочие данные
Номер ЕС2.5.1.60
LocusChr. 1 стр.31

Раб геранилгеранилтрансфераза также известен как (белок) геранилгеранилтрансфераза II один из трех пренилтрансферазы. Он передает (обычно) два геранилгеранил групп цистеина (ов) на C-конец из Раб белки.[2]

геранилгеранил дифосфат + белок-цистеин S-геранилгеранил-Cys-протеин + дифосфат

С-конец Rab белков различается по длине и последовательности и называется гипервариабельным. Таким образом, Rab-белки не имеют консенсусной последовательности, такой как CAAX-бокс, которую может распознать Rab геранилгеранилтрансфераза. Вместо этого Rab-белки связываются Rab escort протеин (REP) над более консервативной областью белка Rab, а затем представили геранилгеранилтрансферазе Rab.

После пренилирования Rab-белков липидный якорь (-ы) гарантирует, что Rab больше не растворяются. Следовательно, REP играет важную роль в связывании и солюбилизации геранилгеранильных групп и доставляет белок Rab к соответствующей клеточной мембране.

Реакция

Rab геранилгеранилтрансфераза (RabGGTase; код комиссии по ферментам EC 2.5.1.60) классифицируется как фермент трансфераза; в частности, он входит в семейство протеин-пренилтрансфераз вместе с двумя другими ферментами (протеин-фарнезилтрансфераза и протеин-геранилгеранилтрансфераза типа I). Реакция, катализируемая RabGGTase, описывается следующим образом:

  • геранилгеранил дифосфат + протеин-цистеин = S-геранилгеранил-протеин + дифосфат

Эта реакция важна для контроля стыковки и слияния мембран. Исследования на мышах показали, что гены Rab GGTase экспрессируются во всех основных органах взрослого человека, а также в некоторых эмбриональных единицах, включая спинной мозг и печень (Chinpaisal).

«Аутсорсинг» специфичности Rab-геранилгеранилтрансферазы (использование REP для взаимодействия с Rab-белками, которые она пренилирует, как упомянуто выше) является уникальным среди пренилтрансфераз. Rab GGTase «отвечает за наибольшее количество событий пренилирования отдельных белков в клетке»,[1] вероятно, из-за этой способности взаимодействовать со многими различными Rab-белками (он может пренилировать любую последовательность, содержащую остаток цистеина).

Исследования in vitro показали, что Rab-GGTase может подавляться азотсодержащими бисфосфонатными препаратами, такими как ризедронат; однако эффекты таких лекарств, по-видимому, гораздо более ограничены in vivo (Coxon).

Структура

Кристаллографическая структура RabGGTase крысы (альфа-субъединица = зеленый, бета-субъединица = грифельно-синий, ионы кальция показаны зелеными шариками, ион цинка синим шариком).[1]

RabGGTase - это гетеродимер состоит из альфа- и бета-субъединиц, которые кодируются RABGGTA и RABGGTB гены соответственно. Структура RabGGTase крысы была определена с помощью дифракции рентгеновских лучей (см. Изображение слева) с разрешением 1,80 Å.[1] Вторичная структура RabGGTase в основном состоит из альфа спирали; альфа-субъединица на 74% спиральна без бета-листы, в то время как бета-субъединица на 51% состоит из спиральных и на 5% из бета-листов. Всего имеется 28 альфа-спиралей (15 в альфа-субъединице и 13 в бета-субъединице) и 15 очень коротких (не более 4 остатков) бета-листов. Функциональная RabGGTase связывает три иона металла как лиганды: два кальций ионы (Ca2+) и цинк ион (Zn2+), все из которых взаимодействуют с бета-субъединицей.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d PDB: 3DSS​; Guo Z, Wu YW, Das D, Delon C, Cramer J, Yu S, Thuns S, Lupilova N, Waldmann H, Brunsveld L, Goody RS, Alexandrov K, Blankenfeldt W. (сентябрь 2008 г.). «Структуры комплексов RabGGTase-субстрат / продукт позволяют понять эволюцию пренилирования белка». EMBO J. 27 (18): 2444–56. Дои:10.1038 / emboj.2008.164. ЧВК  2543052. PMID  18756270.
  2. ^ Maurer-Stroh S, Washietl S, Eisenhaber F (2003). «Белковые пренилтрансферазы». Геном Биол. 4 (4): 212. Дои:10.1186 / gb-2003-4-4-212. ЧВК  154572. PMID  12702202.

внешняя ссылка