DTDP-4-дегидрохамноза 3,5-эпимераза - Википедия - dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
| dTDP-4-дегидрохамноза 3,5-эпимераза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 rmlc p aeruginosa с dtdp-рамнозой | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | dTDP_sugar_isom | ||||||||
| Pfam | PF00908 | ||||||||
| Pfam клан | CL0029 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000888 | ||||||||
| SCOP2 | 1эпз / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
| dTDP-4-дегидрохамноза 3,5-эпимераза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Номер ЕС | 5.1.3.13 | ||||||||
| Количество CAS | 37318-39-1 | ||||||||
| Базы данных | |||||||||
| IntEnz | Просмотр IntEnz | ||||||||
| БРЕНДА | BRENDA запись | ||||||||
| ExPASy | Просмотр NiceZyme | ||||||||
| КЕГГ | Запись в KEGG | ||||||||
| MetaCyc | метаболический путь | ||||||||
| ПРИАМ | профиль | ||||||||
| PDB структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Генная онтология | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
В энзимология, а dTDP-4-дегидрохамноза 3,5-эпимераза (EC 5.1.3.13 ) является фермент который катализирует то химическая реакция
- dTDP-4-дегидро-6-дезокси-D-глюкоза dTDP-4-дегидро-6-дезокси-L-манноза
Следовательно, у этого фермента есть один субстрат, dTDP-4-дегидро-6-дезокси-D-глюкоза, и один товар, dTDP-4-дегидро-6-дезокси-L-манноза.
Этот фермент принадлежит к семейству изомеразы особенно те рацемазы и эпимеразы действующий на углеводы и производные. В систематическое название этого класса ферментов dTDP-4-дегидро-6-дезокси-D-глюкоза 3,5-эпимераза. Другие широко используемые имена включают dTDP-L-рамноза синтетаза, dTDP-L-рамноза синтетаза, тимидиндифосфо-4-кеторамноза 3,5-эпимераза, TDP-4-кеторамноза 3,5-эпимераза, dTDP-4-дегидро-6-дезокси-D-глюкоза 3,5-эпимераза, и TDP-4-кето-L-рамноза-3,5-эпимераза. Этот фермент участвует в 3 метаболические пути: метаболизм нуклеотидных сахаров, биосинтез стрептомицина, и биосинтез поликетидных сахарных единиц.
Структурные исследования
В Кристальная структура RmlC из Methanobacterium thermoautotrophicum определялась при наличии и отсутствии субстрат аналог. RmlC - это гомодимер с центральным мотивом рулета с желе, который продолжается в двух направлениях в более длинные бета-листы. Привязка из dTDP стабилизируется ионными взаимодействиями с фосфат группой и комбинацией ионных и гидрофобный взаимодействия с базой. В активный сайт, который находится в центре рулона с желе, образован остатками, которые консервированный во всех известных RmlC последовательность гомологи. В активный сайт выстилается рядом заряженных остатков и рядом остатков с водородная связь потенциалы, которые вместе составляют потенциальную сеть для связывания субстрата и катализ. Активный сайт также выложен ароматические остатки которые обеспечивают благоприятные условия для основной части dTDP и потенциально для сахар часть субстрат.[1]
На конец 2007 г. 14 структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1DZR, 1DZT, 1EP0, 1ЭПЗ, 1NXM, 1NYW, 1NZC, 13:00, 1RTV, 1UPI, 1WLT, 2Б9У, 2IXC, и 2IXL.
Рекомендации
- ^ Кристендат Д., Саридакис В., Дхарамси А., Бочкарев А., Пай Э. Ф., Эроусмит С. Х., Эдвардс А. М. (август 2000 г.). «Кристаллическая структура dTDP-4-кето-6-дезокси-D-гексулоза 3,5-эпимеразы из Methanobacterium thermoautotrophicum в комплексе с dTDP». J. Biol. Chem. 275 (32): 24608–12. Дои:10.1074 / jbc.C000238200. PMID 10827167.
дальнейшее чтение
- Гоглер Р. У., Габриэль О. (1973). «Биологические механизмы, участвующие в образовании дезоксисахаров VII. Биосинтез 6-дезокси-L-талозы». J. Biol. Chem. 248 (17): 6041–9. PMID 4199258.
- Мело А, Глейзер Л. (1968). «Механизм синтеза 6-дезоксигексозы. II. Превращение дезокситимидиндифосфата 4-кето-6-дезокси-D-глюкозы в дезокситимидиндифосфат L-рамнозу». J. Biol. Chem. 243 (7): 1475–8. PMID 4384782.
| Этот изомераза статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |