Haloterrigena turkmenica - Википедия - Haloterrigena turkmenica

Haloterrigena turkmenica
Научная классификация
Домен:
Археи
Королевство:
Euryarchaeota
Тип:
Euryarchaeota
Учебный класс:
Галобактерии
Заказ:
Галобактерии
Семья:
Галобактерии
Род:
Haloterrigena
Разновидность:
H. turkmenica
Биномиальное имя
Haloterrigena turkmenica

Haloterrigena turkmenica аэробный химио-органотрофный[1] Археон Первоначально встречается в турецких соленых озерах.[2]

Открытие

Haloterrigena turkmenica это галофильный Археон впервые выделен из сульфатно-засоленной почвы, расположенной в Туркменистан.[2] Однако только в 2008 году H. turkmenica был успешно выращен в лаборатории на среде Хорикоши.[3]

Среда Хорикоши состоит из Экстракт дрожжей, глюкоза, фосфат калия (ХПО4), пептон, Сульфат магния (MgSO4), воды, и карбонат натрия (NaCO3).[3]

Haloterrigena turkmenica изначально был помещен в семью Галобактерии в качестве Галококк turkmenicus Зягинцевой и Тарасова в 1987 году.[2] В 1999 году Ventosa et al. опубликовал предложение о переносе следующих видов в Haloterrigena turkmenica, представляющий собой новый род: Halococcus turkmenicus, Галобактерии trapanicum JCM 9743 и штамм GSL-11.[1] Предложение было сделано в ответ на то, что Вентоза обнаружил значительные генетические различия между H. turkmenicus и другие организмы в Галококк роды.[1] Предложение было принято, и теперь организм классифицируется под этим новым новым родом.[1]

Этимология

Название Haloterrigena исходит из нимбы что означает соль и терригена что означает с Земли или с Земли.[2] Туркменника был предложен Звягинцевой и Тарасовым в 1987 году.[2] Это название связано с тем, что этот вид впервые был собран в турецких соленых озерах.[1]

Характеристика

Haloterrigena turkmenica - грамотрицательный организм. Клетки обычно встречаются по отдельности, но были замечены в виде пар и тетрад. Форму клеток можно классифицировать от яйцевидной до кокковидной. Диаметр ячеек составляет от 1,5 мкм до 2,0 мкм.[1]

На питательной среде колонии H. turkmenica выглядят приподнятыми, красного цвета и круглыми.[3] Красный цвет обусловлен наличием C50-каротиноиды.[3] Были противоречивые сообщения об оптимальной температуре роста. Согласно Селиму и др., Оптимальная температура роста для H. turkmenica составляет 40 ° C,[3] в то время как Saunders et al. сообщает, что оптимальная температура роста - 51 ° C.[4] Однако в обоих отчетах указывается, что диапазон повышения температуры составляет от 29 до 57 ° C.

H. turkmenica документально подтверждено, что лучше всего растет при концентрации NaCl около 3,4M.[3] Однако он может выдерживать концентрации соли от 2-4,5 М NaCl.[3] При pH 9, H. turkmenica было показано, что лучше всего растет. Он выдерживает pH в диапазоне от 8,5 до 11.[3]

Haloterrigena turkmenica классифицируется как аэробный химио-органотроф.[1] Этот организм использует кислород в качестве предпочтительного конечного акцептора электронов и использует органические соединения в качестве источника углерода и энергии. Подвижности не наблюдалось. H. turkmenica положительный результат на оба оксидаза и каталаза Мероприятия.[3] Также согласно Селиму и др., H. turkmenica также может гидролизовать твин 80 (фирменная версия полисорбат 80 ), казеин, и целлюлоза. Кислота производится из глюкоза, манноза, фруктоза, сахароза, рибоза и ксилоза ферментация.[3] Было обнаружено, что этот организм использует для роста следующие субстраты: глицерин, пропионат, цитрат, и ацетат натрия.[3] Восстановление нитритов происходит без образования газа.[3] H. turkmenica время генерации составляет 1,5 часа при оптимальных условиях роста, что делает его самым быстрорастущим членом Галобактерии.[5]

Филогения и геном

Haloterrigena turkmenica находится в сфере Археи.[1] Археи идентифицированы как отдельные от бактерии и эукариоты на основе рибосомальной РНК (рРНК ) анализ и определенные определяющие характеристики, которые разделяют три области жизни, как описано Вёзе в 1990 году.[6]

Быстрое аннотирование с помощью технологии подсистем (РАСТ ) - это сервис, который аннотирует геномы архей и бактерий и обеспечивает сравнение филогенетических отношений на филогенетическом дереве.[7] С помощью РАСТ, Haloterrrigena turkmenica родственники определились.[3] Каждому родственнику была присвоена оценка сходства: более высокие баллы означают более близкое филогенетическое сходство. Баллы основаны на количестве похожих генов, кодирующих белок из пула из 2959 последовательностей, кодирующих белок.[3] Следующие организмы являются 5 ближайшими родственниками H. turkmenica (оценки сходства выделены жирным шрифтом):[3]

  1. Haloterrigena borinquense DM 11551 (515)
  2. Haroarcula marimortui ATCC 43049 (506)
  3. Halomicrobium mukohataei DSM 12286 (501)
  4. Halorhabdus utahensis DS 12940 обыкновенный (497)
  5. Halquadratum walsbyi DSM 1679 (488)

В 2016 году Селим и др. использовал Рош Секвенатор ДНК (GS De Novo Assembler V.2.9) для определения содержания GC (гуанин-цитозин) в H. turkmenica's геном.[3] Содержание GC H. turkmenica был определен как 64% для его чернового генома с 49 генами РНК, предсказанными с использованием РАСТ.[3] Последовательности, кодирующие белок, также расщепляли с использованием РАСТ. Это выявило 193 подсистемы, включая несколько ферментов, кодирующих гены карбоксилазы, целлюлаза и ксиланаза ферменты, ксилозоизомераза, и карбоксилэстераза.[3] Также были обнаружены другие гены, кодирующие биосинтез пептидов и вторичных метаболитов.[3]

Важность

Исторически филогения родов Haloterrigena было трудно классифицировать.[1] Дальнейшие исследования могут помочь укрепить филогенез этого Археон; укрепление отношений между членами Haloterrigena и Натринема поможет нам конкретизировать Археи l порция древа жизни.[1] Исследование Археи Экстремофильные тенденции могут привести к пониманию новых технологий (таких как сохранение ДНК), а также могут дать представление о биоте ранней Земли.[8] Метаногенез выполняется только членами Archea и поэтому важно узнать как можно больше об этой области.[8] Haloterrigena turkmenica является хорошим кандидатом для исследования, потому что у него самое быстрое известное время генерации в пределах Галобактерии[5] и его можно выращивать на СМИ.[3]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм час я j Вентоза, Антонио; Гутьеррес, М. Кармен; Камекура, Масахиро; Дьялл-Смит, Майкл Л. (1999-01-01). «Предложение о переносе Halococcus turkmenicus, Halobacterium trapanicum JCM 9743 и штамма GSL-11 на Haloterrigena turkmenica gen. Nov., Comb. Nov.». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 49 (1): 131–136. Дои:10.1099/00207713-49-1-131. PMID  10028254.
  2. ^ а б c d е Звягинцева И.С.; Тарасов А.Л. (1987). «Экстремальные галофильные бактерии засоленных почв». Микробиология. 56: 839–844.
  3. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т Селим, Сами; Хагаги, Нашва (2016-03-01). «Последовательность генома карбоксилэстеразы, карбоксилазы и ксилозоизомеразы, продуцирующей алкалифильные галоархеи Haloterrigena turkmenica WANU15». Геномические данные. 7: 70–72. Дои:10.1016 / j.gdata.2015.11.031. ЧВК  4778622. PMID  26981365.
  4. ^ Сондерс, Элизабет; Тиндалл, Брайан Дж .; Фенрих, Регина; Лапидус, Алла; Коупленд, Алекс; Рио, Тихана Главаина Дел; Лукас, Сьюзен; Чен, Фэн; Тайс, Надежда (28.02.2010). «Полная последовательность генома штамма типа Haloterrigena turkmenica (4k T)». Стандарты геномных наук. 2 (1): 107–16. Дои:10.4056 / сиг.681272. ISSN  1944-3277. ЧВК  3035258. PMID  21304683.
  5. ^ а б Робинсон, Джесси Л .; Пызына, бренди; Атрас, Рашель Дж .; Хендерсон, Кристина А .; Моррилл, Кира Л .; Бурд, Анна Мэй; ДеСуси, Эрик; Fogleman, Rex E .; Нейлор, Джон Б. (1 февраля 2005 г.). «Кинетика роста чрезвычайно галофильных архей (семейство Halobacteriaceae), выявленная с помощью графиков Аррениуса». Журнал бактериологии. 187 (3): 923–929. Дои:10.1128 / JB.187.3.923-929.2005. ISSN  0021-9193. ЧВК  545725. PMID  15659670.
  6. ^ Woese, C R; Кандлер, О; Уилис, М. Л. (01.06.1990). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 87 (12): 4576–4579. Дои:10.1073 / pnas.87.12.4576. ISSN  0027-8424. ЧВК  54159. PMID  2112744.
  7. ^ Азиз, Рами К .; Бартельс, Даниэла; Бест, Аарон А .; ДеДжонг, Мэтью; Дис, Терренс; Эдвардс, Роберт А.; Формсма, Кевин; Гердес, Светлана; Гласс, Элизабет М. (01.01.2008). «Сервер RAST: быстрые аннотации с использованием технологии подсистем». BMC Genomics. 9: 75. Дои:10.1186/1471-2164-9-75. ISSN  1471-2164. ЧВК  2265698. PMID  18261238.
  8. ^ а б Грибальдо, Симонетта; Брошье-Армане, Селин (29.06.2006). «Происхождение и эволюция архей: современное состояние». Философские труды Лондонского королевского общества B: Биологические науки. 361 (1470): 1007–1022. Дои:10.1098 / rstb.2006.1841. ISSN  0962-8436. ЧВК  1578729. PMID  16754611.

внешняя ссылка