PM3 (химия) - PM3 (chemistry)

Шаровидная модель молекулы аплизина C15H19BrO. Цветовой код: Углерод, C: черный Водород, H: белый Бром, Br: красно-коричневый Кислород, O: красный Структура рассчитана с помощью Spartan Student 4.1 с использованием полуэмпирического метода PM3.

PM3, или же Параметрический метод 3, это полуэмпирический метод для квант расчет молекулярной электронной структуры в вычислительная химия. Он основан на Пренебрежение дифференциальным двухатомным перекрытием интегральное приближение.

Метод PM3 использует тот же формализм и уравнения, что и метод AM1 метод. Единственные различия: 1) PM3 использует две гауссовские функции для функции отталкивания ядра вместо номера переменной, используемого AM1 (который использует от одного до четырех гауссианов на элемент); 2) числовые значения параметров разные. Другие различия заключаются в философии и методологии, использованной во время параметризации: в то время как AM1 берет некоторые значения параметров из спектроскопических измерений, PM3 обрабатывает их как оптимизируемые значения.

Метод был разработан Дж. П. Стюартом и впервые опубликован в 1989 г. Он реализован в MOPAC программа (старые версии которой являются общественным достоянием), а также связанные RM1, AM1, MNDO и MINDO методы, и в нескольких других программах, таких как Гауссовский, CP2K, GAMESS (США), GAMESS (Великобритания), ИГРА НА ПК, Chem3D, AMPAC, ArgusLab, БОСС, и СПАРТАНСКИЙ.

Исходная публикация PM3 включала параметры для следующих элементов: ЧАС, C, N, О, F, Al, Si, п, S, Cl, Br, и я.

Реализация PM3 в СПАРТАНСКИЙ Программа включает PM3tm с дополнительными расширениями для переходных металлов, поддерживающих расчеты на Ca, Ti, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Zr, Пн, Tc, RU, Rh, Pd, Hf, Та, W, Re, Операционные системы, Ir, Pt, и Б-г. Многие другие элементы, в основном металлы, были параметризованы в последующих работах.

Модель для расчета PM3 комплексов лантанидов, названная Искра / PM3, также был представлен.

Рекомендации

  • Стюарт, Джеймс Дж. П. (1989). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов I. Метод». J. Comput. Chem. 10 (2): 209–220. Дои:10.1002 / jcc.540100208.
  • Стюарт, Джеймс Дж. П. (1989). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов II. Приложения». J. Comput. Chem. 10 (2): 221–264. Дои:10.1002 / jcc.540100209.
  • Стюарт, Джеймс Дж. П. (1991). «Оптимизация параметров для полуэмпирических методов. III Расширение PM3 на Be, Mg, Zn, Ga, Ge, As, Se, Cd, In, Sn, Sb, Te, Hg, Tl, Pb и Bi». Журнал вычислительной химии. 12 (3): 320–341. Дои:10.1002 / jcc.540120306.
  • Стюарт, Джеймс Дж. П. (2004). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов IV: Расширение MNDO, AM1 и PM3 на большее количество элементов основной группы». Журнал молекулярного моделирования. 10 (2): 155–64. Дои:10.1007 / s00894-004-0183-z. PMID  14997367.
  • Для недавнего обзора Стюарт, Дж. Дж. П. (1998). «PM3». Энциклопедия вычислительной химии. Вайли.
  • Freire, Ricardo O .; Rocha, Gerd B .; Симас, Альфредо М. (2006). «Моделирование редкоземельных комплексов: параметры Sparkle / PM3 для тулия (III)». Письма по химической физике. 425 (1–3): 138–141. Bibcode:2006CPL ... 425..138F. Дои:10.1016 / j.cplett.2006.04.103.