ZC3H11B - Википедия - ZC3H11B

ZC3H11B
Идентификаторы
ПсевдонимыZC3H11B, ZC3HDC11B, CCCH-тип цинкового пальца, содержащий псевдоген 11B, CCCH-тип цинкового пальца, содержащий 11B
Внешние идентификаторыГенные карты: ZC3H11B
Расположение гена (человек)
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человек)[1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение ZC3H11B
Геномное расположение ZC3H11B
Группа1q41Начинать219,608,010 бп[1]
Конец219,613,145 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

643136

н / д

Ансамбль

ENSG00000215817

н / д

UniProt

н / д

н / д

RefSeq (мРНК)

NM_001085394
NM_001355457

н / д

RefSeq (белок)

н / д

н / д

Расположение (UCSC)Chr 1: 219.61 - 219.61 Мбн / д
PubMed поиск[2]н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

ZC3H11B также известный как цинковый палец, содержащий белок 11B типа CCCH это белок у человека, который кодируется ZC3H11B ген.[3] Ген zc3h11b расположен на хромосома 1 на длинном плече, в полосе 4 части 1. Этот белок также известен как ZC3HDC11B. Ген zc3h11b состоит в общей сложности из 5 134 пар оснований, а длина белка составляет 805 аминокислот. Ген zc3h11b имеет 2 экзоны в итоге.

Функция

Белок ZC3H11B экспрессируется в различных тканях, включая ткани яичко, сердце, нога и надпочечник.[4] Предполагается, что ZC3H11B будет участвовать в связывание ионов металлов, механизм, который включает комбинацию ион металла или же хелатирование, по данным Electronic Association.[3]

Структура

Домены

Белок ZC3H11B имеет три сохраненные домены. К ним относятся цинковый палец домены, которые являются одной из наиболее распространенных или многочисленных групп белков, часто участвующих в регуляции клеточных процессов,[5] и спиральная катушка домены, которые представляют собой структурно консервативную группу белков, присутствующих во всех доменах жизни, часто участвующих в межмолекулярном пространстве, везикул модем, и ДНК узнавание и расщепление.[6] Домены цинкового пальца и спиральной катушки являются консервированный в эукариоты.

Цинковый палец C3H1-тип 1 расположен с аминокислоты 2–29, а цинковый палец C3H1-типа 2 расположен из аминокислот 31–57.[7] Было установлено, что белки типа «цинковый палец» C3H1 взаимодействуют с 3'-областью нетранслируемой мРНК.[8] Спиральная спираль располагается с позиций 403–423 аминокислот белка.[7]

Вторичный

В настоящее время вторичная структура ZC3H11B неизвестно.

Предсказанная вторичная структура ZC3H11B представляет собой петля состав вторичной структуры,[9] которые представляют собой нерегулярные вторичные структуры, которые соединяют два вторичных структурных элемента и могут изменять направление полипептидная цепь размножение.[10] Предполагается, что петля будет открыта для привязка.[9]

Посттрансляционные модификации

ZC3H11B, вероятно, находится в ядре.[11] Предполагается, что ZC3H11B подвергнется различным фосфорилирование, O-GlcNAцилирования, гликации, и О-гликозилирования.[12]

Пример сайтов, предсказанных для фосфорилирования, механизма, в котором фосфорильная группа добавляется и играет важную роль в биологической регуляции и других клеточных процессах,[13] происходят 108, 149, 196, 229, 290 и 330.[12] Пример сайтов, предсказанных для O-GlcNAцилирования, механизма, в котором О-связанный N-ацетилглюкозамин (O-GlcNAc) добавлен и важен для регуляции клеточных процессов,[14] 488, 744 и 732.[12] Примеры сайтов, предсказанных для гликирования, механизм, в котором глюкоза связывается с белками и липиды, являются 140, 359, 669 и 776.[12] Пример сайтов, предсказанных для O-гликозилирования, механизма, в котором сахара или моносахариды добавить в гидроксильные группы белков, встречаются на 179 и 386.[12]

Гомология

Выявлено несколько гомологи белка zc3h11b у различных видов, включая различных млекопитающих, насекомых и амфибий.

Паралоги

В настоящее время есть один паралог ZC3H11B в том же семействе цинковых пальцев типа CCCH на основе ВЗРЫВ анализ (NCBI).

ИмяРазновидностьРегистрационный номер NCBIДлина (AA)Идентичность белков
ZC3H11AХ. сапиенсNP_001306167.181093.29%

C12orf50 (H. sapiens) также был предсказан как паралог ZC3H11B.[7][4]

Ортологи

Было обнаружено, что у нескольких видов ортологи к белку zc3h11b в их геноме на основе анализа BLAST (NCBI).

ИмяРазновидностьРегистрационный номер NCBIДлина (AA)Идентичность белков
ZC3H11AP. troglodytesXP_016791924.181093.29%
ZC3H11AМ. мулаттаNP_001247891.181092.67%
ZC3H11AС. волчанкаXP_022271137.181584.34%
ZC3H11AF. catusXP_006942949.181683.60%
ZC3H11AE. caballusNP_001295209.181583.70%

ZC3H11A (Б. Телец ), Zc3h11a (М. musculus ), Zc3h11a (Р. norvegicus ), ZC3H11A (G. gallus ), zc3h11a, (X. tropicalis ), zc3h11a (D. rerio ), AT2G02160 (A. thaliana ), ZC3H11A (M. domesticia ), zc3h11a (A. carolinensis ) и ZC3H11A (S. scrofa ) также были предсказаны как ортологи ZC3H11B.[7][4]

Клиническое значение

Текущие исследования идентифицировали ZC3H11B как однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), которые являются наиболее распространенной генетической вариацией среди групп с высоким миопия и роговица астигматизм.[15][16] По состоянию на апрель 2020 года не было других опубликованных исследований ассоциации, связывающих ZC3H11B с другими состояниями.

Миопия

Миопия, также известная как близорукость или близорукость, - это состояние, вызванное рефракционная ошибка у которых форма глаза либо удлиненная, либо роговица слишком изогнута.[17] В развитых странах это заболевание встречается более чем у 50% населения с высокой частотой встречаемости среди взрослых (80-90%) в Восточной Азии и встречается примерно у 30% населения в Соединенных Штатах.[17][18]

Близорукость делится на две группы. Первый из них включает людей с миопией от слабой до средней, или простой миопией, и имеет диагноз от 0 до -6. диоптрии и лечится корректирующими линзами. Второй классифицируется как миопия высокой степени и диагностируется при диоптрии более -6 диоптрий и обычно встречается в случаях отслойка сетчатки, дегенерация желтого пятна, и глаукома.[19] Миопия считается одной из ведущих причин слепоты и нарушений зрения в мире. Всемирная организация здоровья.[20]

Удлиненный окуляр осевая длина (AL), или расстояние от передней поверхности роговицы до пигментный эпителий сетчатки,[21] является детерминантом развития миопии. А исследование ассоциации всего генома проведенное среди китайских взрослых и детей, а также взрослых малайцев, выявило, что ZC3H11B связан с AL и миопией высокой степени.[15] Были ZC3H11B мРНК уровни экспрессии в головном мозге, плаценте, нервной сетчатке, пигментный эпителий сетчатки, и склера с большим уменьшением количества или пониженный уровни экспрессии в миопических глазах, чем в немиопических глазах. Эта идентификация была подтверждена в другом исследовании ассоциации всего генома наряду с идентификацией дополнительных значимых места для AL из RSPO1 (участвует в Wnt сигнализация или регулировка размера глазного яблока), C3orf26, ZNRF3 (участвует в передаче сигналов Wnt) и ALPPL2.[22] Таким образом, эта идентификация общих ассоциативных генов AL указывает на то, что AL и рефракция могут быть вызваны разными оптическими путями. Кроме того, общегеномное ассоциативное исследование в китайских популяциях подтвердило, что ZC3H11B является геном предрасположенности к развитию миопии высокой и крайней степени.[23]

Астигматизм

Астигматизм - это состояние, при котором кривизна роговица или же линза ненормально.[24] Астигматизм можно классифицировать как астигматизм роговицы, при котором форма роговицы неправильная, линзовидный астигматизм, при котором форма линзы неправильная, или рефракционный астигматизм. Астигматизм обычно лечат с помощью корректирующих линз или хирургического вмешательства (например, ЛАСИК ).[25]

Рефракционный и роговичный астигматизм могут привести к развитию амблиопия, или ленивый глаз, если его не лечить. Полногеномное ассоциативное исследование людей европейского происхождения выявило ген ZC3H11B как важный для астигматизма роговицы.[16] Кроме того, были идентифицированы два других локуса, чтобы продемонстрировать значимую общегеномную ассоциацию с астигматизмом роговицы. HERC2 и ЦПАН10 /NPLOC4.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000215817 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ а б «Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США, цинковый палец типа CCCH, содержащий 11B [Homo sapiens (human)]». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-15.
  4. ^ а б c "Исследователь инициативы монархов". monarchinitiative.org. Получено 2020-04-15.
  5. ^ Кассандри М., Смирнов А., Новелли Ф., Питолли С., Агостини М., Малевич М. и др. (13.11.2017). «Цинковые пальцы в здоровье и болезни». Открытие смерти клетки. 3 (1): 17071. Дои:10.1038 / cddiscovery.2017.71. ЧВК  5683310. PMID  29152378.
  6. ^ Трубестейн Л., Леонард Т.А. (сентябрь 2016 г.). "Спиральные катушки: длинное и короткое". BioEssays. 38 (9): 903–16. Дои:10.1002 / bies.201600062. ЧВК  5082667. PMID  27492088.
  7. ^ а б c d "UniProtKB - A0A1B0GTU1 (ZC11B_HUMAN) =". UniProt.
  8. ^ Холл TM (июнь 2005 г.). «Множественные способы распознавания РНК белками цинковых пальцев». Текущее мнение в структурной биологии. Последовательности и топология / Нуклеиновые кислоты. 15 (3): 367–73. Дои:10.1016 / j.sbi.2005.04.004. PMID  15963892.
  9. ^ а б "PredictProtein". PredictProtein.
  10. ^ Дхар Дж, Чакрабарти П. (июнь 2015 г.). «Определение петлевых структур в белках на основе составных имитаторов β-поворотов». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 28 (6): 153–61. Дои:10.1093 / белок / gzv017. PMID  25870305.
  11. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2020-04-15.
  12. ^ а б c d е «Серверы прогнозирования CBS». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-04-15.
  13. ^ Нестлер Э.Дж., Грингард П. (1999). «Фосфорилирование белков имеет фундаментальное значение в биологической регуляции». Основы нейрохимии: молекулярные, клеточные и медицинские аспекты. (6-е изд.).
  14. ^ Ян Х, Цянь К. (июль 2017 г.). «Белок O-GlcNAcylation: новые механизмы и функции». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология. 18 (7): 452–465. Дои:10.1038 / nrm.2017.22. ЧВК  5667541. PMID  28488703.
  15. ^ а б Fan Q, Barathi VA, Cheng CY, Zhou X, Meguro A, Nakata I и др. (2012). «Генетические варианты на хромосоме 1q41 влияют на аксиальную длину глаза и миопию высокой степени». PLOS Genetics. 8 (6): e1002753. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002753. ЧВК  3369958. PMID  22685421.
  16. ^ а б Шах Р.Л., Гуггенхайм Дж.А. (декабрь 2018 г.). «Полногеномные исследования ассоциации роговичного и рефракционного астигматизма в британском Биобанке демонстрируют общую роль локусов восприимчивости к миопии». Генетика человека. 137 (11–12): 881–896. Дои:10.1007 / s00439-018-1942-8. ЧВК  6267700. PMID  30306274.
  17. ^ а б «Миопия (близорукость)». www.aoa.org. Получено 2020-04-15.
  18. ^ Ву ПК, Хуанг Х.М., Ю ХДЖ, Фанг ПК, Чен СТ (2016). «Эпидемиология миопии». Азиатско-Тихоокеанский журнал офтальмологии. 5 (6): 386–393. Дои:10.1097 / APO.0000000000000236. PMID  27898441. S2CID  25797163.
  19. ^ Фредрик Д.Р. (май 2002 г.). «Миопия». BMJ. 324 (7347): 1195–9. Дои:10.1136 / bmj.324.7347.1195. ЧВК  1123161. PMID  12016188.
  20. ^ Парараджасегарам Р. (сентябрь 1999 г.). «VISION 2020 - право на зрение: от стратегии к действию». Американский журнал офтальмологии. 128 (3): 359–60. Дои:10.1016 / с0002-9394 (99) 00251-2. PMID  10511033.
  21. ^ Бхардвадж V, Раджешбхай GP (октябрь 2013 г.). «Осевая длина, глубина передней камеры - исследование в разных возрастных группах и аномалии рефракции». Журнал клинико-диагностических исследований. 7 (10): 2211–2. Дои:10.7860 / JCDR / 2013 / 7015.3473. ЧВК  3843406. PMID  24298478.
  22. ^ Cheng CY, Schache M, Ikram MK, Young TL, Guggenheim JA, Vitart V и др. (Август 2013). «Девять локусов осевой длины глаза, идентифицированные с помощью полногеномных ассоциативных исследований, включая общие локусы с ошибкой рефракции». Американский журнал генетики человека. 93 (2): 264–77. Дои:10.1016 / j.ajhg.2013.06.016. ЧВК  3772747. PMID  24144296.
  23. ^ Тан С.М., Ли Ф.Ф., Лу С.Ю., Кам К.В., Там П.О., Там С.С. и др. (Июль 2019). «Гены SNTB1 при миопии разной степени тяжести». Британский журнал офтальмологии. Дои:10.1136 / bjophthalmol-2019-314203. PMID  31300455.
  24. ^ "Что такое астигматизм?". Американская академия офтальмологии. 2018-08-31. Получено 2020-04-15.
  25. ^ Издательство, Гарвардское здоровье. "Астигматизм". Гарвардское Здоровье. Получено 2020-04-15.