Семейство гликозид гидролаз 19 - Википедия - Glycoside hydrolase family 19

Семейство гликозилгидролаз 19
PDB 2baa EBI.jpg
изысканная кристаллическая структура эндохитиназы из hordeum vulgare l. семена с разрешением 1,8 ангстрем
Идентификаторы
СимволGlyco_hydro_19
PfamPF00182
Pfam кланCL0037
ИнтерПроIPR000726
PROSITEPDOC00620
SCOP22baa / Объем / СУПФАМ
CAZyGH19
CDDcd00325

В молекулярной биологии Семейство гликозид гидролаз 19 это семья из гликозидгидролазы.

Гликозид гидролазы EC 3.2.1. представляют собой широко распространенную группу ферментов, которые гидролизовать то гликозидная связь между двумя или более углеводами или между углеводной и неуглеводной составляющей. Система классификации гликозидгидролаз, основанная на сходстве последовательностей, привела к определению> 100 различных семейств.[1][2][3] Эта классификация доступна на CAZy интернет сайт,[4][5] а также обсуждается в CAZypedia, онлайн-энциклопедии углеводно-активных ферментов.[6][7] y [_] 9

Семейство гликозид гидролаз 19 КАЗИ GH_19 содержит ферменты только с одной известной активностью; хитиназа (EC 3.2.1.14 ).

Хитиназы[8] представляют собой ферменты, которые катализируют гидролиз бета-1,4-N-ацетил-D-глюкозаминовых связей в хитиновых полимерах. Хитиназы принадлежат к семействам гликозидгидролаз 18 или 19.[9] Хитиназы семейства 19 (также известные как классы IA или I и IB или II) представляют собой ферменты растений, которые действуют в защите от грибковый и насекомое патогены уничтожая их хитинсодержащие клеточная стенка. Ферменты классов IA / I и IB / II различаются наличием (IA / I) или отсутствием (IB / II) N-концевого хитин-связывающего домена. Каталитический домен этих ферментов состоит примерно из 220-230 аминокислотных остатков.

Активный сайт

Активный центр хитиназы папайи 19 семейства гикозидгидролаз (PDB: 3cql​).[10] Сохраненные остатки показаны вокруг каталитической кислоты Glu67. Связывание единицы GlcNAc2 в субсайтах -1 и +1 показано узкими полосками, а стрелка указывает положение гликозидного кислорода.

Ферменты GH19 имеют консервативный мотив последовательности ([FHY] -GRG- [AP] -ζ-Q- [IL] - [ST] - [FHYW] - [HN] - [FY] - [NY], ζ = гидрофильный амино кислота) в его активном центре.[11]

Рекомендации

  1. ^ Henrissat B, Callebaut I, Fabrega S, Lehn P, Mornon JP, Davies G (июль 1995 г.). «Консервированный каталитический аппарат и прогнозирование общей складки для нескольких семейств гликозилгидролаз». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 92 (15): 7090–4. Bibcode:1995PNAS ... 92.7090H. Дои:10.1073 / пнас.92.15.7090. ЧВК  41477. PMID  7624375.
  2. ^ Дэвис Дж., Хенриссат Б. (сентябрь 1995 г.). «Строения и механизмы гликозилгидролаз». Структура. 3 (9): 853–9. Дои:10.1016 / S0969-2126 (01) 00220-9. PMID  8535779.
  3. ^ Henrissat B, Bairoch A (июнь 1996 г.). «Обновление классификации гликозилгидролаз на основе последовательностей». Биохимический журнал. 316 (Pt 2) (Pt 2): 695–6. Дои:10.1042 / bj3160695. ЧВК  1217404. PMID  8687420.
  4. ^ "Дома". CAZy.org. Получено 2018-03-06.
  5. ^ Ломбард V, Голаконда Рамулу Х, Друла Э, Коутиньо П.М., Хенриссат Б (январь 2014 г.). «База данных по углеводно-активным ферментам (CAZy) за 2013 год». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D490-5. Дои:10.1093 / нар / gkt1178. ЧВК  3965031. PMID  24270786.
  6. ^ «Семейство гликозид гидролаз 19». CAZypedia.org. Получено 2018-03-06.
  7. ^ Консорциум CAZypedia (декабрь 2018 г.). «Десять лет CAZypedia: живая энциклопедия углеводно-активных ферментов» (PDF). Гликобиология. 28 (1): 3–8. Дои:10.1093 / glycob / cwx089. PMID  29040563.
  8. ^ Flach J, Pilet PE, Jollès P (август 1992 г.). «Что нового в исследованиях хитиназы?». Experientia. 48 (8): 701–16. Дои:10.1007 / BF02124285. PMID  1516675. S2CID  37362071.
  9. ^ Henrissat B (декабрь 1991 г.). «Классификация гликозилгидролаз на основе сходства аминокислотных последовательностей». Биохимический журнал. 280 (Pt 2) (2): 309–16. Дои:10.1042 / bj2800309. ЧВК  1130547. PMID  1747104.
  10. ^ Эйсинк В., Хелл I, Ваайе-Колстада Г. (01.01.2010). «Структура и функция ферментов, действующих на хитин и хитозан». Обзоры биотехнологии и генной инженерии. 27 (1): 331–66. Дои:10.1080/02648725.2010.10648156. PMID  21415904.
  11. ^ Удая Пракаш Н.А., Джаянти М., Сабаринатан Р., Кангуане П., Мэтью Л., Секар К. (май 2010 г.). «Эволюция, сохранение гомологии и идентификация уникальных сигнатур последовательностей в хитиназах семейства GH19». Журнал молекулярной эволюции. 70 (5): 466–78. Bibcode:2010JMolE..70..466U. Дои:10.1007 / s00239-010-9345-z. PMID  20480157. S2CID  2202745.
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR000726