Метанмонооксигеназа - Википедия - Methane monooxygenase

Монооксигеназа в виде частиц
1yew opm.png
Идентификаторы
СимволpMMO
PfamPF02461
ИнтерПроIPR003393
OPM суперсемейство23
Белок OPM1 год

Метанмонооксигеназа (MMO) представляет собой фермент, способный окислять связь C-H в метан а также другие алканы.[1] Метанмонооксигеназа относится к классу оксидоредуктаза ферменты (EC 1.14.13.25 ).

Существует две формы MMO: хорошо изученная растворимая форма (sMMO) и форма твердых частиц (pMMO).[2] Активный центр в sMMO содержит дихелезный центр, соединенный атомом кислорода (Fe-O-Fe), тогда как активный центр в pMMO использует медь. Структуры обоих белков были определены с помощью рентгеновской кристаллографии; однако расположение и механизм активного сайта в pMMO все еще плохо изучены и являются областью активных исследований.

Метанмонооксигеназа в виде частиц и родственная аммиачная монооксигеназа являются интегральными мембранными белками, встречающимися в метанотрофах и окислителях аммиака, соответственно, которые считаются родственными.[3] Эти ферменты обладают относительно широкой субстратной специфичностью и могут катализировать окисление ряда субстратов, включая аммиак, метан, галогенированные углеводороды и ароматические молекулы.[4] Эти ферменты представляют собой гомотримеры, состоящие из 3 субъединиц - A (ИнтерПро: IPR003393 ), B (ИнтерПро: IPR006833 ) и C (ИнтерПро: IPR006980 ) и большинство из них содержат два центра мономеди.[5][6]

Подразделение А из Метилококк капсульный (Bath) находится в основном внутри мембраны и состоит из 7 трансмембранных спиралей и бета-шпильки, которая взаимодействует с растворимой областью субъединицы B. Считается, что консервативный остаток глутамата способствует образованию металлического центра.[5]

Метанмонооксигеназы обнаружены в метанотрофный бактерии, класс бактерий, которые существуют на границе аэробной (кислородсодержащей) и анаэробной (бескислородной) сред. Одной из наиболее широко изученных бактерий этого типа является Метилококк капсульный (Ванна). Эта бактерия была обнаружена в горячие источники из Бат, Англия.[7]

Системы растворимой метанмонооксигеназы (MMO)

Метанотрофные бактерии играют важную роль в круговороте углерода через анаэробные отложения. Химия, лежащая в основе цикла, берет химически инертный углеводород, метан, и превращает его в более активные частицы, метанол. Другие углеводороды окисляются MMO, поэтому новый катализатор гидроксилирования, основанный на понимании MMO-систем, возможно, мог бы более эффективно использовать мировые поставки природного газа.[8]

Это классическая монооксигеназная реакция, в которой два восстанавливающих эквивалента из НАД (P) H используются для расщепления связи O-O O2. Один атом восстанавливается до воды за счет 2 е- восстановления, а второй включается в субстрат с образованием метанола:[9]

CH4 + O2 + НАД (P) H + H+ -> СН3ОН + НАД (P)+ + H2О

Были обнаружены две формы MMO: растворимые и твердые. Наиболее охарактеризованные формы растворимых ММО содержат три белковых компонента: гидроксилазу, β-звено и редуктазу. Каждый из них необходим для эффективного гидроксилирования субстрата и окисления НАДН.[9]

Структура

Состояние покоя, окисление и восстановление ядра дижелезной кислоты.

Рентгеновская кристаллография MMO показывает, что это димер, состоящий из трех субъединиц, α2β2γ2. Кристаллография с разрешением 2,2 A показывает, что MMO представляет собой относительно плоскую молекулу с размерами 60 x 100 x 120 A. Вдобавок вдоль границы раздела димеров проходит широкий каньон с отверстием в центре молекулы. Большинство протомеров включает спирали из субъединиц α и β без участия субъединицы γ. Кроме того, взаимодействия с протомерами напоминают взаимодействие димера белка рибонуклеотидредуктазы R2, напоминающего сердце.[10][11] Каждое железо имеет шестикоординатную октаэдрическую среду. Центры биядерного железа расположены в субъединице α. Каждый атом железа также координирован с атомом гистидина δN, Fe 1 с His 147 и Fe 2 с His 246, Fe 1 лигирован с монодентатным карбоксилатом, Glu 114, полумостиковым кабоксилатом, Glu 144 и молекулой воды. .[8]

Субстрат должен связываться рядом с активным центром, чтобы реакция прошла. Рядом с центрами железа есть гидрофобные карманы. Считается, что здесь связывается метан и удерживается до тех пор, пока он не понадобится. По данным рентгеновской кристаллографии, прямого пути к этим пакетам нет. Однако небольшое изменение конформации в боковых цепях Phe 188 или The 213 может позволить доступ.[8] Это конформационное изменение может быть вызвано связыванием связывающего белка и активазы.

При восстановлении один из карбоксилатных лигандов претерпевает «1,2-карбоксилатный» сдвиг от концевого монодентатного лиганда к мостиковому лиганду для двух желез, при этом второй кислород координируется с Fe 2. В восстановленной форме ММОНкрасный, лигандное окружение для Fe эффективно становится пятикоординированным, форма, которая позволяет кластеру активировать кислород.[9] В этот момент два утюга окислены до FeIV и изменились с низкоспинового. ферромагнитный к высокоспиновому антиферромагнетику.

Предлагаемый каталитический цикл и механизм

Предлагаемый каталитический цикл для MMO.

Из MMOHкрасныйцентры дижелеза реагируют с O2 с образованием промежуточного продукта Р. Этот промежуточный продукт представляет собой разновидность перекиси, в которой атомы кислорода связаны симметрично, как показывают спектроскопические исследования.[12] Однако структура неизвестна. Промежуточный P затем превращается в промежуточный Q, который, как предполагалось, содержит два антиферромагнитно связанных высокоспиновых центра FeIV.[9] Это соединение Q с его алмазным ядром имеет решающее значение для окислителей MMO.

Предлагается два механизма взаимодействия соединения Q с алканом: радикальный и нерадикальный. Радикальный механизм начинается с отрыва атома водорода от субстрата с образованием QH (стадия, определяющая скорость), соединения Q с гидроксильным мостиком и свободного алкильного радикала. Нерадикальный механизм подразумевает согласованный путь, протекающий через четырехцентровое переходное состояние и ведущий к соединению «гидридо-алкил-Q». Начиная с 1999 г., исследования показывают, что окисление метана происходит по механизму связанных радикалов.

Было высказано предположение, что переходное состояние для радикального механизма включает торсионное движение гидроксильного ОН-лиганда до того, как метильный радикал сможет присоединиться к мостиковому гидроксильному лиганду с образованием спирта. По мере приближения радикала атом H алкана покидает компланарное трехкоординатное окружение O и изгибается вверх, создавая тетраэдрическое четырехкоординатное окружение O.[9]

Заключительный этап этой реакции - удаление спирта и регенерация катализаторов. Это может произойти несколькими способами. Это может быть ступенчатый механизм, который начинается с удаления спирта и промежуточного ядра Fe-O-Fe, а последнее может удалить воду и регенерировать фермент путем восстановления 2e. С другой стороны, он может начаться с 2e-восстановительного процесса соединения атома O1 с образованием молекулы воды с последующим удалением спирта и регенерацией фермента. Кроме того, возможно, что существует согласованный механизм, в соответствии с которым удаление метанола происходит спонтанно с 2e- восстановлением мостикового центра O1 и регенерацией катализатора.[9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Сазинский, Мэтью Х .; Липпард, Стивен Дж. (2015). "Глава 6 Метанмонооксигеназа: функционализация метана в железе и меди"В книге Питера М. Х. Кронека и Марты Э. Соса Торрес (ред.). Поддержание жизни на планете Земля: металлоферменты, усваивающие кислород и другие жевательные газы. Ионы металлов в науках о жизни. 15. Springer. С. 205–256. Дои:10.1007/978-3-319-12415-5_6. ISBN  978-3-319-12414-8. PMID  25707469.
  2. ^ Росс, Мэтью О .; Розенцвейг, Эми К. (2017). «Сказка о двух монооксигеназах метана». Журнал Джбич по биологической неорганической химии. 22 (2–3): 307–319. Дои:10.1007 / s00775-016-1419-y. ЧВК  5352483. PMID  27878395.
  3. ^ Холмс AJ, Костелло A, Lidstrom ME, Murrell JC (1995). «Доказательства того, что частицы метанмонооксигеназы и аммиачной монооксигеназы могут быть эволюционно связаны». FEMS Microbiol. Латыш. 132 (3): 203–208. Дои:10.1111 / j.1574-6968.1995.tb07834.x. PMID  7590173.
  4. ^ Arp DJ, Саяведра-Сото Л.А., Hommes NG (2002). «Молекулярная биология и биохимия окисления аммиака Nitrosomonas europaea». Arch. Микробиол. 178 (4): 250–255. Дои:10.1007 / s00203-002-0452-0. PMID  12209257. S2CID  27432735.
  5. ^ а б Либерман Р.Л., Розенцвейг А.С. (2005). «Кристаллическая структура мембраносвязанного металлофермента, который катализирует биологическое окисление метана». Природа. 434 (7030): 177–182. Bibcode:2005Натура.434..177л. Дои:10.1038 / природа03311. PMID  15674245. S2CID  30711411.
  6. ^ Росс, Мэтью О .; Макмиллан, Фрейзер; Ван, Цзинчжоу; Нисталь, Алекс; Лотон, Томас Дж .; Олафсон, Барри Д.; Мэйо, Стивен Л .; Розенцвейг, Эми С.; Хоффман, Брайан М. (10 мая 2019 г.). «Частичная метанмонооксигеназа содержит только одноядерные центры меди». Наука. 364 (6440): 566–570. Дои:10.1126 / science.aav2572. ISSN  0036-8075. ЧВК  6664434. PMID  31073062.
  7. ^ Далтон, Ховард; Уиттенбери, Роджер (август 1976 г.). «Метод восстановления ацетилена как анализ активности нитрогеназы в ванне для штамма метанокисляющей бактерии Methylococcus capsulatus». Архив микробиологии. 109 (1): 147–151. Дои:10.1007 / BF00425127. S2CID  21926661.
  8. ^ а б c Розенцвейг AC, Фредерик CA, Lippard SJ, Nordlund P (1993). «Кристаллическая структура бактериальной негемной гидроксилазы железа, которая катализирует биологическое окисление метана». Природа. 366 (6455): 537–543. Bibcode:1993Натура.366..537R. Дои:10.1038 / 366537a0. PMID  8255292. S2CID  4237249.
  9. ^ а б c d е ж Баш, Гарольд; и другие. (1999). «Механизм реакции превращения метана в метанол, катализируемый метанмоноксигеназой: исследование функции плотности». Варенье. Chem. Soc. 121 (31): 7249–7256. Дои:10.1021 / ja9906296.
  10. ^ Нордлунд П., Сьёберг Б.М., Эклунд Х. (1990). «Трехмерная структура свободнорадикального белка рибонуклеотидредуктазы». Природа. 345 (6276): 593–598. Bibcode:1990Натура.345..593Н. Дои:10.1038 / 345593a0. PMID  2190093. S2CID  4233134.
  11. ^ Нордлунд П., Эклунд Х (1993). «Структура и функция белка R2 рибонуклеотидредуктазы Escherichia coli». J. Mol. Биол. 232 (1): 123–164. Дои:10.1006 / jmbi.1993.1374. PMID  8331655.
  12. ^ Лю К.Е., Валентин А.М., Цю Д., Эдмондсон Д.Е., Аппельман Э.Х., Спиро Т.Г., Липпард С.Дж. (1995). «Характеристика промежуточного соединения пероксида диирона (III) в реакционном цикле метанмонооксигеназы гидроксилазы из Methylococcus capsulatus (Bath)». Журнал Американского химического общества. 117 (17): 4997–4998. Дои:10.1021 / ja00122a032.

дальнейшее чтение

  • Фраусто да Силва JJ, Уильямс RJ (2008). Биологическая химия элементов: неорганическая химия жизни (2-е изд.). Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. ISBN  978-0-19-850848-9.

внешняя ссылка

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR003393