SMARCA4 - Википедия - SMARCA4

SMARCA4
Белок SMARCA4 PDB 2grc.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыSMARCA4, BAF190, BAF190A, BRG1, MRD16, RTPS2, SNF2, SNF2L4, SNF2LB, SWI2, hSNF2b, CSS4, связанный с SWI / SNF, связанный с матрицей, актин-зависимый регулятор хроматина, подсемейство a, член 4
Внешние идентификаторыOMIM: 603254 MGI: 88192 ГомолоГен: 135927 Генные карты: SMARCA4
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Геномное расположение SMARCA4
Геномное расположение SMARCA4
Группа19p13.2Начинать10,961,001 бп[1]
Конец11,065,395 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE SMARCA4 208794 s в формате fs.png

PBB GE SMARCA4 208793 x в формате fs.png

PBB GE SMARCA4 213720 s в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

6597

20586

Ансамбль

ENSG00000127616

ENSMUSG00000032187

UniProt

P51532
Q9HBD4

Q3TKT4

RefSeq (мРНК)

NM_001174078
NM_001174079
NM_011417
NM_001357764

RefSeq (белок)

NP_001167549
NP_001167550
NP_035547
NP_001344693

Расположение (UCSC)Chr 19: 10.96 - 11.07 МбChr 9: 21,62 - 21,7 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Активатор транскрипции BRG1 также известный как АТФ-зависимый ремоделер хроматина SMARCA4 это белок что у людей кодируется SMARCA4 ген.[5]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом SWI / SNF семейство белков и похож на Брахма белок дрозофилы. Члены этой семьи имеют геликаза и АТФаза активности и, как полагают, регулируют транскрипцию определенных генов, изменяя хроматин структура вокруг этих генов. Кодируемый белок является частью большого АТФ-зависимое ремоделирование хроматина комплекс SWI / SNF, который необходим для активации транскрипции генов, обычно репрессированных хроматином. Кроме того, этот белок может связывать BRCA1, а также регулируют экспрессию онкогенного белка CD44.[6]

BRG1 работает, чтобы активировать или подавить транскрипцию. Наличие функционального BRG1 важно для развития после предимплантационной стадии. Не имея функционального BRG1, выставляется с нокаутировать исследования, эмбрион не вылупится из zona pellucida, что будет препятствовать имплантации на эндометрий (стенка матки). BRG1 также важен для развития сперматозоидов. На первых этапах мейоза у сперматогенез есть высокие уровни BRG1. Когда BRG1 генетически поврежден, мейоз останавливается в профаза 1, препятствует развитию сперматозоидов и может привести к бесплодию. Другие нокаутные исследования пришли к выводу, что BRG1 способствует развитию гладких мышц. При нокауте BRG1 гладкие мышцы желудочно-кишечного тракта теряют сократительную способность, а в некоторых случаях кишечник оказывается неполным. Другой дефект, возникающий при выключении BRG1 в развитии гладких мышц, - это сердечные осложнения, такие как открытый артериальный проток после рождения.[7][8]

Клиническое значение

BRG1 (или SMARCA4) является наиболее часто мутировавшей АТФазой, ремоделирующей хроматин при раке.[9] Мутации в этом гене были впервые обнаружены в линиях раковых клеток человека, происходящих из надпочечников.[10] и легкое.[11] Позже было признано, что мутации существуют со значительной частотой: медуллобластома рак поджелудочной железы и многие другие подтипы опухолей.[12][13][14]

При раке мутации в BRG1 демонстрируют необычно высокое предпочтение миссенс-мутациям, которые часто являются гетерозиготными и нацелены на домен АТФазы.[15][9] Мутации обогащены высококонсервативными последовательностями АТФазы.[16], которые лежат на важных функциональных поверхностях, таких как карман АТФ или ДНК-связывающая поверхность.[15] Эти мутации действуют генетически доминантным образом, изменяя регуляторную функцию хроматина в энхансерах.[15] и промоутеры.[16]

Мутации BRG1 связаны с контекстно-зависимыми изменениями экспрессии MYC-генов, что указывает на функциональное родство белков BRG1 и MYC.[15][11][17] Другое исследование продемонстрировало причинную роль BRG1 в контроле дифференцировки клеток, индуцированной ретиноевой кислотой и глюкокортикоидами, при раке легких и других типах опухолей. Это позволяет раковой клетке поддерживать программы экспрессии недифференцированных генов, которые влияют на контроль ключевых клеточных процессов. Кроме того, это объясняет, почему рак легких и другие солидные опухоли полностью невосприимчивы к лечению, основанному на этих соединениях, которые являются эффективными методами лечения некоторых типов лейкемии.[18]

Роль BRG1 в чувствительности или устойчивости к противораковым препаратам недавно была подчеркнута при выяснении механизмов действия даринапарсина, противоракового препарата на основе мышьяка. Было показано, что даринапарсин индуцирует фосфорилирование BRG1, что приводит к его исключению из хроматина. Будучи исключенным из хроматина, BRG1 больше не может действовать как ко-регулятор транскрипции. Это приводит к неспособности клеток экспрессировать HO-1, цитопротекторный фермент.[19]

Взаимодействия

SMARCA4 был показан взаимодействовать с:

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000127616 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000032187 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Чиба Х., Мурамацу М., Номото А., Като Х. (май 1994 г.). «Два человеческих гомолога Saccharomyces cerevisiae SWI2 / SNF2 и Drosophila brahma являются транскрипционными коактиваторами, взаимодействующими с рецептором эстрогена и рецептором ретиноевой кислоты». Исследования нуклеиновых кислот. 22 (10): 1815–20. Дои:10.1093 / nar / 22.10.1815. ЧВК  308079. PMID  8208605.
  6. ^ «Ген Entrez: SMARCA4, связанный с SWI / SNF, связанный с матриксом, актин-зависимый регулятор хроматина, подсемейство а, член 4».
  7. ^ Ким Й., Федориу А.М., Магнусон Т. (март 2012 г.). «Существенная роль комплекса, ремоделирующего хроматин SWI / SNF млекопитающих во время мужского мейоза». Разработка. 139 (6): 1133–40. Дои:10.1242 / dev.073478. ЧВК  3283123. PMID  22318225.
  8. ^ Чжан М., Чен М., Ким Дж. Р., Чжоу Дж., Джонс Р. Э., Тюн Дж. Д., Кассаб Г. С., Мецгер Д., Альфельд С., Конвей С. Дж., Херринг Б. П. (июль 2011 г.). «Комплексы SWI / SNF, содержащие Brahma или родственный Brahma ген 1, играют разные роли в развитии гладких мышц». Молекулярная и клеточная биология. 31 (13): 2618–31. Дои:10.1128 / MCB.01338-10. ЧВК  3133369. PMID  21518954.
  9. ^ а б Ходжес К., Киркланд Дж. Г., Крэбтри Г. Р. (август 2016 г.). «Множество ролей BAF (mSWI / SNF) и комплексов PBAF в раке». Перспективы Колд-Спринг-Харбор в медицине. 6 (8): a026930. Дои:10.1101 / cshperspect.a026930. ЧВК  4968166. PMID  27413115.
  10. ^ Dunaief JL, Strober BE, Guha S, Khavari PA, Alin K, Luban J, Begemann M, Crabtree GR, Goff SP (октябрь 1994 г.). «Белок ретинобластомы и BRG1 образуют комплекс и взаимодействуют, чтобы вызвать остановку клеточного цикла». Клетка. 79 (1): 119–30. Дои:10.1016/0092-8674(94)90405-7. PMID  7923370. S2CID  7058539.
  11. ^ а б Медина П.П., Ромеро О.А., Коно Т., Монтуенга Л.М., Пио Р., Йокота Дж., Санчес-Сеспедес М. (май 2008 г.). «Частые мутации, инактивирующие BRG1 / SMARCA4 в клеточных линиях рака легких человека». Человеческая мутация. 29 (5): 617–22. Дои:10.1002 / humu.20730. PMID  18386774. S2CID  8596785.
  12. ^ Джонс Д. Т., Джегер Н., Кул М., Зихнер Т., Хаттер Б., Султан М. и др. (Август 2012 г.). «Рассмотрение геномной сложности, лежащей в основе медуллобластомы». Природа. 488 (7409): 100–5. Дои:10.1038 / природа11284. ЧВК  3662966. PMID  22832583.
  13. ^ Шаин А.Х., Джакомини С.П., Мацукума К., Карикари К.А., Башьям, доктор медицины, Идальго М., Майтра А., Поллак-младший (январь 2012 г.). «Конвергентные структурные изменения определяют ремоделер хроматина SWItch / Sucrose NonFermentable (SWI / SNF) как центральный комплекс, подавляющий опухоль при раке поджелудочной железы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (5): E252–9. Дои:10.1073 / pnas.1114817109. ЧВК  3277150. PMID  22233809.
  14. ^ Шайн А.Х., Поллак-младший (2013). «Спектр мутаций SWI / SNF, повсеместно распространенных при раке человека». PLOS ONE. 8 (1): e55119. Дои:10.1371 / journal.pone.0055119. ЧВК  3552954. PMID  23355908.
  15. ^ а б c d Ходжес Х.С., Стэнтон Б.З., Чермакова К., Чанг С.Й., Миллер Е.Л., Киркланд Дж. Г., Ку В.Л., Веверка В., Чжао К., Крэбтри Г.Р. (январь 2018 г.). «Доминантно-отрицательные мутанты SMARCA4 изменяют ландшафт доступности энхансеров, не ограниченных тканями». Структурная и молекулярная биология природы. 25 (1): 61–72. Дои:10.1038 / с41594-017-0007-3. ЧВК  5909405. PMID  29323272.
  16. ^ а б Стэнтон Б.З., Ходжес К., Каларко Дж. П., Браун С. М., Ку В. Л., Кадоч К., Чжао К., Крэбтри Г. Р. (февраль 2017 г.). «Мутации Smarca4 АТФазы нарушают прямое вытеснение PRC1 из хроматина». Природа Генетика. 49 (2): 282–288. Дои:10,1038 / нг.3735. ЧВК  5373480. PMID  27941795.
  17. ^ Ромеро О.А., Санчес-Сеспедес М. (май 2014 г.). «Генетическая блокада SWI / SNF: влияние на дифференциацию клеток, рак и болезни развития». Онкоген. 33 (21): 2681–9. Дои:10.1038 / onc.2013.227. PMID  23752187.
  18. ^ Ромеро О.А., Сетьен Ф., Джон С., Хименес-Ксавьер П., Гомес-Лопес Дж., Пизано Д., Кондом Э, Вильянуэва А., Хагер Г.Л., Санчес-Сеспедес М. (июль 2012 г.). «Супрессор опухолей и фактор ремоделирования хроматина BRG1 противодействует активности Myc и способствует дифференцировке клеток при раке человека». EMBO Молекулярная медицина. 4 (7): 603–16. Дои:10.1002 / emmm.201200236. ЧВК  3407948. PMID  22407764.
  19. ^ Гарнье Н., Петруччелли Л.А., Молина М.Ф., Курелис М., Кван С., Диаз З., Шиппер Х.М., Гупта А., дель Ринкон С.В., Манн К.К., Миллер WH (ноябрь 2013 г.). «Новый мышьяковистый даринапарсин позволяет обойти BRG1-зависимую, опосредованную HO-1 цитопротекцию в лейкозных клетках». Лейкемия. 27 (11): 2220–8. Дои:10.1038 / leu.2013.54. PMID  23426167.
  20. ^ а б c d е ж грамм Ван В., Коте Дж., Сюэ Й., Чжоу С., Хавари П.А., Биггар С.Р., Мухардт С., Калпана Г.В., Гофф С.П., Янив М., Уоркман Д.Л., Крэбтри Г.Р. «Очистка и биохимическая гетерогенность комплекса SWI-SNF млекопитающих». Журнал EMBO. 15 (19): 5370–82. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. ЧВК  452280. PMID  8895581.
  21. ^ а б c d е ж грамм Чжао К., Ван В., Рандо О.Дж., Сюэ Ю., Свидерек К., Куо А., Крэбтри Г.Р. (ноябрь 1998 г.). «Быстрое и фосфоинозитол-зависимое связывание SWI / SNF-подобного комплекса BAF с хроматином после передачи сигналов рецептора Т-лимфоцитов». Клетка. 95 (5): 625–36. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81633-5. PMID  9845365. S2CID  3184211.
  22. ^ Hurlstone AF, Olave IA, Barker N, van Noort M, Clevers H (май 2002 г.). «Клонирование и характеристика hELD / OSA1, нового белка, взаимодействующего с BRG1». Биохимический журнал. 364 (Pt 1): 255–64. Дои:10.1042 / bj3640255. ЧВК  1222568. PMID  11988099.
  23. ^ Иноуэ Х., Фурукава Т., Джаннакопулос С., Чжоу С., Кинг Д.С., Танезе Н. (ноябрь 2002 г.). «Крупнейшие субъединицы комплекса ремоделирования хроматина SWI / SNF человека способствуют активации транскрипции рецепторами стероидных гормонов». Журнал биологической химии. 277 (44): 41674–85. Дои:10.1074 / jbc.M205961200. PMID  12200431.
  24. ^ Hill DA, де ла Серна, Иллинойс, Veal TM, Imbalzano AN (апрель 2004 г.). «BRCA1 взаимодействует с доминантно-негативными ферментами SWI / SNF, не влияя на гомологичную рекомбинацию или индуцированную излучением активацию гена p21 или Mdm2». Журнал клеточной биохимии. 91 (5): 987–98. Дои:10.1002 / jcb.20003. PMID  15034933. S2CID  40668596.
  25. ^ Бочар Д.А., Ван Л., Бения Х., Кинев А., Сюэ У., Лейн В.С., Ван В., Кашанчи Ф., Шихаттар Р. (июль 2000 г.). «BRCA1 связан с человеческим комплексом, связанным с SWI / SNF: связывая ремоделирование хроматина с раком груди». Клетка. 102 (2): 257–65. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00030-1. PMID  10943845. S2CID  6500100.
  26. ^ Баркер Н., Херлстон А., Мусиси Х, Майлз А., Бьенц М., Клеверс Х. (сентябрь 2001 г.). «Фактор ремоделирования хроматина Brg-1 взаимодействует с бета-катенином, способствуя активации целевого гена». Журнал EMBO. 20 (17): 4935–43. Дои:10.1093 / emboj / 20.17.4935. ЧВК  125268. PMID  11532957.
  27. ^ Нильсен А.Л., Санчес К., Ичиносе Х., Червиньо М., Леруж Т., Шамбон П., Лоссон Р. (ноябрь 2002 г.). «Селективное взаимодействие между фактором ремоделирования хроматина BRG1 и гетерохроматином-ассоциированным белком HP1alpha». Журнал EMBO. 21 (21): 5797–806. Дои:10.1093 / emboj / cdf560. ЧВК  131057. PMID  12411497.
  28. ^ а б ДиРензо Дж, Шан Й., Фелан М., Сиф С., Майерс М., Кингстон Р., Браун М. (октябрь 2000 г.). «BRG-1 привлекается к эстроген-чувствительным промоторам и взаимодействует с факторами, участвующими в ацетилировании гистонов». Молекулярная и клеточная биология. 20 (20): 7541–9. Дои:10.1128 / MCB.20.20.7541-7549.2000. ЧВК  86306. PMID  11003650.
  29. ^ Нейш А.С., Андерсон С.Ф., Шлегель Б.П., Вей В., Парвин Д.Д. (февраль 1998 г.). «Факторы, связанные с холоферментом РНК-полимеразы II млекопитающих». Исследования нуклеиновых кислот. 26 (3): 847–53. Дои:10.1093 / nar / 26.3.847. ЧВК  147327. PMID  9443979.
  30. ^ Вонг А.К., Шанахан Ф., Чен Й, Лиан Л., Ха П, Хендрикс К., Гаффари С., Илиев Д., Пенн Б., Вудленд А.М., Смит Р., Салада Г., Карилло А., Лайти К., Гупте Дж., Сведлунд Б., Тавтиджан С. , Teng DH, Lees E (ноябрь 2000 г.). «BRG1, компонент комплекса SWI-SNF, мутирован во множестве линий опухолевых клеток человека». Исследования рака. 60 (21): 6171–7. PMID  11085541.
  31. ^ Шанахан Ф., Сегеззи В., Парри Д., Махони Д., Лис Е. (февраль 1999 г.). «Циклин E связывается с BAF155 и BRG1, компонентами комплекса SWI-SNF млекопитающих, и изменяет способность BRG1 вызывать остановку роста». Молекулярная и клеточная биология. 19 (2): 1460–9. Дои:10.1128 / mcb.19.2.1460. ЧВК  116074. PMID  9891079.
  32. ^ Ichinose H, Garnier JM, Chambon P, Losson R (март 1997 г.). «Лиганд-зависимое взаимодействие между рецептором эстрогена и человеческими гомологами SWI2 / SNF2». Ген. 188 (1): 95–100. Дои:10.1016 / S0378-1119 (96) 00785-8. PMID  9099865.
  33. ^ а б c d е Оцуки Т., Фурукава Ю., Икеда К., Эндо Х., Ямасита Т., Шинохара А., Ивамацу А., Одзава К., Лю Дж. М. (ноябрь 2001 г.). «Белок анемии Fanconi, FANCA, ассоциируется с BRG1, компонентом комплекса SWI / SNF человека». Молекулярная генетика человека. 10 (23): 2651–60. Дои:10.1093 / hmg / 10.23.2651. PMID  11726552.
  34. ^ Reuter TY, Medhurst AL, Waisfisz Q, Zhi Y, Herterich S, Hoehn H, Gross HJ, Joenje H, Hoatlin ME, Mathew CG, Huber PA (октябрь 2003 г.). «Двухгибридный скрининг дрожжей подразумевает участие белков анемии Фанкони в регуляции транскрипции, передаче сигналов в клетках, окислительном метаболизме и клеточном транспорте». Экспериментальные исследования клеток. 289 (2): 211–21. Дои:10.1016 / S0014-4827 (03) 00261-1. PMID  14499622.
  35. ^ а б Кузьмичев А., Чжан Ю., Эрдджумент-Бромаж Х, Темпст П., Рейнберг Д. (февраль 2002 г.). «Роль комплекса Sin3-гистондеацетилаза в регуляции роста кандидатом в супрессор опухоли p33 (ING1)». Молекулярная и клеточная биология. 22 (3): 835–48. Дои:10.1128 / MCB.22.3.835-848.2002. ЧВК  133546. PMID  11784859.
  36. ^ Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
  37. ^ Парк Дж., Вуд М.А., Коул М.Д. (март 2002 г.). «BAF53 образует отдельные ядерные комплексы и функционирует как важный ядерный кофактор, взаимодействующий с c-Myc для онкогенной трансформации». Молекулярная и клеточная биология. 22 (5): 1307–16. Дои:10.1128 / MCB.22.5.1307-1316.2002. ЧВК  134713. PMID  11839798.
  38. ^ Сяо П.В., Фрайер С.Дж., Троттер К.В., Ван В., Арчер Т.К. (сентябрь 2003 г.). «BAF60a опосредует важные взаимодействия между ядерными рецепторами и комплексом ремоделирования хроматина BRG1 для трансактивации». Молекулярная и клеточная биология. 23 (17): 6210–20. Дои:10.1128 / MCB.23.17.6210-6220.2003. ЧВК  180928. PMID  12917342.
  39. ^ Валлберг А.Е., Нили К.Э., Хассан А.Х., Густафссон Дж.А., Уоркман Д.Л., Райт А.П. (март 2000 г.). «Вовлечение комплекса ремоделирования хроматина SWI-SNF как механизм активации гена доменом активации тау1 рецептора глюкокортикоидов». Молекулярная и клеточная биология. 20 (6): 2004–13. Дои:10.1128 / MCB.20.6.2004-2013.2000. ЧВК  110817. PMID  10688647.
  40. ^ Ли Д., Ким Дж. В., Со Т., Хван С. Г., Чхве Э. Дж., Чхве Дж. (Июнь 2002 г.). «Комплекс SWI / SNF взаимодействует с опухолевым супрессором р53 и необходим для активации р53-опосредованной транскрипции». Журнал биологической химии. 277 (25): 22330–7. Дои:10.1074 / jbc.M111987200. PMID  11950834.
  41. ^ а б c d Сиф С., Саурин А.Дж., Имбальзано А.Н., Кингстон Р.Е. (март 2001 г.). «Очистка и характеристика mSin3A-содержащих Brg1 и hBrm комплексов ремоделирования хроматина». Гены и развитие. 15 (5): 603–18. Дои:10.1101 / gad.872801. ЧВК  312641. PMID  11238380.
  42. ^ Ван С., Чжан Б., Фаллер Д.В. (июнь 2002 г.). «Prohibitin требует Brg-1 и Brm для подавления E2F и роста клеток». Журнал EMBO. 21 (12): 3019–28. Дои:10.1093 / emboj / cdf302. ЧВК  126057. PMID  12065415.
  43. ^ Салливан EK, Weirich CS, Guyon JR, Sif S, Kingston RE (сентябрь 2001 г.). «Домены транскрипционной активации человеческого фактора теплового шока 1 рекрутируют человеческий SWI / SNF». Молекулярная и клеточная биология. 21 (17): 5826–37. Дои:10.1128 / MCB.21.17.5826-5837.2001. ЧВК  87302. PMID  11486022.
  44. ^ Хуан М., Цянь Ф., Ху Й., Анг Ц., Ли З., Вэнь З. (октябрь 2002 г.). «Фактор ремоделирования хроматина BRG1 селективно активирует подмножество генов, индуцируемых интерфероном-альфа». Природа клеточной биологии. 4 (10): 774–81. Дои:10.1038 / ncb855. PMID  12244326. S2CID  251794.
  45. ^ Мариньяни П.А., Канаи Ф., Карпентер С.Л. (август 2001 г.). «LKB1 связывается с Brg1 и необходим для остановки роста, вызванного Brg1». Журнал биологической химии. 276 (35): 32415–8. Дои:10.1074 / jbc.C100207200. PMID  11445556.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка