Семейство гликозид гидролаз 36 - Википедия - Glycoside hydrolase family 36
| Мелибиаза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 кристаллическая структура рисовой альфа-галактозидазы | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Мелибиаза | ||||||||
| Pfam | PF02065 | ||||||||
| Pfam клан | CL0058 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000111 | ||||||||
| SCOP2 | 1ktc / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| CAZy | GH36 | ||||||||
| |||||||||
| Raffinose_syn | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Raffinose_syn | ||||||||
| Pfam | PF05691 | ||||||||
| Pfam клан | CL0058 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR008811 | ||||||||
| CAZy | GH36 | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии семейство гликозид гидролаз 36 это семья из гликозидгидролазы.
Гликозид гидролазы EC 3.2.1. представляют собой широко распространенную группу ферментов, которые гидролизовать то гликозидная связь между двумя или более углеводами или между углеводной и неуглеводной составляющей. Система классификации гликозидгидролаз, основанная на сходстве последовательностей, привела к определению> 100 различных семейств.[1][2][3] Эта классификация доступна на CAZy интернет сайт,[4][5] а также обсуждается в CAZypedia, онлайн-энциклопедии углеводно-активных ферментов.[6][7]
Семейство гликозидгидролаз 36 вместе с семья 31 и семья 27 альфа-галактозидазы образуют гликозилгидролазный клан GH-D, суперсемейство альфа-галактозидаз, альфа-N-ацетилгалактозаминидазы, и изомальтодекстраназы которые могут иметь общие каталитический механизм и структурная топология.
Альфа-галактозидаза (EC 3.2.1.22 ) (мелибиаза)[8] катализирует гидролиз мелибиоза в галактоза и глюкоза. У человека дефицит этого фермента является причиной Болезнь Фабри (Х-сцепленный сфинголипидоз). Альфа-галактозидаза присутствует во многих организмах. Существует значительная степень сходства в последовательности альфа-галактозидазы из разных эукариотический разновидность. кишечная палочка альфа-галактозидаза (ген melA), которой необходимы НАД и магний в качестве кофакторов, структурно не связана с эукариотическими ферментами; напротив, кишечная палочка плазмида кодируемая альфа-галактозидаза (ген rafA P16551)[9] содержит область примерно из 50 аминокислот, которая аналогична домену эукариотических альфа-галактозидаз. Альфа-N-ацетилгалактозаминидаза (EC 3.2.1.49 )[10] катализирует гидролиз концевых невосстанавливающих остатков N-ацетил-D-галактозамина в N-ацетил-альфа-D-галактозаминидах. У человека дефицит этого фермента является причиной Шиндлер и Болезни Канзаки. Последовательность этого фермента очень близка к последовательности альфа-галактозидаз эукариот.
В это семейство также входят рафиноза белки синтазы, также известные как ингибирование семян (Sip1) белки. Рафиноза (O-альфа-D-галактопиранозил- (1 -> 6) - O-альфа- D-глюкопиранозил- (1 <--> 2) - O-бета-D-фруктофуранозид) является широко распространенным олигосахарид в растение семена и другие ткани. Рафинозосинтаза EC 2.4.1.82 это ключ фермент что каналы сахароза в путь олигосахаридов рафинозы.[11]
Семейство гликозидгидролаз 36 также включает ферменты с α-N-ацетилгалактозаминидазой. EC 3.2.1.49 и стахиозосинтаза EC 2.4.1.67 виды деятельности.
Семейство 36 гликозидгидролаз можно подразделить на 11 семейств, от GH36A до GH36K.[12]
Рекомендации
- ^ Хенриссат Б., Каллебаут I, Морнон Дж. П., Фабрега С., Лен П., Дэвис Г. (1995). «Консервированный каталитический аппарат и прогнозирование общей складки для нескольких семейств гликозилгидролаз». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 92 (15): 7090–7094. Bibcode:1995PNAS ... 92.7090H. Дои:10.1073 / пнас.92.15.7090. ЧВК 41477. PMID 7624375.
- ^ Хенриссат Б., Дэвис Г. (1995). «Строения и механизмы гликозилгидролаз». Структура. 3 (9): 853–859. Дои:10.1016 / S0969-2126 (01) 00220-9. PMID 8535779.
- ^ Байрох, А. "Классификация семейств гликозилгидролаз и индекс записей гликозилгидролаз в SWISS-PROT". 1999 г.
- ^ "Дома". CAZy.org. Получено 2018-03-06.
- ^ Ломбард, Винсент; Голаконда Рамулу, Хемалата; Друла, Элоди; Coutinho, Pedro M .; Хенриссат, Бернар (01.01.2014). «База данных по углеводно-активным ферментам (CAZy) за 2013 год». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (D1): D490 – D495. Дои:10.1093 / нар / gkt1178. ISSN 0305-1048. ЧВК 3965031. PMID 24270786.
- ^ «Семейство гликозид гидролаз 36». CAZypedia.org. Получено 2018-03-06.
- ^ Консорциум CAZypedia (01.12.2018). «Десять лет CAZypedia: живая энциклопедия углеводно-активных ферментов» (PDF). Гликобиология. 28 (1): 3–8. Дои:10.1093 / glycob / cwx089. ISSN 1460-2423. PMID 29040563.
- ^ Дей ПМ, Придхэм Дж. Б. (1972). «Биохимия -галактозидаз». Adv. Энзимол. Relat. Районы Мол. Биол. 36: 91–120. Дои:10.1002 / 9780470122815.ch3. PMID 4561015.
- ^ Асланидис К., Шмид К., Шмитт Р. (1989). «Нуклеотидные последовательности и структура оперона плазмидных генов, опосредующих поглощение и использование рафинозы в Escherichia coli». J. Bacteriol. 171 (12): 6753–6763. Дои:10.1128 / jb.171.12.6753-6763.1989. ЧВК 210573. PMID 2556373.
- ^ Ван А.М., Епископ Д.Ф., Десник Р.Дж. (1990). «Молекулярное клонирование человеческой альфа-N-ацетилгалактозаминидазы, нуклеотидная последовательность и экспрессия полноразмерной кДНК. Гомология с человеческой альфа-галактозидазой А предполагает эволюцию от общего предкового гена». J. Biol. Chem. 265 (35): 21859–21866. PMID 2174888.
- ^ Peterbauer T, Mach L, Mucha J, Richter A (сентябрь 2002 г.). «Функциональная экспрессия кДНК, кодирующей раффинозосинтазу гороха (Pisum sativum L.), частичная очистка фермента из созревающих семян и стационарный кинетический анализ синтеза рафинозы». Planta. 215 (5): 839–46. Дои:10.1007 / s00425-002-0804-7. PMID 12244450. S2CID 449826.
- ^ Наумов Д.Г. (2011). «Иерархическая классификация гликозидгидролаз». Биохимия (Москва). 76 (6): 622–35. Дои:10.1134 / S0006297911060022. PMID 21639842. S2CID 206838603.
