CTBP2 - CTBP2

CTBP2
Белок CTBP2 PDB 2ome.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыCTBP2, C-концевой связывающий белок 2
Внешние идентификаторыOMIM: 602619 MGI: 1201686 ГомолоГен: 75187 Генные карты: CTBP2
Расположение гена (человек)
Хромосома 10 (человек)
Chr.Хромосома 10 (человек)[1]
Хромосома 10 (человек)
Геномное расположение CTBP2
Геномное расположение CTBP2
Группа10q26.13Начните124,984,317 бп[1]
Конец125,161,170 бп[1]
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001170744
NM_009980
NM_001347623

RefSeq (белок)

NP_001164215
NP_001334552
NP_034110

Расположение (UCSC)Chr 10: 124.98 - 125.16 МбChr 7: 132,99 - 133,12 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

C-концевой связывающий белок 2 также известен как CtBP2 это белок что у людей кодируется CTBP2 ген.[5][6][7]

Функция

CtBPs - CtBP1 и CtBP2 у млекопитающих - одни из наиболее охарактеризованных транскрипционных корепрессоры.[8] Обычно они отключают свои целевые гены. Они делают это путем связывания с ДНК-связывающими белками, специфичными для последовательности, которые несут короткий мотив общей формы пролин-изолейцин-аспартат-лейцин-серин (мотив PIDLS). Затем они привлекают ферменты, модифицирующие гистоны, гистоновые деацетилазы, гистон метилазы и гистон деметилазы. Считается, что эти ферменты работают вместе, удаляя активирующие и добавляя репрессивные гистоновые метки. Например, гистондеацетилаза 1 (HDAC1 ) и HDAC2 может удалить активирующую метку гистон 3 ацетил лизин 9 (H3K9Ac), затем гистоновую метилазу G9a может добавлять метильные группы, в то время как гистоновая деметилаза лизинспецифическая деметилаза 1 (LSD1 ) можно удалить активирующую метку H3K4me.[9]

CtBP связываются со многими различными ДНК-связывающими белками, а также с корепрессорами, которые сами связаны с ДНК-связывающими белками, такими как Friend of GATA (Туман ).[10] CtBPs могут также димеризоваться и мультимеризоваться для связывания более крупных транскрипционных комплексов. Они, по-видимому, в первую очередь являются каркасными белками, которые позволяют собирать комплексы репрессии генов.

Одним из интересных аспектов CtBP является их способность связываться с НАДН и в меньшей степени НАД+. Было высказано предположение, что это позволит им определять метаболический статус клетки и регулировать гены в ответ на изменения NADH / NAD.+ соотношение. Соответственно, было обнаружено, что CtBP играют важную роль в биологии жира, связываясь с ключевыми белками, такими как PRDM16, NRIP, и FOG2.[11]

Полные функциональные роли белков CtBP у млекопитающих сложно оценить из-за частичной избыточности между CtBP1 и CtBP2.[12] Сходным образом ранняя летальность мышей с нокаутом по CtBP2 и с двойным нокаутом препятствовала детальному анализу клеточных эффектов удаления этих белков. Важные результаты были получены на модельных организмах, где есть только один ген CtBP. В Дрозофила CtBP участвует в разработке и в циркадные ритмы.[13] В черве C. elegans CtBP участвует в продолжительности жизни.[14] И циркадные ритмы, и продолжительность жизни, по-видимому, связаны с метаболизмом, поддерживая роль CtBP в метаболическом восприятии.

Ген CtBP2 млекопитающих продуцирует альтернативные транскрипты, кодирующие два различных белка. Помимо репрессора транскрипции (корепрессор ), о чем говорилось выше, существует более длинная изоформа, которая является основным компонентом специализированных синапсов, известных как синаптические ленты. Оба белка содержат НАД+ связывающий домен, аналогичный НАД+-зависимые дегидрогеназы 2-гидроксикислот. Часть 3'-непереведенный регион был использован для картирования этого гена на хромосоме 21q21.3; однако было отмечено, что подобные локусы в другом месте генома вероятны. Бласт-анализ показывает, что этот ген присутствует на 10-й хромосоме.[7]

Взаимодействия

CTBP2 был показан взаимодействовать с участием:

использованная литература

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000175029 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030970 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б Тернер Дж., Кроссли М. (сентябрь 1998 г.). «Клонирование и характеристика mCtBP2, корепрессора, который ассоциируется с основным Krüppel-подобным фактором и другими регуляторами транскрипции млекопитающих». EMBO J. 17 (17): 5129–40. Дои:10.1093 / emboj / 17.17.5129. ЧВК  1170841. PMID  9724649.
  6. ^ Чиннадурай Г. (февраль 2002 г.). «CtBP, нетрадиционный корепрессор транскрипции в развитии и онкогенезе». Мол. Ячейка. 9 (2): 213–24. Дои:10.1016 / S1097-2765 (02) 00443-4. PMID  11864595.
  7. ^ а б «Ген Entrez: CTBP2 C-концевой связывающий белок 2».
  8. ^ Тернер Дж., Кроссли М. (август 2001 г.). «Семейство CtBP: загадочные и ферментативные ко-репрессоры транскрипции». BioEssays. 23 (8): 683–90. Дои:10.1002 / bies.1097. PMID  11494316. S2CID  22273095.
  9. ^ Ши Ю., Лан Ф., Мэтсон С., Маллиган П., Ветстайн Дж. Р., Коул П. А., Касеро Р. А., Ши И. (декабрь 2004 г.). «Деметилирование гистонов, опосредованное ядерным гомологом аминоксидазы LSD1». Ячейка. 119 (7): 941–53. Дои:10.1016 / j.cell.2004.12.012. PMID  15620353. S2CID  10847230.
  10. ^ Фокс А.Х., Лью С., Холмс М., Ковальски К., Маккей Дж., Кроссли М. (май 1999 г.). «Транскрипционные кофакторы семейства FOG взаимодействуют с белками GATA посредством нескольких цинковых пальцев». EMBO J. 18 (10): 2812–22. Дои:10.1093 / emboj / 18.10.2812. ЧВК  1171362. PMID  10329627.
  11. ^ Джек Б. Х., Пирсон Р. К., Кроссли М. (май 2011 г.). «С-концевой связывающий белок: метаболический сенсор, участвующий в регуляции адипогенеза». Int. J. Biochem. Cell Biol. 43 (5): 693–6. Дои:10.1016 / j.biocel.2011.01.017. PMID  21281737.
  12. ^ Хильдебранд Дж. Д., Сориано П. (август 2002 г.). «Перекрывающиеся и уникальные роли C-концевого связывающего белка 1 (CtBP1) и CtBP2 во время развития мышей». Мол. Cell. Биол. 22 (15): 5296–307. Дои:10.1128 / mcb.22.15.5296-5307.2002. ЧВК  133942. PMID  12101226.
  13. ^ Ито Т.К., Мацумото А., Танимура Т. (2013). «C-концевой связывающий белок (CtBP) активирует экспрессию генов часов E-бокса с помощью CLOCK / CYCLE у Drosophila». PLOS ONE. 8 (4): e63113. Дои:10.1371 / journal.pone.0063113. ЧВК  3640014. PMID  23646183.
  14. ^ Чен С., Ветстайн Дж. Р., Гош С., Ганновер Дж. А., Гали Р. Р., Гросу П., Ши Й. (февраль 2009 г.). «Консервированный НАД (H) -зависимый корепрессор CTBP-1 регулирует продолжительность жизни Caenorhabditis elegans». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 106 (5): 1496–501. Дои:10.1073 / pnas.0802674106. ЧВК  2635826. PMID  19164523.
  15. ^ а б Тернер Дж, Николас Х, Епископ Д., Мэтьюз Дж. М., Кроссли М. (2003). «Белок LIM FHL3 связывает основной Krüppel-подобный фактор / Krüppel-подобный фактор 3 и его корепрессор C-концевой связывающий белок 2». J. Biol. Chem. 278 (15): 12786–95. Дои:10.1074 / jbc.M300587200. PMID  12556451.
  16. ^ ван Влит Дж, Тернер Дж, Кроссли М (2000). «Человеческий Krüppel-подобный фактор 8: белок, связывающий CACCC-бокс, который связывается с CtBP и подавляет транскрипцию». Нуклеиновые кислоты Res. 28 (9): 1955–62. Дои:10.1093 / nar / 28.9.1955. ЧВК  103308. PMID  10756197.
  17. ^ Мирнезами AH, Кэмпбелл SJ, Дарли M, Primrose JN, Johnson PW, Blaydes JP (2003). «Hdm2 привлекает корепрессор, чувствительный к гипоксии, чтобы негативно регулировать р53-зависимую транскрипцию» (PDF). Curr. Биол. 13 (14): 1234–9. Дои:10.1016 / S0960-9822 (03) 00454-8. PMID  12867035. S2CID  2451241.
  18. ^ Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Секерра Р., Дусетт-Штамм Л., Кьюсик М.Э., Хилл Д.Е., Рот П.П., Видаль М. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
  19. ^ Castet A, Boulahtouf A, Versini G, Bonnet S, Augereau P, Vignon F, Khochbin S, Jalaguier S, Cavaillès V (2004). «Множественные домены белка 140, взаимодействующего с рецептором, способствуют ингибированию транскрипции». Нуклеиновые кислоты Res. 32 (6): 1957–66. Дои:10.1093 / нар / гх524. ЧВК  390375. PMID  15060175.
  20. ^ Мураками А., Исида С., Терлоу Дж., Ревест Дж. М., Диксон С. (2001). «SOX6 связывает CtBP2 для репрессии транскрипции с промотора Fgf-3». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (16): 3347–55. Дои:10.1093 / nar / 29.16.3347. ЧВК  55854. PMID  11504872.
  21. ^ Холмс М., Тернер Дж., Фокс А., Чизолм О, Кроссли М., Чонг Б. (1999). «hFOG-2, новый белок цинкового пальца, связывает ко-репрессор mCtBP2 и модулирует GATA-опосредованную активацию». J. Biol. Chem. 274 (33): 23491–8. Дои:10.1074 / jbc.274.33.23491. PMID  10438528.

дальнейшее чтение

внешние ссылки