Предшественник микроРНК Мир-29 - Mir-29 microRNA precursor
| предшественник микроРНК mir-29 | |
|---|---|
 Предсказанный вторичная структура и сохранение последовательности Мир-29 | |
| Идентификаторы | |
| Символ | мир-29 |
| Рфам | RF00074 |
| miRBase | MI0000087 |
| Семейство miRBase | MIPF0000009 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Ген; miRNA |
| Домен (ы) | Эукариоты |
| ИДТИ | Термин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO: |
| ТАК | SO: 0001244 |
| PDB структуры | PDBe |
В предшественник микроРНК miR-29, или пре-миРНК, представляет собой небольшой РНК молекула в форме стебель-петля или же заколка для волос. Каждое плечо шпильки можно превратить в одного члена близкородственного семейства коротких некодирующие РНК которые участвуют в регулировании экспрессия гена.[1] Процессированные, или «зрелые» продукты молекулы-предшественника известны как микроРНК (миРНК), и были предсказаны или подтверждены для широкого круга видов (см. «MIPF0000009» в miRBase: базе данных микроРНК ).
процессинг miRNA
МикроРНК животных сначала транскрибируется как первичная молекула миРНК. Эта «при-миРНК» может содержать одну или несколько шпилек-предшественников, которые освобождаются от при-миРНК ядерным ферментом. Дроша. Примерно 70 нуклеотид шпилька-предшественник экспортируется из ядра и впоследствии обрабатывается Дайсер фермент, чтобы получить зрелую miRNA, которая в среднем имеет длину 22 нуклеотида. Любое плечо предшественника может давать зрелую РНК, хотя рука 3 '(3p) или 5' (5p) предпочтительно обрабатывается и загружается в РНК-индуцированный комплекс сайленсинга (RISC) в большинстве случаев. Для предшественника miR-29 3'-плечо предшественника РНК дает преобладающий продукт (miR-29 или miR-29-3p), хотя 5'-плечо (miR-29 * или miR-29-5p) имеет также подтверждено экспериментально.
Семейство миР-29
Многие геномы млекопитающих кодируют четыре близкородственных предшественника miR-29, которые транскрибируются в двух транскрипционных единицах. Например, человеческие miR-29a и miR-29b-1 процессируются из интрон из длинная стенограмма без кодирования (LOC646329) из хромосомы 7. miR-29b-2 (идентичная по последовательности miR-29b-1) и miR-29c транскрибируются с хромосомы 1. Три основных зрелых miRNA, процессируемых из этих предшественников, известны как has-miR. -29a, has-miR-29b и has-miR-29c.
Анализ выживаемости по трем независимым наборам данных показывает, что hsa-miR-29c связан с выживаемостью при раке груди.[2]
Мишени miR-29
Считается, что зрелые продукты выполняют регуляторные функции путем связывания с частичной комплементарностью с элементами распознавания микроРНК (MRE) в 3'-нетранслируемой области (3'-UTR) целевых транскриптов. Экспериментальные данные свидетельствуют о том, что предполагаемые мишени зрелых продуктов miR-29 включают следующее:
- В белок дифференцировки клеток миелоидного лейкоза (MCL1),[3] анти-апоптотический член Bcl-2 семейство белков.
- В TCL1A (Т-клеточный лейкоз / лимфома 1) онкоген,[4] обнаружены нарушения во многих Т-клетках лейкемии.
- ДНК-метилтрансферазы DNMT3A и DNMT3B, которые часто активируются в рак легких.[5]
- Гомолог белка цинковых пальцев 36 (ZFP36),[6] также известный как тристетрапролин (ТТП), противовоспалительный и противораковый ген.[7]
В последнее время в попытке определить цели на глобальном уровне с помощью Количественная протеомика - СИЛАК подход, VDAC1 и VDAC2 были идентифицированы как мишени для miR-29a в Клетки HEK293T.[8]
Рекомендации
- ^ Амброс V (декабрь 2001 г.). «микроРНК: крошечные регуляторы с большим потенциалом». Клетка. 107 (7): 823–6. Дои:10.1016 / S0092-8674 (01) 00616-X. PMID 11779458.
- ^ Ланцки, Андраш; Надь, Адам; Боттаи, Джулия; Мункачи, Дьёнджи; Сабо, Андраш; Сантарпиа, Либеро; Дьёрфи, Балаж (01.12.2016). «miRpower: веб-инструмент для проверки миРНК, связанных с выживанием, с использованием данных экспрессии от 2178 пациентов с раком груди». Исследования и лечение рака груди. 160 (3): 439–446. Дои:10.1007 / s10549-016-4013-7. ISSN 1573-7217. PMID 27744485.
- ^ Мотт Дж. Л., Кобаяши С., Бронк С. Ф., Горс Дж. Дж. (Сентябрь 2007 г.). «mir-29 регулирует экспрессию белка Mcl-1 и апоптоз». Онкоген. 26 (42): 6133–40. Дои:10.1038 / sj.onc.1210436. ЧВК 2432524. PMID 17404574.
- ^ Пекарский Ю., Сантанам Ю., Чиммино А., Паламарчук А., Ефанов А., Максимов В., Волиния С., Ольха Х., Лю К. Г., Рассенти Л., Калин Г. А., Хаган Дж. П., Киппс Т., Кроче С.М. (декабрь 2006 г.). «Экспрессия Tcl1 при хроническом лимфоцитарном лейкозе регулируется miR-29 и miR-181». Исследования рака. 66 (24): 11590–3. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-06-3613. PMID 17178851.
- ^ Fabbri M, Garzon R, Cimmino A, Liu Z, Zanesi N, Callegari E, Liu S, Alder H, Costinean S, Fernandez-Cymering C, Volinia S, Guler G, Morrison CD, Chan KK, Marcucci G, Calin GA, Хюбнер К., Кроче С.М. (октябрь 2007 г.). «Семейство MicroRNA-29 восстанавливает аберрантное метилирование при раке легких, воздействуя на ДНК-метилтрансферазы 3A и 3B». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (40): 15805–10. Дои:10.1073 / pnas.0707628104. ЧВК 2000384. PMID 17890317.
- ^ Гебешубер CA, Затлукал К., Мартинес Дж. (Апрель 2009 г.). «miR-29a подавляет тристетрапролин, который является регулятором полярности эпителия и метастазирования». Отчеты EMBO. 10 (4): 400–5. Дои:10.1038 / embor.2009.9. ЧВК 2672883. PMID 19247375.
- ^ Сандуджа С., Бланко Ф.Ф., Диксон Д.А. (2011). «Роль белков TTP и BRF в регулируемом распаде мРНК». Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК. 2 (1): 42–57. Дои:10.1002 / wrna.28. ЧВК 3030256. PMID 21278925.
- ^ Баргадже Р., Гупта С., Саркешик А., Парк Р., Сюй Т., Саркар М., Халимани М., Рой С.С., Йетс Дж., Пиллай Б. (2012). «Идентификация новых мишеней для miR-29a с использованием протеомики miRNA». PLOS ONE. 7 (8): e43243. Дои:10.1371 / journal.pone.0043243. ЧВК 3428309. PMID 22952654.
дальнейшее чтение
- Zhang X, Zhao X, Fiskus W, Lin J, Lwin T, Rao R, Zhang Y, Chan JC, Fu K, Marquez VE, Chen-Kiang S, Moscinski LC, Seto E, Dalton WS, Wright KL, Sotomayor E, Бхалла К., Тао Дж. (Октябрь 2012 г.). «Скоординированное подавление MYC-опосредованного miR-29 с помощью HDAC3 и EZH2 в качестве терапевтической мишени модификации гистонов при агрессивных B-клеточных лимфомах». Раковая клетка. 22 (4): 506–23. Дои:10.1016 / j.ccr.2012.09.003. ЧВК 3973134. PMID 23079660.