Ортогепевирус А - Orthohepevirus A

Ортогепевирус А
ПЭМ-микрофотография вирионов
ТЕМ микрофотография из Ортогепевирус А вирионы
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Kitrinoviricota
Учебный класс:Alsuviricetes
Заказ:Hepelivirales
Семья:Hepeviridae
Род:Ортогепевирус
Разновидность:
Ортогепевирус А
Синонимы[1]
  • Вирус гепатита Е

В вирус гепатита Е (HEV) является возбудителем гепатит Е. Это из вида Ортогепевирус A.[а][2][1]

Глобальное бремя инфекций от двух основных генотипов (1 и 2) оценивается в 20 миллионов в год, что приводит к 70 000 смертей и 3 000 мертворождений.[3]

Вирусная частица впервые была замечена в 1983 году.[4] но был клонирован только на молекулярном уровне в 1989 году.[5]

Геном и протеом

Ортогепевирус А можно разделить на восемь различных генотипов из разных географических регионов: генотип 1 (Азия), генотип 2 (Африка и Мексика), генотип 3 (Европа и Северная Америка), генотип 4 (Азия); генотипы 5 и 6 были обнаружены у азиатских кабанов, а генотипы 7 и 8 - у верблюдов.[2][6]

Вирусный геном - это одна нить позитивного смысла. РНК это около 7200 баз в длину. Три открытые рамки считывания (ORF1, ORF2 и ORF3) кодируют три белка (O1, O2, O3), два из которых являются полипротеинами, то есть они расщепляются на фрагменты, которые выполняют фактические функции вируса (см. фигура). В O1 белок состоит из семи таких фрагментов, а именно Встретились (метилтрансфераза), Y (Y-домен), Plp (папаин-подобная протеаза), V (богатая пролином вариабельная область), Икс (X-домен, макродомен), Хель (геликаза) и Rdrp (РНК-зависимая РНК-полимераза). В Pvx домен представляет собой гибридный белок, состоящий из доменов Plp, V и X. В O3 белок кодируется единственной открытой рамкой считывания (ORF3). В O2 белок кодирует капсид, который состоит из трех доменов, а именно домена оболочки (S) и два выступающих домена (P1, P2).[7] Цифры на рисунке обозначают позиции в последовательности РНК.

Геном ортогепевируса А и кодируемые белки

Интерактом

Белок-протеин интерактом среди Ортогепевирус А белки были картированы Osterman et al. (2015), которые обнаружили 25 взаимодействий между 10 изученными белками. Практически все (24) из этих взаимодействий были признаны «качественными».[8]

Структура

Вирусные частицы от 27 до 34 нанометры в диаметре и не обертываются.[2][4]

Таксономия

Ранее был отнесен к семейству Caliciviridae. Однако его геном больше напоминает вирус краснухи. В настоящее время классифицируется как представитель рода Ортогепевирус в семье Hepeviridae.[2]

Эволюция

Штаммы HEV, которые существуют сегодня, возможно, произошли от общего предка вируса 536–1344 лет назад.[9] Другой анализ датировал происхождение гепатита Е примерно 6000 лет назад, предполагая, что это было связано с одомашниванием свиней.[10] В какой-то момент два клады возможно, разошлись - антропотропная форма и энзоотическая форма - которые впоследствии превратились в генотипы 1 и 2 и генотипы 3 и 4 соответственно.[11]

В то время как генотип 2 по-прежнему обнаруживается реже, чем другие генотипы, генетический эволюционный анализ показывает, что генотипы 1, 3 и 4 значительно распространились за последние 100 лет.[12]

Смотрите также

Примечания

  1. ^ Прежнее название вида было Вирус гепатита Е.[1]

Рекомендации

  1. ^ а б c Purdy, Майкл А .; и другие. (Июнь 2014 г.). "Новая схема классификации для Hepeviridae" (PDF). Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Получено 1 мая 2019. Виды Вирус гепатита Е будет переименован Ортогепевирус А, а виды Вирус птичьего гепатита Е будет переименован Ортогепевирус B.
  2. ^ а б c d «Отчет ICTV Online (10-й)».
  3. ^ Рейн, Д. Б., Стивенс, Г. А., Тикер, Дж., Виттенборн, Дж. С. и Виерсма, С. Т. (2012) Глобальное бремя генотипов 1 и 2 вируса гепатита Е в 2005 г. Гепатология 55, 988–97
  4. ^ а б Балаян М.С., Анджапаридзе А.Г., Савинская С.С. и др. (1983). «Доказательства наличия вируса гепатита, отличного от А и В, передаваемого фекально-оральным путем». Интервирология. 20 (1): 23–31. Дои:10.1159/000149370. PMID  6409836.
  5. ^ Рейес Г.Р., Пурди М.А., Ким Дж. П. и др. (1990). «Выделение кДНК из вируса, ответственного за кишечно передаваемый гепатит не-А, и не-В». Наука. 247 (4948): 1335–9. Bibcode:1990Научный ... 247.1335R. Дои:10.1126 / science.2107574. PMID  2107574.
  6. ^ Шлаудер, Г. Г. и Мушахвар, И. К. (2001) Генетическая гетерогенность вируса гепатита Е. J Med Virol 65, 282–92
  7. ^ Ахмад I, Холла Р.П., Джамиль С. (2011). «Молекулярная вирусология вируса гепатита Е». Вирус Res. 161 (1): 47–58. Дои:10.1016 / j.virusres.2011.02.011. ЧВК  3130092. PMID  21345356.
  8. ^ Остерман А., Стеллбергер Т., Гебхардт А., Курц М., Friedel CC, Утц П., Ничко Х., Байкер А., Визосо-Пинто М.Г. (2015). «Интравирусный интерактом вируса гепатита Е». Научный представитель. 5: 13872. Bibcode:2015НатСР ... 513872O. Дои:10.1038 / srep13872. ЧВК  4604457. PMID  26463011.
  9. ^ Худяков, Юрий Е .; Парди, Майкл А. (17 декабря 2010 г.). «Эволюционная история и популяционная динамика вируса гепатита Е». PLOS ONE. 5 (12): e14376. Bibcode:2010PLoSO ... 514376P. Дои:10.1371 / journal.pone.0014376. ISSN  1932-6203. ЧВК  3006657. PMID  21203540.
  10. ^ Баха, Сарра; Бехлул, Нуредин; Лю, Чжэньчжэнь; Вэй, Вэньцзюань; Ши, Руйхуа; Мэн, Цзихун (2019-10-29). «Комплексный анализ генетических и эволюционных особенностей вируса гепатита Е». BMC Genomics. 20 (1): 790. Дои:10.1186 / s12864-019-6100-8. ISSN  1471-2164. PMID  31664890.
  11. ^ Миразо С., Мир Д., Белло Г., Рамос Н., Мусто Х, Арбица Дж. (2016). «Новые взгляды на филодинамику и историю эволюции вируса гепатита Е генотипа 3». Заразить Genet Evol. 43: 267–73. Дои:10.1016 / j.meegid.2016.06.003. PMID  27264728.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  12. ^ Изопет Дж., Абраванель Ф., Далтон Х., Нассим Р.К. (2014) Инфекция вируса гепатита Е. Clin Micro Обзоры 27 (1) 116–138

внешняя ссылка