Пептид деформилаза - Википедия - Peptide deformylase

В энзимология, а пептид деформилаза (EC 3.5.1.88 ) является фермент который катализирует то химическая реакция

формил-L-метионил пептид + H₂О ${ displaystyle rightleftharpoons}$ формиат + метионил пептид

Таким образом, два субстраты этого фермента формил-L-метионил пептид и ЧАС₂О, а его два товары находятся форматировать и метионил пептид.

Этот фермент принадлежит к семейству гидролазы те, которые действуют на связи углерод-азот, отличные от пептидных связей, особенно в линейных амидах. В систематическое название этого класса ферментов формил-L-метионилпептид амидогидролаза.

Структурные исследования

На конец 2007 г. 34 структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1IX1, 1LM4, 1LM6, 1LME, 1LQW, 1LQY, 1LRU, 1LRY, 1N5N, 1Q1Y, 1С17, 1SV2, 1SZZ, 1V3Y, 1VEV, 1VEY, 1VEZ, 1WS0, 1WS1, 1XEM, 1XEN, 1XEO, 1Y6H, 1ZXZ, 1ZY0, 1ZY1, 2AI7, 2AI8, 2AI9, 2AIA, 2AIE, 2EW5, 2EW6, и 2EW7.

Рекомендации

• Адамс Дж. М. (1968). «О высвобождении формильной группы из формирующегося белка». J. Mol. Биол. 33 (3): 571–89. Дои:10.1016/0022-2836(68)90307-0. PMID  4973445.
• Мазель Д., Почет С., Марлиер П. (1994). «Генетическая характеристика полипептид-деформилазы, отличительного фермента эубактериальной трансляции». EMBO J. 13 (4): 914–23. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1994.tb06335.x. ЧВК  394892. PMID  8112305.
• Чан М.К., Гонг В., Раджагопалан П.Т., Хао Б., Цай С.М., Пей Д. (1997). «Кристаллическая структура пептидной деформилазы Escherichia coli». Биохимия. 36 (45): 13904–9. Дои:10.1021 / bi9711543. PMID  9374869.
• Беккер А., Шлихтинг I, Кабш В., Шульц С., Вагнер А.Ф. (1998). «Структура пептиддеформилазы и идентификация сайта связывания субстрата». J. Biol. Chem. 273 (19): 11413–6. Дои:10.1074 / jbc.273.19.11413. PMID  9565550.
• Беккер А., Шлихтинг I, Кабш В., Гроче Д., Шульц С., Вагнер А.Ф. (1998). «Железный центр, распознавание субстрата и механизм пептидной деформилазы». Nat. Struct. Биол. 5 (12): 1053–8. Дои:10.1038/4162. PMID  9846875. S2CID  40528211.
• Rajagopalan PT, Yu XC, Pei D (1997). «Пептид деформилаза: новый тип мононуклеарного белка железа». Варенье. Chem. Soc. 119 (50): 12418–12419. Дои:10.1021 / ja9734096.
• Groche D, Becker A, Schlichting I, Kabsch W, Schultz S, Wagner AF (1998). «Выделение и кристаллизация функционально компетентных форм пептид-деформилазы Escherichia coli, содержащих железо или никель в активном центре». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 246 (2): 342–6. Дои:10.1006 / bbrc.1998.8616. PMID  9610360.
• Раджагопалан П. Т., Гримме С., Пей Д. (2000). «Характеристика кобальт (II) -замещенной пептид-деформилазы: функция иона металла и каталитического остатка Glu-133». Биохимия. 39 (4): 779–90. Дои:10.1021 / bi9919899. PMID  10651644.
• Ху YJ, Wei Y, Zhou Y, Rajagopalan PT, Pei D (1999). «Определение субстратной специфичности пептид-деформилазы посредством скрининга комбинаторной пептидной библиотеки». Биохимия. 38 (2): 643–50. Дои:10.1021 / bi9820412. PMID  9888804.
• Ragusa S, Mouchet P, Lazennec C, Dive V, Meinnel T (1999). «Распознавание субстрата и селективность пептид-деформилазы. Сходства и различия с метцинцинами и термолизином». J. Mol. Биол. 289 (5): 1445–57. Дои:10.1006 / jmbi.1999.2832. PMID  10373378.
• Джильоне С, Пьер М, Мейннель Т (2000). «Пептид деформилаза как мишень для нового поколения противомикробных средств широкого спектра действия». Мол. Микробиол. 36 (6): 1197–205. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2000.01908.x. PMID  10931273. S2CID  23289620.
• Пей Д. (2001). «Пептид деформилаза: мишень для новых антибиотиков?». Новые терапевтические цели. 5 (1): 23–40. Дои:10.1517/14728222.5.1.23. PMID  15992166. S2CID  11385977.