Малая ядрышковая РНК SNORD116 - Small nucleolar RNA SNORD116
Малая ядрышковая РНК SNORD116 | |
---|---|
Предсказанный вторичная структура и сохранение последовательности из SNORD116 | |
Идентификаторы | |
Символ | SNORD116 |
Альт. Символы | snoHBII-85; HBII-85 |
Рфам | RF00108 |
Прочие данные | |
РНК тип | Ген; мяРНК; snoRNA; CD-бокс |
Домен (ы) | Эукариоты |
ИДТИ | Термин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO: |
ТАК | ТАК: 0000593 |
PDB структуры | PDBe |
SNORD116 (также известен как HBII-85) это некодирующая РНК (нкРНК) молекула, которая функционирует в модификации других малые ядерные РНК (мяРНК). Этот тип модифицирующей РНК обычно находится в ядрышко из эукариотический клетка, которая является основным участком биогенеза мяРНК. Он известен как малая ядрышковая РНК (snoRNA) и также часто упоминается как направляющая РНК.
SNORD116 принадлежит к C / D коробка класс snoRNA, которые содержат консервативная последовательность мотивы, известные как блок C (UGAUGA) и блок D (CUGA). Большинство членов семейства боксов C / D действуют в направлении сайт-специфичных 2'-O-метилирование субстратных РНК.[1]
В геноме человека 29 тандемно повторяется копии SNORD116, за которыми следуют 48 копий другой мяРНК C / D-бокса, SNORD115, в Синдром Прадера – Вилли (PWS) область хромосомы 15.[2] В отличие от большинства других snoRNA, SNORD116 экспрессируется преимущественно в головном мозге (но отсутствует у пациентов с СПВ) и не имеет каких-либо значимых взаимодополняемость с рибосомная РНК. Мышиные модели СПВ демонстрируют симптомы, аналогичные человеческим (гиперфагия и дефицит роста), что является дополнительным доказательством того, что PWS напрямую связан с делецией SNORD116.[3][4]
Больше доказательств прибывает из открытия двух людей, которые имеют много общих черт страдающих PWS, у обоих есть атипичные микроделеции на хромосоме 15q11-13, пересечение которых содержит только SNORD116 snoRNAs.[5][6] В ранней статье предполагалось, что SNORD116 не играет первостепенной роли в PWS.[7]
Цели SNORD116 неизвестны, однако биоинформатический экран обнаружил 23 возможных цели в пределах кодирование белков гены, из них большая часть оказалась альтернативно сращенный, что свидетельствует о роли SNORD116 в регуляции альтернативного сплайсинга.[8]
Рекомендации
- ^ Galardi, S .; Fatica, A .; Бачи, А .; Scaloni, A .; Presutti, C .; Боццони, И. (октябрь 2002 г.). «Очищенные бокс-C / D snoRNP способны воспроизводить сайт-специфическое 2'-O-метилирование целевой РНК in vitro». Молекулярная и клеточная биология. 22 (19): 6663–6668. Дои:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. ЧВК 134041. PMID 12215523.
- ^ Кавай Дж., Буитинг К., Кифманн М. и др. (2000). «Идентификация специфичных для мозга и импринтированных генов малых ядрышек РНК, демонстрирующих необычную геномную организацию». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (26): 14311–6. Bibcode:2000PNAS ... 9714311C. Дои:10.1073 / pnas.250426397. ЧВК 18915. PMID 11106375.
- ^ Скрябин Б.В., Губарь Л.В., Сигер Б. и др. (2007). «Делеция генного кластера мяРНК MBII-85 у мышей приводит к задержке послеродового роста». PLoS Genet. 3 (12): e235. Дои:10.1371 / journal.pgen.0030235. ЧВК 2323313. PMID 18166085.
- ^ Дин Ф., Ли Х. Х., Чжан С. и др. (2008). Акбарян С (ред.). «Удаление SnoRNA Snord116 (Pwcr1 / MBII-85) вызывает дефицит роста и гиперфагию у мышей». PLoS ONE. 3 (3): e1709. Bibcode:2008PLoSO ... 3.1709D. Дои:10.1371 / journal.pone.0001709. ЧВК 2248623. PMID 18320030.
- ^ Саху Т., дель Гаудио Д., Герман-младший, Шинави М., Петерс С.У., Лицо Р.Э., Гарника А., Чунг С.В., Боде А.Л. (2008). «Фенотип Прадера-Вилли, вызванный отцовской недостаточностью для небольшого кластера ядрышковой РНК HBII-85 C / D box». Нат Жене. 40 (6): 719–21. Дои:10,1038 / нг.158. ЧВК 2705197. PMID 18500341.
- ^ де Смит А.Дж., Пурманн С., Уолтерс Р.Г. и др. (Июнь 2009 г.). «Делеция класса малых ядрышек HBII-85 (snoRNAs) связана с гиперфагией, ожирением и гипогонадизмом». Гм. Мол. Genet. 18 (17): 3257–65. Дои:10.1093 / hmg / ddp263. ЧВК 2722987. PMID 19498035.
- ^ Рунте М., Варон Р., Хорн Д., Хорстхемке Б., Буйтинг К. (2005). «Исключение генного кластера HBII-52 C / D box snoRNA из основной роли в синдроме Прадера-Вилли». Hum Genet. 116 (3): 228–30. Дои:10.1007 / s00439-004-1219-2. PMID 15565282.
- ^ Базелей П.С., Шепелев В., Талебизаде З., Батлер М.Г., Федорова Л., Филатов В., Федоров А. (2008). "snoTARGET показывает, что человеческие мишени snoRNA-сирот располагаются близко к альтернативным сплайсинговым соединениям". Ген. 408 (1–2): 172–9. Дои:10.1016 / j.gene.2007.10.037. ЧВК 6800007. PMID 18160232.