Малая ядрышковая РНК SNORD82 - Small nucleolar RNA SNORD82

Малая ядрышковая РНК SNORD82
RF00158.jpg
Идентификаторы
СимволSNORD82
Альт. СимволыU82
РфамRF00158
Прочие данные
РНК типГен; мяРНК; snoRNA; C / D-бокс
Домен (ы)Эукариоты
ИДТИТермин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO:
ТАКТАК: 0000593
PDB структурыPDBe

snoRNA U82 (также известен как SNORD82 или же Z25) это некодирующая РНК (нкРНК) молекула, которая функционирует в модификации других малые ядерные РНК (мяРНК). Этот тип модифицирующей РНК обычно находится в ядрышко эукариотической клетки, которая является основным участком биогенеза мяРНК. Он известен как малая ядрышковая РНК (snoRNA) и также часто упоминается как направляющая РНК.

snoRNA U82 / Z25 принадлежит к C / D коробка класс snoRNA, которые содержат консервативные мотивы последовательности, известные как C-бокс (UGAUGA) и D-бокс (CUGA). Большинство членов семейства боксов C / D действуют в направлении сайт-специфичных 2'-O-метилирование субстратных РНК.[1]

snoRNA U82 была идентифицирована как у людей, так и у мышей:[2] он расположен в пятом интрон из нуклеолин ген у обоих видов. Две дополнительные мяРНК (C / D box snoRNA U20 и H / ACA snoRNA U23) также кодируются в интронах гена нуклеолина.[3]

Предполагается, что U82 руководит метилированием 2'O-рибозы 18S. рибосомная РНК (рРНК) остаток A1678.[3]

Другая, другая snoRNA, названная U82, была предсказана в интронах L3. рибосомальный белок ген (RPL3) у человека и коров.[4] Однако экспрессия этой мяРНК не может быть подтверждена северный блоттинг или же Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), и ее не следует путать с snoRNA, расположенной в гене нуклеолина.

Рекомендации

  1. ^ Galardi S, Fatica A, Bachi A, Scaloni A, Presutti C, Bozzoni I (октябрь 2002 г.). «Очищенные бокс-C / D snoRNP способны воспроизводить сайт-специфичное 2'-O-метилирование целевой РНК in vitro». Молекулярная и клеточная биология. 22 (19): 6663–8. Дои:10.1128 / MCB.22.19.6663-6668.2002. ЧВК  134041. PMID  12215523.
  2. ^ Ребане А, Мецпалу А (Сентябрь 1999 г.). «U82, новая snoRNA, идентифицированная из пятого интрона гена нуклеолина человека и мыши». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена. 1446 (3): 426–30. Дои:10.1016 / S0167-4781 (99) 00093-7. PMID  10524220.
  3. ^ а б Лестрейд Л., Вебер М.Дж. (январь 2006 г.). "snoRNA-LBME-db, всеобъемлющая база данных человеческих H / ACA и C / D box snoRNAs". Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D158-62. CiteSeerX  10.1.1.105.7552. Дои:10.1093 / nar / gkj002. ЧВК  1347365. PMID  16381836.
  4. ^ Дуга С., Ассельта Р., Мальковати М., Тенчини М.Л., Рончи С., Симоник Т. (февраль 2000 г.). «Содержащий интрон ген рибосомного белка L3 (RPL3): анализ последовательности и идентификация U43 и двух новых интронных малых ядрышковых РНК». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена. 1490 (3): 225–36. Дои:10.1016 / S0167-4781 (99) 00237-7. PMID  10684968.

внешняя ссылка