Сортировка A - Википедия - Sortase A
| Сортировка А | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Номер ЕС | 3.4.22.70 | ||||||||
| Базы данных | |||||||||
| IntEnz | Просмотр IntEnz | ||||||||
| БРЕНДА | BRENDA запись | ||||||||
| ExPASy | Просмотр NiceZyme | ||||||||
| КЕГГ | Запись в KEGG | ||||||||
| MetaCyc | метаболический путь | ||||||||
| ПРИАМ | профиль | ||||||||
| PDB структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| |||||||||
Сортировка А (EC 3.4.22.70, SrtA, SrtA белок, SrtA sortase) является фермент.[1][2][3] Этот фермент катализирует следующее химическая реакция
- Фермент катализирует клеточная стенка реакция сортировки, в которой поверхностный белок с сигналом сортировки, содержащий мотив LPXTG, расщепляется между остатками Thr и Gly.
Этот фермент относится к пептидаза семья C60.
Структура
Сортаза A имеет восьмицепочечную β-бочкообразную складку с гидрофобной щелью, образованной β7-β8 цепями. Эта щель окружена петлями β3-β4, β2-β3, β6-β7 и β7-β8. Каталитический остаток цистеина находится в этой щели и принимает последующее связывание нуклеофильного агента. Петля β3-β4 содержит сайт связывания кальция, который связывает кальций посредством координации с остатком в петле β6-β7. Такое связывание замедляет движение петли β6-β7, позволяя субстрату сортазы связываться и увеличивать его активность в восемь раз.[4]
Использование в белковой инженерии
Сортаза A широко используется в качестве инструмента in vitro для посттрансляционной модификации белков на N- и C-концах с помощью прикрепленной метки. Эти метки включают биотин, флуорофоры, сшивающие агенты и многофункциональные зонды.[5]
В обоих случаях одна молекула сконструирована так, чтобы содержать мотив LPXTG на одном конце, а другая молекула сконструирована так, чтобы содержать мотив (Gly) n на другом конце. При расщеплении мотива LPXTG Сортаза образует промежуточный тиоэфир с сконструированной молекулой. Этот промежуточный продукт затем разрешается нуклеофильной атакой со стороны (Gly) n-содержащей молекулы с образованием слияния между двумя молекулами с промежуточным мотивом LPXT (Gly) n.
Чтобы достичь N-концевого мечения белка, сконструирован мотив LPXTG, который находится на С-конце метки. Белок сконструирован с N-концом (Gly) n. Для достижения С-конца того же белка сконструирован мотив LPXTG, который находится на С-конце белка. Молекула (Gly) n сконструирована так, чтобы она содержала метку на своем С-конце.
Наконец, как N, так и C-концы белков могут быть помечены с помощью сортаз с различной субстратной специфичностью. Например, Сортаза A из Streptococcus pyogenes распознает и расщепляет мотив LPXTA и принимает нуклеофилы на основе Ala. Этот SrtA также распознает и расщепляет мотив LPXTG с меньшей эффективностью. Однако Staph. A. Сортаза A не распознает субстраты LPXTA и, следовательно, ортогональны последовательности LPXTA.
Кроме того, Сортаза А также использовалась для кусочного создания белков, белковых доменов и пептидов.[6]
Рекомендации
- ^ Тон-Тх Х, Лю Дж., Мазманян С.К., Фаулл К.Ф., Шнеуинд О. (октябрь 1999 г.). «Очистка и характеристика сортазы, транспептидазы, которая расщепляет поверхностные белки Staphylococcus aureus по мотиву LPXTG». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (22): 12424–9. Дои:10.1073 / пнас.96.22.12424. ЧВК 22937. PMID 10535938.
- ^ Zong Y, Bice TW, Ton-That H, Schneewind O, Narayana SV (июль 2004 г.). «Кристаллические структуры сортазы A Staphylococcus aureus и его субстратного комплекса». Журнал биологической химии. 279 (30): 31383–9. Дои:10.1074 / jbc.m401374200. PMID 15117963.
- ^ Race PR, Bentley ML, Melvin JA, Crow A, Hughes RK, Smith WD, Sessions RB, Kehoe MA, McCafferty DG, Banfield MJ (март 2009 г.). «Кристаллическая структура сортазы A Streptococcus pyogenes: значение для механизма сортировки». Журнал биологической химии. 284 (11): 6924–33. Дои:10.1074 / jbc.m805406200. ЧВК 2652338. PMID 19129180.
- ^ Сури Н., Лью С.К., Вильяреал В.А., Тьеу В., Фадеев Е.А., Клеменс Дж.Дж., Юнг М.Э., Clubb RT (сентябрь 2009 г.) «Структура комплекса сортаза Staphylococcus aureus-субстрат показывает, как распознается универсально консервативный сигнал сортировки LPXTG». Журнал биологической химии. 284 (36): 24465–77. Дои:10.1074 / jbc.M109.022624. ЧВК 2782039. PMID 19592495.
- ^ Popp MW, Antos JM, Ploegh HL (апрель 2009 г.). «Сайт-специфическое мечение белков посредством опосредованной сортировкой транспептидации». Текущие протоколы в науке о белке. Глава 15: Раздел 15.3. Дои:10.1002 / 0471140864.ps1503s56. ЧВК 5551486. PMID 19365788.
- ^ Popp MW, Ploegh HL (май 2011 г.). «Создание и разрыв пептидных связей: белковая инженерия с использованием сортировки». Angewandte Chemie. 50 (22): 5024–32. Дои:10.1002 / anie.201008267.
внешняя ссылка
- Сортировка + A в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
