Целлозавр - Cellosaurus


Целлозавр
Содержание
ОписаниеЦеллозавр: ресурс знаний о клеточных линиях
Типы данных
захвачен		Сотовые линии
ОрганизмыПозвоночное животное, Насекомое, Поставить галочку
Контакт
Исследовательский центрШвейцарский институт биоинформатики
ЛабораторияКАЛИФО
АвторыАмос Байрох
Доступ
Формат данныхБаза данных плоских файлов, ОБО и XML
Интернет сайтсеть.expasy.org/ целлозавр/
Скачать URLftp://ftp.expasy.org/databases/cellosaurus
Инструменты
ИнтернетПоиск
Разное
ЛицензияCreative Commons Attribution-NoDerivs
Управление версиямида
Выпуск данных
частота		От 4 до 6 релизов в год
Политика курированияДа - руководство
Закладки
сущности		Да - отдельные записи клеточной линии

Целлозавр - это онлайн-ресурс знаний о клеточных линиях, который пытается задокументировать все клеточные линии, используемые в биомедицинских исследованиях.[1] Это обеспечивается Швейцарский институт биоинформатики (SIB) как один из его вкладов[2][неудачная проверка ] к ЭЛИКСИР. Это дополнительный ресурс для клеточных линий на портале идентификации ресурсов.[3] По состоянию на апрель 2020 года он содержит информацию примерно о 118 000 клеточных линий.[4]

Его объем включает увековеченные клеточные линии, естественно бессмертные клеточные линии (пример: эмбриональные стволовые клетки ) и клеточные линии с ограниченным сроком жизни, когда они распространяются и широко используются. Целлозавр предоставляет огромное количество информации, подобранной вручную; для каждой клеточной линии перечислено рекомендованное название, синонимы и вид происхождения. Другие типы информации включают стандартизированную терминологию болезней (для рак или же генетическое расстройство линии клеток), трансформант, используемый для увековечения линии клеток, трансфицированные или нокаутированные гены, микросателлитная нестабильность, время удвоения, пол и возраст донора (пациента или животного), важные вариации последовательностей, веб-ссылки, ссылки на публикации и перекрестные ссылки к более чем 70 различным базам данных, онтологиям, коллекциям ячеек и другим соответствующим ресурсам.[5]

Поскольку многие клеточные линии, используемые в исследованиях, были неправильно идентифицированы или загрязненный, Целлозавр отслеживает проблемные клеточные линии, включая все те, которые перечислены в Международном комитете по аутентификации клеточных линий (ICLAC)[6] таблицы. Для клеточных линий человека и некоторых собак он обеспечивает короткий тандемный повтор (STR) информация профиля. С июля 2018 года все клеточные линии целлозавра представлены в виде элементов в Викиданные.[7] В марте 2020 года целлозавр создал страницу, содержащую информацию о клеточной линии, относящуюся к SARS-CoV-2 в ответ на COVID-19 пандемия.[8][9]

Рекомендации

  1. ^ Байрох Амос (2018). «Целлозавр, ресурс знаний о клеточной линии». Журнал биомолекулярных методов. 29 ([Epub перед печатью): 1–14. Дои:10.7171 / jbt.18-2902-002. ЧВК  5945021. PMID  29805321.
  2. ^ "Услуги | ЭЛИКСИР".
  3. ^ https://scicrunch.org/resources/Cell%20Lines/source/SCR_013869-1/search?q=%2A&l=
  4. ^ «ExPASy - Целлозавр». web.expasy.org. Получено 2020-04-13.
  5. ^ «Описание целлозавра - ресурс знаний о клеточных линиях». web.expasy.org. Получено 2020-04-13.
  6. ^ http://iclac.org/wp-content/uploads/Cross-Contaminations-v8_0.pdf
  7. ^ Байроч, А (2018). «Целлозавр, ресурс знаний о клеточной линии». J Biomol Tech. 29 (2).
  8. ^ Целлозавр (23.03.2020). «ВАЖНО: мы создали страницу на веб-сайте #Cellosaurus, чтобы помочь исследователям, использующим #celllines для изучения SARS-CoV-2: https://web.expasy.org/cellosaurus/sars-cov-2.html… Мы планируем для частого обновления этой страницы # COVID19 ". @Cellosaurus. Получено 2020-04-13. Внешняя ссылка в | название = (помощь)
  9. ^ «Целлозавр - соответствующая информация по SARS-CoV-2». web.expasy.org. Получено 2020-04-14.

внешняя ссылка