HDAC9 - HDAC9

HDAC9
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1TQE
Идентификаторы
Псевдонимы	HDAC9, HD7, HD7b, HD9, HDAC, HDAC7, HDAC7B, HDAC9B, HDAC9FL, HDRP, MITR, гистондеацетилаза 9
Внешние идентификаторы	OMIM: 606543 MGI: 1931221 ГомолоГен: 128578 Генные карты: HDAC9
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 7 (человек)
Конец	19,002,416 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 12 (мышь)
Конец	34,917,095 бп
Генная онтология
Молекулярная функция	• НАД-зависимая активность гистондеацетилазы (специфическая для H3-K14); • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность; • активность гистондеацетилазы; • активность протеиндеацетилазы; • связывание фактора транскрипции; • связывание гистондеацетилазы; • связывание ионов металлов; • GO: 0001948 связывание с белками; • репрессия связывания фактора транскрипции; • гидролазная активность; • связывание протеинкиназы C; • активность гистондеацетилазы (специфическая для H4-K16);
Сотовый компонент	• цитоплазма; • гистондеацетилазный комплекс; • комплекс регуляторов транскрипции; • нуклеоплазма; • ядро клетки; • гистон-метилтрансферазный комплекс;
Биологический процесс	• деацетилирование гистона H3; • деацетилирование пептидил-лизина; • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • положительное регулирование миграции клеток, участвующих в прорастании ангиогенеза; • ответ на амфетамин; • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; • регуляция дифференцировки поперечно-полосатых мышечных клеток; • транскрипция, ДНК-шаблон; • Активация В-клеток; • развитие сердца; • деацетилирование гистона H4; • дифференциация нейронов; • клеточный ответ на стимул инсулина; • регуляция развития волокон скелетных мышц; • Дифференцировка В-клеток; • воспалительная реакция; • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; • организация хроматина; • деацетилирование гистонов; • гомеостаз холестерина; • отрицательная регуляция секреции цитокинов; • отрицательная регуляция активности липопротеинлипазы; • деацетилирование гистона H4-K16;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	9734
	79221
	ENSG00000048052
	ENSMUSG00000004698
	Q9UKV0
	Q99N13
NM_001204144; NM_001204145; NM_001204146; NM_001204147; NM_001204148;
	NM_014707; NM_058176; NM_058177; NM_178423; NM_178425; NM_001321868; NM_001321869; NM_001321870; NM_001321871; NM_001321872; NM_001321873; NM_001321874; NM_001321875; NM_001321876; NM_001321877; NM_001321878; NM_001321879; NM_001321884; NM_001321885; NM_001321886; NM_001321887; NM_001321888; NM_001321889; NM_001321890; NM_001321891; NM_001321893; NM_001321894; NM_001321895; NM_001321896; NM_001321897; NM_001321898; NM_001321899; NM_001321900; NM_001321901; NM_001321902
	NM_001271386; NM_024124
NP_001191073; NP_001191074; NP_001191075; NP_001191076; NP_001191077;
	NP_001308797; NP_001308798; NP_001308799; NP_001308800; NP_001308801; NP_001308802; NP_001308803; NP_001308804; NP_001308805; NP_001308806; NP_001308807; NP_001308808; NP_001308813; NP_001308814; NP_001308815; NP_001308816; NP_001308817; NP_001308818; NP_001308819; NP_001308820; NP_001308822; NP_001308823; NP_001308824; NP_001308825; NP_001308826; NP_001308827; NP_001308828; NP_001308829; NP_001308830; NP_001308831; NP_055522; NP_478056; NP_848510; NP_848512
	NP_001258315; NP_077038
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Гистоновая деацетилаза 9 является фермент что у людей кодируется HDAC9 ген.^[5]^[6]^[7]

Функция

Гистоны играют решающую роль в регуляции транскрипции, прогрессии клеточного цикла и событиях развития. Ацетилирование / деацетилирование гистонов изменяет структуру хромосом и влияет на доступ факторов транскрипции к ДНК. Белок, кодируемый этим геном, имеет гомологию последовательностей с членами семейства гистондеацетилаз. Этот ген ортологичен генам MITR Xenopus и мыши. В белке MITR отсутствует каталитический домен гистондеацетилазы. Он подавляет активность MEF2 за счет привлечения многокомпонентных комплексов корепрессоров, которые включают CtBP и HDAC. Этот кодируемый белок может играть роль в гемопоэзе. Для этого гена были описаны множественные транскрипты с альтернативным сплайсингом, но полноразмерная природа некоторых из них не была определена.^[7]

Взаимодействия

HDAC9 был показан взаимодействовать с участием:

Смотрите также

Гистоновая деацетилаза

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000048052 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000004698 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Ван А.Х., Бертос Н.Р., Везмар М., Пеллетье Н., Кросато М., Хенг Х.Х., Тханг Дж., Хан Дж., Ян XJ (ноябрь 1999 г.). «HDAC4, гистоновая деацетилаза человека, родственная дрожжевому HDA1, является корепрессором транскрипции». Молекулярная и клеточная биология. 19 (11): 7816–27. Дои:10.1128 / mcb.19.11.7816. ЧВК 84849. PMID 10523670.
^ Воробей Д. Б., Миска Е. А., Лэнгли Е., Рейно-Деонаут С., Котеча С., Тауэрс Н., Спор Г., Кузаридес Т., Мохун Т. Дж. (Сентябрь 1999 г.). «Функция MEF-2 модифицирована новым корепрессором, MITR». Журнал EMBO. 18 (18): 5085–98. Дои:10.1093 / emboj / 18.18.5085. ЧВК 1171579. PMID 10487760.
^ ^а ^б «Энтрез Ген: гистондеацетилаза 9 HDAC9».
^ ^а ^б Асаре Й., Кэмпбелл-Джеймс Т.А., Боков Ю., Ю. Л.Л., Престел М., Эль Бункари О, Рот С., Мегенс РТ, Штрауб Т., Томас К., Ян Г., Шнайдер М., Зиш Н., Тидт С., Сильвестр-Ройг С., Braster Q, Huang Y, Schneider M, Malik R, Haffner C, Liesz A, Soehnlein O, Bernhagen J, Dichgans M (июнь 2020 г.). «Гистоновая деацетилаза 9 активирует IKK для регулирования уязвимости атеросклеротических бляшек». Циркуляционные исследования. 127 (6): 811–823. Дои:10.1161 / CIRCRESAHA.120.316743. PMID 32546048. S2CID 219726725.
^ ^а ^б Чжан С.Л., МакКинси Т.А., Олсон Э.Н. (октябрь 2002 г.). «Ассоциация гистоновых деацетилаз класса II с гетерохроматиновым белком 1: потенциальная роль метилирования гистонов в контроле дифференцировки мышц». Молекулярная и клеточная биология. 22 (20): 7302–12. Дои:10.1128 / mcb.22.20.7302-7312.2002. ЧВК 139799. PMID 12242305.
^ ^а ^б ^c Петри К., Гайдез Ф, Хауэлл Л., Хили Л., Ваксман С., Гривз М., Зелент А. (май 2003 г.). «Ген гистондеацетилазы 9 кодирует несколько изоформ белка». Журнал биологической химии. 278 (18): 16059–72. Дои:10.1074 / jbc.M212935200. PMID 12590135.
^ Чжоу X, Ричон В.М., Рифкинд Р.А., Маркс П.А. (февраль 2000 г.). «Идентификация репрессора транскрипции, связанного с некаталитическим доменом гистондеацетилаз 4 и 5». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (3): 1056–61. Дои:10.1073 / pnas.97.3.1056. ЧВК 15519. PMID 10655483.
^ Микели Л., Д'Андреа Г., Леонарди Л., Тироне Ф. (июль 2017 г.). «HDAC1, HDAC4 и HDAC9 связываются с PC3 / Tis21 / Btg2 и необходимы для его ингибирования прогрессии клеточного цикла и экспрессии циклина D1» (PDF). Журнал клеточной физиологии. 232 (7): 1696–1707. Дои:10.1002 / jcp.25467. PMID 27333946. S2CID 4070837.
^ Миска Э.А., Карлссон С., Лэнгли Э., Нильсен С.Дж., Пайнс Дж., Кузаридес Т. (сентябрь 1999 г.). «Деацетилаза HDAC4 связывает и репрессирует фактор транскрипции MEF2». Журнал EMBO. 18 (18): 5099–107. Дои:10.1093 / emboj / 18.18.5099. ЧВК 1171580. PMID 10487761.
^ Lemercier C, Verdel A, Galloo B, Curtet S, Brocard MP, Khochbin S (май 2000 г.). «гистондеацетилаза mHDA1 / HDAC5 взаимодействует с транскрипционной активностью MEF2A и подавляет ее» (PDF). Журнал биологической химии. 275 (20): 15594–9. Дои:10.1074 / jbc.M908437199. PMID 10748098. S2CID 39220205.
^ Койпалли Дж., Георгопулос К. (июнь 2002 г.). «Взаимодействия Ikaros-CtIP не требуют C-концевого связывающего белка и участвуют в деацетилазонезависимом режиме репрессии». Журнал биологической химии. 277 (26): 23143–9. Дои:10.1074 / jbc.M202079200. PMID 11959865.

дальнейшее чтение

Маркс П.А., Ричон В.М., Рифкинд Р.А. (август 2000 г.). «Ингибиторы гистондеацетилазы: индукторы дифференцировки или апоптоза трансформированных клеток». Журнал Национального института рака. 92 (15): 1210–6. Дои:10.1093 / jnci / 92.15.1210. PMID 10922406.
Verdin E, Dequiedt F, Kasler HG (май 2003 г.). «Гистоновые деацетилазы класса II: универсальные регуляторы». Тенденции в генетике. 19 (5): 286–93. Дои:10.1016 / S0168-9525 (03) 00073-8. PMID 12711221.
Центр Сангера, The; Центр секвенирования генома Вашингтонского университета, The (ноябрь 1998 г.). «К полной последовательности человеческого генома». Геномные исследования. 8 (11): 1097–108. Дои:10.1101 / гр. 8.11.1097. PMID 9847074.
Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О. (октябрь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XI. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК исследования. 5 (5): 277–86. Дои:10.1093 / днарес / 5.5.277. PMID 9872452.
Миска Э.А., Карлссон С., Лэнгли Э., Нильсен С.Дж., Пайнс Дж., Кузаридес Т. (сентябрь 1999 г.). «Деацетилаза HDAC4 связывает и репрессирует фактор транскрипции MEF2». Журнал EMBO. 18 (18): 5099–107. Дои:10.1093 / emboj / 18.18.5099. ЧВК 1171580. PMID 10487761.
Чжоу X, Ричон В.М., Рифкинд Р.А., Маркс П.А. (февраль 2000 г.). «Идентификация репрессора транскрипции, связанного с некаталитическим доменом гистондеацетилаз 4 и 5». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (3): 1056–61. Дои:10.1073 / pnas.97.3.1056. ЧВК 15519. PMID 10655483.
Youn HD, Grozinger CM, Liu JO (июль 2000 г.). «Кальций регулирует репрессию транскрипции фактора усиления миоцитов 2 гистондеацетилазой 4». Журнал биологической химии. 275 (29): 22563–7. Дои:10.1074 / jbc.C000304200. PMID 10825153.
Чжан С.Л., Маккинси Т.А., Лу Дж.Р., Олсон Э.Н. (январь 2001 г.). «Ассоциация COOH-концевого связывающего белка (CtBP) и MEF2-взаимодействующего репрессора транскрипции (MITR) способствует репрессии транскрипции фактора транскрипции MEF2». Журнал биологической химии. 276 (1): 35–9. Дои:10.1074 / jbc.M007364200. PMID 11022042.
Fischle W., Dequiedt F, Fillion M, Hendzel MJ, Voelter W., Verdin E (сентябрь 2001 г.). «Активность гистондеацетилазы HDAC7 человека связана с HDAC3 in vivo». Журнал биологической химии. 276 (38): 35826–35. Дои:10.1074 / jbc.M104935200. PMID 11466315.
Чжоу X, Маркс П.А., Рифкинд Р.А., Ричон В.М. (сентябрь 2001 г.). «Клонирование и характеристика гистондеацетилазы, HDAC9». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (19): 10572–7. Дои:10.1073 / пнас.191375098. ЧВК 58507. PMID 11535832.
Койпалли Дж., Георгопулос К. (июнь 2002 г.). «Взаимодействия Ikaros-CtIP не требуют C-концевого связывающего белка и участвуют в деацетилазонезависимом режиме репрессии». Журнал биологической химии. 277 (26): 23143–9. Дои:10.1074 / jbc.M202079200. PMID 11959865.
Кирш О., Зеелер Дж. С., Пихлер А., Гаст А., Мюллер С., Миска Е., Матье М., Харель-Беллан А., Кузаридес Т., Мельхиор Ф., Дежан А. (июнь 2002 г.). «Лигаза SUMO E3 RanBP2 способствует модификации деацетилазы HDAC4». Журнал EMBO. 21 (11): 2682–91. Дои:10.1093 / emboj / 21.11.2682. ЧВК 125385. PMID 12032081.
Mahlknecht U, Schnittger S, Will J, Cicek N, Hoelzer D (апрель 2002 г.). «Хромосомная организация и локализация гена гистондеацетилазы 9 человека (HDAC9)». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 293 (1): 182–91. Дои:10.1016 / S0006-291X (02) 00193-6. PMID 12054582.
Чжан С.Л., МакКинси Т.А., Олсон Э.Н. (октябрь 2002 г.). «Ассоциация гистоновых деацетилаз класса II с гетерохроматиновым белком 1: потенциальная роль метилирования гистонов в контроле дифференцировки мышц». Молекулярная и клеточная биология. 22 (20): 7302–12. Дои:10.1128 / MCB.22.20.7302-7312.2002. ЧВК 139799. PMID 12242305.
Хогевен А.Т., Россетти С., Стоянова В., Шонкерен Дж., Фенароли А., Скьяффонати Л., ван Унен Л., Сакки Н. (сентябрь 2002 г.). «Транскрипционный корепрессор MTG16a содержит новую целевую последовательность ядрышек, нарушенную при t (16; 21) -положительных миелоидных злокачественных новообразованиях». Онкоген. 21 (43): 6703–12. Дои:10.1038 / sj.onc.1205882. PMID 12242670.
Петри К., Гайдез Ф, Хауэлл Л., Хили Л., Ваксман С., Гривз М., Зелент А. (май 2003 г.). «Ген гистондеацетилазы 9 кодирует несколько изоформ белка». Журнал биологической химии. 278 (18): 16059–72. Дои:10.1074 / jbc.M212935200. PMID 12590135.

внешние ссылки

HDAC9 + белок, + человеческий в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000048052 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000004698 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid10523670-5] Ван А.Х., Бертос Н.Р., Везмар М., Пеллетье Н., Кросато М., Хенг Х.Х., Тханг Дж., Хан Дж., Ян XJ (ноябрь 1999 г.). «HDAC4, гистоновая деацетилаза человека, родственная дрожжевому HDA1, является корепрессором транскрипции». Молекулярная и клеточная биология. 19 (11): 7816–27. Дои:10.1128 / mcb.19.11.7816. ЧВК 84849. PMID 10523670.

[pmid10487760-6] Воробей Д. Б., Миска Е. А., Лэнгли Е., Рейно-Деонаут С., Котеча С., Тауэрс Н., Спор Г., Кузаридес Т., Мохун Т. Дж. (Сентябрь 1999 г.). «Функция MEF-2 модифицирована новым корепрессором, MITR». Журнал EMBO. 18 (18): 5085–98. Дои:10.1093 / emboj / 18.18.5085. ЧВК 1171579. PMID 10487760.

[entrez-7] а ^б «Энтрез Ген: гистондеацетилаза 9 HDAC9».

[pmid32546048-8] а ^б Асаре Й., Кэмпбелл-Джеймс Т.А., Боков Ю., Ю. Л.Л., Престел М., Эль Бункари О, Рот С., Мегенс РТ, Штрауб Т., Томас К., Ян Г., Шнайдер М., Зиш Н., Тидт С., Сильвестр-Ройг С., Braster Q, Huang Y, Schneider M, Malik R, Haffner C, Liesz A, Soehnlein O, Bernhagen J, Dichgans M (июнь 2020 г.). «Гистоновая деацетилаза 9 активирует IKK для регулирования уязвимости атеросклеротических бляшек». Циркуляционные исследования. 127 (6): 811–823. Дои:10.1161 / CIRCRESAHA.120.316743. PMID 32546048. S2CID 219726725.

[pmid12242305-9] а ^б Чжан С.Л., МакКинси Т.А., Олсон Э.Н. (октябрь 2002 г.). «Ассоциация гистоновых деацетилаз класса II с гетерохроматиновым белком 1: потенциальная роль метилирования гистонов в контроле дифференцировки мышц». Молекулярная и клеточная биология. 22 (20): 7302–12. Дои:10.1128 / mcb.22.20.7302-7312.2002. ЧВК 139799. PMID 12242305.

[pmid12590135-10] а ^б ^c Петри К., Гайдез Ф, Хауэлл Л., Хили Л., Ваксман С., Гривз М., Зелент А. (май 2003 г.). «Ген гистондеацетилазы 9 кодирует несколько изоформ белка». Журнал биологической химии. 278 (18): 16059–72. Дои:10.1074 / jbc.M212935200. PMID 12590135.

[pmid10655483-11] Чжоу X, Ричон В.М., Рифкинд Р.А., Маркс П.А. (февраль 2000 г.). «Идентификация репрессора транскрипции, связанного с некаталитическим доменом гистондеацетилаз 4 и 5». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (3): 1056–61. Дои:10.1073 / pnas.97.3.1056. ЧВК 15519. PMID 10655483.

[12] Микели Л., Д'Андреа Г., Леонарди Л., Тироне Ф. (июль 2017 г.). «HDAC1, HDAC4 и HDAC9 связываются с PC3 / Tis21 / Btg2 и необходимы для его ингибирования прогрессии клеточного цикла и экспрессии циклина D1» (PDF). Журнал клеточной физиологии. 232 (7): 1696–1707. Дои:10.1002 / jcp.25467. PMID 27333946. S2CID 4070837.

[pmid10487761-13] Миска Э.А., Карлссон С., Лэнгли Э., Нильсен С.Дж., Пайнс Дж., Кузаридес Т. (сентябрь 1999 г.). «Деацетилаза HDAC4 связывает и репрессирует фактор транскрипции MEF2». Журнал EMBO. 18 (18): 5099–107. Дои:10.1093 / emboj / 18.18.5099. ЧВК 1171580. PMID 10487761.

[pmid10748098-14] Lemercier C, Verdel A, Galloo B, Curtet S, Brocard MP, Khochbin S (май 2000 г.). «гистондеацетилаза mHDA1 / HDAC5 взаимодействует с транскрипционной активностью MEF2A и подавляет ее» (PDF). Журнал биологической химии. 275 (20): 15594–9. Дои:10.1074 / jbc.M908437199. PMID 10748098. S2CID 39220205.

[pmid11959865-15] Койпалли Дж., Георгопулос К. (июнь 2002 г.). «Взаимодействия Ikaros-CtIP не требуют C-концевого связывающего белка и участвуют в деацетилазонезависимом режиме репрессии». Журнал биологической химии. 277 (26): 23143–9. Дои:10.1074 / jbc.M202079200. PMID 11959865.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

Гидролазы: углеродно-азотные непептиды (EC 3.5)
3.5.1: Линейные амиды / Амидогидролазы	Аспарагиназа Глутаминаза Уреаза Биотинидаза Аспартоацилаза Церамидаза Аспартилглюкозаминидаза Амид гидролаза жирных кислот Гистоновая деацетилаза Сиртуин
3.5.2: Циклические амиды / Амидогидролазы	Барбитураза Бета-лактамаза Дигидрооротаза
3.5.3: Линейные амидины / Уреогидролазы	Аргиназа Агматиназа Протеин-аргининдеиминаза
3.5.4: Циклические амидины / Аминогидролазы	Гуаниндезаминаза Аденозиндезаминаза AMP дезаминаза Инозинмонофосфатсинтаза ДКМП дезаминаза GTP циклогидролаза I Цитидиндезаминаза AICDA Цитидиндезаминаза, индуцированная активацией
3.5.5: Нитрилы / Аминогидролазы	Нитрилаза
3.5.99: Другой	Рибофлавиназа Тиаминаза II

Ферменты
Мероприятия	Активный сайт Сайт привязки Каталитическая триада Оксианионная дыра Ферментная распущенность Каталитически совершенный фермент Коэнзим Кофактор Ферментный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Сотрудничество Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Ферментное суперсемейство Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Ханеса – Вульфа Заговор Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы (список ) EC2 Трансферазы (список ) EC3 Гидролазы (список ) EC4 Лиасы (список ) EC5 Изомеразы (список ) EC6 Лигазы (список ) EC7 Транслоказы (список )