Скрининг белок-белкового взаимодействия - Protein–protein interaction screening

Скрининг белок-белкового взаимодействия относится к идентификации Белок-белковое взаимодействие с высокопроизводительный скрининг такие методы, как считывание планшетов с помощью компьютера и / или роботов, анализ проточной цитометрии.

Взаимодействие между белками является центральным практически для каждого процесса в живой клетке. Информация об этих взаимодействиях улучшает понимание болезней и может стать основой для новых терапевтических подходов.

Методы скрининга белок-белковых взаимодействий

Хотя существует множество методов обнаружения межбелковых взаимодействий,[нужна цитата ] большинство этих методов, таких как коиммунопреципитация, флуоресцентный резонансный перенос энергии (FRET) и двойная поляризационная интерферометрия - не являются скрининговыми подходами.

Ex vivo или же in vivo методы

Методы скрининга белок-белковых взаимодействий в живых клетках.

Комплементация бимолекулярной флуоресценции (BiFC) - это метод наблюдения за взаимодействием белков. Сочетание его с другими новыми техниками DERB может сделать возможным скрининг белок-белковых взаимодействий и их модуляторов.[1]

В дрожжевой двугибридный screen исследует взаимодействие между искусственными белками слияния внутри ядра дрожжей. Этот подход может идентифицировать партнеров связывания белка без предвзятости. Однако этот метод имеет заведомо высокую частоту ложных срабатываний, что требует проверки идентифицированных взаимодействий с помощью коиммунопреципитация.[2]

В пробирке методы

В тандемная аффинная очистка (TAP) метод позволяет идентифицировать взаимодействия белков с высокой пропускной способностью. В отличие от подхода Y2H, точность метода можно сравнить с точностью мелкомасштабных экспериментов (Collins et al., 2007), а взаимодействия обнаруживаются в правильной клеточной среде, как коиммунопреципитация. Однако метод TAP tag требует двух последовательных стадий очистки белка и, таким образом, не может легко обнаружить временные межбелковые взаимодействия. Недавние эксперименты с TAP для всего генома были выполнены Krogan et al., 2006,[3] и Gavin et al., 2006,[4] предоставление обновленных данных о взаимодействии белков для дрожжевых организмов.

Химическое сшивание часто используется для «фиксации» взаимодействия белков на месте перед попыткой выделить / идентифицировать взаимодействующие белки. Обычные сшивающие агенты для этого приложения включают нерасщепляемый сшивающий агент [NHS-эфир], [бис-сульфосукцинимидил суберат] (BS3); расщепляемая версия BS3, [дитиобис (сульфосукцинимидилпропионат)] (DTSSP); и [имидоэфир] сшивающий агент [диметилдитиобиспропионимидат] (DTBP), который популярен для фиксации взаимодействий в ЧИП анализы.[5]

Рекомендации

  1. ^ Лу Дж. П., Битти Л. К., Пинтус Дж. Х. (2008). «Система одного вектора на основе рекомбиназы двойной экспрессии (DERB) для высокопроизводительного скрининга и проверки взаимодействия белков в живых клетках». Природа предшествует. Дои:10.1038 / npre.2008.1550.1. HDL:10101 / npre.2008.1550.2.
  2. ^ Поля S (2005). «Двухгибридный анализ с высокой пропускной способностью: обещание и опасность». Журнал FEBS. 272 (21): 5391–5399. Дои:10.1111 / j.1742-4658.2005.04973.x. PMID  16262681. S2CID  18331797.
  3. ^ Кроган Нью-Джерси, Кэгни Дж., Ю Х, Чжун Дж., Го Х, Игнатченко А., Ли Дж., Пу С., Датта Н., Тикуисис А. П., Пунна Т., Перегрин-Альварес Дж. М., Шалес М., Чжан Х, Дэйви М., Робинсон М. Д., Пакканаро А., Брей Дж. Э., Шунг А., Битти Б., Ричардс Д. П., Канадиен В., Лалев А., Мена Ф., Вонг П., Старостин А., Канете М. М., Власблом Дж., Ву С., Орси С., Коллинз С. Р., Чандран С., Хав Р. , Рилстон Дж. Дж., Ганди К., Томпсон Нью-Джерси, Муссо Дж., Сент-Онге П, Ганни С., Лам М. Х., Бутланд Дж., Альтаф-Ул А. М., Канайя С., Шилатифард А., О'Ши Е., Вайсман Дж. С., Инглс Си-Джей, Хьюз Т. Р. , Паркинсон Дж., Герштейн М., Водак С.Дж., Эмили А., Гринблатт Дж. Ф. (21 марта 2006 г.). «Глобальный ландшафт белковых комплексов дрожжей Saccharomyces cerevisiae». Природа. 440 (7084): 637–643. Дои:10.1038 / природа04670. PMID  16554755. S2CID  72422.
  4. ^ Gavin AC, Aloy P, Grandi P, Krause R, Boesche M, Marzioch M, Rau C, Jensen LJ, Bastuck S, Dümpelfeld B, Edelmann A, Heurtier MA, Hoffman V, Hoefert C, Klein K, Hudak M, Michon AM , Schelder M, Schirle M, Remor M, Rudi T, Hooper S, Bauer A, Bouwmeester T, Casari G, Drewes G, Neubauer G, Rick JM, Kuster B, Bork P, Russell RB, Superti-Furga G (21 января 2006). «Протеомный обзор показывает модульность механизма дрожжевых клеток». Природа. 440 (7084): 631–636. Дои:10.1038 / природа04532. PMID  16429126. S2CID  4335436.
  5. ^ Чен С.С., Чжу Х. (2006). «Белковые микрочипы». Биотехнологии. 40 (4): 423–429. Дои:10.2144 / 06404TE01. PMID  16629388.

внешняя ссылка