Список тем омиков по биологии - List of omics topics in biology

Вдохновленный условиями геном и геномика, другими словами, чтобы описать полный биологический наборы данных, в основном наборы биомолекулы происходящий из одного организм, были придуманы с суффиксом -ome и -омики. Некоторые из этих терминов связаны друг с другом в иерархический мода. Например, геном содержит ORFeome, что порождает транскриптом, который переводится на протеом. Другие термины частично совпадают и относятся к структуре и / или функции подмножества белков (например, гликом, киноме ).

Омиколог - это ученый, изучающий омеомику, каталогизирующую все подполя «омики».[1]

Omics.org - это Wiki, которая собирает и перечисляет в алфавитном порядке все известные «омы» и «омики».[2]

Список тем

-omeОбласть исследования
(-комикс)		КоллекцияРодительский предметПримечания
АллергеномАллергеномика[3]Протеомика аллергенов
БиблиомаБиблиомикаНаучно-библиографические данные
ТриаломЛекарствоЧеловеческое вмешательство испытания данные из реестры клинических испытаний дополнен результатами испытаний и ссылками на полученные публикации
КоннектомКоннектомикаКонструктивно-функциональный мозг возможность соединения в различных пространственно-временных масштабахНеврология
ЦитомЦитомикаСотовый системы организмЦитология
EditomeРедактирование РНК места
ЭмбрионЭмбриомикаКлеточные линии эмбриональных клеток, экспрессируемые гены и антигены, присутствующие во время развитияЭмбриология
EnviromeОкружающая средаСвязанные с генами факторы окружающей среды (envirome)
ЭпигеномЭпигеномикаЭпигенетические модификацииМолекулярная генетикаЭпигеномика - это исследование полного набора эпигенетических модификаций генетического материала клетки, известных под общим названием эпигеном.
Exposome (2005)ЭкспосомикаИндивидуальный воздействие на окружающую среду, в том числе в пренатальный средаМолекулярная генетикаПредлагаемый термин и область изучения болезнетворного воздействия факторов окружающей среды ("воспитывать "компонент"природа vs. воспитание ").[4]
Exposome (2009)Композитный профессиональное облучение и проблемы профессионального здоровьяОхрана трудаАвторы этого термина знали о предыдущем термине, использованном выше, но предложили применить этот термин к новой области.[5][6]
ExomeExomicsЭкзоны в геномеМолекулярная генетика
FoodomeFoodomicsЕда и Питание вопросы, связанные с биоактивностью, качеством, безопасностью и возможностью отслеживания пищевых продуктов, посредством применения и интеграции передовых технологий omics для улучшения благополучия, здоровья и уверенности потребителей.ПитаниеТермин был впервые определен в 2009 году.[7]
ГеномГеномика
(Классическая генетика )		Гены
(Последовательности ДНК /Хромосомы )		Генетика«Геном» относится к набору всех генов в организме. Однако «геном» был придуман за десятилетия до того, как было обнаружено, что большая часть ДНК «некодирование «а не часть гена; таким образом,« геном »первоначально относился ко всей коллекции ДНК в организме. Сегодня используются оба определения, в зависимости от контекста.[8]
ГликомГликомиксГликаныГликобиология
ХологеномГологеномикаГеномы членов сообщества (т. Е. голобионты )Метагеномика
ИнтерферомИнтерферомикаИнтерфероныИммунологияТакже одноименная база данных.[3]
ИнтерактомИнтерактомикаВсе взаимодействияТермин «интерактомика» обычно не используется. Вместо этого, интерактомы считаются изучением системная биология.[9][10]
ИономИономикаНеорганические биомолекулыМолекулярная биология
КиномеКиномикаКиназыМолекулярная биологияБелки, которые добавляют фосфатную группу
ЛипидомЛипидомика[11]ЛипидыБиохимия
MechanomeМеханикаМеханические системы в организме
МетаболомМетаболомикаМетаболитыВсе продукты биологической реакции (включая промежуточные продукты)
МетагеномМетагеномикаГенетический материал, обнаруженный в образце окружающей средыМолекулярная биологияПредполагается, что генетический материал содержит ДНК нескольких организмов и, следовательно, нескольких геномов, поэтому добавлен префикс мета-.
МеталломМеталломикаМеталлы и металлоиды
МикробиоммикробиомикаСбор микроорганизмов в другом организме, например, в животномМикробиология
ОжирениеОжирениеБелки, связанные с ожирениемПротеомикаСоздано Pardo et al., 2012.[4]
ORFeomeORFeomicsОткрытые рамки для чтения (ORF)Молекулярная генетика
ОрганомОрганикаОрганы взаимодействияСотовая связь / Сотовая сигнализация и Тканевая инженерияИзучение перекрестных помех между органами с использованием физиологически релевантных моделей in vitro
ParvomeПарвомикаВторичные метаболитыБиохимияСоздан Марком Мартином и представлен Джулианом Дэвисом в 2008 году, имея в виду латинский парвус для «малых» и описания «огромного микробного мира малых (секретируемых) молекул большого структурного разнообразия».[12] Смотрите также [13]
ФармакогенетикаФармакогенетикаSNP и их влияние на фармакокинетика и фармакодинамикаФармакогеномика
Геномика
ФармакогеномФармакогеномикаВлияние изменений генома на фармакологиюФармакогенетика
Геномика
ФеномФеномикаФенотипыГенетика
ФизиомаФизиомикаФизиология организма
ФитохимомФитохимияФитохимические веществаЭтот термин был придуман дель Кастильо и др., 2013, Food Research International, [5]. Фитохимия - это комплексная концепция, направленная на расширение знаний о биоактивности фитохимических веществ, которая приобретает все большее значение в сельскохозяйственных, пищевых, медицинских и косметических науках.
ПротеомПротеомикаБелкиМолекулярная биология
RegulomeРегуломикаФакторы транскрипции и другие молекулы, участвующие в регуляция экспрессии геновМолекулярная биология
ИсследовательскийОбласти исследований, охватываемые отдельным исследователем или учреждениемИсследованиеПридумал Иван Эрилл на встрече EBM 2011 г.[14]
СекретомСекретомикаСекретные белкиПротеомикаПодмножество протеом состоящий из белков, активно экспортируемых из клеток.[15]
SpeechomeSpeecheomicsВлияет на овладение языкомСоздан проектом Human Speechome[16]
СинтетомНабор искусственных генов в организме[17][циркулярная ссылка ]
ТранскриптомТранскриптомикаВсе молекулы РНК, включая мРНК, рРНК, тРНК и другие нкРНКМолекулярная биология
ToponomeТопономикаКлеточная и тканевая структураМолекулярная биология
ВолатиломВолатиломикаполный сбор летучих метаболитовБиомаркеры

Иерархия тем

Для ясности некоторые темы указаны более одного раза.

Рекомендации

  1. ^ Ядав СП. (2007). "Целостность в суффиксах -omics, -omes и слове Om". J Biomol Tech. 18 (5): 277. ЧВК  2392988. PMID  18166670.
  2. ^ [1]
  3. ^ Ягами Т., Хайшима Ю., Цучия Т., Томитака-Ягами А., Кано Х., Мацунага К.; Хайшима; Цучия; Томитака-Ягами; Кано; Мацунага (2004). «Протеомный анализ предполагаемых латексных аллергенов». Int Arch Allergy Immunol. 135 (1): 3–11. Дои:10.1159/000080036. PMID  15286439.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  4. ^ Дикий CP (2005). «Дополнение генома« экспозомом »: выдающаяся задача измерения воздействия окружающей среды в молекулярной эпидемиологии». Cancer Epidemiol. Биомаркеры Назад. 14 (8): 1847–50. Дои:10.1158 / 1055-9965.EPI-05-0456. PMID  16103423.
  5. ^ Фэзандье, Лори; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сеть проблем профессионального здоровья: разоблачение». arXiv:0907.3410 [stat.ME ].
  6. ^ Фэзандье, Лори; Боннетер, Винсент; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сетевой подход к надзору за воздействием на здоровье». arXiv:0907.3355 [stat.ME ].
  7. ^ Сифуэнтес, А. (2009). «Пищевой анализ и фудомика». Журнал хроматографии А. 1216 (43): 7109. Дои:10.1016 / j.chroma.2009.09.018. HDL:10261/154212. PMID  19765718.
  8. ^ "геном, п". Оксфордский словарь английского языка. Март 2008 г.[мертвая ссылка ]
  9. ^ [2] В архиве 2 декабря 2008 г. Wayback Machine
  10. ^ Главная страница - Интерактомика В архиве 6 июля 2008 г. Wayback Machine
  11. ^ Subramaniam S, Fahy E, Gupta S, Sud M, Byrnes RW, Cotter D, Dinasarapu AR, Maurya MR (2011). «Биоинформатика и системная биология липидома». Химические обзоры. 111 (10): 6452–6490. Дои:10.1021 / cr200295k. ЧВК  3383319. PMID  21939287.
  12. ^ Шехтер М (15 мая 2014 г.). "Терминов в биологии: Парвом". Мелочи учтены. Получено 2020-04-21.
  13. ^ Дэвис Дж, Райан К.С. (2012). «Введение парвома: биоактивные соединения в микробном мире». ACS Химическая биология. 7 (2): 252–259. Дои:10.1021 / cb200337h.
  14. ^ (2011) «15-я ПРОГРАММА EBM» В архиве 2016-01-26 в Wayback Machine Встреча по эволюционной биологии в Марселе ». Проверено 14 декабря 2011 года.
  15. ^ Дов Гринбаум; Николас М. Ласкомб; Рональд Янсен; и другие. (2001). «Взаимосвязь различных типов геномных данных, от протеома до секретома:« Оминг в функции ». Геномные исследования. 11 (9): 1463–1468. Дои:10.1101 / гр.207401. PMID  11544189.
  16. ^ Статья BBC о Speechome Project
  17. ^ Синтетом
  18. ^ Карлсон, Скотт М .; Гозани, Ор (09.10.2014). «Новые технологии для картирования белкового метилома». Журнал молекулярной биологии. 426 (20): 3350–3362. Дои:10.1016 / j.jmb.2014.04.024. ISSN  1089-8638. ЧВК  4177301. PMID  24805349.
  19. ^ Huser, V .; Чимино, Дж. Дж. (2012). «Точность и отрицательная прогностическая ценность связей между ClinicalTrials.gov и PubMed». Материалы ежегодного симпозиума AMIA. 2012: 400–408. ЧВК  3540528. PMID  23304310.
  20. ^ Бухифд, Мунир; Андерсен, Мелвин Э .; Багдикян, Кристина; Бокельхайде, Ким; Крофтон, Кевин М .; Форнас, Альберт Дж .; Кленсанг, Андре; Ли, Хэнхун; Ливи, Каролина (01.01.2015). «Проект человеческого токсома». ALTEX. 32 (2): 112–124. Дои:10.14573 / altex.1502091. ISSN  1868-596X. ЧВК  4778566. PMID  25742299.
  21. ^ ДеФелипе, Хавьер (26 ноября 2010 г.). «От коннектома к синаптому: эпическая история любви». Наука. 330 (6008): 1198–1201. Bibcode:2010Sci ... 330.1198D. Дои:10.1126 / science.1193378. ISSN  0036-8075. PMID  21109663.
  22. ^ Копелл, Нэнси Дж .; Gritton, Howard J .; Уиттингтон, Майлз А .; Крамер, Марк А. (17 сентября 2014 г.). «За пределами коннектома: дином». Нейрон. 83 (6): 1319–1328. Дои:10.1016 / j.neuron.2014.08.016. ISSN  1097-4199. ЧВК  4169213. PMID  25233314.
  23. ^ Димитров Д.С. (май – июнь 2010 г.). «Терапевтические антитела, вакцины и антителоомы». mAbs. 2 (3): 347–56. Дои:10.4161 / mabs.2.3.11779. ЧВК  2881260. PMID  20400863.