Коннектом - Википедия - Connectome
А коннектом (/kəˈпɛkтoʊм/) представляет собой полную карту нейронные связи в мозг, и может рассматриваться как его "схема подключения ". В более широком смысле, коннектом будет включать отображение всех нейронных связей внутри организм с нервная система.
Производство и изучение коннектомов, известных как коннектомика, может варьироваться в масштабе от подробной карты полного набора нейроны и синапсы в пределах части или всей нервной системы организма до описания на макроуровне функциональной и структурной связи между всеми корковый области и подкорковый конструкции. Термин «коннектом» используется в основном в научных усилиях по улавливанию, отображению и пониманию организации нейронных взаимодействий внутри мозга.
Исследования успешно построили полный коннектом одного животного: аскарида Caenorhabditis elegans, начиная с первых электронных микрофотографий, опубликованных White, Brenner et al., 1986.[2] На основе этой основополагающей работы был создан первый в истории коннектом (который авторы тогда называли «базой данных нейронных схем») для C. elegans был издан в виде книги с прилагаемыми дискетами Ачакосо и Ямамото в 1992 году,[3][4] с самой первой статьей о компьютерном представлении ее коннектома, представленной и опубликованной тремя годами ранее в 1989 году Ачакосо на симпозиуме по компьютерным приложениям в медицине (SCAMC).[5]. В C. elegans коннектом был позже изменен[6][7] и расширился по мере развития.[8] Частичные коннектомы мыши сетчатка[9] и мышь первичная зрительная кора[10] также были успешно построены. Другие реконструкции, такие как Bock et al.'s 2011 завершено 12терабайт набор данных, публично доступны через такие службы, как NeuroData.[11]
Конечная цель коннектомики - отобразить человеческий мозг. Эти усилия прилагаются Проект Human Connectome, спонсируемый Национальные институты здоровья (NIH), целью которой является построение сетевой карты человеческого мозга у здоровых, живых взрослых людей.
Происхождение и использование термина
В 2005 г. Олаф Спорнс в Университет Индианы и доктор Патрик Хагманн в Университетская больница Лозанны независимо и одновременно предложили термин «коннектом» для обозначения карты нейронных связей в головном мозге. Этот термин был непосредственно вдохновлен продолжающимися попытками секвенировать человеческие генетический код - построить геном.
"Коннектомика" (Hagmann, 2005) был определен как наука, занимающаяся сборкой и анализом наборов данных коннектома.[12]
В своей статье 2005 г. Коннектом человека, структурное описание человеческого мозга, Sporns et al. написал:
- Чтобы понять функционирование сети, нужно знать ее элементы и их взаимосвязи. Целью данной статьи является обсуждение исследовательских стратегий, направленных на всестороннее структурное описание сети элементов и связей, образующих человеческий мозг. Мы предлагаем назвать этот набор данных человеческим «коннектомом» и утверждаем, что это принципиально важно для когнитивная нейробиология и нейропсихология. Коннектом значительно расширит наше понимание того, как функциональные состояния мозга возникают из их основного структурного субстрата, и предоставит новые механистические представления о том, как функция мозга нарушается, если этот структурный субстрат нарушается.[13]
В своей докторской диссертации 2005 г. Тезис, Из диффузная МРТ к мозговой коннектомике, Хагманн писал:
- Ясно, что, как и геном, который представляет собой нечто большее, чем просто сопоставление гены, набор всех нейронных связей в мозге намного больше, чем сумма их отдельных компонентов. Геном сам по себе является сущностью, поскольку [жизнь] возникает из тонкого взаимодействия генов. Подобным образом можно было бы рассматривать коннектом мозга, набор всех нейронных связей, как единое целое, тем самым подчеркивая тот факт, что огромная нейронная коммуникационная способность мозга и вычислительная мощность критически зависят от этой тонкой и невероятно сложной архитектуры связности.[12]
Пути через церебральный белое вещество может быть нанесен на карту гистологический рассечение и окрашивание, методами вырождения и аксональное отслеживание. Методы отслеживания аксонов образуют основную основу для систематического картирования дальних путей в обширные, разновидность -специфические анатомические матрицы связи между серое вещество регионы. Достопримечательности исследования включали области и связи зрительная кора из макака (Феллеман и Ван Эссен, 1991)[14] и таламокортикальная система в мозге кошек (Scannell et al., 1999).[15] Развитие нейроинформатика базы данных для анатомических соединений позволяют постоянно обновлять и уточнять такие карты анатомических соединений. Онлайн-инструмент для подключения коры макака CoCoMac (Kötter, 2004)[16] и височная доля коннектом крыса[17] являются яркими примерами такой базы данных.
В человеческом мозге значение коннектома проистекает из осознания того, что структура и функции человеческого мозга неразрывно связаны между собой через несколько уровней и способов связи мозга. Существуют сильные естественные ограничения на то, какие нейроны или нейронные популяции могут взаимодействовать, или насколько сильны или прямые их взаимодействия. Действительно, основа человеческого познание заключается в паттерне динамических взаимодействий, формируемых коннектомом.
Однако отношения структура-функция в мозге вряд ли сведутся к простому сопоставлению «один-к-одному». Фактически, коннектом, очевидно, может поддерживать большое количество переменных динамических состояний в зависимости от текущих сенсорных входов, глобального состояния мозга, обучения и развития. Некоторые изменения функционального состояния могут включать быстрые изменения структурной связи на синаптическом уровне, как было выяснено двухфотонная визуализация эксперименты, показывающие быстрое появление и исчезновение дендритные шипы (Bonhoeffer and Yuste, 2002).[18]
Несмотря на такие сложные и изменчивые сопоставления структур и функций, коннектом является незаменимой основой для механистической интерпретации динамических данных мозга, начиная с одноклеточные записи к функциональная нейровизуализация.
Термин «коннектом» был популяризирован недавно Себастьян Сунг с Я мой коннектом выступление на 2010 Конференция TED, в котором обсуждаются высокоуровневые цели картирования коннектома человека, а также продолжающиеся усилия по созданию трехмерной нейронной карты мозговой ткани на микромасштабе.[19] В 2012 году Сын издал книгу Коннектом: как связка мозга делает нас теми, кто мы есть.
В нескольких масштабах
Мозговые сети можно определить на разных уровнях масштаба, соответствующих уровням Пространственное разрешение при визуализации головного мозга (Kötter, 2007, Sporns, 2010).[20][21] Эти масштабы можно условно разделить на микромасштаб, мезомасштаб и макромасштаб. В конечном итоге можно объединить коннектомные карты, полученные в разных масштабах, в единую иерархическую карту нейронной организации данного вида, которая варьируется от отдельных нейронов до популяций нейронов и более крупных систем, таких как области коры. Учитывая методологические неопределенности, связанные с выводом о связности из первичных экспериментальных данных, и учитывая, что, вероятно, будут большие различия в коннектомах разных людей, любая унифицированная карта, вероятно, будет полагаться на вероятностный представления данных о подключении (Sporns et al., 2005).[13]
Отображение коннектома в «микромасштабе» (микрометр разрешение) означает построение полной карты нейронных систем, нейрон за нейроном. Проблема сделать это становится очевидной: количество нейронов, составляющих мозг, легко исчисляется миллиардами в более сложных организмах. Человек кора головного мозга только содержит порядка 1010 нейроны связано 1014 синаптический соединения.[22] Для сравнения, количество пар оснований в геноме человека 3 × 109. Некоторые из основных проблем построения коннектома человека на микромасштабе сегодня включают в себя: сбор данных займет годы, учитывая современные технологии, инструменты машинного зрения для аннотирования данных остаются в зачаточном состоянии и неадекватны, и ни теория, ни алгоритмы не доступны. для анализа полученных мозговые графики. Чтобы решить проблемы сбора данных, несколько групп создают высокопроизводительные серийные электронные микроскопы (Kasthuri et al., 2009; Bock и другие. 2011). Чтобы решить проблемы с машинным зрением и обработкой изображений, проект Open Connectome[23] является alg-sourcing (алгоритм аутсорсинга) это препятствие. Наконец, статистические теория графов это новая дисциплина, которая развивает сложные распознавание образов и инструменты вывода для анализа этих мозговых графиков (Goldenberg et al., 2009).
«Мезомасштабный» коннектом соответствует пространственному разрешению в сотни микрометров. Вместо того, чтобы пытаться отобразить каждый отдельный нейрон, коннектом на мезоуровне будет пытаться захватить анатомически и / или функционально различные популяции нейронов, образованные локальными цепями (например, корковые столбики ), которые связывают сотни или тысячи отдельных нейронов. Этот масштаб все еще представляет собой очень амбициозную техническую задачу в настоящее время и может быть исследован только в небольшом масштабе с помощью инвазивных методов или очень высокого поля. магнитно-резонансная томография (МРТ) в местном масштабе.
Коннектом на макроуровне (миллиметр разрешение) пытается захватить большие системы мозга, которые можно разделить на анатомически различные модули (области, участки или узлы), каждый из которых имеет свой собственный образец связи. Коннектомные базы данных на мезомасштабе и макромасштабе могут быть значительно более компактными, чем базы данных с клеточным разрешением, но они требуют эффективных стратегий для точного анатомического или функционального разделения нейронного объема на сетевые узлы (сложности см., Например, Wallace et al., 2004) .[24]
Картирование на клеточном уровне
Современные неинвазивные методы визуализации не могут фиксировать активность мозга на уровне нейрона за нейроном. Картирование коннектома на клеточном уровне в позвоночные В настоящее время требуется посмертный (после смерти) микроскопический анализ ограниченных участков ткани мозга. Неоптические методы, основанные на высокой пропускной способности Секвенирование ДНК были предложены недавно Энтони Задор (CSHL).[25]
Традиционные подходы к гистологическому картированию схем основаны на визуализации и включают: светомикроскопический методы для окрашивание клеток, введение маркировочных агентов для отслеживание тракта, или химическое сохранение мозга, окрашивание и реконструкция серийно разрезанных блоков ткани с помощью электронной микроскопии (ЭМ). Каждый из этих классических подходов имеет определенные недостатки, когда речь идет о развертывании коннектомики. Окрашивание отдельных клеток, например с Пятно Гольджи, для отслеживания клеточных процессов и связи страдает из-за ограниченного разрешения световой микроскопии, а также трудностей с получением проекций на большие расстояния. Трассировка тракта, часто описываемая как "Золотой стандарт " из нейроанатомия для обнаружения путей дальнего действия через мозг, как правило, позволяет отслеживать только довольно большие популяции клеток и одиночные аксональные пути. ЭМ реконструкция была успешно использована для составления C. elegans коннектом (White et al., 1986).[2] Однако при применении к более крупным тканевым блокам целой нервной системы традиционно возникали трудности с проекциями на большие расстояния.
Недавние достижения в картировании нейронной связности на клеточном уровне дают новые значительные надежды на преодоление ограничений классических методов и на составление наборов данных клеточного коннектома (Livet et al., 2007; Lichtman et al., 2008).[26][27][28] С помощью Brainbow комбинаторный метод цветовой маркировки на основе стохастический выражение нескольких флуоресцентные белки, Джефф В. Лихтман и его коллеги смогли пометить отдельные нейроны одним из более чем 100 различных цветов. Маркировка отдельных нейронов различимым оттенком затем позволяет отслеживать и реконструировать их клеточную структуру, включая длинные отростки внутри блока ткани.
В марте 2011 г. журнал Природа опубликовал пару статей о микроконнектомах: Bock et al.[10] и Briggman et al.[9] В обеих статьях авторы сначала охарактеризовали функциональные свойства небольшого подмножества ячеек, а затем вручную проследили подмножество процессов, исходящих из этих ячеек, чтобы получить частичный подграф. В соответствии с принципами открытая наука, авторы Bock et al. (2011) опубликовали свои данные для публичного доступа. Набор данных с полным разрешением 12 терабайт от Bock et al. доступно на NeuroData.[23] В 2012 г. гражданская наука проект называется EyeWire начал пытаться краудсорс отображение коннектома в интерактивной игре.[29] Независимо, важные топологии функциональных взаимодействий между несколькими сотнями ячеек также постепенно будут декларироваться (Shimono and Beggs, 2014).[30] Увеличение масштаба отображения ультраструктурных схем до целого мозг мыши в настоящее время ведется (Mikula, 2012).[31] Альтернативный подход к отображению связности был недавно предложен Задором и его коллегами (Zador et al., 2012).[25] Метод Задора, называемый BOINC (штрих-кодирование отдельных нейронных связей), использует высокопроизводительное секвенирование ДНК для картирования нейронных цепей. Вкратце, подход состоит в маркировке каждого нейрона уникальным штрих-кодом ДНК, передаче штрих-кодов между синаптически связанными нейронами (например, с использованием Суидный герпесвирус 1, SuHV1) и слияние штрих-кодов для представления синаптической пары. Этот подход потенциально может быть дешевым, быстрым и чрезвычайно высокопроизводительным.
В 2016 г. Деятельность в области перспективных исследовательских проектов разведки правительства США запустили МИКРОНЫ, пятилетний межинституциональный проект по картированию одного кубического миллиметра зрительной коры головного мозга грызунов в рамках Инициатива BRAIN.[32][33] Хотя это всего лишь небольшой объем биологической ткани, этот проект даст один из крупнейших микромасштабных наборов данных коннектомики, существующих в настоящее время.
Отображение в макро масштабе
Установленные методы исследования мозга, такие как отслеживание аксонов, открыли первые возможности для создания наборов данных коннектома. Однако более поздние достижения в области живых субъектов были достигнуты за счет использования неинвазивных технологий визуализации, таких как диффузионно-взвешенная магнитно-резонансная томография (DW-MRI) и функциональная магнитно-резонансная томография (фМРТ). Первый в сочетании с трактографией позволяет реконструировать основные пучки волокон в головном мозге. Второй позволяет исследователю фиксировать сетевую активность мозга (в состоянии покоя или во время выполнения определенных задач), что позволяет идентифицировать структурно и анатомически отдельные области мозга, которые функционально связаны.
Примечательно, что цель Проект Human Connectome во главе с консорциумом WU-Minn, построит структурно-функциональная карта здорового человеческого мозга в макромасштабе, используя сочетание нескольких технологий визуализации и разрешения.
Последние достижения в отображении подключений
За последние несколько лет несколько исследователей попытались нанести на карту крупномасштабную структурную архитектуру коры головного мозга человека. Одна из попыток использовала кросс-корреляцию толщины или объема коры у разных людей (He et al., 2007).[34] Такие корреляции толщины серого вещества были постулированы как индикаторы наличия структурных связей. Недостатком этого подхода является то, что он предоставляет весьма косвенную информацию о паттернах кортикальных соединений и требует данных от большого количества людей для получения единого набора данных соединения по группе субъектов. Другие исследователи пытались построить матрицы соединений всего мозга на основе данных DW-MRI.
В Проект Голубой мозг пытается восстановить весь коннектом мыши, используя алмазный нож заостренный до атомного края, и электронная микроскопия для визуализации срезов тканей.
Основная задача макромасштабной коннектомики: определение частичек мозга
Первоначальные исследования коннектомики человека на макроуровне проводились с использованием областей одинакового размера или анатомических областей с неясной взаимосвязью с базовой функциональной организацией мозга (например, круговорот и борозда -базовые регионы). Хотя с помощью этих подходов можно многому научиться, крайне желательно разделить мозг на функционально различные части: области мозга с разной архитектоникой, связностью, функцией и / или топографией (Felleman and Van Essen, 1991).[14] Точное разбиение позволяет каждому узлу в коннектоме макромасштабного уровня быть более информативным, связывая его с отдельным шаблоном подключения и функциональным профилем. Разделение локализованных участков коры было выполнено с помощью диффузии. трактография (Бекманн и др., 2009 г.)[35] и функциональная связь (Nelson et al. 2010)[36] для неинвазивного измерения паттернов связности и определения корковых областей на основе различных паттернов связности. Такой анализ лучше всего проводить в масштабе всего мозга и путем интеграции неинвазивных методов. Точная парцелляция всего мозга может привести к более точным макромасштабным коннектомам для нормального мозга, которые затем можно будет сравнить с болезненными состояниями.
Пластичность коннектома
В начале проекта коннектома считалось, что после установления связи между нейронами невозможно изменить и что можно изменить только отдельные синапсы.[13] Однако недавние данные свидетельствуют о том, что возможности подключения также подвержены изменениям, называемым нейропластичность. Есть два способа, которыми мозг может перепрограммировать: формирование и удаление синапсов в установленном соединении или образование или удаление целых связей между нейронами.[37] Оба механизма перепрограммирования полезны для изучения совершенно новых задач, которые могут потребовать совершенно новых связей между областями мозга.[38] Однако способность мозга приобретать или терять целые связи представляет проблему для картирования универсального коннектома видов. Хотя изменение схемы происходит в разных масштабах, от микромасштаба до макромасштаба, каждый масштаб не происходит изолированно. Например, в C. elegans коннектом, общее количество синапсов увеличивается в 5 раз от рождения до взрослого возраста, изменяя свойства как локальной, так и глобальной сети.[8]
Микромасштабный ремонт проводки
Микромасштабная перестройка - это формирование или удаление синаптических связей между двумя нейронами, которые можно изучить с помощью продольной двухфотонной визуализации. Дендритные шипы на пирамидные нейроны может быть показано формирование в течение нескольких дней после сенсорного опыта и обучения.[39][40][41] Изменения можно увидеть даже в течение пяти часов на апикальные пучки пирамидных нейронов слоя пять в первичной моторной коре после того, как семя достигло задачи у приматов.[41]
Мезомасштабная реконструкция
Перестройка на мезоуровне включает изучение наличия или отсутствия целых связей между нейронами.[38] Доказательства этого уровня изменения проводки получены из наблюдений, что локальные цепи образуют новые соединения в результате пластичность, зависящая от опыта в зрительной коре. Кроме того, количество локальных связей между пирамидными нейронами в первичной соматосенсорная кора увеличивается после изменения сенсорного восприятия усов у грызунов.[42]
Макромасштабное изменение проводки
Свидетельства макромасштабной перестройки в основном получены из исследований плотности серого и белого вещества, которые могут указывать на новые связи или изменения в плотности аксонов. Прямые доказательства этого уровня перемонтирования получены в исследованиях на приматах с использованием отслеживания вирусов для картирования образования связей. Приматы, которых учили использовать новые инструменты, развили новые связи между меж теменной корой и высшими визуальными областями мозга.[43] Дальнейшие исследования по отслеживанию вирусов предоставили доказательства того, что перестройка макромасштаба происходит у взрослых животных во время ассоциативный учусь.[44] Однако маловероятно, что у взрослых нейронные связи на большом расстоянии претерпевают обширную перестройку. Небольшие изменения в уже созданном нервный тракт скорее всего, то, что наблюдается при макромасштабном переподключении.
Отображение функциональной связности в дополнение к анатомической связности
Использование фМРТ в состояние покоя а во время выполнения задач изучаются функции коннектомных цепей.[45] Точно так же подробные дорожные карты поверхности Земли мало что говорят нам о типах транспортных средств, которые едут по этим дорогам или о том, какой груз они везут, чтобы понять, как нейронные структуры приводят к определенному функциональному поведению, например сознание необходимо строить теории, которые связывают функции с анатомической связностью.[46] Однако связь между структурной и функциональной связностью не является однозначной. Вычислительные модели динамики сети всего мозга являются ценными инструментами для исследования роли анатомической сети в формировании функциональной связности.[47][48] В частности, вычислительные модели могут использоваться для прогнозирования динамического воздействия поражения в коннектоме.[49][50]
Как сеть или граф
Коннектом можно изучить как сеть с помощью сетевая наука и теория графов. В случае микромасштабного коннектома узлы этой сети (или график ) - нейроны, а ребра соответствуют синапсы между этими нейронами. Для макромасштабного коннектома узлы соответствуют областям интереса (интересующие регионы ), в то время как ребра графа происходят из аксонов, соединяющих эти области. Таким образом, коннектомы иногда называют графики мозга, поскольку они действительно являются графиками в математическом смысле, которые описывают связи в мозге (или, в более широком смысле, всей нервной системе).
Одна группа исследователей (Iturria-Medina et al., 2008)[51] построил наборы данных коннектома, используя диффузионная тензорная визуализация (DTI)[52][53] с последующим выводом средней вероятности связи между 70–90 кортикальными и базальный области серого вещества мозга. Было обнаружено, что все сети имеют атрибуты «маленький мир» и «широкомасштабное» распределение степеней. Анализ центральность посредственности в этих сетях продемонстрировали высокую центральность для предклинье, то островок, то верхняя теменная и начальник лобная кора. Другая группа (Гонг и др., 2008)[54] применил DTI для картирования сети анатомических связей между 78 областями коры. Это исследование также выявило несколько центральных областей человеческого мозга, включая предклинье и предклинье. верхняя лобная извилина.
Hagmann et al. (2007)[55] построил матрицу соединений на основе плотностей волокон, измеренных между однородно распределенными и равными областями интереса, насчитывающими от 500 до 4000. Количественный анализ матриц соединений, полученных для примерно 1000 областей интереса и примерно 50000 путей волокон от двух субъектов, продемонстрировал экспоненциальную (по одной шкале) степень распределение, а также надежные атрибуты малого мира для сети. Наборы данных были получены с помощью визуализации диффузионного спектра (DSI) (Wedeen, 2005),[56] вариант диффузионно-взвешенной визуализации[57][58] который чувствителен к внутривоксельным неоднородностям в направлениях диффузии, вызванным пересечением трактов волокон и, таким образом, позволяет более точно картировать траектории аксонов, чем другие подходы к диффузионной визуализации (Wedeen, 2008).[59]Комбинация наборов данных DSI для всей головы, полученных и обработанных в соответствии с подходом, разработанным Hagmann et al. (2007)[55] с инструментами графического анализа, изначально задуманными для исследований по отслеживанию животных (Sporns, 2006; Sporns, 2007)[60][61] позволяют детально изучить сетевую структуру корковых соединений человека (Hagmann et al., 2008).[62] Сеть человеческого мозга была охарактеризована с использованием широкого набора методов сетевого анализа, включая декомпозицию ядра, анализ модульности, классификацию узлов и центральность. Hagmann и другие. представили доказательства существования структурного ядра из сильно и взаимно взаимосвязанных областей мозга, расположенных в основном в задней медиальной и теменной коре. Ядро состоит из частей задняя поясная кора, предклинье, cuneus, то парацентральная долька, то поясной перешеек, берега верхняя височная борозда, а низший и верхняя теменная кора, все расположены в обоих полушария головного мозга.
Подполе коннектомики занимается сравнением мозговых диаграмм нескольких субъектов. Можно построить консенсусный граф, такой Будапешт Справочный Коннектом разрешая только ребра, которые присутствуют как минимум в коннектомы, для выбора параметр. Будапештский эталонный коннектом привел исследователей к открытию Консенсус-коннектомной динамики графов человеческого мозга. Ребра, появляющиеся во всех графах мозга, образуют связанный подграф вокруг мозговой ствол. Допуская постепенное уменьшение количества ребер, этот основной подграф непрерывно растет, как кустарник. Динамика роста может отражать индивидуальную развитие мозга и предоставить возможность направить некоторые границы графа человеческого консенсуса.[63]
Также были исследованы возможные причины различий между отдельными коннектомами. Было обнаружено, что макромасштабные коннектомы женщин содержат значительно больше ребер, чем мужские, и большая часть ребер в коннектомах женщин проходит между двумя полушариями.[64][65][66] Кроме того, коннектомы обычно демонстрируют маленький мир характер, при этом общая корковая связность уменьшается с возрастом.[67] Задача по состоянию на 2015 г. Пилотный проект продолжительности жизни HCP заключается в выявлении различий коннектомов между 6 возрастными группами (4–6, 8–9, 14–15, 25–35, 45–55, 65–75).
В последнее время, коннектограммы были использованы для визуализации данных всего мозга путем помещения областей коры головного мозга по кругу, организованного по долям.[68][69] Затем внутренние круги отображают корковые показатели на цветовой шкале. Связи волокон белого вещества в данных DTI затем рисуются между этими корковыми областями и взвешиваются с помощью фракционная анизотропия и прочность связи. Такие графики даже использовались для анализа ущерба, нанесенного знаменитому пациенту с черепно-мозговой травмой. Финеас Гейдж.[70]
Статистическая теория графов - это новая дисциплина, которая разрабатывает сложные инструменты распознавания образов и вывода для анализа этих мозговых графов (Goldenberg et al., 2009).
Игра Eyewire
Eyewire это онлайн-игра, разработанная американским ученым Себастьян Сунг из Университет Принстона. Оно использует социальные вычисления чтобы помочь составить карту коннектома мозга. Он привлек более 130 000 игроков из более чем 100 стран.
Смотрите также
- Оценщики мозговой связи
- Коннектом дрозофилы
- Проект Human Connectome
- Интерактом
- Список животных по количеству нейронов
- Нейронное кодирование
- Схема картирования мозга
- Очертание человеческого мозга
Рекомендации
- ^ Хорн А, Оствальд Д., Райсерт М., Бланкенбург Ф. (ноябрь 2014 г.). «Структурно-функциональный коннектом и сеть режима по умолчанию человеческого мозга». NeuroImage. 102, Пет. 1: 142–51. Дои:10.1016 / j.neuroimage.2013.09.069. PMID 24099851. S2CID 6455982.
- ^ а б Уайт Дж. Г., Саутгейт Е., Томсон Дж. Н., Бреннер С. (ноябрь 1986 г.). «Строение нервной системы нематоды Caenorhabditis elegans». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки. 314 (1165): 1–340. Bibcode:1986РСПТБ.314 .... 1Вт. Дои:10.1098 / рстб.1986.0056. PMID 22462104.
- ^ "Нейроанатомия Ай C. elegans для вычислений ». CRC Press. Получено 2019-10-15.
- ^ Ямамото, Уильям С .; Ачакосо, Теодор Б. (1992-06-01). «Расширение нервной системы Caenorhabditis elegans: одна обезьяна равна 33 миллионам червей?». Компьютеры и биомедицинские исследования. 25 (3): 279–291. Дои:10.1016 / 0010-4809 (92) 90043-А. ISSN 0010-4809. PMID 1611892.
- ^ Ачакосо, Теодор Б .; Фернандес, Виктор; Nguyen, Duc C .; Ямамото, Уильям С. (1989-11-08). "Компьютерное представление синаптической связи Caenorhabditis elegans". Материалы ежегодного симпозиума по применению компьютеров в медицинской помощи: 330–334. ISSN 0195-4210. ЧВК 2245716.
- ^ Варшней Л.Р., Чен Б.Л., Паниагуа Э., Холл Д.Х., Чкловский Д.Б. (февраль 2011 г.). Sporns O (ред.). «Структурные свойства нейронной сети Caenorhabditis elegans». PLOS вычислительная биология. 7 (2): e1001066. Bibcode:2011PLSCB ... 7E0010V. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1001066. ЧВК 3033362. PMID 21304930.
- ^ Кук, Стивен Дж .; Джаррелл, Трэвис А .; Бриттин, Кристофер А .; Ван, Йи; Bloniarz, Adam E .; Яковлев, Максим А .; Nguyen, Ken C.Q .; Тан, Лео Т.-Х .; Байер, Эмили А .; Duerr, Janet S .; Bülow, Hannes E .; Хоберт, Оливер; Холл, Дэвид Х .; Эммонс, Скотт В. (3 июля 2019 г.). "Коннектомы всех животных обоих полов Caenorhabditis elegans". Природа. 571 (7763): 63–71. Bibcode:2019Натура 571 ... 63С. Дои:10.1038 / s41586-019-1352-7. ЧВК 6889226. PMID 31270481.
- ^ а б Витвлит, Даниэль; Малкахи, Бен; Митчелл, Джеймс; Мейрович, Ярон; Бергер, Дэниел; Ву, Юэлонг; Лю, Юйфан; Ко, Ван Сиань; Парватала, Раджив; Холмярд, Дуглас; Шалек, Ричард; Шавит, Нир; Чисхолм, Андрей; Лихтман, Джефф; Самуэль, Аравинтан; Чжэнь, Мэй (апрель 2020 г.). «Коннекомы в процессе развития раскрывают принципы созревания мозга C. elegans». bioRxiv. Дои:10.1101/2020.04.30.066209. S2CID 218530264.
- ^ а б Бриггман К.Л., Хельмштадтер М., Денк В. (март 2011 г.). «Специфика разводки в цепи направленной селективности сетчатки». Природа. 471 (7337): 183–8. Bibcode:2011Натура.471..183Б. Дои:10.1038 / природа09818. PMID 21390125. S2CID 4425160.
- ^ а б Бок Д.Д., Ли В.К., Керлин А.М., Андерманн М.Л., Худ G, Ветцель А.В., Юргенсон С., Суси Э.Р., Ким Х.С., Рид Р.К. (март 2011 г.). «Сетевая анатомия и физиология in vivo зрительных корковых нейронов». Природа. 471 (7337): 177–82. Bibcode:2011Натура.471..177Б. Дои:10.1038 / природа09802. ЧВК 3095821. PMID 21390124.
- ^ Vogelstein JV, Perlman E, Falk B, Baden A, Gray-Roncal W., Chandrashekhar V, Collman C, Seshamani S, Patsolic JL, Lillaney K, Kazhdan M, Hider R, Pryor D, Matelsky J, Gion T, Manavalan P, Wester B, Chevillet M, Trautman ET, Khairy K, Bridgeford E, Kleissas DM, Tward DJ, Crow AK, Hsueh B, Wright MA, Miller MI, Smith SJ, Vogelstein JR, Deisseroth K, Burns R (октябрь 2018 г.). «Разработанная сообществом вычислительная экосистема с открытым исходным кодом для больших нейро-данных». Методы природы. 15 (11): 846–847. arXiv:1804.02835. Bibcode:2018arXiv180402835B. Дои:10.1038 / s41592-018-0181-1. ЧВК 6481161. PMID 30377345.
- ^ а б Хагманн, Патрик (2005). От диффузной МРТ к коннектомике мозга (Тезис). Лозанна: EPFL. Дои:10.5075 / epfl-thesis-3230. Получено 2014-01-16.
- ^ а б c Sporns O, Tononi G, Kötter R (сентябрь 2005 г.). «Коннектом человека: структурное описание человеческого мозга». PLOS вычислительная биология. 1 (4): e42. Bibcode:2005PLSCB ... 1 ... 42S. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0010042. ЧВК 1239902. PMID 16201007.
- ^ а б Felleman DJ, Ван Эссен, округ Колумбия (1991). «Распределенная иерархическая обработка в коре головного мозга приматов». Кора головного мозга. 1 (1): 1–47. Дои:10.1093 / cercor / 1.1.1-а. PMID 1822724.
- ^ Сканнелл Дж. У., Бернс Г. А., Хилгетаг СС, О'Нил М. А., Молодой член парламента (1999). «Связная организация кортико-таламической системы кошки». Кора головного мозга. 9 (3): 277–99. Дои:10.1093 / cercor / 9.3.277. PMID 10355908.
- ^ Кёттер Р. (2004). «Онлайн-поиск, обработка и визуализация данных о подключении приматов из базы данных CoCoMac». Нейроинформатика. 2 (2): 127–44. Дои:10.1385 / NI: 2: 2: 127. PMID 15319511. S2CID 19789717.
- ^ ван Стриен Н.М., Каппарт Н.Л., Виттер депутат (апрель 2009 г.). «Анатомия памяти: интерактивный обзор парагиппокампально-гиппокампальной сети». Обзоры природы. Неврология. 10 (4): 272–82. Дои:10.1038 / номер 2614. PMID 19300446. S2CID 15232243.
- ^ Бонхёффер Т., Юсте Р. (сентябрь 2002 г.). «Подвижность позвоночника. Феноменология, механизмы и функции». Нейрон. 35 (6): 1019–27. Дои:10.1016 / S0896-6273 (02) 00906-6. PMID 12354393. S2CID 10183317.
- ^ Сын С. (сентябрь 2010 г.) [записано в июле 2010 г.]. «Себастьян Сын: я мой коннектом». TEDTalks. Получено 2011-08-07.
- ^ Кёттер Р. (2007). «Анатомические концепции связи мозга». Справочник по подключению мозга. Понимание сложных систем. С. 149–67. Дои:10.1007/978-3-540-71512-2_5. ISBN 978-3-540-71462-0.
- ^ Sporns O (2011). Сети мозга. Кембридж, Массачусетс: MIT Press. ISBN 978-0-262-01469-4.
- ^ Азеведо Ф.А., Карвалью Л.Р., Гринберг Л.Т., Фарфель Дж.М., Ферретти Р.Э., Лейте Р.Э., Джейкоб Филхо В., Пост Р., Геркулано-Хаузель С. (апрель 2009 г.). «Равное количество нейрональных и ненейрональных клеток делает человеческий мозг изометрически увеличенным мозгом приматов». Журнал сравнительной неврологии. 513 (5): 532–41. Дои:10.1002 / cne.21974. PMID 19226510.
- ^ а б Ван Эссен Д.К., Смит С.М., Барч Д.М., Беренс Т.Э., Якуб Э., Угурбил К. (октябрь 2013 г.). «Проект WU-Minn Human Connectome: обзор». NeuroImage. 80: 62–79. Дои:10.1016 / j.neuroimage.2013.05.041. ЧВК 3724347. PMID 23684880.
- ^ Уоллес М.Т., Рамачандран Р., Штейн Б.Е. (февраль 2004 г.). «Новый взгляд на сенсорную парцелляцию коры головного мозга». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (7): 2167–72. Bibcode:2004PNAS..101.2167W. Дои:10.1073 / pnas.0305697101. ЧВК 357070. PMID 14766982.
- ^ а б Задор А.М., Дубнау Дж., Ойибо Х.К., Чжан Х., Цао Г, Пейкон И.Д. (2012). «Секвенирование коннектома». PLOS Биология. 10 (10): e1001411. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001411. ЧВК 3479097. PMID 23109909.
- ^ Ливет Дж., Вайсман Т.А., Канг Х., Драфт РВ, Лу Дж., Беннис Р.А., Санес Дж. Р., Лихтман Дж. В. (ноябрь 2007 г.). «Трансгенные стратегии комбинаторной экспрессии флуоресцентных белков в нервной системе». Природа. 450 (7166): 56–62. Bibcode:2007Натура 450 ... 56л. Дои:10.1038 / природа06293. PMID 17972876. S2CID 4402093.
- ^ Лихтман Дж. У., Санес Дж. Р. (июнь 2008 г.). «Ом сладкий оме: что геном может рассказать нам о коннектоме?». Текущее мнение в нейробиологии. 18 (3): 346–53. Дои:10.1016 / j.conb.2008.08.010. ЧВК 2735215. PMID 18801435.
- ^ Лихтман Дж. В., Ливет Дж., Санес Дж. Р. (июнь 2008 г.). «Яркий подход к коннектомуу». Обзоры природы. Неврология. 9 (6): 417–22. Дои:10.1038 / nrn2391. ЧВК 2577038. PMID 18446160.
- ^ "О << EyeWire". Архивировано из оригинал 13 февраля 2012 г.. Получено 26 марта 2012.
- ^ Шимоно М., Беггс Дж. М. (октябрь 2015 г.). «Функциональные кластеры, концентраторы и сообщества в кортикальном микроконнектоме». Кора головного мозга. 25 (10): 3743–57. Дои:10.1093 / cercor / bhu252. ЧВК 4585513. PMID 25336598.
- ^ Микула С., Бинд Дж., Денк В. (декабрь 2012 г.). «Окрашивание и заливка всего мозга мыши для электронной микроскопии». Методы природы. 9 (12): 1198–201. Дои:10.1038 / nmeth.2213. PMID 23085613. S2CID 205421025.
- ^ Чепелевич, Джордана (8 марта 2016 г.). "Правительство США запускает проект мозга" Аполлон "стоимостью 100 миллионов долларов"". Scientific American. Springer Nature America. Получено 27 ноября, 2018.
- ^ Эмили, певица (6 апреля 2016 г.). «Картирование мозга для создания лучших машин». Журнал Quanta. Фонд Саймонса. Получено 27 ноября, 2018.
- ^ He Y, Chen ZJ, Evans AC (октябрь 2007 г.). «Анатомические сети малого мира в человеческом мозге, выявленные с помощью толщины коры мозга при МРТ». Кора головного мозга. 17 (10): 2407–19. Дои:10.1093 / cercor / bhl149. PMID 17204824.
- ^ Бекманн М., Йохансен-Берг Х., Рашворт М.Ф. (январь 2009 г.). «Парселляция поясной извилины человека на основе связности и ее связь с функциональной специализацией». Журнал неврологии. 29 (4): 1175–90. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.3328-08.2009. ЧВК 6665147. PMID 19176826.
- ^ Нельсон С.М., Коэн А.Л., Пауэр Дж.Д., Пари Г.С., Мизин Ф.М., Уилер М.Э., Веланова К., Дональдсон Д.И., Филлипс Дж.С., Шлаггар Б.Л., Петерсен С.Е. (июль 2010 г.). «Схема разделения левой боковой теменной коры головного мозга человека». Нейрон. 67 (1): 156–70. Дои:10.1016 / j.neuron.2010.05.025. ЧВК 2913443. PMID 20624599.
- ^ Гриноу В.Т., Бейли СН (январь 1988 г.). «Анатомия памяти: сходимость результатов по разным тестам». Тенденции в неврологии. 11 (4): 142–147. Дои:10.1016/0166-2236(88)90139-7. S2CID 54348379.
- ^ а б Беннетт SH, Кирби AJ, Finnerty GT (май 2018 г.). «Переподключение коннектома: свидетельства и эффекты». Неврология и биоповеденческие обзоры. 88: 51–62. Дои:10.1016 / j.neubiorev.2018.03.001. ЧВК 5903872. PMID 29540321.
- ^ Holtmaat A, Wilbrecht L, Knott GW, Welker E, Svoboda K (июнь 2006 г.). «Зависящий от опыта и специфичный для клеточного типа рост позвоночника в неокортексе». Природа. 441 (7096): 979–83. Bibcode:2006Натура.441..979H. Дои:10.1038 / природа04783. PMID 16791195. S2CID 4428322.
- ^ Knott GW, Holtmaat A, Wilbrecht L, Welker E, Svoboda K (сентябрь 2006 г.). "Spine growth precedes synapse formation in the adult neocortex in vivo". Природа Неврология. 9 (9): 1117–24. Дои:10.1038/nn1747. PMID 16892056. S2CID 18143285.
- ^ а б Xu T, Yu X, Perlik AJ, Tobin WF, Zweig JA, Tennant K, Jones T, Zuo Y (December 2009). "Rapid formation and selective stabilization of synapses for enduring motor memories". Природа. 462 (7275): 915–9. Bibcode:2009Natur.462..915X. Дои:10.1038/nature08389. ЧВК 2844762. PMID 19946267.
- ^ Ko H, Cossell L, Baragli C, Antolik J, Clopath C, Hofer SB, Mrsic-Flogel TD (April 2013). "The emergence of functional microcircuits in visual cortex". Природа. 496 (7443): 96–100. Bibcode:2013Natur.496...96K. Дои:10.1038/nature12015. ЧВК 4843961. PMID 23552948.
- ^ Hihara S, Notoya T, Tanaka M, Ichinose S, Ojima H, Obayashi S, Fujii N, Iriki A (2006). "Extension of corticocortical afferents into the anterior bank of the intraparietal sulcus by tool-use training in adult monkeys". Нейропсихология. 44 (13): 2636–46. Дои:10.1016/j.neuropsychologia.2005.11.020. PMID 16427666. S2CID 12738783.
- ^ Boele HJ, Koekkoek SK, De Zeeuw CI, Ruigrok TJ (November 2013). "Axonal sprouting and formation of terminals in the adult cerebellum during associative motor learning". Журнал неврологии. 33 (45): 17897–907. Дои:10.1523/JNEUROSCI.0511-13.2013. ЧВК 6618426. PMID 24198378.
- ^ Van Dijk KR, Hedden T, Venkataraman A, Evans KC, Lazar SW, Buckner RL (January 2010). "Intrinsic functional connectivity as a tool for human connectomics: theory, properties, and optimization". Журнал нейрофизиологии. 103 (1): 297–321. Дои:10.1152/jn.00783.2009. ЧВК 2807224. PMID 19889849.
- ^ Allen M, Williams G (2011). "Consciousness, plasticity, and connectomics: the role of intersubjectivity in human cognition". Границы в психологии. 2: 20. Дои:10.3389/fpsyg.2011.00020. ЧВК 3110420. PMID 21687435.
- ^ Cabral J, Kringelbach ML, Deco G (March 2014). "Exploring the network dynamics underlying brain activity during rest". Прогресс в нейробиологии. 114: 102–31. Дои:10.1016/j.pneurobio.2013.12.005. PMID 24389385. S2CID 9423875.
- ^ Honey CJ, Kötter R, Breakspear M, Sporns O (June 2007). "Network structure of cerebral cortex shapes functional connectivity on multiple time scales". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (24): 10240–5. Bibcode:2007PNAS..10410240H. Дои:10.1073/pnas.0701519104. ЧВК 1891224. PMID 17548818.
- ^ Cabral J, Hugues E, Kringelbach ML, Deco G (September 2012). "Modeling the outcome of structural disconnection on resting-state functional connectivity". NeuroImage. 62 (3): 1342–53. Дои:10.1016/j.neuroimage.2012.06.007. PMID 22705375. S2CID 10548492.
- ^ Honey CJ, Sporns O (July 2008). "Dynamical consequences of lesions in cortical networks". Human Brain Mapping. 29 (7): 802–9. Дои:10.1002/hbm.20579. ЧВК 6870962. PMID 18438885.
- ^ Iturria-Medina Y, Sotero RC, Canales-Rodríguez EJ, Alemán-Gómez Y, Melie-García L (April 2008). "Studying the human brain anatomical network via diffusion-weighted MRI and Graph Theory". NeuroImage. 40 (3): 1064–76. Дои:10.1016/j.neuroimage.2007.10.060. PMID 18272400. S2CID 3593098.
- ^ Basser PJ, Mattiello J, LeBihan D (January 1994). "MR diffusion tensor spectroscopy and imaging". Биофизический журнал. 66 (1): 259–67. Bibcode:1994BpJ....66..259B. Дои:10.1016/S0006-3495(94)80775-1. ЧВК 1275686. PMID 8130344.
- ^ Basser PJ, Mattiello J, LeBihan D (March 1994). "Estimation of the effective self-diffusion tensor from the NMR spin echo". Журнал магнитного резонанса, серия B. 103 (3): 247–54. Bibcode:1994JMRB..103..247B. Дои:10.1006/jmrb.1994.1037. PMID 8019776.
- ^ Gong G, He Y, Concha L, Lebel C, Gross DW, Evans AC, Beaulieu C (March 2009). "Mapping anatomical connectivity patterns of human cerebral cortex using in vivo diffusion tensor imaging tractography". Кора головного мозга. 19 (3): 524–36. Дои:10.1093/cercor/bhn102. ЧВК 2722790. PMID 18567609.
- ^ а б Hagmann P, Kurant M, Gigandet X, Thiran P, Wedeen VJ, Meuli R, Thiran JP (July 2007). Sporns O (ed.). "Mapping human whole-brain structural networks with diffusion MRI". PLOS ONE. 2 (7): e597. Bibcode:2007PLoSO...2..597H. Дои:10.1371/journal.pone.0000597. ЧВК 1895920. PMID 17611629.
- ^ Wedeen VJ, Hagmann P, Tseng WY, Reese TG, Weisskoff RM (December 2005). "Mapping complex tissue architecture with diffusion spectrum magnetic resonance imaging". Магнитный резонанс в медицине. 54 (6): 1377–86. Дои:10.1002/mrm.20642. PMID 16247738.
- ^ Le Bihan D, Breton E (1985). "Imagerie de diffusion in vivo par résonance magnétique nucléaire" [Imagery of diffusion in vivo by nuclear magnetic resonance]. Comptes Rendus de l'Académie des Sciences (На французском). 93 (5): 27–34.
- ^ Le Bihan D, Breton E, Lallemand D, Grenier P, Cabanis E, Laval-Jeantet M (November 1986). "MR imaging of intravoxel incoherent motions: application to diffusion and perfusion in neurologic disorders". Радиология. 161 (2): 401–7. Дои:10.1148/radiology.161.2.3763909. PMID 3763909.
- ^ Wedeen VJ, Wang RP, Schmahmann JD, Benner T, Tseng WY, Dai G, Pandya DN, Hagmann P, D'Arceuil H, de Crespigny AJ (July 2008). "Diffusion spectrum magnetic resonance imaging (DSI) tractography of crossing fibers". NeuroImage. 41 (4): 1267–77. Дои:10.1016/j.neuroimage.2008.03.036. PMID 18495497. S2CID 2660208.
- ^ Sporns O (July 2006). "Small-world connectivity, motif composition, and complexity of fractal neuronal connections". Биосистемы. 85 (1): 55–64. Дои:10.1016/j.biosystems.2006.02.008. PMID 16757100.
- ^ Sporns O, Honey CJ, Kötter R (October 2007). Kaiser M (ed.). "Identification and classification of hubs in brain networks". PLOS ONE. 2 (10): e1049. Bibcode:2007PLoSO...2.1049S. Дои:10.1371/journal.pone.0001049. ЧВК 2013941. PMID 17940613.
- ^ Hagmann P, Cammoun L, Gigandet X, Meuli R, Honey CJ, Wedeen VJ, Sporns O (July 2008). Friston KJ (ed.). "Mapping the structural core of human cerebral cortex". PLOS Биология. 6 (7): e159. Дои:10.1371/journal.pbio.0060159. ЧВК 2443193. PMID 18597554.
- ^ Kerepesi C, Szalkai B, Varga B, Grolmusz V (2016). «Как направить границы коннектомов: динамика консенсусных коннектомов и развитие связей в человеческом мозгу». PLOS ONE. 11 (6): e0158680. arXiv:1509.05703. Bibcode:2016PLoSO..1158680K. Дои:10.1371 / journal.pone.0158680. ЧВК 4928947. PMID 27362431.
- ^ Ingalhalikar M, Smith A, Parker D, Satterthwaite TD, Elliott MA, Ruparel K, Hakonarson H, Gur RE, Gur RC, Verma R (January 2014). «Половые различия в структурном коннектоме человеческого мозга». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 111 (2): 823–8. Bibcode:2014ПНАС..111..823И. Дои:10.1073 / pnas.1316909110. ЧВК 3896179. PMID 24297904.
- ^ Szalkai B, Varga B, Grolmusz V (2015). «Теоретический анализ графов показывает: женский мозг связан лучше, чем мужской». PLOS ONE. 10 (7): e0130045. arXiv:1501.00727. Bibcode:2015PLoSO..1030045S. Дои:10.1371 / journal.pone.0130045. ЧВК 4488527. PMID 26132764.
- ^ Szalkai B, Varga B, Grolmusz V (April 2017). "Brain size bias compensated graph-theoretical parameters are also better in women's structural connectomes". Визуализация мозга и поведение. 12 (3): 663–673. Дои:10.1007 / s11682-017-9720-0. PMID 28447246. S2CID 4028467.
- ^ Gong G, Rosa-Neto P, Carbonell F, Chen ZJ, He Y, Evans AC (December 2009). "Age- and gender-related differences in the cortical anatomical network". Журнал неврологии. 29 (50): 15684–93. Дои:10.1523/JNEUROSCI.2308-09.2009. ЧВК 2831804. PMID 20016083.
- ^ Irimia A, Chambers MC, Torgerson CM, Van Horn JD (April 2012). "Circular representation of human cortical networks for subject and population-level connectomic visualization". NeuroImage. 60 (2): 1340–51. Дои:10.1016/j.neuroimage.2012.01.107. ЧВК 3594415. PMID 22305988.
- ^ Irimia A, Chambers MC, Torgerson CM, Filippou M, Hovda DA, Alger JR, Gerig G, Toga AW, Vespa PM, Kikinis R, Van Horn JD (2012). "Patient-tailored connectomics visualization for the assessment of white matter atrophy in traumatic brain injury". Границы неврологии. 3: 10. Дои:10.3389/fneur.2012.00010. ЧВК 3275792. PMID 22363313.
- ^ Van Horn JD, Irimia A, Torgerson CM, Chambers MC, Kikinis R, Toga AW (2012). "Mapping connectivity damage in the case of Phineas Gage". PLOS ONE. 7 (5): e37454. Bibcode:2012PLoSO...737454V. Дои:10.1371/journal.pone.0037454. ЧВК 3353935. PMID 22616011.
внешняя ссылка
- Database of hundreds of braingraphs with different resolutions and weight functions at braingraph.org
- The NIH Blueprint for Neuroscience Research
- ТЕД talk by Себастьян Сунг: I am my connectome
- EyeWire, a citizen science game to map the retinal connectome
- MITK Diffusion: Free software for the processing of diffusion-weighted MR data including connectomics