Нейроинформатика - Neuroinformatics
Эта статья включает в себя список общих Рекомендации, но он остается в основном непроверенным, потому что ему не хватает соответствующих встроенные цитаты.Апрель 2009 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) ( |
Нейроинформатика это научное исследование информационных потоков и обработки в нервная система. Нейроинформатика - это междисциплинарная область на стыке нейробиология и информатика, он посвящен развитию нейробиология знания с вычислительные модели и аналитические инструменты для обмена, интеграции и анализа экспериментальных данные и продвижение теорий о нервная система функция. В Европе нейроинформатика является синонимом нейрокомпьютинг. В контексте INCF нейроинформатика относится к научной информации о первичных экспериментальных данных, онтологии, метаданных, аналитических инструментах и вычислительных моделях нервной системы. Первичные данные включают эксперименты и экспериментальные условия, касающиеся геномного, молекулярного, структурного, клеточного, сетевого, системного и поведенческого уровней, у всех видов и препаратов как в нормальном, так и в неупорядоченном состоянии.[1]
Нейроинформатика стоит на пересечении нейробиология, теоретическая информатика, информационная наука и информационная инженерия. Другие поля, например геномика, продемонстрировали эффективность свободно распространяемых баз данных и применение теоретических и вычислительных моделей для решения сложных задач. В нейроинформатике такие средства позволяют исследователям более легко количественно подтверждать свои рабочие теории с помощью компьютерного моделирования. Кроме того, нейроинформатика способствует совместным исследованиям - важный факт, который усиливает интерес ученых к изучению многоуровневой сложности мозга.
Существует три основных направления применения нейроинформатики:[2]
- разработка вычислительных моделей нервная система и нервные процессы.
- разработка инструментов и баз данных для управления и обмена данными нейробиологии на всех уровнях анализа,
- разработка инструментов для анализа и моделирования данных нейробиологии,
В последнее десятилетие, когда многие исследовательские группы собрали огромное количество разнообразных данных о мозге, возникла проблема того, как интегрировать данные из тысяч публикаций, чтобы создать эффективные инструменты для дальнейших исследований. Биологические и нейробиологические данные сильно взаимосвязаны и сложны, и сама по себе интеграция представляет собой серьезную проблему для ученых.
Объединение информатика исследования и мозг исследования приносят пользу обеим областям науки. С одной стороны, информатика помогает мозгу обработка данных и обработки данных, путем предоставления новых электронных и программных технологий для организации базы данных, моделирование и коммуникация в исследованиях мозга. С другой стороны, прогрессивные открытия в области нейробиологии потребуют разработки новых методов в информационные технологии (ЭТО).
История
Начиная с 1989 года, Соединенные Штаты Национальный институт психического здоровья (НИПЗ), Национальный институт злоупотребления наркотиками (NIDA) и Национальный фонд науки (NSF) предоставил Национальной академии наук Институт медицины с фондами для проведения тщательного анализа и изучения необходимости создания баз данных, обмена нейробиологическими данными и изучения того, как в области информационных технологий могут быть созданы инструменты, необходимые для увеличения объема и модальности нейробиологических данных.[нужна цитата ] Положительные рекомендации были опубликованы в 1991 году.[3] Этот положительный отчет позволил NIMH, в настоящее время возглавляемому Алланом Лешнером, создать «Проект человеческого мозга» (HBP), первые гранты которого были предоставлены в 1993 году. HBP возглавил Кослоу вместе с совместными усилиями других Национальные институты здравоохранения США Институты, NSF, Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства и Департамент энергетики. HPG[расширить аббревиатуру ] И инициатива по предоставлению грантов в этой области немного предшествовала взрывному расширению всемирной паутины. С 1993 по 2004 гг. Эта программа выросла до более 100 миллионов долларов в виде финансовых грантов.
Затем Кослоу продолжил глобализацию HPG и нейроинформатики через Евросоюз и Управление экономического сотрудничества и развития (ОЭСР), Париж, Франция. Две особые возможности открылись в 1996 году.
- Первым было существование Целевой группы США / Европейской комиссии по биотехнологиям под сопредседательством Мэри Клаттер из NSF. В рамках мандата этого комитета, членом которого был Козлоу, был создан Комитет Европейской комиссии США по нейроинформатике, сопредседателем которого был Козлоу из США. Этот комитет привел к тому, что Европейская комиссия инициировала поддержку нейроинформатики в рамках 5 и продолжила поддержку деятельности в области исследований и обучения нейроинформатики.
- Вторая возможность для глобализации нейроинформатики возникла, когда правительства стран-участниц Mega Science Forum (MSF) ОЭСР спросили, есть ли у них какие-либо новые научные инициативы, которые можно было бы продвигать для научного сотрудничества по всему миру. В Управление научно-технической политики Белого дома потребовал, чтобы агентства федерального правительства встретились в NIH, чтобы решить, необходимо ли сотрудничество, которое принесет глобальную пользу. NIH провел серию встреч, на которых обсуждались предложения различных агентств. Рекомендация предложения от США для MSF была комбинацией предложений NSF и NIH. Джим Эдвардс из NSF поддерживал базы данных и обмен данными в области биоразнообразия; Кослоу предложил HPG в качестве модели для обмена нейробиологическими данными под новым названием нейроинформатика.
Две связанные инициативы были объединены в предложение Соединенных Штатов по «биологической информатике». Эта инициатива была поддержана Управление научно-технической политики Белого дома и представлен в MSF ОЭСР Эдвардсом и Кослоу. Был создан комитет MSF по биологической информатике с двумя подкомитетами: 1. Биоразнообразие (председатель, Джеймс Эдвардс, NSF) и 2. Нейроинформатика (председатель, Стивен Кослоу, NIH). По прошествии двух лет подкомитет по нейроинформатике Биологической рабочей группы выпустил отчет в поддержку глобальных усилий в области нейроинформатики. Козлоу, работая с Национальным институтом здравоохранения и Управлением научно-технической политики Белого дома над созданием новой рабочей группы по нейроинформатике для разработки конкретных рекомендаций в поддержку более общих рекомендаций первого отчета. Глобальный научный форум (GSF; переименован в MSF) ОЭСР поддержал эту рекомендацию.
Международный координационный центр нейроинформатики
Этот комитет представил 3 рекомендации правительствам-членам GSF. Эти рекомендации были:
- Национальные программы нейроинформатики должны быть продолжены или инициированы в каждой стране, они должны иметь национальный узел, который будет предоставлять ресурсы для исследований на национальном уровне и служить в качестве контакта для национальной и международной координации.
- An Международный координационный центр нейроинформатики (INCF) должны быть созданы. INCF будет координировать реализацию глобальной сети нейроинформатики посредством интеграции национальных узлов нейроинформатики.
- Следует создать новую схему международного финансирования. Эта схема должна устранить национальные и дисциплинарные барьеры и обеспечить наиболее эффективный подход к глобальным совместным исследованиям и обмену данными. В этой новой схеме ожидается, что каждая страна будет финансировать участвующих исследователей из своей страны.
Затем комитет по нейроинформатике GSF разработал бизнес-план для работы, поддержки и создания INCF, который был поддержан и одобрен министрами науки GSF на заседании 2004 года. В 2006 году был создан INCF, а его центральный офис открыт и введен в эксплуатацию в Каролинском институте, Стокгольм, Швеция, под руководством Стен Гриллнер. Шестнадцать стран (Австралия, Канада, Китай, Чешская Республика, Дания, Финляндия, Франция, Германия, Индия, Италия, Япония, Нидерланды, Норвегия, Швеция, Швейцария, Великобритания и США), а также создана Комиссия ЕС. правовая основа для INCF и Программы международной нейроинформатики (PIN). На сегодняшний день восемнадцать стран (Австралия, Бельгия, Чехия, Финляндия, Франция, Германия, Индия, Италия, Япония, Малайзия, Нидерланды, Норвегия, Польша, Республика Корея, Швеция, Швейцария, Великобритания и США) являются члены INCF. Ожидается членство в нескольких других странах.
Целью INCF является координация и продвижение международной деятельности в области нейроинформатики. INCF вносит свой вклад в разработку и обслуживание базы данных и вычислительной инфраструктуры, а также механизмов поддержки нейробиологических приложений. Ожидается, что система предоставит международному исследовательскому сообществу доступ ко всем свободно доступным данным и ресурсам человеческого мозга. Более общая задача INCF - создать условия для разработки удобных и гибких приложений для нейробиологических лабораторий, чтобы улучшить наши знания о человеческом мозге и его нарушениях.
Информационная группа по мозгу Общества нейробиологии
В основе всей этой деятельности Худа Акил, президент 2003 г. Общество неврологии (SfN) учредила Brain Information Group (BIG) для оценки важности нейроинформатики для нейробиологии и, в частности, для SfN. После отчета BIG SfN также учредила комитет по нейроинформатике.
В 2004 году SfN объявила о шлюзе базы данных нейробиологии (NDG) в качестве универсального ресурса для нейробиологов, через который можно получить доступ практически к любым базам данных и инструментам нейробиологии. NDG была создана при финансовой поддержке NIDA, NINDS и NIMH. Шлюз базы данных Neuroscience перешел на новую усовершенствованную платформу, Информационная структура по неврологии.[4] NIF, финансируемый NIH Neuroscience BLueprint, представляет собой динамический портал, обеспечивающий доступ к ресурсам, имеющим отношение к нейробиологии (данным, инструментам, материалам), из единого поискового интерфейса. NIF строится на основе NDG, но предоставляет уникальный набор инструментов, специально предназначенных для нейробиологов: более обширный каталог, возможность поиска в нескольких базах данных непосредственно с домашней страницы NIF, настраиваемый веб-индекс ресурсов нейробиологии и Функция поиска литературы по нейробиологии.
Сотрудничество с другими дисциплинами
Нейроинформатика формируется на пересечении следующих областей:нейробиология,Информатика,биология,экспериментальная психология,лекарство,инженерное дело,физические науки,математика, ихимия.
Биология занимается молекулярными данными (от генов до клеточно-специфической экспрессии); медицина и анатомия со структурой синапсов и анатомией системного уровня; инженерия - электрофизиология (от отдельных каналов до ЭЭГ на поверхности кожи головы), визуализация головного мозга; информатика - базы данных, программные средства, математические науки - модели, химия - нейротрансмиттеры и т. д. Нейробиология использует все вышеупомянутые экспериментальные и теоретические исследования, чтобы узнать о мозге на различных уровнях. Специалисты в области медицины и биологии помогают идентифицировать уникальные типы клеток, их элементы и анатомические связи. Функции сложных органических молекул и структур, включая множество биохимических, молекулярных и генетических механизмов, которые регулируют и контролируют функцию мозга, определяются специалистами в области химии и клеточной биологии. Визуализация мозга определяет структурную и функциональную информацию во время умственной и поведенческой деятельности. Специалисты в биофизика и физиология изучает физические процессы в нейронных сетях нервных клеток. Данные из этих областей исследований анализируются и систематизируются в базах данных и нейронных моделях, чтобы интегрировать различные элементы в сложную систему; здесь нейроинформатика встречается с другими дисциплинами.
Неврология предоставляет следующие типы данных и информации, которыми оперирует нейроинформатика:
- Молекулярные и клеточные данные (ионный канал, потенциал действия, генетика, цитология нейронов, белковые пути ),
- Данные органов и систем (зрительная кора, восприятие, прослушивание, сенсорная система, боль, вкус, двигательная система, спинной мозг ),
- Познавательный данные (язык, эмоция, моторное обучение, сексуальное поведение, принимать решение, социальная неврология ),
- Информация о развитии (нейрональная дифференциация, выживаемость клеток, синаптическое образование, моторная дифференциация, травма и регенерация, наведение аксонов, факторы роста ),
- Информация о заболеваниях и старении (вегетативная нервная система, депрессия, беспокойство, болезнь Паркинсона, зависимость, потеря памяти ),
- Данные нейронной инженерии (интерфейс мозг-компьютер ), и
- Данные вычислительной нейробиологии (вычислительные модели различных нейронных систем, от мембранных токов, белков до обучения и памяти).
Нейроинформатика использует базы данных, Интернет и визуализацию для хранения и анализа упомянутых данных нейробиологии.
Исследовательские программы и группы
Австралия
- Нейровизуализация и нейроинформатика, Институт Говарда Флори, Мельбурнский университет
- Ученые института используют методы визуализации мозга, такие как магнитно-резонансная томография, чтобы выявить организацию мозговых сетей, вовлеченных в человеческое мышление. Под руководством Гэри Игана.
Канада
- Центр интегративной неврологии Макгилла (MCIN), Монреальский неврологический институт, Университет Макгилла
- Под руководством Алана Эванса MCIN проводит ресурсоемкие исследования мозга, используя инновационные математические и статистические подходы для интеграции клинических, психологических данных и данных визуализации мозга с генетикой. Исследователи и сотрудники MCIN также разрабатывают инфраструктуру и программные инструменты в области обработки изображений, создания баз данных и высокопроизводительных вычислений. Сообщество MCIN вместе с Центр нейроинформатики и психического здоровья Людмера, сотрудничает с широким кругом исследователей и уделяет все больше внимания открытому обмену данными и открытой науке, в том числе для Монреальского неврологического института.
Дания
- Центр нейроинформатики THOR
- Основана в апреле 1998 года на кафедре математического моделирования Датского технического университета. Помимо преследования целей независимых исследований, Центр THOR реализует ряд связанных проектов, касающихся нейронных сетей, функциональной нейровизуализации, обработки мультимедийных сигналов и обработки биомедицинских сигналов.
Германия
- Пилотный портал нейроинформатики
- Этот проект является частью более масштабных усилий по расширению обмена данными нейробиологии, инструментами анализа данных и программным обеспечением для моделирования. Портал поддерживается многими членами Рабочей группы ОЭСР по нейроинформатике. Пилотный портал продвигается Министерством науки и образования Германии.
- Вычислительная неврология, ITB, Берлинский университет имени Гумбольдта
- Эта группа специализируется на вычислительной нейробиологии, в частности на динамике и возможностях обработки сигналов в системах с импульсные нейроны. Под руководством Андреаса В.М. Герца.
- Группа нейроинформатики в Билефельде
- Работает в области искусственных нейронных сетей с 1989 года. Текущие исследовательские программы в группе сосредоточены на улучшении взаимодействия человек-машина, управлении силами роботов, экспериментах с отслеживанием взгляда, машинном зрении, виртуальной реальности и распределенных системах.
Италия
- Лаборатория вычислительной воплощенной нейробиологии (LOCEN)[5]
- Эту группу, входящую в состав Института когнитивных наук и технологий Итальянского национального исследовательского совета (ISTC-CNR) в Риме и основанную в 2006 году, в настоящее время возглавляет Джанлука Бальдассарре. Он преследует две цели: (а) понимание механизмов мозга, лежащих в основе обучения и выражения сенсомоторного поведения, а также связанных с ним мотиваций и основанного на нем более высокого уровня познания на основе воплощенных вычислительных моделей; (б) передача полученных знаний для создания инновационных контроллеров для автономных гуманоидных роботов, способных к неограниченному обучению на основе внутренних и внешних мотиваций.
Япония
- Национальный ресурс по нейроинформатике Японии
- Платформа Visiome - это служба поиска по нейроинформатике, которая обеспечивает доступ к математическим моделям, экспериментальным данным, библиотекам анализа и связанным ресурсам. Интернет-портал для обмена нейрофизиологическими данными также доступен по адресу BrainLiner.jp как часть MEXT Программа стратегических исследований в области наук о мозге (SRPBS).
- Лаборатория математической неврологии, Институт мозговых исследований RIKEN (Вако, Сайтама)
- Целью Лаборатории математической нейробиологии является создание математических основ вычислений в стиле мозга для построения нового типа информатики. Под руководством Сюн-ичи Амари.
Нидерланды
- Государственная программа Нидерландов по нейроинформатике
- Создан в свете международного научного форума ОЭСР, целью которого является создание всемирной программы в области нейроинформатики.
Пакистан
- Лаборатория нейроинформатики НИТУ-СЕЭКС[6]
- Создание лаборатории нейроинформатики в SEECS-NUST позволило пакистанским исследователям и преподавателям активно участвовать в таких усилиях, тем самым став активной частью вышеупомянутых процессов экспериментов, моделирования и визуализации. Лаборатория сотрудничает с ведущими международными учреждениями для развития высококвалифицированных кадров в соответствующей области. Эта лаборатория помогает нейробиологам и компьютерным специалистам в Пакистане проводить свои эксперименты и анализировать данные, собранные с использованием новейших исследовательских методик, без вложений в создание экспериментальных центров нейробиологии. Ключевая цель этой лаборатории - предоставить современные экспериментальные и симуляционные возможности для всех бенефициаров, включая высшие учебные заведения, медицинских исследователей / практиков и представителей технологической индустрии.
Швейцария
- Проект "Голубой мозг"
- В Синий мозг Проект был основан в мае 2005 года и использует процессор 8000 Синий ген / L суперкомпьютер, разработанный IBM. В то время это был один из самых быстрых суперкомпьютеров в мире.
- В проекте задействованы:
- Базы данных: 3D реконструированные модели нейронов, синапсы, синаптические пути, статистика микросхем, компьютерные модели нейронов, виртуальные нейроны.
- Визуализация: построитель микросхем и визуализатор результатов моделирования, разрабатываются системы 2D, 3D и иммерсивной визуализации.
- Моделирование: среда моделирования для крупномасштабного моделирования морфологически сложных нейронов на 8000 процессорах суперкомпьютера IBM Blue Gene.
- Моделирование и эксперименты: итерации между крупномасштабным моделированием микросхем неокортекса и экспериментами с целью проверки вычислительной модели и изучения прогнозов.
- Задача проекта «Голубой мозг» - понять функции и дисфункции мозга млекопитающих с помощью детального моделирования. Проект Blue Brain Project предложит исследователям построить свои собственные модели различных областей мозга у разных видов и на разных уровнях детализации с использованием программного обеспечения Blue Brain для моделирования на Blue Gene. Эти модели будут помещены в интернет-базу данных, из которой программное обеспечение Blue Brain сможет извлекать и соединять модели вместе, чтобы построить области мозга и начать первое полное моделирование мозга.
- Институт нейроинформатики (INI)
- Миссия Института, основанного в Цюрихском университете в конце 1995 года, состоит в том, чтобы открыть ключевые принципы, по которым работает мозг, и реализовать их в искусственных системах, которые разумно взаимодействуют с реальным миром.
объединенное Королевство
- Гены в проект познания
- Программа исследований в области нейробиологии, которая комплексно изучает гены, мозг и поведение. Он занимается крупномасштабным исследованием функции молекул, обнаруженных в синапсе. Это в основном сосредоточено на белках, которые взаимодействуют с рецептором NMDA, рецептором нейротрансмиттера глутамата, который необходим для процессов синаптической пластичности, таких как долговременная потенциация (LTP). Многие из используемых методов универсальны по своей природе, и интеграция различных источников данных вместе с проведением экспериментов подняла множество вопросов в области информатики. Программа в основном проводится профессором Сет Грант на Wellcome Trust Институт Сэнгера, но есть много других команд соавторов по всему миру.
- Проект CARMEN[7]
- Проект CARMEN - это исследовательский проект на нескольких площадках (11 университетов в Соединенном Королевстве), направленный на использование GRID вычисления чтобы позволить экспериментальным нейробиологам архивировать свои наборы данных в структурированной базе данных, делая их широко доступными для дальнейших исследований, а также для разработчиков моделей и алгоритмов.
- EBI Computational Neurobiology, EMBL-EBI (Hinxton)
- Основная цель группы - построить реалистичные модели нейрональных функций на различных уровнях, от синапсов до микросхем, на основе точных знаний о функциях и взаимодействиях молекул (системная биология). Под руководством Николя Ле Новера.
Соединенные Штаты
- Информационная структура по неврологии
- В Информационная структура по неврологии (NIF) является инициативой План NIH для исследований в области неврологии, который был основан в 2004 году Национальные институты здоровья. В отличие от общего поисковые системы, NIF обеспечивает более глубокий доступ к более сфокусированному набору ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, стратегиям поиска, адаптированным к нейробиологии, и доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковые системы. NIF - это динамический перечень баз данных нейробиологии, аннотированный и интегрированный с единой системой биомедицинской терминологии (т.е. НейроЛекс ). NIF поддерживает запросы на основе концепций в нескольких масштабах биологической структуры и на нескольких уровнях биологической функции, что упрощает поиск и понимание результатов. NIF также предоставит реестр, через который поставщики ресурсов могут раскрывать доступность ресурсов, относящихся к исследованиям в области нейробиологии. NIF не предназначен быть самим складом или репозиторием, а является средством раскрытия и поиска ресурсов в другом месте, доступных через сеть.
- Neurogenetics GeneNetwork
- Genenetwork начался как компонент проекта NIH Human Brain Project в 1999 году с упором на генетический анализ структуры и функций мозга. Эта международная программа состоит из тесно интегрированных наборов данных о геноме и феномене человека, мыши и крысы, которые разработаны специально для крупномасштабных систем и сетевых исследований, связывающих варианты генов с различиями в экспрессии мРНК и белков, а также с различиями в структуре и поведении ЦНС. Подавляющее большинство данных находится в открытом доступе. GeneNetwork имеет сопутствующий веб-сайт нейровизуализации - Библиотеку мозга мыши - которая содержит изображения с высоким разрешением для тысяч генетически определенных линий мышей.
- Анализ нейронных временных рядов (NTSA)[8]
- NTSA Workbench - это набор инструментов, методов и стандартов, предназначенных для удовлетворения потребностей нейробиологов, работающих с данными временных рядов нейронов. Целью этого проекта является разработка информационной системы, которая упростит хранение, организацию, поиск, анализ и совместное использование экспериментальных и смоделированных нейронных данных. Конечная цель - разработать набор инструментов, методов и стандартов, чтобы удовлетворить потребности нейробиологов, работающих с нейронными данными.
- Когнитивный атлас[9]
- Когнитивный атлас - это проект по развитию общей базы знаний в области когнитивной науки и нейробиологии. Сюда входят два основных вида знаний: задачи и концепции, дающие их определения и свойства, а также отношения между ними. Важной особенностью сайта является возможность цитировать литературу для утверждений (например, «Задача Струпа измеряет исполнительный контроль») и обсуждать их обоснованность. Это способствует НейроЛекс и Информационная структура по неврологии, обеспечивает программный доступ к базе данных и построен на семантическая сеть технологии.
- Группа исследователей больших данных мозга в Институте исследований мозга Аллена (Сиэтл, Вашингтон)
- Во главе с Ханьчуань Пэном,[10] Эта группа сосредоточилась на использовании крупномасштабных методов обработки изображений и анализа данных для реконструкции моделей отдельных нейронов и их картирования в мозге различных животных.
Технологии и разработки
Основные технологические направления в нейроинформатике:
- Применение информатики для создания баз данных, инструментов и сетей в нейробиологии;
- Анализ и моделирование нейронных систем.
Чтобы организовать работу с нейронными данными, ученым необходимо использовать стандартную терминологию и атласы, которые точно описывают структуры мозга и их взаимосвязи.
- Отслеживание и реконструкция нейронов является важным методом создания цифровых моделей морфологии нейронов. Такая морфология полезна для классификации и моделирования нейронов.
- BrainML[11] - это система, которая предоставляет стандартный метаформат XML для обмена данными нейробиологии.
- В Сеть исследований в области биомедицинской информатики (BIRN)[12] является примером сетка для нейробиологии. BIRN - это географически распределенное виртуальное сообщество общих ресурсов, предлагающее широкий спектр услуг для улучшения диагностики и лечения заболеваний. BIRN позволяет объединять базы данных, интерфейсы и инструменты в единую среду.
- Будапешт Справочный Коннектом представляет собой веб-инструмент трехмерной визуализации для поиска соединений в человеческом мозгу. Узлы и соединения рассчитываются из МРТ наборы данных Проект Human Connectome.
- GeneWays[13] занимается клеточной морфологией и схемами. GeneWays - это система для автоматического извлечения, анализа, визуализации и интеграции данных о молекулярных путях из исследовательской литературы. Система фокусируется на взаимодействиях между молекулярными веществами и действиями, обеспечивая графическое представление собранной информации и позволяет исследователям просматривать и исправлять интегрированную информацию.
- База данных микросхем неокортекса (NMDB).[14] База данных разносторонних данных мозга от клеток до сложных структур. Исследователи могут не только добавлять данные в базу данных, но также получать и редактировать их.
- SenseLab.[15] SenseLab - это долгосрочная работа по созданию интегрированных, мультидисциплинарных моделей нейронов и нейронных систем. Он был основан в 1993 году как часть первоначального Проект человеческого мозга. Коллекция многоуровневых нейронных баз данных и инструментов. SenseLab содержит шесть связанных баз данных, которые поддерживают экспериментальные и теоретические исследования свойств мембран, которые опосредуют обработку информации в нервных клетках, с использованием обонятельного пути в качестве модельной системы.
- BrainMaps.org[16] интерактивный цифровой атлас мозга с использованием высокоскоростной базы данных и виртуального микроскопа, основанного на более 12 миллионов мегапикселей отсканированных изображений нескольких видов, включая человека.
Другой подход в области карты мозга представляет собой вероятностные атласы, полученные из реальных данных от различных групп людей, сформированных определенными факторами, такими как возраст, пол, заболевание и т. д. Предоставляет более гибкие инструменты для исследования мозга и позволяет получать более надежные и точные результаты, которых нельзя достичь с помощью помощь традиционных атласов мозга.
Смотрите также
Рекомендации
Цитаты
- ^ "Что такое нейроинформатика | INCF - Международный координационный центр по нейроинформатике". www.incf.org. Получено 2020-04-19.
- ^ «Обзор стратегии INCF».
- ^ Печура, Констанция М .; Мартин, Джозеф Б., ред. (1991). Составление карты мозга и его функций: интеграция поддерживающих технологий в нейробиологические исследования (Отчет о согласованном исследовании). Вашингтон, округ Колумбия: Национальная академия прессы. Дои:10.17226/1816. ISBN 978-0-309-04497-4.
- ^ http://www.neuinfo.org[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Лаборатория вычислительной воплощенной нейронауки - Институт когнитивных наук и технологий». www.istc.cnr.it. Получено 2 апреля 2018.
- ^ "Лаборатория нейроинформатики @ SEECS, НИТУ - Школа электротехники и компьютерных наук, Национальный университет наук и технологий". neuro.seecs.nust.edu.pk. Получено 2 апреля 2018.
- ^ "Добро пожаловать в КАРМЕН". Добро пожаловать в КАРМЕН. Архивировано из оригинал 30 октября 2019 г.. Получено 2 апреля 2018.
- ^ «Верстак НТСА». Университет Иллинойса Урбана-Шампейн. Архивировано из оригинал 21 июля 2006 г.
- ^ «Когнитивный атлас». www.cognitiveatlas.org. Получено 2 апреля 2018.
- ^ "Домашняя страница Ханьчуань Пэна". home.penglab.com. Получено 2 апреля 2018.
- ^ "Репозиторий моделей BrainML". Архивировано из оригинал на 2009-01-06. Получено 2020-04-16.
- ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2010-05-29. Получено 2010-05-17.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
- ^ http://anya.igsb.anl.gov/Geneways/GeneWays.html[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Генри Маркрам, X. Луо, Г. Зильберберг, М. Толедо-Родригес и А. Гупта. База данных неокортикальных микросхем (NMDB), в Базирование мозга: от данных к знаниям (нейроинформатика), п. 327-342, 2005.
- ^ "SenseLab: Home". senselab.med.yale.edu. Получено 2 апреля 2018.
- ^ Дэвис, Калифорния. "BRAINMAPS.ORG - АТЛАС МОЗГА, КАРТЫ МОЗГА, СТРУКТУРА МОЗГА, НЕЙРОИНФОРМАТИКА, МОЗГ, СТЕРЕОТАКСИЧЕСКИЙ АТЛАС, НЕЙРОНАУКА". brainmaps.org. Архивировано из оригинал 21 июня 2019 г.. Получено 2 апреля 2018.
Источники
- Эди, Салли (июнь 2008 г.). «Обратный инжиниринг мозга». IEEE Spectrum. 45 (6): 51–53. Дои:10.1109 / MSPEC.2008.4531462. S2CID 41761224.
- «Годовой отчет за 2006 финансовый год: навигация по меняющейся среде» (PDF). Общество нейробиологии. 2006.
- Арбиб, Михаил А .; Грет, Джеффри С., ред. (2001). Вычисление мозга, руководство по нейроинформатике. Сан-Диего, Калифорния: Academic Press. ISBN 978-0-12-059781-9. OCLC 162129478.
- Ascoli, Giorgio A .; Де Шуттер, Эрик; Кеннеди, Дэвид Н. (март 2003 г.). «Инфраструктура информатики для нейробиологии». Нейроинформатика. 1 (1): 001–002. Дои:10.1385 / NI: 1: 1: 001. PMID 15055390. S2CID 34221083.
- Beltrame, F .; Koslow, S.H. (Сентябрь 1999 г.). «Нейроинформатика как проблема меганауки». IEEE Transactions по информационным технологиям в биомедицине. 3 (3): 239–40. Дои:10.1109/4233.788587. PMID 10719488. S2CID 346372.
- Гарднер, Дэниел; Шеперд, Гордон М. (Сентябрь 2004 г.). «Ворота в будущее нейроинформатики». Нейроинформатика. 2 (3): 271–274. Дои:10.1385 / NI: 2: 3: 271. PMID 15365191. S2CID 6011369.
- Koslow, Стивен Х .; Уэрта, Майкл Ф., ред. (1997). Нейроинформатика: обзор проекта Human Brain Project. Прогресс в исследованиях нейроинформатики. Махва, Нью-Джерси: Л. Эрлбаум. ISBN 978-0-8058-2099-7. OCLC 34958678.
- Koslow, Стивен Х .; Субраманиам, Шанкар, ред. (2005). Базирование мозга: от данных к знаниям. Нейроинформатика. Хобокен, Нью-Джерси: Wiley-Liss. ISBN 978-0-471-30921-5. OCLC 60194822.
- «Обзор стратегии на 2008–2010 годы». INCF. Международный координационный центр нейроинформатики. 8 июля 2008 г.[постоянная мертвая ссылка ]
дальнейшее чтение
Книги
- Асколи, Джорджио, изд. (2002). Вычислительная нейроанатомия: принципы и методы. Тотова, Нью-Джерси: Humana. ISBN 978-1-58829-000-7. OCLC 48399178.
- Crasto, Chiquito Joaquim, ed. (2007). Нейроинформатика. Методы молекулярной биологии. 401. Тотова, Нью-Джерси: Humana. ISBN 978-1-58829-720-4. OCLC 123798711.
- Koslow, Стивен Х .; Уэрта, Майкл Ф., ред. (2000). Электронное сотрудничество в науке. Прогресс в исследованиях нейроинформатики. 2. ISBN 978-1-138-00318-7. OCLC 47009543.
- Кёттер, Рольф (2003). Базы данных неврологии: Практическое руководство. Бостон, Массачусетс: Спрингер. ISBN 978-1-4615-1079-6. OCLC 840283587.
- Mitra, Partha P .; Бокиль, Хемант (2008). Наблюдаемая динамика мозга. Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. ISBN 978-0-19-517808-1. OCLC 213446303.
- Шортлифф, Эдвард Х.; Чимино, Джеймс Дж., ред. (2013). Биомедицинская информатика: компьютерные приложения в здравоохранении и биомедицине. Информатика здравоохранения (4-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. ISBN 978-1-4471-4474-8. OCLC 937648601.
- Стеррат, Дэвид; Грэм, Брюс; Гиллис, Эндрю; Уиллшоу, Дэвид (2011). Принципы компьютерного моделирования в нейробиологии. Кембридж: Издательство Кембриджского университета. ISBN 978-1-139-04255-0. OCLC 739098279.
Журналы
- Биологическая кибернетика
- Информатика мозга
- Границы нейроинформатики
- Междисциплинарное описание сложных систем
- Журнал вычислительной неврологии
- Журнал интегративной неврологии
- Журнал неврологии
- Журнал веб-семантики
- Нейронные вычисления
- Обработка нейронной информации (В Springer с Конспект лекций по информатике )
- Нейроинформатика
- Нейрон
- PLoS вычислительная биология
- Наука