Деинококк - Deinococcus

Деинококк
Deinococcus radiodurans.jpg
Тетрада D. Radiodurans
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Деинококк-Thermus
Учебный класс:
Дейнококки
Заказ:
Deinococcales
Семья:
Deinococcaceae
Род:
Деинококк

Брукс и Мюррей 1981 исправляют. Рейни и др. 1997 г.
Синонимы
  • Дейнобактер Oyaizu et al. 1987 г.

Деинококк (от Греческий: δεινός, дейнос, "ужасный, странный" и κόκκος, коккос, "гранула"[1]) - это один род[2] из трех в порядке Deinococcales[3][4] бактериального типа Деинококк-Thermus высокая устойчивость к опасностям окружающей среды. У этих бактерий толстые клеточные стенки, которые Грамположительный пятен, но они включают в себя вторую мембрану и поэтому по структуре ближе к Грамотрицательный бактерии. Деинококк выживают, когда их ДНК подвергается воздействию высоких доз гамма- и УФ-излучения. В то время как другие бактерии изменяют свою структуру в присутствии радиации, например, образуя эндоспоры, Деинококк терпеть это, не меняя своей клеточной формы, и не отступать в затвердевшую структуру. Также они характеризуются наличием каротиноидного пигмента. деиноксантин которые придают им розовый цвет. Обычно их выделяют по этим двум критериям. В августе 2020 года ученые сообщили, что бактерии с Земли, в частности бактерии Deinococcus, выжившие в течение трех лет в космическое пространство, на основе исследований, проведенных на Международная космическая станция. Эти результаты подтверждают идею панспермия, гипотеза о том, что жизнь существует на протяжении всего Вселенная, распространяются различными способами, в том числе космическая пыль, метеороиды, астероиды, кометы, планетоиды или же загрязненный космический корабль.[5][6]

Разновидность

По состоянию на август 2011 г., насчитывалось 47 видов Деинококк описан в соответствии с Национальный центр биотехнологической информации (NCBI):

Филогения

Смотрите также: Бактериальная систематика

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [38] и NCBI[39]а филогения основана на высвобождении 132 LTP на основе 16S рРНК Проект "Все виды живого дерева".[40]

 
 
 

D. pimensis Рейни и да Кошта 2005

 
 
 

D. peraridilitoris Рейни и др. 2007 г.

 
 
 

D. papagonensis Рейни и да Кошта 2005

 
 

D. yavapaiensis Рейни и да Кошта 2005

 
 
 
 
 
 
 

D. misasensis Asker et al. 2008 г.

 
 
 

D. cellulosilyticus Weon et al. 2007 г.

 
 

D. roseus Asker et al. 2008 г.

 
 
 
 
 

D. марикопенсис Рейни и да Кошта 2005

 
 
 
 

D. sonorensis Рейни и да Кошта 2005

 
 
 

D. радиомоллис Callegan et al. 2008 г.

 
 
 

D. altitudinis Callegan et al. 2008 г.

 
 
 

D. aquiradiocola Asker et al. 2009 г.

 
 

D. claudionis Callegan et al. 2008 г.

 
 
 
 
 
 
 

D. alpinitundrae Callegan et al. 2008 г.

 
 
 
 

D. radiophilus (бывший Льюис 1973) Книги и Мюррей 1981

 
 
 

D. piscis Шашидхар и Бандекар 2009

 
 

D. proteolyticus Брукс и Мюррей 1981

 
 
 
 
 
 

D. xinjiangensis Peng et al. 2009 г.

 
 
 

D. antarcticus Донг и др. 2015 г.

 
 
 

Д. карри Kim et al. 2015 г.

 
 
 

D. aquatilis Kämpfer et al. 2008 г.

 
 
 

D. enclensis Thorat et al. 2015 г.

 
 

D. фикус Lai et al. 2006 исправление. Кемпфер 2009

 
 
 
 
 
 
 
 
 

D. phoenicis Вайшампаян, Венкатесваран и Швенднер, 2014 г.

 
 
 

D. ретикулитермит Chen et al. 2012 г.

 
 
 

D. citri Ахмед и др. 2014 г.

 
 

D. gobiensis Юань и др. 2009 г.

 
 
 
 
 
 
 

D. indicus Суреш и др. 2004 г.

 
 
 

D. Radiodurans (бывший Радж и др., 1960) Брукс и Мюррей, 1981 г. (тип sp.)

 
 

D. wulumuqiensis Wang et al. 2010 г.

 
 
 
 
 
 

D. Radiotolerans Cha et al. 2015 г.

 
 
 

D. deserti де Гроот и др. 2005 г.

 
 
 

D. hohokamensis Рейни и да Кошта 2005

 
 

D. navajonensis Рейни и да Кошта 2005

 
 
 
 
 
 
 

D. caeni Im et al. 2008 г.

 
 
 

D. aquaticus Im et al. 2008 г.

 
 

Д. деполимеранс Asker et al. 2011 г.

 
 
 
 
 
 

D. daejeonensis Srinivasan et al. 2012 г.

 
 
 

D. actinosclerus Джу и др. 2016 г.

 
 

D. grandis (Oyaizu et al. 1987) Rainey et al. 1997 г.

 
 
 
 
 
 

D. Metalli Feng et al. 2015 г.

 
 

D. yunweiensis Zhang et al. 2007 г.

 
 
 
 
 

D. hopiensis Рейни и да Кошта 2005

 
 
 
 

Д. муррайи Ferreira et al. 1997 г.

 
 
 

D. Metallilatus Kim et al. 2015 г.

 
 
 

D. geothermalis Ferreira et al. 1997 г.

 
 
 

D. apachensis Рейни и да Кошта 2005

 
 
 

Д. эриус Ян и др. 2009 г.

 
 

D. aetherius Ян и др. 2010 г.

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

D. aerophilus Yoo et al. 2010 г.

 
 
 

D. humi Srinivasan et al. 2012 г.

 
 
 

D. aerolatus Yoo et al. 2010 г.

 
 
 

D. swuensis Ли и др. 2015 г.

 
 
 

D. Radiopugnans Брукс и Мюррей 1981

 
 
 

D. marmoris Hirsch et al. 2006 г.

 
 
 

D. saxicola Hirsch et al. 2006 г.

 
 

D. frigens Hirsch et al. 2006 г.

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Примечания

  1. ^ а б Штамм обнаружен в Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛПСН).

Рекомендации

  1. ^ Поступление деинококка в LPSN; Euzéby, J.P. (1997). «Список названий бактерий с позиции в номенклатуре: папка, доступная в Интернете». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 47 (2): 590–2. Дои:10.1099/00207713-47-2-590. PMID  9103655.
  2. ^ Brooks BW, Murray RGE (1981) Номенклатура «Micrococcus radiodurans» и других радиационно-устойчивых кокков: Deinococcaceae fam. ноя и Deinococcus gen. nov., в том числе пять видов. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии 31: 353.
  3. ^ Ekman JV, Raulio M, Busse HJ, Fewer DP, Salkinoja-Salonen M (2010) Deinobacterium chartae gen. nov., sp. nov., чрезвычайно радиационно стойкий биопленка -образующая бактерия, выделенная на финской бумажной фабрике. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии.
  4. ^ Альбукерке Л., Симс С., Нобре М.Ф., Пино Н.М., Баттиста Дж. Р. и др. (2005) Truepera radiovictrix gen. nov., sp. nov., новый радиационно-устойчивый вид и предложение Trueperaceae fam. ноя FEMS Microbiology Letters 247: 161-169.
  5. ^ Стрикленд, Эшли (26 августа 2020 г.). «Согласно новому исследованию, бактерии с Земли могут выжить в космосе и выдержать полет на Марс». Новости CNN. Получено 26 августа 2020.
  6. ^ Кавагути, Юко; и другие. (26 августа 2020 г.). «Повреждение ДНК и время выживания гранул деинококковых клеток в течение 3 лет пребывания в открытом космосе». Границы микробиологии. Дои:10.3389 / fmicb.2020.02050. Получено 26 августа 2020.
  7. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п Parte, A.C. «Дейнококк». LPSN.
  8. ^ Ян Й, Ито Т., Йокобори С., Итахаши С., Шимада Х, Сато К., Охба Х, Наруми И., Ямагиши А. Deinococcus aerius sp. nov., изолированное от высоких атмосфер. Int J Syst Evol Microbiol. 2009 август; 59 (Pt 8): 1862-6.
  9. ^ а б Yoo SH, Weon HY, Kim SJ, Kim YS, Kim BY, Kwon SW. Deinococcus aerolatus sp. ноя и Deinococcus aerophilus sp. nov., выделенные из проб воздуха. Int J Syst Evol Microbiol. 2010 Май; 60 (Pt 5): 1191-5.
  10. ^ Ян Й, Ито Т., Йокобори С., Шимада Х., Итахаши С., Сато К., Охба Х., Наруми И., Ямагиши А. Deinococcus aetherius sp. nov., изолированные от стратосферы. Int J Syst Evol Microbiol. 2010 апр; 60 (часть 4): 776-9
  11. ^ а б c d Каллеган Р.П., Нобре М.Ф., МакТернан П.М., Баттиста-младший, Наварро-Гонсалес Р., Маккей С.П., да Коста М.С., Рейни Ф.А. Описание четырех новых психрофильных, чувствительных к ионизирующему излучению Деинококк виды из альпийской среды. Int J Syst Evol Microbiol. 2008 май; 58 (Pt 5): 1252-8.
  12. ^ а б c d е ж грамм час я Рейни Ф.А., Рэй К., Феррейра М., Гац Б.З., Нобре М.Ф., Багали Д., Раш Б.А., Парк М.Дж., Эрл А.М., Шанк Н.С., Смолл А.М., Хенк М.С., Баттиста-младший, Кэмпфер П., да Коста М.С. Обширное разнообразие устойчивых к ионизирующему излучению бактерий, извлеченных из почвы пустыни Сонора, и описание девяти новых видов этого рода Деинококк получен из единичного образца почвы. Appl Environ Microbiol. 2005 сентябрь; 71 (9): 5225-35. Ошибка в: Appl Environ Microbiol. 2005 ноя; 71 (11): 7630.
  13. ^ а б Im WT, Jung HM, Ten LN, Kim MK, Bora N, Goodfellow M, Lim S, Jung J, Lee ST. Дейнококк водный sp. nov., изолированные из пресной воды, и Deinococcus caeni sp. nov., выделенный из активного ила. Int J Syst Evol Microbiol. Октябрь 2008; 58 (Pt 10): 2348-53.
  14. ^ Кемпфер П., Лоддерс Н., Хубер Б., Фальсен Е., Буссе Х. Дж. Дейнококк акватилис sp. nov., изолированное от воды. Int J Syst Evol Microbiol. 2008 декабрь; 58 (Pt 12): 2803-6.
  15. ^ Аскер Д., Авад Т.С., Беппу Т., Уэда К. Deinococcus aquiradiocola sp. nov., изолированное от радиоактивного объекта в Японии. Int J Syst Evol Microbiol. 2009 Янв; 59 (Pt 1): 144-9.
  16. ^ Weon HY, Kim BY, Schumann P, Son JA, Jang J, Go SJ, Kwon SW. Deinococcus cellulosilyticus sp. nov., изолированное от воздуха. Int J Syst Evol Microbiol. 2007 август; 57 (Pt 8): 1685-8.
  17. ^ Сринивасан С., Ким М.К., Лим С., Джо М., Ли М. Deinococcus daejeonensis sp. nov., выделенный из ила на очистных сооружениях. Int J Syst Evol Microbiol. 2011 июл 15
  18. ^ Аскер Д., Авад Т.С., Маклендсборо Л., Беппу Т., Уэда К. Deinococcus depolymerans sp. nov., устойчивая к гамма- и УФ-излучению бактерия, выделенная из естественного радиоактивного участка. Int J Syst Evol Microbiol. 2011 июнь; 61 (Pt 6): 1448-53
  19. ^ де Гроот А., Чапон В., Слуга П., Кристен Р., Соукс М.Ф., Соммер С., Хойлин Т. Deinococcus deserti sp. nov., устойчивая к гамма-излучению бактерия, выделенная из пустыни Сахара. Int J Syst Evol Microbiol. 2005 ноя; 55 (Pt 6): 2441-6.
  20. ^ Лай В.А., Кемпфер П., Арун А.Б., Шен Ф.Т., Хубер Б., Рекха П.Д., Янг СС. Дейнококк фикус sp. nov., выделенный из ризосферы Ficus Religiosa L. Int J Syst Evol Microbiol. 2006 апр; 56 (Pt 4): 787-91
  21. ^ а б c Hirsch P, Gallikowski CA, Siebert J, Peissl K, Kroppenstedt R, Schumann P, Stackebrandt E, Anderson R. Deinococcus frigens sp. ноя., Deinococcus saxicola sp. ноя., и Дейнококк марморис sp. nov., устойчивые к низким температурам и сквознякам, устойчивые к ультрафиолету бактерии из континентальной Антарктиды. Syst Appl Microbiol. 2004 ноя; 27 (6): 636-45.
  22. ^ а б Феррейра А.С., Нобре М.Ф., Рейни Ф.А., Сильва М.Т., Уэйт Р., Бургхардт Дж., Чанг А.П., да Коста М.С. Deinococcus geothermalis sp. ноя и Deinococcus murrayi sp. nov., два чрезвычайно радиационно-стойких и слабо теплолюбивых вида из горячих источников. Int J Syst Bacteriol. 1997 Октябрь; 47 (4): 939-47.
  23. ^ Юань М., Чжан В., Дай С., Ву Дж, Ван И, Тао Т., Чен М., Линь М. Deinococcus gobiensis sp. nov., чрезвычайно радиационно-стойкая бактерия. Int J Syst Evol Microbiol. 2009 июнь; 59 (Pt 6): 1513-7
  24. ^ Ояйзу Х., Стакебрандт Э., Шлейфер К.Х., Людвиг В., Похла Х., Ито Х., Хирата А., Ояидзу Й., Комагата К. Радиационно-стойкие палочковидные бактерии Deinobacter grandis ген. nov., sp. nov., с пептидогликаном, содержащим орнитин. Int. J. Syst. Bacteriol., 1987, 37, 62-67.
  25. ^ Рейни Ф.А., Нобре М.Ф., Шуман П., Стакебрандт Э., Да Коста М.С. Филогенетическое разнообразие деинококков, определяемое сравнением последовательностей 16S рибосомальной ДНК. Int. J. Syst. Bacteriol., 1997, 47, 510-514
  26. ^ Суреш К., Редди Г.С., Сенгупта С., Шиваджи С. Дейнококк индика sp. nov., устойчивые к мышьяку бактерии из водоносного горизонта в Западной Бенгалии, Индия. Int J Syst Evol Microbiol. 2004 Март; 54 (Pt 2): 457-61.
  27. ^ а б Аскер Д., Авад Т.С., Беппу Т., Уэда К. Deinococcus misasensis и Дейнококк розовый, новые представители рода Деинококк, изолированный от радиоактивного объекта в Японии. Syst Appl Microbiol. Март 2008; 31 (1): 43-9.
  28. ^ Рейни Ф.А., Феррейра М., Нобре М.Ф., Рэй К., Багали Д., Эрл А.М., Баттиста-младший, Гомес-Сильва Б., Маккей С.П., да Коста М.С. Deinococcus peraridilitoris sp. nov., изолированно от прибрежной пустыни. Int J Syst Evol Microbiol. 2007 июл; 57 (Pt 7): 1408-12.
  29. ^ Шашидхар Р., Бандекар-младший. Deinococcus piscis sp. nov., радиационно-стойкая бактерия, выделенная из морской рыбы. Int J Syst Evol Microbiol. 2009 ноябрь; 59 (Pt 11): 2714-7
  30. ^ Kobatake, M., Tanabe, S., Hasegawa, S. Nouveau micrococcus радиоустойчивые, пигментные румяна, isole de feces de Лама гламаи др. Использование микробиологического индикатора радиостерилизации. C.R. Seances Soc. Биол. Fil. (1973) 167, 1506–1510.
  31. ^ Андерсон, A W; Х. К. Нордан, Р. Ф. Каин, Дж. Пэрриш, Д. Дагган (1956). «Исследования радиоустойчивого микрококка. I. Изоляция, морфология, культуральные характеристики и устойчивость к гамма-излучению». Food Technol. 10 (1): 575–577.
  32. ^ Льюис Н.Ф. Радиоустойчивый Micrococcus radiophilus sp. ноя выделен из облученной бомбейской утки (Гарподон nehereus). Curr. Sci. (Индия) 1976 г., т. 42, нет. 14, стр. 504
  33. ^ Дэвис, Н.С., Сильверман, Г.Дж., Маусуровский, Э. Радиационно-стойкий пигментированный кокк, выделенный из ткани пикши. J. Bacteriol. 1963. 86. С. 294–298.
  34. ^ Чен В., Ван Б., Хун Х, Ян Х, Лю SJ. Ретикулитермит дейнококка sp. nov., выделенный из кишечника термитов // Int J Syst Evol Microbiol. 18 февраля 2011 г.
  35. ^ а б Ван В., Мао Дж., Чжан З., Тан Ц., Се Ю, Чжу Дж., Чжан Л., Лю З., Ши И, Гудфеллоу М. Deinococcus wulumuqiensis sp. ноя., и Deinococcus xibeiensis sp. nov., изолированного от радиационно-загрязненной почвы. Int J Syst Evol Microbiol. 2010 сентябрь; 60 (часть 9): 2006-10
  36. ^ Пэн Ф, Чжан Л., Ло Х, Дай Дж, Ань Х, Тан И, Фанг К. Дейнококк xinjiangensis sp. nov., выделенный из пустынной почвы. Int J Syst Evol Microbiol. 2009 Апрель; 59 (Pt 4): 709-13.
  37. ^ Чжан YQ, Sun CH, Ли WJ, Yu LY, Zhou JQ, Zhang YQ, Xu LH, Jiang CL. Deinococcus yunweiensis sp. nov., бактерия из Китая, устойчивая к гамма- и УФ-излучению. Int J Syst Evol Microbiol. 2007 февраль; 57 (Pt 2): 370-5.
  38. ^ J.P. Euzéby. «Дейнококк-Термус». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Получено 2018-07-20.
  39. ^ Сэйерс; и другие. «ДейнококкТермус». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2018-07-20.
  40. ^ «Выпуск 132 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)». Проект "Живое дерево всех видов". Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2018-07-20.