Одноцепочечный связывающий белок - Single-stranded binding protein

SSB
PDB 1v1q EBI.jpg
Кристаллическая структура PriB - первичного белка репликации ДНК кишечная палочка
Идентификаторы
СимволSSB
PfamPF00436
Pfam кланCL0021
ИнтерПроIPR000424
PROSITEPDOC00602
SCOP21kaw / Объем / СУПФАМ
TCDB3.A.7

Одноцепочечные связывающие белки (SSB) представляют собой класс белков, которые были идентифицированы как в вирусах, так и в организмах от бактерий до человека.

Вирусный SSB

Viral_DNA_bp
PDB 1urj EBI.jpg
Одноцепочечный ДНК-связывающий белок (icp8) от простой герпес вирус-1
Идентификаторы
СимволViral_DNA_bp
PfamPF00747
ИнтерПроIPR000635

Хотя общая картина человек цитомегаловирус (HHV-5) Синтез ДНК кажется типичным для герпесвирусов, появляются некоторые новые особенности.

Структура

В ICP8 Вирус простого герпеса (HSV-1) одноцепочечный ДНК-связывающий белок (оцДНК-связывающий белок (SSB)), головка состоит из восьми альфа спирали. Лицевая сторона области шеи состоит из пятиниточного бета-лист и две альфа-спирали, а задняя сторона представляет собой трехцепочечный бета-лист. Плечевая часть N-концевой домен содержит области альфа-спирали и бета-листа.[1] В Вирус простого герпеса (HSV-1) SSB, ICP8, является ядерным белком, который, наряду с другими белками репликации, необходим для репликации вирусной ДНК во время литической инфекции.[1]

Механизм

Шесть общих групп вирусов герпеса гены кодировать белки которые, вероятно, составляют репликация вилка, включая двухсубъединичную ДНК-полимеразу, Комплекс геликаза-примаза и одноцепочечный ДНК-связывающий белок.[2] В человек герпесвирус 1 (HHV-1) одноцепочечный ДНК-связывающий белок ICP8 имеет размер 128 кДа. цинк металлопротеин. Маркировка фотоаффинити показал, что регион, охватывающий аминокислота остатки 368-902 содержат сайт связывания одноцепочечной ДНК ICP8.[3] HHHV-1 UL5, UL8 и UL52 гены закодировать важный гетеротримерный ДНК-геликаза-примаза, которая отвечает за сопутствующее раскручивание ДНК и грунтовка синтез на популярный Вилка репликации ДНК. ICP8 может стимулировать раскручивание ДНК и обеспечивать обход ДНК, поврежденной цисплатином, путем рекрутирования геликазы-примазы в ДНК.[4]

Бактериальный SSB

SSB белковые домены в бактерии важны поддержание Метаболизм ДНК, более конкретно Репликация ДНК, ремонт и рекомбинация.[5] Он имеет структуру от трех бета-цепей до одной шестинитевой бета-лист сформировать димер.[6]

Эукариотический белок репликации А

Репликационный белок А
(гетеротример)
1L1O Репликационный белок A.png
Это изображение человеческого белка репликации A. Из PDB: 1L1O​ Протеопедия белок А Репликационный белок А
Функцияповреждение связывания ДНК, связывание одноцепочечной ДНК
Название подразделенияГенХромосомный локус
Белок репликации A1RPA1Chr. 17 p13.3
Репликационный белок А2RPA2Chr. 1 p35.3
Репликационный белок A3RPA3Chr. 7 p21.3

Репликационный белок А является функциональным эквивалентом SSB в ядре эукариотических клеток, хотя гомологии последовательностей нет.

Эукариотические митохондриальные SSB

Митохондрии эукариотических клеток содержат свой собственный одноцепочечный ДНК-связывающий белок. Митохондриальный SSB человека (mtSSB) связывается с одноцепочечной митохондриальной ДНК в виде тетрамера и имеет сходство по последовательности с бактериальным SSB.[7] Человеческий mtSSB кодируется SSBP1 ген. В дрожжах он кодируется геном RIM1.[8]

Роль в восстановлении генома и борьбе со старением

Недавно было обнаружено, что он 1. помогает защитить геном, 2. жизненно важен для стволовых клеток и 3. участвует в поддержании длины теломер.[9][10][11]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Mapelli M, Panjikar S, Tucker PA (2005). «Кристаллическая структура белка, связывающего оцДНК вируса простого герпеса 1, предполагает структурную основу для гибкого, кооперативного связывания одноцепочечной ДНК». J Biol Chem. 280 (4): 2990–7. Дои:10.1074 / jbc.M406780200. PMID  15507432.
  2. ^ Андерс Д.Г., МакКью Л.А. (1996). «Гены и белки цитомегаловируса человека, необходимые для синтеза ДНК». Интервирология. 39 (5–6): 378–88. Дои:10.1159/000150508. PMID  9130047.
  3. ^ White EJ, Boehmer PE (октябрь 1999 г.). «Фотоаффинное мечение одноцепочечного ДНК-связывающего белка вируса простого герпеса типа 1 (ICP8) с олигодезоксирибонуклеотидами». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 264 (2): 493–7. Дои:10.1006 / bbrc.1999.1566. PMID  10529391.
  4. ^ Танги Ле Гак Н., Виллани Дж., Бёмер П.Е. (май 1998 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок (ICP8) вируса простого герпеса типа 1 усиливает способность вирусной ДНК-геликазы-примазы раскручивать ДНК, модифицированную цисплатином». J. Biol. Chem. 273 (22): 13801–7. Дои:10.1074 / jbc.273.22.13801. PMID  9593724.
  5. ^ Мейер Р. Р., Лайне П. С. (декабрь 1990 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок Escherichia coli». Microbiol. Rev. 54 (4): 342–80. Дои:10.1128 / MMBR.54.4.342-380.1990. ЧВК  372786. PMID  2087220.
  6. ^ Рагхунатан С., Рикард С.С., Ломан ТМ, Ваксман Г. (июнь 1997 г.). «Кристаллическая структура гомотетрамерного ДНК-связывающего домена одноцепочечного ДНК-связывающего белка Escherichia coli, определенная многоволновой дифракцией рентгеновских лучей на селенометиониловом белке с разрешением 2,9-A». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (13): 6652–7. Дои:10.1073 / пнас.94.13.6652. ЧВК  21213. PMID  9192620.
  7. ^ Тиранти, V; Рокки, М; ДиДонато, S; Зевиани, М. (30 апреля 1993 г.). «Клонирование кДНК человека и крысы, кодирующих митохондриальный одноцепочечный ДНК-связывающий белок (SSB)». Ген. 126 (2): 219–25. Дои:10.1016 / 0378-1119 (93) 90370-я. PMID  8482537.
  8. ^ Ван Дайк, Э; Foury, F; Стилман, B; Брилл, SJ (сентябрь 1992 г.). «Белок, связывающий одноцепочечную ДНК, необходимый для репликации митохондриальной ДНК в S. cerevisiae, гомологичен SSB E. coli». Журнал EMBO. 11 (9): 3421–30. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1992.tb05421.x. ЧВК  556877. PMID  1324172.
  9. ^ Пфайфер, Матиас; Брем, Рето; Липперт, Тимоти П .; Булианна, Брайант; Хо, Ховин Нг; Робинсон, Марк Э .; Стеббинг, Джастин; Фельдхан, Никлас (15 июня 2019 г.). «Белки SSB1 / SSB2 защищают развитие В-клеток, защищая геномы предшественников В-клеток». Журнал иммунологии. 202 (12): 3423–3433. Дои:10.4049 / jimmunol.1801618. ЧВК  6545462. PMID  31085591.
  10. ^ Ши, Вэй; Ву, Тереза; Буше, Дидье; Бирнацкая, Анна; Нде, Жюль; Пандита, Радж К .; Штраубе, Жасмин; Бойл, Глен М .; Аль-Эдже, Фарес; Наг, Пурба; Джеффри, Джесси; Harris, Janelle L .; Bain, Amanda L .; Гжелак, Марта; Скшипчак, Магдалена; Митра, Абхишек; Дойер, Норберт; Крозетто, Никола; Клунан, Николь; Becherel, Olivier J .; Финни, Джон; Скаар, Джеффри Р .; Уолкли, Карл Р .; Пандита, Тедж К .; Ровицка, Мага; Гинальски, Кшиштоф; Лейн, Стивен У .; Ханна, Кум-Кум (4 мая 2017 г.). «Ssb1 и Ssb2 взаимодействуют для регуляции гемопоэтических стволовых клеток и клеток-предшественников мышей путем устранения репликативного стресса». Кровь. 129 (18): 2479–2492. Дои:10.1182 / кровь-2016-06-725093. ЧВК  5418634. PMID  28270450.
  11. ^ Pandita, R.K .; Chow, T. T .; Udayakumar, D .; Bain, A. L .; Cubeddu, L .; Hunt, C. R .; Shi, W .; Horikoshi, N .; Zhao, Y .; Wright, W. E .; Khanna, K. K .; Shay, J. W .; Пандита, Т. К. (14 января 2015 г.). «Одноцепочечный ДНК-связывающий белок SSB1 способствует привлечению TERT к теломерам и поддерживает G-выступы теломер». Исследования рака. 75 (5): 858–869. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-14-2289. ЧВК  4351820. PMID  25589350.
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR000635

внешняя ссылка