Нуклеаза бобов мунг - Mung bean nuclease

Нуклеаза бобов мунг (Нуклеаза МБ) это нуклеаза полученный из проростков маш (Vigna radiata), который поэтапно удаляет нуклеотиды из одноцепочечная ДНК молекул (оцДНК) и используется в биотехнологических приложениях для удаления такой оцДНК из смеси, также содержащей двухцепочечная ДНК (дцДНК). Этот фермент полезен для картирования транскриптов, удаления одноцепочечных областей в гибридах ДНК или одноцепочечных выступов, продуцируемых рестрикционные ферменты и т. д. Его деятельность похожа на Нуклеаза S1 (оба EC 3.1.30.1), но он имеет более высокую специфичность для одноцепочечных молекул.[1]

Фермент расщепляет одноцепочечную ДНК или РНК до нуклеозидных 5’-монофосфатов, но не расщепляет двухцепочечную ДНК, двухцепочечную РНК или гибриды ДНК / РНК. Нуклеаза фасоли мунг катализирует специфическое разложение одноцепочечной ДНК или РНК и продуцирует моно- и олигонуклеотиды, несущие 5'-P-конец. Нуклеаза бобов мунг имеет строгую одноцепочечную специфичность к ДНК или РНК.

Расчетная молекулярная масса нуклеазы бобов мунг составляет 39 кДа по SDS-СТРАНИЦА. Гликопротеин, 29% этой массы составляют сахара.[2] По состоянию на апрель 2019 г., конкретный ген, кодирующий этот белок, неизвестен, и все производство основано на процессе очистки ростков фасоли с 1980 года.[1] Некоторым известно о его структуре с одним открытым остатком цистеина и 3 парами дисульфидных связей. Некоторым известно о его аминокислотный состав.[2]

Требования

Нуклеаза бобов мунг требует Zn2+. Добавление EDTA или же SDS вызывает необратимую инактивацию. Нуклеаза бобов мунг не активна ни при pH ниже 4,6, ни при низкой концентрации соли.

Описание

Нуклеаза MB - это специфическая ДНК и РНК экзоэндонуклеаза которые будут разрушать одноцепочечные удлинения от концов молекул ДНК и РНК, оставляя тупые, лигируемые концы. Его более высокая одноцепочечная специфичность делает его предпочтительным ферментом для большинства применений, требующих одноцепочечной нуклеазы.

В отличие от S1 нуклеаза, Нуклеаза фасоли Mung не расщепляет неповрежденную цепь дуплексной ДНК с разрывом.

Его способность распознавать двухцепочечные нуклеиновые кислоты зависит от последовательности оснований.

Он имеет тенденцию к расщеплению по ApN и по T (U) pN. Он полностью разлагает ApA, но не разрушает G и C. В отличие от нуклеазы S1, он не расщепляет цепь, противоположную разорванной.

Нуклеаза бобов мунг катализирует специфическую деградацию одноцепочечной ДНК или РНК и продуцирует моно- и олигонуклеотиды, несущие 5'-P-конец.

Более чем 1000-кратное количество фермента может разлагать олигомер на все мононуклеотиды.

Избыток фермента необходим для разрушения двухцепочечной ДНК или гибридов РНК и ДНК-РНК, и в этом случае участки, богатые АТ, выборочно разлагаются.

Этот фермент хорошо работает на сайтах A ↓ pN, T ↓ pN, и особенно сайты A ↓ pN деградируют на 100%.

Однако деградировать сайт C ↓ pC, C ↓ pG сложно.

Экзонуклеаза бобов мунг - это нуклеаза, полученная из бобов мунг, которая поэтапно удаляет нуклеотиды из молекул одноцепочечной ДНК и используется для удаления такой оцДНК из смеси, также содержащей двухцепочечную ДНК (дцДНК).

Определение единицы:

Одна единица нуклеазы бобов мунг превращает 1 мкг денатурированной нагреванием ДНК тимуса теленка в кислотно-растворимую форму за 1 минуту при 37 ° C в стандартных условиях анализа.

Приложения в биотехнологии и биохимических исследованиях

  • Удаление шпилечных петель при синтезе кДНК.
  • Картирование с высоким разрешением концевых и экзонных структур РНК-транскриптов (обычно называемое картированием Berk-Sharp или S1) с использованием зондов с внутренней или концевой меткой.
  • Модификация сайта рестрикции или удаление путем расщепления одноцепочечных выступающих концов.
  • Расщепление несоответствий одной пары оснований в качестве замены нуклеазы CEL 1 в TILLING.
  • Однонаправленная делеция большой ДНК (в сочетании с экзонуклеазой III) для создания упорядоченных делеций для секвенирования.
  • Удаление 3´ и 5´ удлинений с концов ДНК или РНК.
  • Транскрипционное картирование.
  • Расщепление петель шпильки.
  • Вырезание кодирующих последовательностей генов из геномной ДНК.

Рекомендации

  1. ^ а б "BRENDA: 3.1.30.1".
  2. ^ а б Ын, HM (1996). «Нуклеазы». Энзимологический праймер для технологии рекомбинантной ДНК. Академическая пресса. С. 145–232. Дои:10.1016 / B978-012243740-3 / 50006-5. ISBN  978-0-12-243740-3.

дальнейшее чтение

  • Серия статей Ковальски и других 1970-х годов: Ковальский, Дэвид; Kroeker, Warren D .; Ласковский, М. (1976). «Нуклеаза бобов мунг I. 6. Физические, химические и каталитические свойства». Биохимия. 15 (20): 4457–4463. Дои:10.1021 / bi00665a019. PMID  9973.