Сплайсинг РНК - RNA splicing

Сплайсинг РНК, в молекулярная биология, представляет собой форму процессинга РНК, при которой вновь созданный предшественник матричной РНК (предварительномРНК ) стенограмма превращается в зрелая информационная РНК (мРНК ). Во время сварки интроны (некодирующие области) удаляются и экзоны (кодирующие области) соединяются вместе. За ядерно-кодируемые гены, сращивание происходит внутри ядро либо во время, либо сразу после транскрипция. Для тех эукариотические гены которые содержат интроны, сплайсинг обычно требуется для создания молекулы мРНК, которая может быть переводится в белок. Для многих эукариотических интронов сплайсинг осуществляется в виде серии реакций, которые катализируются сплайсосома, комплекс малых ядерных рибонуклеопротеидов (snRNPs ). Самосплайсинговые интроны, или же рибозимы способны катализировать собственное вырезание из родительской молекулы РНК.

Процесс сплайсинга РНК

Сплайсинговые пути

В природе существует несколько методов сплайсинга РНК; тип сплайсинга зависит от структуры сплайсированного интрона и катализаторы требуется для сращивания.

Сплайсосомальный комплекс

Интроны

Слово интрон выводится из терминов внутригенная область,[1] и внутрицистрон,[2] то есть сегмент ДНК, расположенный между двумя экзонами ген. Термин интрон относится как к последовательности ДНК в гене, так и к соответствующей последовательности в необработанном транскрипте РНК. Как часть пути процессинга РНК, интроны удаляются путем сплайсинга РНК либо вскоре после, либо одновременно с ним. транскрипция.[3] Интроны присутствуют в генах большинства организмов и многих вирусов. Они могут находиться в широком спектре генов, в том числе в генах, генерирующих белки, рибосомная РНК (рРНК) и переносить РНК (тРНК).[4]

Внутри интронов для сплайсинга требуются донорный сайт (5'-конец интрона), сайт ветвления (около 3'-конца интрона) и акцепторный сайт (3'-конец интрона). Донорный сайт сплайсинга включает почти инвариантную последовательность GU на 5'-конце интрона в более крупной, менее высококонсервативной области. Акцепторный сайт сплайсинга на 3'-конце интрона оканчивает интрон почти инвариантной последовательностью AG. Выше по течению (5 футов) от АГ находится область высоко в пиримидины (C и U), или полипиримидиновый тракт. Дальше вверх по течению от полипиримидинового тракта находится точка ветвления, которая включает адениновый нуклеотид, участвующий в образовании лариата.[5][6] В консенсусная последовательность для интрона (в ИЮПАК обозначение нуклеиновой кислоты ) представляет собой: GG- [разрез] -GURAGU (донорный сайт) ... интронную последовательность ... YURAC (последовательность ответвлений на 20-50 нуклеотидов выше акцепторного сайта) ... Y-rich-NCAG- [разрез] -G ( акцепторный сайт).[7] Однако следует отметить, что конкретная последовательность интронных элементов сплайсинга и количество нуклеотидов между точкой ветвления и ближайшим 3’-акцепторным сайтом влияют на выбор сайта сплайсинга.[8][9] Кроме того, точечные мутации в основной ДНК или ошибки во время транскрипции могут активировать загадочный сайт сращивания в части стенограммы, которая обычно не склеивается. Это приводит к зрелая информационная РНК с отсутствующим участком экзона. Таким образом точечная мутация, который в противном случае мог бы повлиять только на одну аминокислоту, может проявляться как удаление или усечение в конечном белке.

Простая иллюстрация экзонов и интронов в пре-мРНК

Становление и деятельность

Сплайсинг катализируется сплайсосома, большой комплекс РНК-белок, состоящий из пяти малых ядерных рибонуклеопротеидов (snRNPs ). Сборка и активность сплайсосомы происходит во время транскрипции пре-мРНК. Компоненты РНК мяРНП взаимодействуют с интроном и участвуют в катализе. Было идентифицировано два типа сплайсосом (основные и второстепенные), которые содержат разные snRNPs.

  • В основная сплайсосома сплайсирует интроны, содержащие GU на 5'-сайте сплайсинга и AG на 3'-сайте сплайсинга. Он состоит из U1, U2, U4, U5, и U6 snRNPs и активен в ядре. Кроме того, ряд белков, включая Вспомогательный фактор малой ядерной РНК U2 1 (U2AF35), U2AF2 (U2AF65)[10] и SF1 необходимы для сборки сплайсосомы.[6][11] В процессе сплайсинга сплайсосома образует различные комплексы:[12]
  • Комплекс E
    • U1 snRNP связывается с последовательностью GU в 5'-сайте сплайсинга интрона;
    • Фактор сварки 1 связывается с последовательностью точки ветвления интрона;
    • U2AF1 связывается с 3'-сайтом сплайсинга интрона;
    • U2AF2 связывается с полипиримидиновым трактом;[13]
  • Комплекс А (пре-сплайсосома)
    • U2 snRNP замещает SF1 и связывается с последовательностью точки ветвления, и АТФ гидролизуется;
  • Комплекс B (докаталитическая сплайсосома)
    • Тример U5 / U4 / U6 snRNP связывает, а U5 snRNP связывает экзоны в 5'-сайте, при этом U6 связывается с U2;
  • Комплекс B *
    • U1 snRNP высвобождается, U5 переходит от экзона к интрону, а U6 связывается в 5'-сайте сплайсинга;
  • Комплекс C (каталитическая сплайсосома)
    • U4 высвобождается, U6 / U2 катализирует переэтерификацию, заставляя 5'-конец интрона лигировать с A на интроне и образовывать лариат, U5 связывает экзон в 3'-сайте сплайсинга, а 5'-сайт расщепляется, в результате чего формирование лариата;
  • Комплекс C * (пост-сплайсосомальный комплекс)
    • U2 / U5 / U6 остаются связанными с лариатом, а 3'-сайт отщепляется, а экзоны лигируются с использованием гидролиза АТФ. Сплайсированная РНК высвобождается, лариат высвобождается и разлагается,[14] и snRNP повторно используются.
Этот тип соединения называется каноническое сращивание или назвал путь лариата, на долю которого приходится более 99% сварок. Напротив, когда интронные фланкирующие последовательности не подчиняются правилу GU-AG, неканонический сплайсинг говорят, что происходит (см. «минорные сплайсосомы» ниже).[15]
  • В второстепенная сплайсосома очень похож на главную сплайсосому, но вместо этого он сплайсирует редкие интроны с различными последовательностями сайтов сплайсинга. В то время как минорная и основная сплайсосомы содержат один и тот же U5 snRNP минорная сплайсосома имеет разные, но функционально аналогичные snRNP для U1, U2, U4 и U6, которые соответственно называются U11, U12, U4atac, и U6atac.[16]

Рекурсивное соединение

В большинстве случаев сплайсинг удаляет интроны как отдельные единицы из предшественника. мРНК стенограммы. Однако в некоторых случаях, особенно в мРНК с очень длинными интронами, сплайсинг происходит поэтапно: часть интрона удаляется, а затем на следующем этапе сплайсируется оставшийся интрон. Это было впервые обнаружено в Ультрабиторакс (Ubx) ген плодовой мушки, Drosophila melanogaster, и еще несколько Дрозофила гены, но также сообщалось о случаях заболевания у людей.[17][18]

Трансплайсинг

Трансплайсинг это форма сплайсинга, при котором удаляются интроны или Outrons, и соединяет два экзона, которые не находятся в одном транскрипте РНК.[19]

Самосращивание

Самосращивание встречается для редких интронов, образующих рибозим, выполняя функции сплайсосомы только РНК. Есть три вида самосплайсинговых интронов: Группа I, II группа и III группа. Интроны группы I и II выполняют сплайсинг, аналогичный сплайсосоме, без использования какого-либо белка. Это сходство предполагает, что интроны групп I и II могут быть эволюционно связаны со сплайсосомой. Самосращивание также может быть очень древним и, возможно, существовало в Мир РНК присутствует до белка.

Две переэтерификации характеризуют механизм сплайсинга интронов группы I:

  1. 3'OH свободного гуанинового нуклеозида (или нуклеозида, находящегося в интроне) или нуклеотидного кофактора (GMP, GDP, GTP) атакует фосфат в 5'-сайте сплайсинга.
  2. 3'OH 5'-экзона становится нуклеофилом, и вторая переэтерификация приводит к соединению двух экзонов.

Механизм сплайсинга интронов группы II (две реакции переэтерификации, подобные интронам группы I) следующий:

  1. 2'OH специфического аденозина в интроне атакует 5'-сайт сплайсинга, тем самым формируя лариат
  2. 3'OH 5'-экзона запускает вторую переэтерификацию в 3'-сайте сплайсинга, тем самым соединяя экзоны вместе.

сплайсинг тРНК

тРНК (также подобный тРНК) сплайсинг - еще одна редкая форма сплайсинга, которая обычно происходит в тРНК. Реакция сплайсинга включает другую биохимию, чем сплайсосомный и самосплайсинговый пути.

в дрожжи Saccharomyces cerevisiae, сплайсинг дрожжевой тРНК эндонуклеаза гетеротетрамер, состоящий из TSEN54, TSEN2, TSEN34, и TSEN15, расщепляет пре-тРНК по двум сайтам в акцепторной петле с образованием 5'-половинной тРНК, оканчивающейся 2 ', 3'-циклической фосфодиэфирной группой, и 3'-половинной тРНК, оканчивающейся на 5'-гидроксильной группе , вместе с отброшенным интроном.[20] Затем киназа дрожжевой тРНК фосфорилирует 5'-гидроксильную группу, используя аденозинтрифосфат. Циклическая фосфодиэстераза дрожжевой тРНК расщепляет циклическую фосфодиэфирную группу с образованием 2'-фосфорилированного 3'-конца. Дрожжевая тРНК-лигаза добавляет аденозинмонофосфат сгруппируйте до конца 5 футов 3-дюймовой половины и соедините две половинки вместе.[21] Затем НАД-зависимая 2'-фосфотрансфераза удаляет 2'-фосфатную группу.[22][23]

Эволюция

Сращивание происходит во всех королевства или же домены жизни, однако, степень и типы сращивания могут сильно различаться между основными подразделениями. Эукариоты сращивание многих белков, кодирующих информационные РНК и немного некодирующие РНК. Прокариоты, с другой стороны, сплайсируйте редко и в основном некодирующие РНК. Другое важное различие между этими двумя группами организмов заключается в том, что у прокариот полностью отсутствует сплайсосомный путь.

Поскольку сплайсосомные интроны консервативны не у всех видов, существуют дебаты относительно того, когда развился сплайсосомный сплайсинг. Были предложены две модели: интронная поздняя и интронная ранняя модели (см. эволюция интрона ).

Разнообразие сращивания
ЭукариотыПрокариоты
Сплайсосомальный+−
Самосращивание++
тРНК++

Биохимический механизм

Схема, иллюстрирующая двухэтапную биохимию сплайсинга

Сплайсосомный сплайсинг и самосплайсинг включают двухэтапный биохимический процесс. Оба шага включают переэтерификация реакции, происходящие между нуклеотидами РНК. Однако сплайсинг тРНК является исключением и не происходит при переэтерификации.[24]

Сплайсосомные и самосплайсинговые реакции переэтерификации протекают через две последовательные реакции переэтерификации. Во-первых, 2'OH определенного точка ветвления нуклеотид в интроне, определенный во время сборки сплайсосомы, выполняет нуклеофильная атака на первом нуклеотиде интрона в 5'-сайте сплайсинга, образуя лариат промежуточный. Во-вторых, 3'OH высвобожденного 5'-экзона затем выполняет электрофильную атаку на первый нуклеотид, следующий за последним нуклеотидом интрона в 3'-сайте сплайсинга, таким образом соединяя экзоны и высвобождая интронный лалиат.[25]

Альтернативная сварка

Основная статья: Альтернативная сварка

Во многих случаях процесс сплайсинга может создавать ряд уникальных белков, варьируя состав экзонов одной и той же мРНК. Это явление тогда называют альтернативное сращивание. Альтернативное сращивание может происходить разными способами. Экзоны можно удлинить или пропустить, или интроны можно сохранить. Подсчитано, что 95% транскриптов мультиэкзонных генов подвергаются альтернативному сплайсингу, некоторые случаи которого происходят тканеспецифичным образом и / или в определенных клеточных условиях.[26] Разработка высокопроизводительной технологии секвенирования мРНК может помочь количественно оценить уровни экспрессии альтернативно сплайсированных изоформ. Дифференциальные уровни экспрессии в тканях и клеточных линиях позволили разработать вычислительные подходы для прогнозирования функций этих изоформ.[27][28] Учитывая эту сложность, альтернативный сплайсинг транскриптов пре-мРНК регулируется системой транс-действующих белков (активаторов и репрессоров), которые связываются с цис-действующими сайтами или «элементами» (энхансерами и сайленсерами) на самом транскрипте пре-мРНК. Эти белки и их соответствующие связывающие элементы способствуют или сокращают использование определенного сайта сплайсинга. Специфичность связывания зависит от последовательности и структуры цис-элементов, например в ВИЧ-1 много донорных и акцепторных сайтов сплайсинга. Среди различных сайтов сплайсинга ssA7, который является 3'-акцепторным сайтом, складывается в три петлевые структуры стволовых петель, то есть интронный сайленсер сплайсинга (ISS), экзонный энхансер сплайсинга (ESE) и экзонический сайленсер сплайсинга (ESSE3). Структура раствора сайленсера интронного сплайсинга и его взаимодействие с хозяйским белком hnRNPA1 дает представление о специфическом распознавании.[29] Однако, что усложняет альтернативный сплайсинг, следует отметить, что эффекты регулирующих факторов во многих случаях зависят от положения. Например, фактор сплайсинга, который служит активатором сплайсинга, когда он связан с интронным энхансерным элементом, может служить репрессором, когда он связан с его элементом сплайсинга в контексте экзона, и наоборот.[30] В дополнение к зависимым от положения эффектам элементов энхансера и сайленсера, расположение точки ветвления (то есть расстояние до ближайшего 3 ’акцепторного сайта) также влияет на сплайсинг.[8] Вторичная структура транскрипта пре-мРНК также играет роль в регуляции сплайсинга, например, путем объединения элементов сплайсинга или путем маскирования последовательности, которая в противном случае служила бы элементом связывания для фактора сплайсинга.[31][32]

Ответ сплайсинга на повреждение ДНК

Повреждение ДНК влияет на факторы сращивания, изменяя их посттрансляционная модификация, локализация, экспрессия и активность.[33] Кроме того, повреждение ДНК часто нарушает сплайсинг, препятствуя его связыванию с транскрипция. Повреждение ДНК также влияет на сплайсинг и альтернативный сплайсинг генов, тесно связанных с Ремонт ДНК.[33] Например, повреждения ДНК модулируют альтернативный сплайсинг генов репарации ДНК. Brca1 и Ercc1.

Экспериментальные манипуляции со склейкой

События сварки могут быть изменены экспериментально[34][35] путем связывания стерически блокирующей антисмысловой олигосы Такие как Морфолинос или же Пептидные нуклеиновые кислоты к сайтам связывания snRNP, к нуклеотиду точки ветвления, который закрывает лариат,[36]Теория расщепленного гена или к сайтам связывания регуляторных элементов сплайсинга.[37]

Ошибки сварки и вариации

Было высказано предположение, что треть всех болезнетворных мутаций влияет на сращивание.[30] Распространенные ошибки включают:

  • Мутация сайта сплайсинга, приводящая к потере функции этого сайта. Приводит к выявлению преждевременного стоп-кодон, потеря экзона или включение интрона.
  • Мутация сайта сплайсинга снижает специфичность. Может привести к изменению местоположения сплайсинга, вызывая вставку или удаление аминокислот или, что наиболее вероятно, нарушение рамка чтения.
  • Смещение сайта сплайсинга, приводящее к включению или исключению большего количества РНК, чем ожидалось, что приводит к более длинным или более коротким экзонам.

Хотя многие ошибки сплайсинга защищены механизмом контроля качества сотовой связи, называемым нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD),[38] также существует ряд заболеваний, связанных со сплайсингом, как указывалось выше.[39]

Аллельные различия в сплайсинге мРНК, вероятно, будут общим и важным источником фенотипического разнообразия на молекулярном уровне в дополнение к их вкладу в генетическую восприимчивость к болезням. Действительно, полногеномные исследования на людях выявили ряд генов, которые подвержены аллель-специфическому сплайсингу.

У растений изменение устойчивости к стрессу наводнения коррелирует с индуцированным стрессом альтернативным сплайсингом транскриптов, связанным с глюконеогенезом и другими процессами.[40]

Сплайсинг белков

Основная статья: Сплайсинг белков

Помимо РНК, сплайсингу могут подвергаться белки. Хотя биомолекулярные механизмы различны, принцип тот же: части белка, называемые интеины вместо интронов удаляются. Остальные части, названные exteins вместо экзонов сливаются вместе. Сплайсинг белков наблюдается у широкого круга организмов, включая бактерии, археи, растения, дрожжи и люди.[41]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Гилберт В. (февраль 1978 г.). «Почему гены по частям?». Природа. 271 (5645): 501. Bibcode:1978Натура.271..501Г. Дои:10.1038 / 271501a0. PMID  622185. S2CID  4216649.
  2. ^ Тонегава С., Максам А.М., Тизард Р., Бернард О., Гилберт В. (март 1978 г.). «Последовательность гена зародышевой линии мыши для вариабельной области легкой цепи иммуноглобулина». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 75 (3): 1485–89. Bibcode:1978PNAS ... 75.1485T. Дои:10.1073 / пнас.75.3.1485. ЧВК  411497. PMID  418414.
  3. ^ Тилгнер Х., Ноулз Д.Г., Джонсон Р., Дэвис К.А., Чакрабортти С., Джебали С., Курадо Дж., Снайдер М., Джингерас Т.Р., Гиго Р. (сентябрь 2012 г.). «Глубокое секвенирование фракций субклеточной РНК показывает, что сплайсинг является преимущественно котранскрипционным в геноме человека, но неэффективен для днРНК». Геномные исследования. 22 (9): 1616–25. Дои:10.1101 / гр.134445.111. ЧВК  3431479. PMID  22955974.
  4. ^ Рой С.В., Гилберт В. (март 2006 г.). «Эволюция сплайсосомных интронов: закономерности, загадки и прогресс». Обзоры природы. Генетика. 7 (3): 211–21. Дои:10.1038 / nrg1807. PMID  16485020. S2CID  33672491.
  5. ^ Клэнси С. (2008). «Сплайсинг РНК: интроны, экзоны и сплайсосомы». Природное образование. 1 (1): 31. В архиве из оригинала 15 марта 2011 г.. Получено 31 марта 2011.
  6. ^ а б Черный DL (июнь 2003 г.). «Механизмы альтернативного сплайсинга пре-мессенджерных РНК». Ежегодный обзор биохимии. 72 (1): 291–336. Дои:10.1146 / annurev.biochem.72.121801.161720. PMID  12626338.
  7. ^ «Молекулярная биология клетки». Отчеты о цитировании журналов 2012 г.. Web of Science (Наука под ред.). Thomson Reuters. 2013.
  8. ^ а б Таггарт А.Дж., Дезимоун А.М., Ши Дж.С., Филлу М.Э., Fairbrother WG (июнь 2012 г.). «Крупномасштабное картирование точек ветвления в транскриптах пре-мРНК человека in vivo». Структурная и молекулярная биология природы. 19 (7): 719–21. Дои:10.1038 / nsmb.2327. ЧВК  3465671. PMID  22705790.
  9. ^ Корвело А., Халлеггер М., Смит К. В., Эйрас Э. (ноябрь 2010 г.). Мейер (ред.). «Общегеномная связь между свойствами точки ветвления и альтернативным сплайсингом». PLOS вычислительная биология. 6 (11): e1001016. Bibcode:2010PLSCB ... 6E1016C. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1001016. ЧВК  2991248. PMID  21124863.
  10. ^ Graveley BR, Hertel KJ, Maniatis T (июнь 2001 г.). «Роль U2AF35 и U2AF65 в энхансер-зависимом сплайсинге». РНК. 7 (6): 806–18. Дои:10,1017 / с 1355838201010317. ЧВК  1370132. PMID  11421359. В архиве из оригинала на 2018-11-20. Получено 2014-12-17.
  11. ^ Мэтлин А.Дж., Кларк Ф., Смит К.В. (май 2005 г.). «Понимание альтернативной сварки: в сторону сотового кода». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология. 6 (5): 386–98. Дои:10.1038 / nrm1645. PMID  15956978. S2CID  14883495.
  12. ^ Матера А.Г., Ван З. (февраль 2014 г.). «Один день из жизни сплайсосомы». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология. 15 (2): 108–21. Дои:10.1038 / nrm3742. ЧВК  4060434. PMID  24452469.
  13. ^ Guth S, Valcárcel J (декабрь 2000 г.). «Кинетическая роль SF1 / BBP млекопитающих в сборке и функции сплайсосом после распознавания полипиримидинового тракта с помощью U2AF». Журнал биологической химии. 275 (48): 38059–66. Дои:10.1074 / jbc.M001483200. PMID  10954700.
  14. ^ Cheng Z, Menees TM (декабрь 2011 г.). «Сплайсинг и разветвление РНК через анализ РНК-лариатов». Молекулярная генетика и геномика. 286 (5–6): 395–410. Дои:10.1007 / s00438-011-0635-у. PMID  22065066. S2CID  846297.
  15. ^ Нг Б., Ян Ф, Хьюстон Д. П., Ян И, Ян И, Сюн З, Петерсон Л. Э., Ван Х., Ян Х Ф (декабрь 2004 г.). «Усиленный неканонический сплайсинг аутоантигенных транскриптов обеспечивает структурную основу для экспрессии нетолеризованных эпитопов». Журнал аллергии и клинической иммунологии. 114 (6): 1463–70. Дои:10.1016 / j.jaci.2004.09.006. ЧВК  3902068. PMID  15577853.
  16. ^ Пател А.А., Стейтц Дж. А. (декабрь 2003 г.). «Двойной сплайсинг: выводы из второй сплайсосомы». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология. 4 (12): 960–70. Дои:10.1038 / nrm1259. PMID  14685174. S2CID  21816910.
  17. ^ Сибли CR, Эммет В., Бласкес Л., Фаро А., Хаберман Н., Бриз М., Трабзуни Д., Райтен М., Уил М.Э., Харди Дж., Модич М., Курк Т., Уилсон С.В., Планьол В., Уле Дж. (Май 2015 г.). «Рекурсивный сплайсинг в генах длинных позвоночных». Природа. 521 (7552): 371–75. Bibcode:2015Натура.521..371S. Дои:10.1038 / природа14466. ЧВК  4471124. PMID  25970246.
  18. ^ Дафф МО, Олсон С., Вей Х, Гарретт С.К., Осман А., Болисетти М., Плоцик А., Селникер С.Е., Грейвли Б.Р. (май 2015 г.). «Полногеномная идентификация нулевого рекурсивного сплайсинга нуклеотидов у дрозофилы». Природа. 521 (7552): 376–79. Bibcode:2015Натура.521..376D. Дои:10.1038 / природа14475. ЧВК  4529404. PMID  25970244.
  19. ^ Ди Сеньи Дж., Гастальди С., Токкини-Валентини ГП (май 2008 г.). «Цис- и транс-сплайсинг мРНК, опосредованный последовательностями тРНК в эукариотических клетках». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (19): 6864–69. Bibcode:2008PNAS..105.6864D. Дои:10.1073 / pnas.0800420105. JSTOR  25461891. ЧВК  2383978. PMID  18458335.
  20. ^ Тротта ЧР, Мяо Ф., Арн Э.А., Стивенс С.В., Хо С.К., Раухут Р., Абельсон Дж. Н. (июнь 1997 г.). «Эндонуклеаза сплайсинга тРНК дрожжей: тетрамерный фермент с двумя субъединицами активного сайта, гомологичными эндонуклеазам тРНК архей». Клетка. 89 (6): 849–58. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80270-6. PMID  9200603. S2CID  16055381.
  21. ^ Westaway SK, Phizicky EM, Abelson J (март 1988 г.). «Структура и функция гена дрожжевой тРНК-лигазы». Журнал биологической химии. 263 (7): 3171–76. PMID  3277966. В архиве из оригинала 2018-11-18. Получено 2014-12-17.
  22. ^ Паушкин С.В., Патель М., Фурия Б.С., Пельц С.В., Тротта CR (апрель 2004 г.). «Идентификация комплекса эндонуклеаз человека выявляет связь между сплайсингом тРНК и образованием 3'-конца пре-мРНК». Клетка. 117 (3): 311–21. Дои:10.1016 / S0092-8674 (04) 00342-3. PMID  15109492. S2CID  16049289.
  23. ^ Сома А (1 апреля 2014 г.). «Циркулярно пермутированные гены тРНК: их экспрессия и значение для их физиологической значимости и развития». Границы генетики. 5: 63. Дои:10.3389 / fgene.2014.00063. ЧВК  3978253. PMID  24744771.
  24. ^ Абельсон Дж., Тротта К.Р., Ли Х. (май 1998 г.). «сплайсинг тРНК». Журнал биологической химии. 273 (21): 12685–88. Дои:10.1074 / jbc.273.21.12685. PMID  9582290.
  25. ^ Fica SM, Tuttle N, Novak T., Li NS, Lu J, Koodathingal P, Dai Q, Staley JP, Piccirilli JA (ноябрь 2013 г.). «РНК катализирует сплайсинг ядерной пре-мРНК». Природа. 503 (7475): 229–34. Bibcode:2013Натура.503..229F. Дои:10.1038 / природа12734. ЧВК  4666680. PMID  24196718.
  26. ^ Пан К., Шай О, Ли Л.Дж., Фрей Б.Дж., Бленкоу Б.Дж. (декабрь 2008 г.). «Глубокое исследование альтернативной сложности сплайсинга в человеческом транскриптоме с помощью высокопроизводительного секвенирования». Природа Генетика. 40 (12): 1413–15. Дои:10,1038 / нг.259. PMID  18978789. S2CID  9228930.
  27. ^ Экси Р., Ли ХД, Менон Р., Вэнь Й., Оменн Г.С., Кретцлер М., Гуань Й. (ноябрь 2013 г.). «Систематическая дифференциация функций для альтернативно сплайсированных изоформ посредством интеграции данных RNA-seq». PLOS вычислительная биология. 9 (11): e1003314. Bibcode:2013PLSCB ... 9E3314E. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1003314. ЧВК  3820534. PMID  24244129.
  28. ^ Ли HD, Менон Р., Оменн Г.С., Гуань Й. (август 2014 г.). «Наступающая эра интеграции геномных данных для анализа функции изоформ сплайсинга». Тенденции в генетике. 30 (8): 340–47. Дои:10.1016 / j.tig.2014.05.005. ЧВК  4112133. PMID  24951248.
  29. ^ Джайн Н., Морган С.Э., Райф Б.Д., Салеми М., Толберт Б.С. (январь 2016 г.). «Структура раствора глушителя сплайсинга интронов ВИЧ-1 и его взаимодействия с доменом UP1 гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина (hnRNP) A1». Журнал биологической химии. 291 (5): 2331–44. Дои:10.1074 / jbc.M115.674564. ЧВК  4732216. PMID  26607354.
  30. ^ а б Лим К.Х., Феррарис Л., Филлу М.Э., Рафаэль Б.Дж., Фэйрбратер РГ (июль 2011 г.). «Использование позиционного распределения для идентификации элементов сплайсинга и прогнозирования дефектов процессинга пре-мРНК в генах человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (27): 11093–98. Bibcode:2011PNAS..10811093H. Дои:10.1073 / pnas.1101135108. ЧВК  3131313. PMID  21685335.
  31. ^ Варф МБ, Берглунд Дж. А. (март 2010 г.). «Роль структуры РНК в регуляции сплайсинга пре-мРНК». Тенденции в биохимических науках. 35 (3): 169–78. Дои:10.1016 / j.tibs.2009.10.004. ЧВК  2834840. PMID  19959365.
  32. ^ Рид Д.К., Чанг Б.Л., Гандерсон С.И., Альперт Л., Томпсон В.А., Fairbrother WG (декабрь 2009 г.). «SELEX следующего поколения определяет последовательность и структурные детерминанты связывания фактора сплайсинга в последовательности пре-мРНК человека». РНК. 15 (12): 2385–97. Дои:10.1261 / rna.1821809. ЧВК  2779669. PMID  19861426.
  33. ^ а б Шкрета Л., Шабо Б. (октябрь 2015 г.). «Ответ сплайсинга РНК на повреждение ДНК». Биомолекулы. 5 (4): 2935–77. Дои:10.3390 / biom5042935. ЧВК  4693264. PMID  26529031.
  34. ^ Draper BW, Morcos PA, Kimmel CB (июль 2001 г.). «Ингибирование сплайсинга пре-мРНК fgf8 рыбок данио с морфолиноолигонуклеотидами: поддающийся количественной оценке метод нокдауна гена». Бытие. 30 (3): 154–56. Дои:10.1002 / ген.1053. PMID  11477696. S2CID  32270393.
  35. ^ Sazani P, Kang SH, Maier MA, Wei C, Dillman J, Summerton J, Manoharan M, Kole R (октябрь 2001 г.). «Ядерные антисмысловые эффекты нейтральных, анионных и катионных аналогов олигонуклеотидов». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (19): 3965–74. Дои:10.1093 / nar / 29.19.3965. ЧВК  60237. PMID  11574678.
  36. ^ Morcos PA (июнь 2007 г.). «Достижение целевого и поддающегося количественной оценке изменения сплайсинга мРНК с морфолино-олигонуклеотидами». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 358 (2): 521–27. Дои:10.1016 / j.bbrc.2007.04.172. PMID  17493584.
  37. ^ Бруно И.Г., Джин В., Кот Г.Дж. (октябрь 2004 г.). «Коррекция аберрантного сплайсинга альтернативной РНК FGFR1 посредством нацеливания на интронные регуляторные элементы». Молекулярная генетика человека. 13 (20): 2409–20. Дои:10,1093 / hmg / ddh272. PMID  15333583.
  38. ^ Danckwardt S, Neu-Yilik G, Thermann R, Frede U, Hentze MW, Kulozik AE (март 2002 г.). «Аномально сплайсированные мРНК бета-глобина: единичная точечная мутация генерирует транскрипты, чувствительные и нечувствительные к нонсенс-опосредованному распаду мРНК». Кровь. 99 (5): 1811–16. Дои:10.1182 / blood.V99.5.1811. PMID  11861299. S2CID  17128174.
  39. ^ Уорд А.Дж., Купер Т.А. (январь 2010 г.). «Патобиология сращивания». Журнал патологии. 220 (2): 152–63. Дои:10.1002 / путь.2649. ЧВК  2855871. PMID  19918805.
  40. ^ van Veen, H; Вашишт, Д; Акман, М; Гирке, Т; Мустроф, А; Reinen, E; Хартман, S; Койкер, М; van Tienderen, P; Schranz, ME; Бейли-Серрес, Дж; Voesenek, LA; Сасидхаран, Р. (октябрь 2016 г.). «Транскриптомы восьми образцов Arabidopsis thaliana показывают консервативные, генотипные и органоспецифические реакции на стресс затопления». Физиология растений. 172 (2): 668–89. Дои:10.1104 / стр. 16.00472. ЧВК  5047075. PMID  27208254.
  41. ^ Ханада К., Ян Дж. К. (июнь 2005 г.). «Новая биохимия: посттрансляционный сплайсинг белков и другие уроки школы процессинга антигенов». Журнал молекулярной медицины. 83 (6): 420–28. Дои:10.1007 / s00109-005-0652-6. PMID  15759099. S2CID  37698110.

внешняя ссылка